Вопросы макроэволюции

[Nucleosome]

неужели вирусы не показывают ясно , кто в клетке хозяин?)

это-то ясно - только хозяин ещё не означает единственный. вроде это самодержец Николай Первый, которого интересовало всё, вплоть до цвета кресел питерских театоров )ну так говорят...) говорил что не я правлю империей, а 30 тыс чиновников. видимо (хотя не ясностей много) примерно та же картина и в клетке. или к примеру - в словаре тоже есть вся или почти вся информация о языке, но "Война и мир" там не написана (тут конечно аналогия весьма отдалённая, хотя грамматика и синтаксис и есть регуляторные элементы). но вирусы пример тут не удачный - сткрутуры у них в сравнении даже с прокариотическими внутриклеточными паразитами мало, а оболочка (т. е. тело или фенотип если там можно сказать) так и вовсе кристалл (и переодический) кроме может самых сложных и крупных таких как мимивирусы, но самое главное, что они никак не могут функционировать сами по себе - только как элемент, нарушающий работу клетки. да, и это моя цитата, "эпигенетики" конечно должно было быть

Вы полагаете, цитоплазма всех клеток организма одинакова, так же, как и геном?

покажите хотя бы два одинаковых генома? кроме двух вирусов, вылезщих из одной клетки?

вместе с тем он наиболее реалистичен

ну для начала объясните что такое "вычисления генома", как он это делает? чем? нет, есть хроматин, есть укладка ДНК, есть целая куча всего вокруг неё. но всё это не геном. геном - это только информация выглядит так: AAGTCCTAAGTCATTGACTGGGTA и т. д. в зависимости от организма - от миллионов (бактерии) до сотен млрд (саламанды, лук, лилия...) буковок. что и как там будет вычислять?

геном активно взаимодействует с внешней средой, из этого взаимодействия и рождается информация для роста.

фенотип всегда результат реакции генотипа на среду.

и да, близнецы таки не идентичны) чота не слышно нигде про совпадение у них отпечатков пальцев или рисунка сетчатки

ну эти вещи формируются случайно, но так-то у них конечно всегда будут различия на уровне соматиеских мутаций, правда, поскольку деление эмбриона происходит не при первом делении зиготы, то шанс что у каждого во всех клетках будет какая-то отличающая его от другого мутация очень мал, но это уже детали.

[sharp]

дак они и не привносят.  просто расшифровывают геном, преобразуя в информацию для роста.

То есть вся информация для роста таки содержится в геноме. Чтд еще раз
Ну и для дешифровки никаких тонких материй вроде "информационног пространства" не требуется. С этой задачей справляется биохимия клетки.

[Knavery]

То есть вся информация для роста таки содержится в геноме.

её там нету, есть предпосылки для её создания. а для биохимии геном всего лишь техдокументация и ничего создать не может

[sharp]

её там нету, есть предпосылки для её создания.

То есть примерно то же самое, что программный код для фрактала.

[Knavery]

объясните что такое "вычисления генома"

как я предполагаю, внутримолекулярные токи ДНК таки способны к логическим операциям, а логика определяется строением молекулы, включающим в себя "ключевые гены", способные эту логику менять.

[Rattus]

строение вещества вовсе не его химический состав

Ну давайте расскажите ещё молбиологу за изомерию тут?

генетики на Компьютерре говорили, что не понимают откуда возникает информация для роста. так что не "мне кажется"

Говнетики. Nucleosome - тоже не понимает, хотя и биолог. Но не биофизик и не системный биолог - поэтому ему ещё простительно.
Все эти заблуждения говорят плохо не о заблуждающихся, а о дефективной парадигме формирования естественнонаучной картины мира ещё со школы. Эти фундаментальной важности моменты были замечены ещё Шрёдингером, но ни один известный нам учебник по общей биологии не указывал на них. Только у В.Ф.Турчина в книжке "Феномен Науки" про это было чуть-чуть написано в начале.

Статья интересная

После эпиграфа телеолога читать не стал. Телеология - моветон для любого современного генетика.

никаких фактических подтверждений этому пока нет

На чём вопрос можно считать благополучно исчерпанным.

а по факту есть - точность считывания - глядя на картину вы же не видите каждую молекулу краски например

Каков полный объём наследственной информации "Черного квадрата"?

это уже из какой-то совсем паралельной вселенной - как же тогда сохранились наскальные картинки?

Человечья история - краковременная флуктуация истории естественной. И картинки будут сочтены наследуемым образом только после того, как будет оценён объём информации в них. Докинзу этого не сделал, а прочие апологеты меметики - не смогли. Почему меметика и сдохла как содержательная дисциплина, оставшись фаллософским пустословием. Что, впрочем, случилось и ранее с кибернетикой ровно по той же самой причине (хотя целый ряд понятий оттуда полезных таки остался). А разгадка одна - хочешь быть полезным - будь предельно конкретным.

как и чего угодно в нашем мире

Техники - таки не очень. Она поверяется службами метрологического контроля. Хотя сами эти службы таки упираются во вполне живые руки, глаза и мозги. Так что таки да - с этой т.з. вполне легально будет сказать, что всё до сих пор упирается в рибосому.

и даже если в ДНК заменить один единственный атом последствия порой могут быть летальные...

Вот именно поэтому отбор и работает! А если бы можно было заменить полатома с полудохлым потомством и так далее - вот тогда бы через очень немного поколений всё и накрылось бы медным тазом. В принципе то же самое происходит и с сильно большой содержательной частью генома  - такие организмы несуществуют именно вследствие катастрофы ошибок.

стремление описать всё формальными символами вынужденная мера нас как человеков чтобы что-то передатьдруг другу конкретно

Так если бы только человеков! Нейроны зачем-то тоже генерируют потенциалы действия только с порога КУД. Хотя нафига - казалось бы - делай всё чисто аналоговым путём локальных потенциалов - и радуйся. Про наследственный аппарат уже выше всё написано.

а метилированию ДНК и гистонов (доказано совершенно чётко, тут были ссылки)

Да - и чётко - и дискретно. Но геном такими метками покрыт далеко не на каждый второй нуклеотид (кроме CpG разве что - но там и нет специфичности).

намекает что "сколько нам открытий чудных!"

С учётом ошибки наблюдателя - скорее закрытий. Невозможность осуществить терраформинг чего угодно - не говорит о неполноте геологии. И это куда более печальный для энтузазистов вариант.

[Knavery]

Ну давайте расскажите ещё молбиологу

это надо понимать так, что химический состав со структурой молекулы был перепутан намеренно)))

[Nucleosome]

внутримолекулярные токи ДНК

вы часом не волновик?

тоже не понимает, хотя и биолог

а вы таки понимаете?

дефективной парадигме формирования естественнонаучной картины мира ещё со школы

о чём вообще речь?

Человечья история - краковременная флуктуация истории естественной.

история биосферы - тоже стало быть? специально отрезали цитату так?

И картинки будут сочтены наследуемым образом только после того, как будет оценён объём информации в них

я не уверен, что художник, копирающий картину сможет даже приблизительно указать на то, сколько бит он переписал с одного холста на другой.

хочешь быть полезным - будь предельно конкретным

вы уже смогли написать алгоритм создания скрипки Страдивари?

В принципе то же самое происходит и с сильно большой содержательной частью генома  - такие организмы несуществуют именно вследствие катастрофы ошибок

разумеется - точнее (ну вы же просили быть конкретным!) - кол-во мутаций тогда будет слишком велико и каждый геном будет "пробит" чем-то нехорошим - то етсь отбирать будет не из чего, кажется это Морган подсчитал сколько может быть максимум "значимой части". однако к остальной информации это не относится, потому что "мутации" и частота их там будут уже другие.

Хотя нафига

элементарно - если реагировать на что угодно, то сигнал посланный одной клеткой в другую потеряется в тепловом шуме. однако порог ещё не означает сугубо цифрового характера (я вообще подозреваю, что придумали его те, кто очень хочет финансирования на оцифровку человечьего разума)

Но геном такими метками покрыт далеко не на каждый второй нуклеотид

если б был бы, то никакой информации это бы не несло, а начило что нуклеотиды чуть другие. конечно оно добавляет немного - есть метил-група или нет, но не оно просто проще всего найти. (если бы конечно исходили бы из постулата, что ничего кроме самих нуклеотидов ДНК быть не может никогда, то не нашли бы никогда даже этого)

С учётом ошибки наблюдателя

а вы наблюдали клетки формирующиеся de novo из ДНК вытягиваемой за пределы материнской? а если нет, то о какой ошибке речь?

[Knavery]

волновик?

нет, я пока что в единственном экземпляре)). я понимаю что внутри молекулы ничего измерить в принципе невозможно, любое вмешательство "сменит картинку", можно только умозрительно видеть. моих знаний не хватает просчитать возможность таких токов, но пока я не вижу препятствий для их возникновения

[sharp]

я понимаю что внутри молекулы ничего измерить в принципе невозможно

Усе что там есть давно уже измерено...

[Knavery]

Усе что там есть давно уже измерено...

Вы хотите сказать, что там есть только то, что Вам удалось измерить? с помощью "электрического стула", надеюсь? )))

[sharp]

Вы хотите сказать, что там есть только то, что Вам удалось измерить? с помощью "электрического стула", надеюсь? )))

Ну измерено положим не мной, а молекулярными биологами.

[Knavery]

молекулярными биологами

которым от электричества надо только окисление-восстановление?))) ну и ещё чтобы комп работал. вот если бы спецы по квантовой электродинамике меряли...

[Rattus]

это надо понимать так, что химический состав со структурой молекулы был перепутан намеренно

Вами.

а вы таки понимаете?

Понимаю, что законы передачи информации универсальны для всего, где это происходит.

о чём вообще речь?

Всё о том же: о том, что ключевое значение дискретизации информации для её надёжной передачи биологам в массе своей не преподаётся совсем. Тогда как этот принцип для генетики есть даже не аналог, а и гомолог атомного учения в химии. И в его отсутствие и произрастали все биологические кошмары - от дженкинского (который на него указывал) до лысенковско-лепешинского (который на этом паразитировал) и того же волногонства.

история биосферы - тоже стало быть?

А какие там проблемы?  Период полураспада ДНК в оптимальных условиях - порядка миллиона лет. Свыше того - как раз и начинаются проблемы с точной датировкой, на что и указал тут в соседней теме Combinator ссылкой на свежую статью - и происходит это как раз в силу того, что мы не можем оценить количество информации в фенотипе. Не можем принципиально причём.

я не уверен, что художник, копирающий картину сможет даже приблизительно указать на то, сколько бит он переписал с одного холста на другой.

Верно. Потому что все оно рождается исключительно в индивидуальных мозгах - поэтому объективно там информации вообще почти нет. При описании все видевшие могут сойтись только на том что изображено, в каком количестве, и т.п. базовые понятия - это килобайт в лучшем случае.

вы уже смогли написать алгоритм создания скрипки Страдивари?

Так фокус в том, что Мы вообще не буду браться за это явно абсурдное дело! Есть работы, в которых пытаются достичь каких-то конкретных критериев звучания дерева разными методами обработки. И в такой постановке вопроса - работа имеет цель.
А сделать именно сферическую в вакууме "скрипку Страдивари" - это из серии "теплого лампового звука" - аудиофильская фрикота на субъективщине.

кол-во мутаций тогда будет слишком велико и каждый геном будет "пробит" чем-то нехорошим - то есть отбирать будет не из чего, кажется это Морган подсчитал сколько может быть максимум "значимой части"

И Эйген. И это и есть фундамент теоретической биологии. До середины которого, к сожалению, долетает далеко не каждый учебник по общей биологии.

однако к остальной информации это не относится, потому что "мутации" и частота их там будут уже другие.

Совершенно верно - потому что "информация" эта - не сигнал, а шум в контексте размножающейся линии на момент исследования. И потому биологического смысла не имеющая (ну кроме как для приблизительной оценки потенциала адаптации в дальнейшей эволюции - и то если на её объём ограничения стабильны в данном случае).

однако порог ещё не означает сугубо цифрового характера

Порог - и ЕСТЬ явление дискретизации. Он может появляться исходно спонтанно - природа вокруг нас к счастью богата фазовыми переходами. Но если мы видим некое явление чётко проявляющимся во всём множестве решений какой-либо задачи, причём физикой оно там вовсе не предопределено по умолчанию - это явно адаптивный признак.

я вообще подозреваю, что придумали его те, кто очень хочет финансирования на оцифровку человечьего разума

Ходжкиным и Хаксли в 50-х годах? Или фон Нейманом тогда же, когда он придумывал теорию цифровой автоматики? А Винер и прочие кибернетики, видимо, не хотели, раз уповали на аналоговую машинерию?
Разум, похоже, действительно во многом аналоговое устройство - достигающее сложности за счёт ненадёжности. Поэтому и "полная оцифровка" его сложна до полной невозможности - но полная и нужна-то только трясущимся за него трансхуманиздам. На деле те, кому это действительно нужно давно оцифровывают все действительно важные его моменты сами вот уже несколько тысяч лет. Метод называется "письмо".

если б был бы, то никакой информации это бы не несло

Если регулярно (как в случе CpG) - таки да. А если нерегулярно - то отнюдь. В геноме, где GC-состав 50% - каждый четвёртый нуклеотид - статистически G, но это же не значит, что всей информации там - четыре бита как в регулярном тетрануклеотидном повторе.

а вы наблюдали клетки формирующиеся de novo из ДНК вытягиваемой за пределы материнской? а если нет, то о какой ошибке речь?

А Вы наблюдали формирование планеты и стабилизацию её орбиты? Можете ли воспроизвести? А если нет - то можете ли утверждать, что происходило это под действием только известных законов гравитации и электродинамики?

я понимаю что внутри молекулы ничего измерить в принципе невозможно, любое вмешательство "сменит картинку", можно только умозрительно видеть

На основе этой умозрительности сделано то, с чего Вы эту ерунду пишете. Ядерная бомба тоже работает чисто умозрительно.

вот если бы спецы по квантовой электродинамике меряли...

А орбиты планет - считали геологи? Чего конкретно-то вам нужно там мерять?

[Knavery]

Вами.

вот это ваши слова:

"Очевидно, что полная структура снежинки не может быть описана формулой H2O - у неё не хватит информационной ёмкости для определения всех ветвей снежинки"

А орбиты планет - считали геологи? Чего конкретно-то вам нужно там мерять?

я имел в виду что специалисты вообще не стали бы трогать молекулу и изобретать для неё электрический стул, как по Вашей ссылке, а просто проанализировали её структуру по своей теории.

[Rattus]

вот это ваши слова

И?

я имел в виду что специалисты вообще не стали бы трогать молекулу и изобретать для неё электрический стул, как по Вашей ссылке, а просто проанализировали её структуру по своей теории.

А Вы в курсе, что ещё нет теории, предсказывающей структуру белков (про которые там и речь главным образом)? А структура ДНК уже известна практически от и до - включая редкие формы. Но Вас почему-то заклинило именно на геноме.

[Nucleosome]

ключевое значение дискретизации информации для её надёжной передачи биологам в массе своей не преподаётся совсем

потому что подобный постулат - догма, возводящая модели для исследования в абсолют,
 вроде узнать всё ничего не познавая

как раз и начинаются проблемы с точной датировкой

то есть вы намекаете, что биосфере может быть и миллион лет? проблемы это вообще-то наши, а не биосферы.

И в его отсутствие и произрастали все биологические кошмары - от дженкинского

к той дискретности о который вы говорите (то есть так сказать микроуровня) это не имеет отношения, а только к тому как передаются конкретные признаки, а они обычно имеют вообще частитчное проникновение в фенотип...

не сигнал, а шум в контексте размножающейся линии на момент исследования

да, для того чтобы что-то исследовать нам надо понять что, то есть сказать  -от сих до сих, но это не означает, что за этими пределами ничего нет и быть не может - такая постановка вопроса - верный путь к догматизму, а не науке.

Порог - и ЕСТЬ явление дискретизации.

порог это предел ниже котого ничего не происходит, или происходит, но не воспринемаются последующим каскадом, выше него сигнал может быть уже каким угодно.

А Вы наблюдали формирование планеты и стабилизацию её орбиты?

то есть по-вашему клетки образуются de novo??? (ну планеты-то да и это ни у кого не вывзвате подозрений) может сразу тогда нобелевкой?

действительно важные его моменты

интересно как узнают что там важно, а что нет

[Rattus]

потому что подобный постулат - догма, возводящая модели для исследования в абсолют, вроде узнать всё ничего не познавая

Дададъ - и требование конкретики по Попперу - тоже "догма, возведённая в абсолют". Вот только без такой догмы, как показывает вся практика научно-инженерного творчества, нихрена толкового не выходит. То же самое можно сказать от имени поехавшего связиста, вознамерившегося сегодня построить линию принципиально аналоговой связи или аудиофила с ТЛЗ головного мозга на форуме перед действующими звуконженерами.
Да даже нагляднее того - вон тот чувак, который опровергал шарообразность земли, летев в самолёте со строительным уровнем на коленях - он тоже не возводил действующую модель в абсолют.
Если говорить о чём-то эдаком - то предметно - как это предполагается установить: цель, задачи, материалы и методы исследования. От. И до. Иначе всё это разговоры в пользу бедных (духомъ).

проблемы это вообще-то наши, а не биосферы.

Вообще-то о проблемах биосферы тут сейчас только в соседней теме есть пара переживальщиков (про ГП). Разумеется наши! У биосферы вообще нет никаких проблем. А вот у многих из нас - таки есть проблемы с её адекватным практике восприятием.

к той дискретности о который вы говорите (то есть так сказать микроуровня) это не имеет отношения, а только к тому как передаются конкретные признаки, а они обычно имеют вообще частитчное проникновение в фенотип...

А можно как-то на пальцах развернуть тезис, что Вы тут хотели сказать?

но не воспринимаются последующим каскадом

Именно. Это и есть дискретизация. И без неё ВСЯКИЙ сигнал НЕИЗБЕЖНО (и очень быстро) затухает. Это самый фундамент статфизики просто, 2НТ.

то есть по-вашему клетки образуются de novo?

Ну да. Раз в 4-5 миллирдов лет на какой-нить из нескольких сотен/тысяч/миллионов/миллиардов подходящих планет. И не прямо вдруг, а поэтапно, конечно, но по итогу так выходитъ.

может сразу тогда нобелевкой?

Какой-нить Шостак там уже в очереди гораздо первее стоит. И давно.

[Nucleosome]

и требование конкретики по Попперу

вы кажется не понимаете в принципе чем отличается модель от реальности и что моделей может быть много - для каждого исследования, хотя объект один.

А можно как-то на пальцах развернуть тезис, что Вы тут хотели сказать?

разные уровни информации - то как она записана (о чём мы тут) и её блоки (о чём кошмар Дженкина)

Это и есть дискретизация.

только для самого порога - что там выше - может быть каким угодно.

Раз в 4-5 миллирдов

мы говорим о передачи от одного организма к другому, к тому же даже на таком интревале белки там тоже копошилиь рядом - это точно, и липиды.

это килобайт в лучшем случае

ну давайте, загоните все картины в килобайт, распечатйте 33 на 33 пикселя в 256 цветов и объясняйте что там не то чёрный квадрат, не то апофеоз войны. только объяснения тоже должны будут уложится в эти 1000 байт.

[Knavery]

Но Вас почему-то заклинило именно на геноме.

с точки зрения радиотехники, молекула ДНК представляет собой длинную линию со своим волновым сопротивлением и резонансной частотой. не может быть, чтобы природа никак не использовала эти свойства.но внутреннее пространство молекулы объект уже не радиотехники, а других дисциплин