Актуальные вопросы глобальной эпидемиологии и молбиологии

[Combinator]

а почему он эволюционировал именно там?

А где же ему ещё эволюционировать, если вид Rhinolophus affinis в районе Уханя живёт только в пределах лаборатории?

как это ему удалось и ничего все эти годы не знали?

Удалось что, эволюционировать? Так это его естественное состояние, РНК вирусы, как известно, всегда быстро эволюционируют, по другому просто не бывает.
Что конкретно "все эти годы не знали"?

мышили живут всюду и вирусов у них много - и никто за ними пристально не наблюдает - не панды какие-нибудь, и не слишком остерегается - не что-то ядовитое и т. д. в лаборатории же, если мыши инфицированны, то они принимают меры - о чём речь в вашей же ссылке. т. е. возможностей явно куда больше и проэволционировать некой ветви и перепрыгнуть на человека явно больше - пусть и плотность вируса меньше, но и мышей куда больше и они широко летают...

Честно говоря, я не очень понял, какой тезис должен подкрепить процитированный выше текст? На всякий случай просто ещё раз напомню - утверждается, что мыши вида Rhinolophus affinis в районе Уханя на воле не живут.

так почему же никто не берёт уже второй месяц?

А вот это очень хороший вопрос. Связь настолько очевидна, что наверняка уже взяли, и даже отсеквенировали более свежие образцы. Только вот обнародовать результаты для общественности, кажется, не торопятся. Не исключаю, что на то есть свои причины, но что бы не быть в очередной раз обвинённым в конспирологии, о них лучше помолчим.
 

[Nucleosome]

о них лучше помолчим.

вот-вот - когда аргументы рассыпаются, на помощь приходит конспирология, один уже за такое в карантине

На всякий случай просто ещё раз напомню - утверждается, что мыши вида Rhinolophus affinis в районе Уханя на воле не живут.

я же дал тут ссылку на статью упомянутую в работе из архива - и там есть карта где они собирали этих мышей, рядом с Уханем две точки.

Что конкретно "все эти годы не знали"?

что формы уже другие и опубликовали то, что у них лежало замороженное несколько лет - для работы было бы гораздо лучше взять и тогда и посвежее и публиковать так.

Комментарий модератора раздела

удалил последние сообщения конспирологического толка, с прямым выходом на политику, игнорирующие реальность (такую как введение карантина, информация как по вирусу так и по заболевшим, хаос на рынках мира вообще на этой неделе и т. д) Maki как злостный провокатор и пропагандист невзирая на предложения высказываться по существу скатившийся на "коммунисты скрывают" (статья политика) и хотя и удаливший частично именно этот кусок отправляется не надолго на карантин, 50% по совокупности

[Combinator]

я же дал тут ссылку на статью упомянутую в работе из архива - и там есть карта где они собирали этих мышей, рядом с Уханем две точки.

А нельзя ли, плиз, дать её здесь ещё раз? А то искать её внутри многостраничного обсуждения можно долго... Заранее спасибо!

что формы уже другие и опубликовали то, что у них лежало замороженное несколько лет - для работы было бы гораздо лучше взять и тогда и посвежее и публиковать так.

Как я понимаю, образцы наверняка брались и секвенировались регулярно, минимум раз в год, иначе вообще теряется смысл эксперимента. Соответственно, можно предположить, что и сиквенс образца 2013-го года был готов в течении нескольких недель после его взятия. Но опубликовать его решили лишь в январе этого года. Я так думаю (с).

[Nucleosome]

А то искать её внутри многостраничного обсуждения можно долго...

да, пожалуйста https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1003159

Как я понимаю, образцы наверняка брались и секвенировались регулярно, минимум раз в год, иначе вообще теряется смысл эксперимента.

тогда тем более вирусам на мышах не удасться ничего "утаить", но вообще пока не добрался до деталей статьи где геном, и уже скоро утро над Пекином... (у меня вирус сбил сон! )

Но опубликовать его решили лишь в январе этого года. Я так думаю (с).

ну это как раз понятно - когда нет такой злобы дня как этот вирус, то публикации иногда тянутся - у них же там не одни только мыши летучие, работ много, а вируса на каком-то не самом "притягательном" зверье - особо никого не волнуют... потому и не спешили пока не всплыло и ещё как!

[Combinator]

да, пожалуйста https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1003159

Большое спасибо! Итак, смотрим на Table 1. из статьи и видим, что мыши вида Rhinolophus affinis были отловлены в провинции Zhejiang вблизи двух населённых пунктов, оба из которых расположены в более, чем 700 километрах от Уханя. Так что, при всём желании не могу согласиться с вашим утверждением "рядом с Уханем две точки".

тогда тем более вирусам на мышах не удасться ничего "утаить", но вообще пока не добрался до деталей статьи где геном, и уже скоро утро над Пекином... (у меня вирус сбил сон! )

ОК, спокойной ночи!

[cybertron]

Про лабораторию (как и про сам рынок) можно забыть. Нашли прародителя Уханьской версии вируса. На рынке распространялась более поздняя версия произошедшая от прародителя.

https://news.mail.ru/society/40694518/?frommail=1

[Combinator]

Про лабораторию (как и про сам рынок) можно забыть. Нашли прародителя Уханьской версии вируса. На рынке распространялась более поздняя версия произошедшая от прародителя.

https://news.mail.ru/society/40694518/?frommail=1

Напротив, ещё одна ниточка связи с лабораторией.
================================
Как следует из результатов исследования, хронологическая эволюция у коронавируса выглядит следующим образом: предполагаемые распространители Н13 и Н38 (имеющие тесную связь с коронавирусом летучих мышей RaTG13) породили mv1 (предполагаемый «нулевой пациент»), из которого в свою очередь произошел гаплотип Н3. И уже из него появился Н1 и его производные Н2, Н8-Н12, которые был выявлены на рынке.
==============================
Другими словами, вначале от штамма RaTG13 произошли гаплотипы Н13 и Н38, после чего уже от них произошёл гаплотип H3 и все остальные.

[cybertron]

Пишут что у собаки пациента с короновирусом в Гонг-Конге- тоже нашли короновирус.

[Nucleosome]

Другими словами, вначале от штамма RaTG13 произошли гаплотипы Н13 и Н38

только не словами, а смыслом - не понятно что они имеют в виду "тесно коррелирует", и оригенала этой статьи не могу найти, а текст слишком сложный, чтобы журналист его смог сам придумать (что случается), так что выводов не получается

Так что, при всём желании не могу согласиться с вашим утверждением "рядом с Уханем две точки".

да, я не посмотрел кого они именно где поймали, но это конечно уже софистика - во-первых, то что наиболее близкую форму к распространившейся нашли у этого вида летучих мышей не означает, что другие виды она не поражает, во-вторых вид этот явно не живёт только в низовьях Янцзы - такой эндемизм конечно встречается (бывает и похлеще), но как исключение. да, про широкое распространение пробивается по словам Rhinolophus affinis geographic distribution так что 700 км это не про них

Пишут что у собаки пациента с короновирусом в Гонг-Конге- тоже нашли короновирус.

да, нашли у заражённого хозяина, но у самой собаки вроде очень мало вируса и симптомов нет.

[Combinator]

только не словами, а смыслом - не понятно что они имеют в виду "тесно коррелирует", и оригенала этой статьи не могу найти, а текст слишком сложный, чтобы журналист его смог сам придумать (что случается), так что выводов не получается

Я, вроде, видел оригинал, но он китайском. 
Но смысл, в общем-то, понятен - из всех секвенированных геномов коронавирусов RaTG13 имеет наибольшую степень гомологии с COVID-19.

Так что, при всём желании не могу согласиться с вашим утверждением "рядом с Уханем две точки".

да, я не посмотрел кого они именно где поймали, но это конечно уже софистика - во-первых, то что наиболее близкую форму к распространившейся нашли у этого вида летучих мышей не означает, что другие виды она не поражает, во-вторых вид этот явно не живёт только в низовьях Янцзы - такой эндемизм конечно встречается (бывает и похлеще), но как исключение. да, про широкое распространение пробивается по словам Rhinolophus affinis geographic distribution так что 700 км это не про них

Спорить не буду, но ни одной мыши данного вида, судя по статье, в провинции Хубэй отловить не удалось. Все 26 особей выловлены в Чжецзяне.

[Nucleosome]

Я, вроде, видел оригинал, но он китайском.

дайте ссылку

Спорить не буду, но ни одной мыши данного вида, судя по статье, в провинции Хубэй отловить не удалось. Все 26 особей выловлены в Чжецзяне.

это значит только, что они там их ловили. было бы странно если вид, живущий по всей Юго-вотосточной Азии избегал бы именно провинцию Хубей

[Combinator]

дайте ссылку

Нашёл даже на английском: https://www.researchgate.net/publication/339351990_Decoding_evolution_and_transmissions_of_novel_pneumonia_coronavirus_SARS-CoV-2_using_the_whole_genomic_data

Фрагмент из этой статьи:
=====================
In the network, four satellite haplotypes and H35 connected to the H13 haplotype (Group A), and
nine  satellite  haplotypes  and  H38+H45  and  H50  haplotypes  connected  to  H3  (Group  B).  The evolutionary network showed that bat-RaTG13-CoV connected through a hypothesized haplotype (mv1)  to  the  H13  and  H38  haplotypes by  single mutations at  positions  18,067 (S,  synonymous substitution)  and  29,102  (S),  referring  to  the  alignment  length  29,910  bp. The  connections between  the H3  and  H1  haplotypes  are  two  mutations  at positions  8,789  (S)  and  28,151  (Ns, non-synonymous substitution). The H1 haplotype, the most abundant, included 19 samples, while 26  satellite  haplotypes  and  H40+(H43  and  H47)  haplotypes  are  directly  derived  from  the  H1 haplotype  (Group  C).  Moreover,  five  haplotypes  of Group  D and  four  haplotypes  of  Group  E should be also derived from the H1 haplotype.
==========================
Ту же картину мы видим на Fig 3.A

это значит только, что они там их ловили. было бы странно если вид, живущий по всей Юго-вотосточной Азии избегал бы именно провинцию Хубей

Нет, они ловили отнюдь не только там, а ещё и в трёх других провиницях, включая Хубэй. Всего в Хубэйе были отловлены 155 мышей (что составляет примерно четверь от общего количества), но ни одна из них не принадлежала к интересующему нас виду. Все 26 мышей вида Rhinolophus affinis были пойманы в провинции Zhejiang. Отсюда можно предположить, что они если и встречаются в Хубэйе, то достаточно редко. Вообще, весь род мышей Rhinolophus, похоже, не очень широко распространён в Хубэйе, из 155 выловленных там особей ему принадлежит только 30, в то время как в Чжецзяне они составляют подавляющее  большинство - около 95%.   

[Nucleosome]

Нашёл даже на английском:

спасибо, почитал, в принципе всё весьма убедительно, к тому же самых ранних заболевших они найти не могут, потому что у них не выделили никаких вирусов (поскольку никто не знал)

Нет, они ловили отнюдь не только там, а ещё и в трёх других провиницях, включая Хубэй.

ну они не уточняют в каких именно биотопах они ловили, и ещё важен сезон. в Хубее как минимум род точно есть:
https://bioone.org/journals/Zoological-Science/volume-29/issue-6/zsj.29.396/Morphometric-Variation-in-the-Pusillus-Group-of-the-Genus-Rhinolophus/10.2108/zsj.29.396.short
а то что резервуар подобных вирусов этот род вообще тоже давно известно:
https://www.researchgate.net/publication/7570445_Bats_Are_Natural_Reservoirs_of_SARS-Like_Coronaviruses
интересно, в последней ссылке первый автор из нашего института... но дело давнее, а также есть люди из Ухани
да, только вчера подумал - а у нас же год мыши! (не летучей правда, да и только в русском названия таковы) и ещё один прикол, случайно наткнулся: Ухань говорите?
https://vk.com/videos-119255233?z=video-119255233_456239085%2Fclub119255233%2Fpl_-119255233_-2
вот кто вирус на запад занёс-то! (сек 30 примерно)

[Combinator]

В Европе число заразившихся сейчас растёт почти так же стремительно, как росло в январе в Китае. В Иране вообще какой-то сюр - вирус обнаружен у двух членов правительства и пятерых парламентариев, что может свидетельствовать о том, что реально заражено уже процентов 10 от общего его народонаселения. В общем, похоже, всемирной пандемии не избежать...

[Nucleosome]

да, в Иране в самом деле нечто - говорят правда, что члены праительства ездили часто в тот самый город (и в одни и те же места), потому их так и достало, но да, реальные цифры заражённых там могут быть значительно больше той тысячи, что они указывают, по числу сметей Италия правда плавно приближается к Ирану (а там говорят и Папа... недомогает). что интересно - в Китае только сама Хубей превосходит по числу заражённых и умерших Италию и Южную Корею - последняя опередила Китай в целом принимая во внимание население. по остлаьной европе число заболевших растёт не столь быстро, но тоже возможно, что они выявляют их слабо. то есть пока складывается так, что Китай "запер" большую часть вируса в Хубей (новых случаев уже и там снизилось - потому что разобрали тех, кто с подозрением), а евро страны - дали ему гулять где попало...
p. s. сижу вот пишу заявку на грант для иностранцев, говорят - самое время подавать

[Combinator]

да, в Иране в самом деле нечто - говорят правда, что члены праительства ездили часто в тот самый город (и в одни и те же места), потому их так и достало, но да, реальные цифры заражённых там могут быть значительно больше той тысячи, что они указывают, по числу сметей Италия правда плавно приближается к Ирану (а там говорят и Папа... недомогает).

По поводу смертей в Иране тоже дело тёмное. По некоторым (естественно, неофициальным) данным, уже на вечер 28-го февраля было зафиксировано более 200 случаев смерти от COVID-19. Посмотрим, что будет дальше.

что интересно - в Китае только сама Хубей превосходит по числу заражённых и умерших Италию и Южную Корею - последняя опередила Китай в целом принимая во внимание население. по остлаьной европе число заболевших растёт не столь быстро, но тоже возможно, что они выявляют их слабо. то есть пока складывается так, что Китай "запер" большую часть вируса в Хубей (новых случаев уже и там снизилось - потому что разобрали тех, кто с подозрением), а евро страны - дали ему гулять где попало...
p. s. сижу вот пишу заявку на грант для иностранцев, говорят - самое время подавать

Да, китайцы молодцы, действовали жёстко, но по другому в данной ситуации, по-видимому, было и нельзя. Кстати, в середине февраля был в Тайланде на Пхукете, так там в одном из самых часто посещаемых туристами мест повесили огромный плакат - "Хубэй, Китай, будтье сильными, вы никогда не останетесь одни!".  Был искренне тронут.
По поводу иностранцев - думаю, если допустить возможность удалённой работы, количество заявок ощутимо возрастёт.
 

[Nucleosome]

По поводу смертей в Иране тоже дело тёмное. По некоторым (естественно, неофициальным) данным, уже на вечер 28-го февраля было зафиксировано более 200 случаев смерти от COVID-19. Посмотрим, что будет дальше.

да, вот с Ираном как раз дело тёмное - ещё и его политики отрицали приход вируса поначалу, и кол-во быстро вылечившихся тоже очень быстро выросло - то есть всё указывает не неполноту данные. к слову такие же, но послабее непонятки и с Италией - много почти сразу выздоровевших, и высокий процент умерших. только что общался с тем "сбежавшим" итальянцем, пишет, что мне иногда стыдно, что я итальянец, другая знакомая, в той же группе, англичанка, пишет, что возвращалась сегоня в Китай с пересадкой в Риме, так в самолёте только она использовала маску, а люди (итальянцы) вокруг чихали и кашляли! итальянец на это замечает - да ничего не предпринемают, только паникуют

Да, китайцы молодцы, действовали жёстко, но по другому в данной ситуации, по-видимому, было и нельзя.

да, из Хубей люди ездили долго и разносили, понятно, но нигде за её пределами такого "вирусного беспредела" как в Италии не получилось. в Корее правда ещё хуже (по числу заболевших) но там хотя бы цифры складываются. тут правда вот только что увидел "странные" меры - в ближайшем супермаркете, где до этого мерять температуру на входе решили надев не только маски, но щитки и плащи, решили народ пускать по очередно - у них там вообще странности были и раньше, почему не знаю... пришлось отложить покупку хлеба, а то ждать было не охота (и хотелось обедать), сейчас-то что? когда новых случаев почти нет... не знаю

Кстати, в середине февраля был в Тайланде на Пхукете, так там в одном из самых часто посещаемых туристами мест повесили огромный плакат - "Хубэй, Китай, будтье сильными, вы никогда не останетесь одни!".  Был искренне тронут.

да, это конечно молодцы, особенно на фоне антикитайской волны (по понятным причинам знаю о ней только по и-нет сводкам)

По поводу иностранцев - думаю, если допустить возможность удалённой работы, количество заявок ощутимо возрастёт.

ну для чего-то подойдёт, но когда речь о лабораторной работе то уже нет но возрасти может на фоне вестей из окружающего мира... (м-да, как-то само собой вышел намёк на серединность... )

[Combinator]

к слову такие же, но послабее непонятки и с Италией - много почти сразу выздоровевших, и высокий процент умерших. только что общался с тем "сбежавшим" итальянцем, пишет, что мне иногда стыдно, что я итальянец, другая знакомая, в той же группе, англичанка, пишет, что возвращалась сегоня в Китай с пересадкой в Риме, так в самолёте только она использовала маску, а люди (итальянцы) вокруг чихали и кашляли! итальянец на это замечает - да ничего не предпринемают, только паникуют

Италия сейчас однозначно главный очаг распостранения сабжа по Европе. Большинство заразившихся в других странах недавно вернулись именно оттуда (включая вчерашний случай в Москве). 

да, из Хубей люди ездили долго и разносили, понятно, но нигде за её пределами такого "вирусного беспредела" как в Италии не получилось. в Корее правда ещё хуже (по числу заболевших) но там хотя бы цифры складываются. тут правда вот только что увидел "странные" меры - в ближайшем супермаркете, где до этого мерять температуру на входе решили надев не только маски, но щитки и плащи, решили народ пускать по очередно - у них там вообще странности были и раньше, почему не знаю... пришлось отложить покупку хлеба, а то ждать было не охота (и хотелось обедать), сейчас-то что? когда новых случаев почти нет... не знаю

На Пхукете ещё в середине февраля в большой торговый центр с океанариумом пускали только по одному (каждый должен был встать на обозначенный "красный квадрат" примеро на пару секунд, за это время у него дистанционно измерялась температура).  Правда, надо сказать, что очереди не было, вся наша группа прошла буквально за пару минут.
 

[crazy_terraformer]

Интересно, какой процент бессимптомных носителей, а так же больных с нормальной температурой, т.е.%  заражённых спокойно просачивающихся через барьер термосканирования?

[Nucleosome]

Большинство заразившихся в других странах недавно вернулись именно оттуда (включая вчерашний случай в Москве). 

сегодня уже такие случаи - аж шесть было уже в Китае - думаю - откда столько новых случаев за пределами Хубей - аж 14! а было уже менее 10, оказалось - из Италии народ вернулся - 6 таких... м-да...

На Пхукете ещё в середине февраля в большой торговый центр с океанариумом пускали только по одному (каждый должен был встать на обозначенный "красный квадрат" примеро на пару секунд, за это время у него дистанционно измерялась температура).

ну по одному это уже давно такая история (правда измеряют тут охранники, они и так как стояли так и стоят), а тут они нормировали кол-во посетилией внутри. но сегодня такого вроде не было там же. что у них за колебания... зато стали тщательнее смотреть чтобы кто не щашёл в жилой комплекс - только жители - ну это потому что народа всё больше возвращается с затянувшегося без меры Нового Года

Интересно, какой процент бессимптомных носителей, а так же больных с нормальной температурой, т.е.%  заражённых спокойно просачивающихся через барьер термосканирования?

в том-то и дело что большой - говорят только у менее, чем половины подтверждёных случаев обнаружилась температура, так что мера так себе, но популярна особенно. ещё на входе на работу помимо температуры надо отметить есть ли какие симптомы я (не)честно отмечал неизменно, что нет ничего (на деле был и кашель и слегка першило горло - ну так зима ж) и раньше так видел и у других, пока не стал натыкаться в последние дни на пометки - правда пишут иероглифы от руки так, что даже если бы я их и знал бы, то не понял бы... я просто думал - что чуть что отметишь - так сразу поведут на анализ, но видимо это для другого - если вдруг выяснится что кто-то заболел, то посмотрят - а, вот и симптомы отметил...