Вопросы макроэволюции

[Nucleosome]

Мы задаю вопросы на которые вы не можете или, похоже, таки неспособны дать внятного ответа.

это эти что ли:

внеДНКовые механизмы наследственности Вы считаете фантомами?

я не понимаю вообще о чём тут речь и о каких фантомах

ДНК "сама по себе" - просто вещество - носитель последовательности.

ну и в чём тут разница со структурой цитоплизмы или другими эпигенетическими механизмами? да там не такой ёткой последовательности, какую хочется видить после заворожённого взгляда на современные носители информации, ну природа и не договаривалась с нами делать всё как нам удобно смотреть...

Любой современный сколь-нибудь сложный станок создаётся ТОЛЬКО с применением другого современного весьма сложного станка.

да, но не аналогичного по структуре. у станка всегда есть отсылка на формализиванный носитель информации - его документацию, тем более если он создаётся с помощью другого станка, а не вруную (хотя можно и так, просто дороже выйдет), и вся его физическая структуруа строится не путём деления другого станка, а путём непосредственного построения из неструктурированного материала, то есть никакой приемственности у станка с другим непосредственно через него - нет. а у клетки есть - потому то они появляются только делением другой клетки, а не удвоением ДНК с последующим "нарастанием" вокруг неё клеточных структр, "вычленяющихся" из неструкткрированной субстанции (супа аминокилот, жиров и т. д.)

Но это текущая парадигма и всем придётся с ней считаться.

эта нулевая гипотиза и понятно, что пржеде всего выясняя связь генотип-фенотип браться надо за ДНк, как за куда боеле изученное. но нулевая гипотиза не значит догмы, скорее наоборот.

предложение о дополнительном носителе наследственной информации избыточно и отсекается бритвой Лапласа-Оккама.

пока нет исчерпывающих данных о формировании фенотипа нет. будут - тогда да.

не в усложнении клеточной дифференцировки и поведения

а это в чём мерить?

Общую длину уникальных (несжимаемых) последовательностей.

я вообще-то именно об этом писал:

это колиество уникальных последовательностей генома? и что тогда у нас получается? вроде генов больше всех у риса. само по себе это конечно мало о чём говорит, но если вычесть дупликации, учесть регуляторные элементы?..

даже почти теми же словами.

[Rattus]

я не понимаю вообще о чём тут речь и о каких фантомах

Откуда ж Нам знать? О тех, о которых писали Вы. Мы потому и задал уточнение. К каждой цитате есть ссылка на исходное сообщение. Она у Вас не работает?

да там не такой чёткой последовательности

Чёткой-нечёткой - Вы покажите что она там ВООБЩЕ ЕСТЬ. Информация. Массив. Наследственная. Не-ДНК-ассоциированная тем или иным образом. И каков его суммарно объём хотя бы по порядку величины.

ну природа и не договаривалась с нами делать всё как нам удобно смотреть...

Однако природа может использовать в качестве носителя наследственности только конечный автомат. Иначе возникают настолько большие проблемы с её устойчивостью, что ни о каком сколь-нибудь длительном сохранении вида говорить не приходится. Показано математически: https://www.dropbox.com/s/jtf2lezn5b49nwq/vakula_obzor.pdf

да, но не аналогичного по структуре

И ДНК не аналогична по структуре белку.

у станка всегда есть отсылка на формализиванный носитель информации - его документацию

У любого белка всегда есть отсылка на формализованный носитель информации - его ген.

вся его физическая структура строится не путём деления другого станка, а путём непосредственного построения из неструктурированного материала

Вся физическая структура любой макромолекулы строится не путём "деления" исходной молекулы, а путём непосредственного построения из мономеров. "Делится" в данном случае весь цех или скорее завод. Станок - это отдельный инструмент его только, подобный белковому комплексу.

пока нет исчерпывающих данных о формировании фенотипа

Исчерпывающих данных даже о движении трёх тел тоже нет и, скорее всего, не будет. Это не значит, что для его общего описания нужно привлекать что-то кроме ньютоновского (ну или эйнштейновского - в случае околорелятивистских скоростей и масс) закона тяготения. Всё прочее тут именно что отсекается Бритвою. Чем биология в таком случае должна быть хуже?

а это в чём мерить?

Числе линий дифференцировки соматических клеток, клеточных рецепторов и внутриклеточных мессенджеров (у прокариот это вообще легко - по двухкомпонентным системам методом Гальперина) и т.п.

даже почти теми же словами.

Ну да. А Мы развёрнуто подтвердил, чтобы было понятно, что конкретно имеется ввиду и не осталось возможностей для неточного истолкования. Ибо кто ясно мыслит - тот ясно выражается.

[Проходящий Кот]

....
да, но не аналогичного по структуре. у станка всегда есть отсылка на формализиванный носитель информации - его документацию, тем более если он создаётся с помощью другого станка, а не вруную (хотя можно и так, просто дороже выйдет), и вся его физическая структуруа строится не путём деления другого станка, а путём непосредственного построения из неструктурированного материала, то есть никакой приемственности у станка с другим непосредственно через него - нет. а у клетки есть - потому то они появляются только делением другой клетки, а не удвоением ДНК с последующим "нарастанием" вокруг неё клеточных структр, "вычленяющихся" из неструкткрированной субстанции (супа аминокилот, жиров и т. д.)...

И это достройка идет на основе ДНК. Где тут дополнительная информация вне ДНК?

[Скеп-тик]

Любой современный сколь-нибудь сложный станок создаётся ТОЛЬКО с применением другого современного весьма сложного станка. И никак иначе. Наследуемость общей сложности тут - абсолютная.

Это +.  В экономике это называется накопленная стоимость. Без древнеримских строителей дорог, возможно, не было бы ЧПУ станков.
А теперь аналогия. Клетка - это накопленная сложность. Без этой накопленной сложности передача наследственной информации невозможна, как невозможно делать в чистом поле станки ЧПУ, имея необходимое количество железа, электросеть и водопровод.
  Так вот, "накопленная сложность", несомненно, наследуется. И информация в ней - не генетическая. Хотя без ДНК существовать не может, поскольку ДНК поставляет все "детальки" для строительства клетки, так и "приказы" по изменениям структуры (при делении).
  Причём у каждого вида эта накопленная сложность - своя, в кое чём не похожая, а в некоторых случаях совсем ни на что не похожая, что делает разные виды несовместимыми не только на генном уровне.

[Rattus]

Так вот, "накопленная сложность", несомненно, наследуется. И информация в ней - не генетическая.

Информацией эту сложность называть таки не очень корректно. Информация - это, по определению, некие сведения, способные передаваться от источника к приёмнику, уменьшая его неопределённость. Лучше пользоваться физическими понятиями (нег)энтропии - его тоже можно выражать в битах требующейся на её полное поатомное описание информации для нас, но в самой системе никакого такого описания нет. Хотя Л.Зюскинд и применял термин в своей популярной "Битве при черной дыре" - по причине того, что в описании неживых (и нетехнических) систем никакой информации "внутреннего употребления" в системе нет, и есть только наше описание её, тождественное энтропии).

Причём у каждого вида эта накопленная сложность - своя, в кое чём не похожая, а в некоторых случаях совсем ни на что не похожая, что делает разные виды несовместимыми не только на генном уровне.

Сложно подобрать более фундаментально непохожие друг на друга ветви живых организмов чем бактерии и археи, но плоды их совмещения как раз и читают эти строки. А также все живые существа, которых мы можем наблюдать невооруженным глазом.

[Проходящий Кот]

Да и вооруженным тоже....

[Rattus]

Ну, амёбу и, тем паче, инфузорию, разглядеть, конечно, можно, если знать куда смотреть, но вот дрожжу и множество прочих протист - уже никак нет-с. А чистых колоний дрожжей (в отличие от плесеней) в природе наблюдать как-то не приходилось...
А у бактерий вроде далеко не у всех обязательно должны быть хотя бы какие-то архейные гены и, тем более, наоборот.

[Nucleosome]

Вы покажите что она там ВООБЩЕ ЕСТЬ.

вообще есть и даже куча - поскольку цитоплазма очень высоко структурированна.

Не-ДНК-ассоциированная тем или иным образом.

если это будет чётко, то ваша тока зрения превратится в вариант плоской земли, а не то о чём я говорю - то есть что вопрос открытый, а вы требуете от меня его закрыть здесь и сейас - то есть ведёте разговор совсем о другом.

Вся физическая структура любой макромолекулы

между макромолекулой и клеткой дистанция огромного размера.

Чем биология в таком случае должна быть хуже?

в задаче трёх тел неопределённость сама по себе, по самой природе, а тут - от недостатка нашего понимания

Ибо кто ясно мыслит - тот ясно выражается.

так что там с гребневиками. не растекаясь маслом по дереву.

И это достройка идет на основе ДНК.

категоричность этого утверждения подкреплена недостаточно. почему тогда клетки всегда делятся а не подобно станкам собираются на некой сбороной линии?

Где тут дополнительная информация вне ДНК?

в эпигенетике

но вот дрожжу и множество прочих протист - уже никак нет-с.

мельчайших многоклеточных (в общемпризнанном понимании) тоже.

[Скеп-тик]

Информацией эту сложность называть таки не очень корректно.

"Наличие чего-то", по моему - уже информация (а вот отсутствие - не всегда, там как раз нужен передатчик-приёмник).
"Автобус есть, и я могу в него войти" - возможный процесс.
"Мембрана есть, и определённыё белок может встроиться в него" - процесс возможен.
Нет автобуса, нет мембраны - процессы невозможны и даже не могут предполагаться.
А переход от паразитизма к симбиозу, а затем к полной взаимозависимости и неразделимости, как у эукариот и митохондрий, с перераспределением ролей - это уже чистая эволюция.

[Rattus]

вообще есть и даже куча - поскольку цитоплазма очень высоко структурированна

Структура != наследственная информация.

не то о чём я говорю - то есть что вопрос открытый

Методологически сейчас - столь же открытый, сколь и отсутствие чайника Рассела.

между макромолекулой и клеткой дистанция огромного размера.

Между деталью станка и комбинатом - тоже.

в задаче трёх тел неопределённость сама по себе, по самой природе, а тут - от недостатка нашего понимания

Ну ОК - в задаче трёх тел - ладно - на сегодня не самая удачная аналогия. Но дополнительно к тому Вы решитесь утверждать, что, к примеру, уравнения Навье-Стокса решений не имеют, а P-задачи != NP? Можете тогда подать как минимум сразу две заявки на премию Клэя.

так что там с гребневиками. не растекаясь маслом по дереву.

Если уникальная последовательность больше чем у млеков - значит сложнее.

почему тогда клетки всегда делятся а не подобно станкам собираются на некой сбороной линии?

Потому же, почему готовая продукция всегда выезжает со сборочной линии изнутри, а не собирается за воротами завода. А внутри... Капитан сказал, что Ви таки не поверите.

в эпигенетике

Ну Мы и спрашиваю - в каком месте эпигенетика полностью отрывается от ДНК?

[Nucleosome]

Между деталью станка и комбинатом - тоже.

на чертеже указанно совершенно чётко как собирать эти детали - иначе это не чертёж, а где это для всех макромолекул клетки? то есть вопрос аналогичный этому:

в каком месте эпигенетика полностью отрывается от ДНК?

то есть - будет чёткий ответ на один из этих вопросов - одно из положений будет фальсифицированно, пока ответов нет обе версии равнознаны.

к примеру, уравнения Навье-Стокса решений не имеют, а P-задачи != NP?

я не знаю что это, поэтому комментировать не могу

Если уникальная последовательность больше чем у млеков - значит сложнее.

с оговорками, но на текущем уровне знаний - согласен, но ведь вы же говорили:

И, хотя это сложность иного вида,- биохимическая

значит есть ещё какая-то?

Структура != наследственная информация.

это зависит от того, откуда она берётся. на данный момент известно, что она не формируется de novo

а не собирается за воротами завода.

потому что в таком случае завод был бы бесполезен, ваш любимый капитан может даже с чайником на подходе. пример многомолекулярной структуры, собирающийся de novo - это вирусный капсид, но до клетки даже прокариотиеской ему далеко, и клетки появляются совсем не так...

[Rattus]

то есть - будет чёткий ответ на один из этих вопросов - одно из положений будет фальсифицированно, пока ответов нет обе версии равнозначны.

Нет - не равны: предложение о дополнительном носителе наследственной информации избыточно и отсекается бритвой Лапласа-Оккама.

значит есть ещё какая-то?

Организационная -

Информационно - та же самая, только фенотипически проявляющаяся в усложнении клеточной дифференцировки и поведения, а не в расширении биохимического арсенала.

Измеряется в

Числе линий дифференцировки соматических клеток, клеточных рецепторов и внутриклеточных мессенджеров (у прокариот это вообще легко - по двухкомпонентным системам методом Гальперина) и т.п.

это зависит от того, откуда она берётся

Информационное содержание от источника не зависит. По определению информации. Да иначе бы у информации и не должно было бы быть универсальной единицы измерения.

пример многомолекулярной структуры, собирающийся de novo - это вирусный капсид

И любой неживой кристалл. САМОсобирающейся. Для этого вообще никакой "завод" не нужен => пример вообще не в кассу.

[Nucleosome]

Информационное содержание от источника не зависит.

нет зависит в данном случае потому что речь о новой информации (несводимость) или просто другой форме уже записанной (сводимость)

Цитата: Rattus от 24.12.2016 [19:41:24]

то есть вам нечего сказать на равесноство двух положений? стало быть догма? может всё-таки чуть почитать, поискать по словам epigenetic inheritance? находятся сразу интересные вещи:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4020004/
конечные выводы там правда спорны, но что характерно тоже говорится о культурном наследовании упоянутом тут независимо... конечно оно экстрасоматика, но вообще... я и сам не знал что так далеко дело зашло, я ж этими вопросами не занимаюсь... дальше метелирования пока мало что, но есть явление которое как я помню однажды на конференции упоминилось отрицания (наверное такими же ДНКистами как и вы) - РНК-редактирование, или вот, ну это меньшего калибра:
http://blog.episona.com/3-examples-transgenerational-epigenetic-inheritance/
ну и так далее, transgenerational там важное дополнение... так что к счастью те кто в теме не стали фанатиками и это радует, поскольку у науки есть продолжение, а не преварщение в Святое Писание... ну так в скобках самая замечательная новость тут вот:
https://www.theguardian.com/science/2015/aug/21/study-of-holocaust-survivors-finds-trauma-passed-on-to-childrens-genes
это конечно в порядке прикола...

Для этого вообще никакой "завод" не нужен

капсид вируса конечно очень похож на кристалл, но всё-таки он способен и к активности в отличае от кристалла, способного может только к росту - заразить клетку-то надо. а завод тут - клетка, белки сами по себе не появятся и скорее всего не сложаться 3Д...

Организационная -

ах вот оно что, да пропустил, значит выходит это утверждение:

Общую длину уникальных (несжимаемых) последовательностей.

которым вы так гордились:

А Мы развёрнуто подтвердил, чтобы было понятно, что конкретно имеется ввиду и не осталось возможностей для неточного истолкования. Ибо кто ясно мыслит - тот ясно выражается.

не верно? поскольку это:

Числе линий дифференцировки соматических клеток, клеточных рецепторов и внутриклеточных мессенджеров

хоть и близко. но не тоже самое, а если тоже самое, то зачем отделять? что-то не клеится... и наконец - как определить где одна линия, а где другая? есть клетки отличающиеся чуть-чуть, есть чуть сильнее, а есть - совсем сильно? как провести границу? конечно там дифференцированная экспрессия генов, это да, но параметров выходит много, а тут надо замерить

По Колмогорову - в битах.

то есть свести всё в один. иначе у нас будет некая многомерная сложность, и какое из этих измерений брать как "истинное"? а главное - зачем всё это? сюда как я понимаю примыкают и ваше новое определение многоклеточности?

[Rattus]

но всё-таки он способен и к активности в отличае от кристалла

В капсиде всегда есть запасённая химическая энергия (в виде АТФ или подобном), которая расходуется в процессе адгезии и инвазии?

а если тоже самое, то зачем отделять?

Большинство отделяет, ибо не хочет считать себя проще риса. Потому приходится разъяснять.

наконец - как определить где одна линия, а где другая? есть клетки отличающиеся чуть-чуть, есть чуть сильнее, а есть - совсем сильно?

Вы гистологию проходили? Много у гистологов проблем отличить один эпителий от другого?

[Nucleosome]

В капсиде всегда есть запасённая химическая энергия (в виде АТФ или подобном), которая расходуется в процессе адгезии и инвазии?

а причём тут это?

ибо не хочет считать себя проще риса

вот то-то и оно - хочет не хочет, это лирика - о чём я и говорил, говоря про субъективность понятия, а чем больше у критерия параметров, тем шире подобрать их так, чтобы было как хочется.

Много у гистологов проблем отличить один эпителий от другого?

это не тот уровень проблем - клетки внутри эпителия тоже не все одинаковые. ну и потом - один эпителий, другой - это опять же только деление как его видят гистологи, потому и нет пробле, потому что в противном случае они бы их так не делили... а проблемы интерпретации того, что видно на игстологическом срезе да. порой весьма трудны

[Rattus]

а причём тут это?

Потому что термин "активность" подразумевает только процессы с затратой свободной энергии.

[Проходящий Кот]

то есть - будет чёткий ответ на один из этих вопросов - одно из положений будет фальсифицированно, пока ответов нет обе версии равнозначны.

Жесткий вариант ответа на данный вопрос ---- берутся две яйцеклетки от довольно далеких, но примерно одинаковых по размерам при родах млекопитающих,Ядро(ДНК) одного пересаживается заместо Ядра(ДНК) другого и подсаживается в матку.
После чего такая химера рождается.
И на кого она будет похожа? На ДНК-предка, на предка по цитоплазме или на нечто третье.... 

[Nucleosome]

Потому что термин "активность" подразумевает только процессы с затратой свободной энергии.

конформации белков могут находится на разных энергетических уровнях. во всяком случае вирусов столько разных, что как-то считать их всех кристаллами мягко говоря странно. они могут кристализироваться, да, но это уже другое

И на кого она будет похожа?

это конечно хороший эксперимент - клонирование в другом организме, давно о таком думал, однако похож он будет и на того, от кого цитоплама по любому - материнские эффекты давно известны, вот если в двух поколениях, тогда будет уже понятнее есть там отсылка на ДНК или нет, также взять пока возможно только ядро - голую ЛНК взять никак не получится, да и метилирование на ней всё равно, даже и отделить хромосомы не выходит чтобы пересадить, а хромосомы это уже очень много - гистоны, их укладка, модификация, ну машинерия репарации, дупликации, транскрипции - самая базовая часть регуляции, вся там. ну и само по себе ядро, хоть и не имеет таких вещей как эндоплазматических реткулюм или цитоскелет, но имеет поры и мембранны с белками - в два слоя... то есть тоже не мало.

[Проходящий Кот]

Тоесть отсечь(или неотсечь) удастся только влияние структур цитоплазмы, но не ядра......
Тоже хлеб....

[Rattus]

конформации белков могут находится на разных энергетических уровнях

Кристаллы тоже вовсе не обязаны находится в термодинамическом равновесии со средой. Случаев метастабильности в неживой природе - масса. Так что "активными" неживые кристаллы тоже могут быть только в путь.