Актуальные вопросы глобальной эпидемиологии и молбиологии

[Maki]

так и дайте на него ссылку, а не на архив, где её уже и нет

Спросите у Combinator. У меня ссылки нет.

(да вообще как это "вирус хранится" он что у нас - тихоходка, спора какая-нибудь?)

Вопрос на миллион....

причём здесь другие версии?

Потому что на данный момент, ничего кроме версий у нас нет. А их - как мы с вами, наконец то выяснили - может быть только две:
1) Получить напрямую из зооноза штамм-предшественник, или уже готовый вирулентный штамм.
2) Подцепить опосредованно, через вирусологическую лабораторию, где заражённые животные содержались.
Если вас не устраивает одна версия - доказывайте другую.

выглядеть это должно как вот вирус ничем в пределах наблюдаемой вариабельности не отличающийся от того, что гуляет по миру, находился в лаборатории. вот такое выделил кто-то?

А из дикой популяции вот такое выделил кто-то?

сотрудников лаборатории тестировали на антитела? (болезнь могла пройти без внятных симптомов) есть такие данные?

Ну что за наивные вопросы? Разумеется, ответ ДА.
Их давно уже протестировали, поголовно всех, включая ближайших родственников и знакомых. Даже не сомневайтесь.
Узнаем мы о результатах, или нет - я не знаю. Вы-то как думаете?

[Combinator]

Спросите у Combinator. У меня ссылки нет.

О какой статье вообще речь?

[Maki]

Как интерпретировать эти цифры? Это много или мало для патогенных вирусов?

Если впрямую "на пальцах" прикинуть, то получается, что RaTG13 и COVID-1 разошлись где-то примерно 7 лет назад. Такую же цифру даёт и дата взятия образца в лаборатории в Ухане (24.07.2013). Таким образом, "хайли лайкли", что оба сабжа разошлись примерно 7 лет назад. По существу, это всё, что можно более или менее твёрдо утверждать на основе анализа геномов...

Спасибо! Весьма интересно. А это минимум или максимум?
В ограниченной и стабильной мышиной популяции, вирус мог эволюционировать весьма долгое время.
Но если RaTG13 попал в антропоноз, и персистировал под маской "ОРВИ" -  в новых условиях, под давлением отбора, скорость эволюции ведь могла заметно возрасти?

[Maki]

О какой статье вообще речь?

Об этой.

Обещанная ссылка: https://web.archive.org/web/20200214144447/https://www.researchgate.net/publication/339070128_The_possible_origins_of_2019-nCoV_coronavirus

[Combinator]

Спасибо! Весьма интересно. А это минимум или максимум?

Это матожидание.

В ограниченной и стабильной мышиной популяции, вирус мог эволюционировать весьма долгое время.
Но если RaTG13 попал в антропоноз, и персистировал под маской "ОРВИ" -  в новых условиях, под давлением отбора, скорость эволюции ведь могла заметно возрасти?

Не знаю, это к вирусологам.

[Combinator]

Об этой.

Я правильно понимаю, что вопрос снимается?

[Maki]

Об этой.

Я правильно понимаю, что вопрос снимается?

Я так понял, что Nucleosome хотел почитать всю статью в pdf, но статья почему-то не скачивается. У вас она не сохранилась?

[Combinator]

Я так понял, что Nucleosome хотел почитать всю статью в pdf, но статья почему-то не скачивается. У вас она не сохранилась?

https://img-prod.tgcom24.mediaset.it/images/2020/02/16/114720192-5eb8307f-017c-4075-a697-348628da0204.pdf

[Nucleosome]

А из дикой популяции вот такое выделил кто-то?

ну вообще-то говоря ни из дикой природы, ни из лаборатории никто ничего именно вот такого не получил никто пока. есть только нечто весьма похожее, но не из той же ветви или хотя бы как её самое ранее ветвеление относительно других. поэтому и источник остаётся пока не изведанным

Узнаем мы о результатах, или нет - я не знаю. Вы-то как думаете?

я думаю, что если бы там были бы хотя бы какие-то зацепки, то всё уже давно было известно, а так раз ничего нет, значит и не было - то есть не гулял по ним вирус. прочее - конспиралогия

в новых условиях, под давлением отбора, скорость эволюции ведь могла заметно возрасти?

фиксации определённых мутаций, общее количество накапливаемых - нет.

https://img-prod.tgcom24.mediaset.it/images/2020/02/16/114720192-5eb8307f-017c-4075-a697-348628da0204.pdf

спасибо, теперь открылась, прочитал, благо там не много. и собственно - ничего конкретного, похожа на газетную, ничего о последовательностях и о том, что именно за вирусы они выделяли из мышей все эти годы... то есть - ничего кроме того, что рядом с рынком откула пошла зараза...

[Combinator]

спасибо, теперь открылась, прочитал, благо там не много. и собственно - ничего конкретного, похожа на газетную, ничего о последовательностях и о том, что именно за вирусы они выделяли из мышей все эти годы... то есть - ничего кроме того, что рядом с рынком откула пошла зараза...

Вот этот параграф
=================
The bats carrying  CoV  ZC45  were originally  found  in Yunnan or Zhejiang province,
both of  which were more than 900 kilometers away  from  the seafood market. Bats were
normally found to live in caves and trees. But the seafood market is in a densely-populated
district of Wuhan, a metropolitan of ~15 million people. The probability was very low for the
bats to fly to the market. According to municipal reports and the testimonies of 31 residents
and 28 visitors, the bat was never a food source in the city, and no bat was traded in the
market. There was possible natural recombination or intermediate host of the coronavirus,
yet little proof has been reported.   
==================
на мой взгляд, тоже сообщает достаточно интересную информацию.

[Maki]

я думаю, что если бы там были бы хотя бы какие-то зацепки, то всё уже давно было известно, а так раз ничего нет, значит и не было - то есть не гулял по ним вирус. прочее - конспиралогия

Привычки правительств замалчивать некрасивые факты - не то что "конспирология", а печальная реальность. И в прозрачности КНР я не слишком уверен. Но, в любом случае, кроме самих китайцев, разгадку этого вирусологического детектива нам никто не преподнесёт.

ну вообще-то говоря ни из дикой природы, ни из лаборатории никто ничего именно вот такого не получил никто пока. есть только нечто весьма похожее, но не из той же ветви или хотя бы как её самое ранее ветвеление относительно других. поэтому и источник остаётся пока не изведанным

В том то и дело. Если бы вся эта каша заварилась по соседству с дикой популяцией летучих мышей - у меня бы никаких вопросов не возникло. Но, получается, вирус где-то прятался порядка 7 лет, и вынырнул, почему-то в Ухани... Именно с эпидемиологической точки зрения, мне тут видится нестыковка.

фиксации определённых мутаций, общее количество накапливаемых - нет.

Спасибо.
А с объёмом этого загадочного зооноза/антропоноза, тот есть с величиной популяции мутирующего вируса, связь может быть?

[Nucleosome]

на мой взгляд, тоже сообщает достаточно интересную информацию.

ну и что он такого сообщает, что указывает на лабораторию?нет, простите это конспиралогия и есть: в версии про побег из лабы не хватает самой малости - свидетельств присутвия искомогуо вируса в самой лабе. и вы его латаете:

И в прозрачности КНР я не слишком уверен.

то есть логика - если фактов нет, значит от нас их скрывают. этак вообще вся эта тема теряет свой смысл - просто потому что обсуждение тут исходит от имеющихся вобщем распоряжении данных, а не от чего-то другого

Именно с эпидемиологической точки зрения, мне тут видится нестыковка.

или к летучим мышам именно его вариант наделавший шороха не имеет отношения. и всё.

Если бы вся эта каша заварилась по соседству с дикой популяцией летучих мышей - у меня бы никаких вопросов не возникло.

ну... утверждение в той статье, что из-за высокой плотности населения летучие мыши там вряд ли могли быть выглядит странно - в моём жилом комплексе к примеру, примерно 300 метров в длинну и где-то 200 в ширину живёт около 11 тыс человек, и летучие мыши (а также сороки и ещё какие-то звери с пушистым хвостом и не кошки) тут есть, как уже писал. летучие мышии вообще есть почти везде, где живут люди. на рынке явно то ли обилие зверья, то ли общие условия поспособствовали, а то что там лаба рядом, ну... в тех местах примерно природные популяции тех летучих мышей, какими они занимались - тоже логично.

А с объёмом этого загадочного зооноза/антропоноза, тот есть с величиной популяции мутирующего вируса, связь может быть?

тоже нет - дрейф мутаций (а речь именно о нём когда речь о времени расхождения) обратно пропорционален размеру популяции, а вероятность мутации, понятно - прямо пропорциональна, поэтому эти величины компенсируют друг друга. это тоже очень хорошее явление позволяющие хоть как-то калибровать деревья (а то иди знай какой там эффективный размер популяции всё время с поры расхождения)

[Combinator]

ну и что он такого сообщает, что указывает на лабораторию?нет, простите это конспиралогия и есть: в версии про побег из лабы не хватает самой малости - свидетельств присутвия искомогуо вируса в самой лабе.

Ну если тот факт, что общего предка всех штаммов COVID-19 извлекли из фекалий летучей мыши в этой самой лаборатрии, не является свидельством его присутствия там, то тогда обсуждать, конечно, нечего.
 

[Maki]

то есть логика - если фактов нет, значит от нас их скрывают

Но ведь никакой официальной информации о том, велись ли исследования коронавирусов в Ухани, содержались ли в вивариях заражённые животные, и каков вирусный или иммунный статус персонала - действительно нет. И даже вы, там, на месте, никакой информации не имеете.
Хотя, повторюсь, те кто этой проблемой официально занимается - в первую очередь должны были прошерстить все ближайшие лаборатории. Надеюсь, не надо объяснять почему?
При чём тут "конспирология"? Тут не то чтобы "ВЛАСТИ СКРЫВАЮТ!!!". Просто скромно помалкивают. Или не хотят вбрасывать сырые данные. Или пока разбираются, кому именно следует проделать "дырку в башке"...

или к летучим мышам именно его вариант наделавший шороха не имеет отношения

Насколько я понимаю, коронавирусы в КНР весьма активно изучаются. Да и биология должна быть на высоте. И то, что пока ничего более близкого в природе не найдено - вынуждает считать мышей наиболее вероятным источником. В отсутвие фактов, увы, остаются только вероятности.

в моём жилом комплексе к примеру, примерно 300 метров в длинну и где-то 200 в ширину живёт около 11 тыс человек, и летучие мыши (а также сороки и ещё какие-то звери с пушистым хвостом и не кошки) тут есть, как уже писал. летучие мышии вообще есть почти везде, где живут люди. на рынке явно то ли обилие зверья, то ли общие условия поспособствовали, а то что там лаба рядом, ну... в тех местах примерно природные популяции тех летучих мышей, какими они занимались - тоже логично.

Мышей в Ухани, конечно же, навалом. Но нет фактов того, что в их популяциях есть зооноз хоть как-то напоминающий COVID-1.
К  тому же, в ноябре-декабре в Ухани, вроде бы температуры уже около +5-10 градусов. При таких температурах мышки уже не активны, и должны висеть вниз башкой на чердаках и видеть сны.

[Combinator]

ну... утверждение в той статье, что из-за высокой плотности населения летучие мыши там вряд ли могли быть выглядит странно - в моём жилом комплексе к примеру, примерно 300 метров в длинну и где-то 200 в ширину живёт около 11 тыс человек, и летучие мыши (а также сороки и ещё какие-то звери с пушистым хвостом и не кошки) тут есть, как уже писал. летучие мышии вообще есть почти везде, где живут люди. на рынке явно то ли обилие зверья, то ли общие условия поспособствовали, а то что там лаба рядом, ну... в тех местах примерно природные популяции тех летучих мышей, какими они занимались - тоже логично.

В статье говорится, что SARS паразитирует именно на виде Rhinolophus affinis. И от мест их обитания до Уханя расстояние более 700 км...

[Nucleosome]

Но ведь никакой официальной информации о том, велись ли исследования коронавирусов в Ухани, содержались ли в вивариях заражённые животные, и каков вирусный или иммунный статус персонала - действительно нет. И даже вы, там, на месте, никакой информации не имеете.

думаю это не большой секрет чем там занималась лаборатория, прочесав их публикации будет вполне ясно. ну и я не "на месте" Китай он немного большой, ну и к вирусам я отношения не имею.

Ну если тот факт, что общего предка всех штаммов COVID-19 извлекли из фекалий летучей мыши в этой самой лаборатрии, не является свидельством его присутствия там, то тогда обсуждать, конечно, нечего.

читайте внимательно:

Surgery was performed on the caged animals and the tissue samples were collected for
DNA and RNA extraction and sequencing 4, 5. The tissue samples and contaminated trashes
were source of pathogens.

а теперь смотрим что это за сслыки 4 и 5:
4. Guo WP, Lin XD, Wang W, et al. Phylogeny and origins of hantaviruses harbored by bats,
insectivores, and rodents. PLoS pathogens 2013; 9(2): e1003159.
5. Lu M, Tian JH, Yu B, Guo WP, Holmes EC, Zhang YZ. Extensive diversity of rickettsiales
bacteria in ticks from Wuhan, China. Ticks and tick-borne diseases 2017; 8(4): 574-80.
первая вот:
https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1003159
вторая:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28411028
о вирусах речь только в первой (во второй они и не упоминаются), но...

Bats (order Chiroptera) have been shown to be sources of a broad variety of emerging pathogens, including coronaviruses, filoviruses, henipaviruses, and lyssaviruses

других, а о каких и речь, даже не общий предок этого и мышинного, а вообще коронавирусы упомянуты единожды и вскользь... SARS там не упомянут вовсе. видимо поэтому авторы не пошли с "обзором", какой мы обсждаем дальше не-рецензируемых хранилищ?..

К  тому же, в ноябре-декабре в Ухани, вроде бы температуры уже около +5-10 градусов. При таких температурах мышки уже не активны, и должны висеть вниз башкой на чердаках и видеть сны.

в ноябре ещё может быть тепло. а вот какой декабрь там на хубейщине - не знаю. говорят была в феврале метель, но так. всё же это сильно южнее Пекина, где мело этой зимой 6 раз! (а прошлой ни разу). ну мышки могли заразить какое зверьё, к тому же 31 декабря только выявили, что чтото не то тут попалось, а гулять он мог и до этого - иди ищи кто там чихает-кашляет по зиме

Или пока разбираются, кому именно следует проделать "дырку в башке"...

вроде сняли только кого-то из администрации Хубей, а из лаборатории никого не коснулись, так что вряд ли. конечно всей полнотой информации нельзя располагать почти никогда, но и строит на этом какие-то домыслы исходя из расстояния в метрах - тоже не дело

[Combinator]

читайте внимательно

Я взял эту информацию не из статьи, а непосредственно с официального сайта NCBI:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/MN996532.1?report=genbank&log$=nuclalign&blast_rank=45&RID=5HD5JWSK014
========================
Bat coronavirus isolate RaTG13, complete genome

ORGANISM  Bat coronavirus RaTG13
Viruses; Riboviria; Nidovirales; Cornidovirineae; Coronaviridae; unclassified Coronaviridae.

AUTHORS   Zhu,Y., Yu,P., Li,B., Hu,B., Si,H.R., Yang,X.L., Zhou,P. and Shi,Z.L.

TITLE     Direct Submission

JOURNAL   Submitted (27-JAN-2020) CAS Key Laboratory of Special Pathogens, Wuhan Institute of Virology, Center for Biosafety Mega-Science, Chinese Academy of Sciences, No. 44 Xiao Hong Shan, Wuhan, Hubei,  430071, China

organism="Bat coronavirus RaTG13"
mol_type="genomic RNA"
isolate="RaTG13"
isolation_source="fecal swab"
host="Rhinolophus affinis"
db_xref="taxon:2709072"
country="China"
collection_date="24-Jul-2013"

[Nucleosome]

Я взял эту информацию не из статьи, а непосредственно с официального сайта NCBI:

ORGANISM  Bat coronavirus RaTG13

а у нас о чём речь? или он за почти семь в лаборатории проэволюционировал в тайне от всех и перелетел на человека через её работников?.. не понятно... или какой тут предложенный сценарий?

[Combinator]

а у нас о чём речь? или он за почти семь в лаборатории проэволюционировал в тайне от всех и перелетел на человека через её работников?.. не понятно... или какой тут предложенный сценарий?

Гипотеза состоит в том, что вирус действительно эволюционировал внутри мышей в уханьской лаборатории с 2013-го года, а в конце прошлого года что-то пошло не так. Тут можно только фантазировать - мышь каким-то образом сумела улизнуть на волю, один из сотрудников лаборатории случайно заразился, и переболел пневмонией почти без симпотомов, при этом успев заразить несколько человек вовне лаборатории, экскрименты мыши каким-то образом попали в канализацию и т.д. и т.п. Если бы кто-нибудь отсеквенировал пробы из мышиного помёта, взятые за последние несколько месяцев, это могло бы опровергнуть или подтвердить данную гипотезу.
   

[Nucleosome]

Гипотеза состоит в том, что вирус действительно эволюционировал внутри мышей в уханьской лаборатории с 2013-го года

а почему он эволюционировал именно там? как это ему удалось и ничего все эти годы не знали? мышили живут всюду и вирусов у них много - и никто за ними пристально не наблюдает - не панды какие-нибудь, и не слишком остерегается - не что-то ядовитое и т. д. в лаборатории же, если мыши инфицированны, то они принимают меры - о чём речь в вашей же ссылке. т. е. возможностей явно куда больше и проэволционировать некой ветви и перепрыгнуть на человека явно больше - пусть и плотность вируса меньше, но и мышей куда больше и они широко летают... и главное:

Если бы кто-нибудь отсеквенировал пробы из мышиного помёта, взятые за последние несколько месяцев, это могло бы опровергнуть или подтвердить данную гипотезу.

так почему же никто не берёт уже второй месяц? к тому же я не уверен, что летучих мышей можно так просто держать в лаборатории столько лет, поддерживая стабильную популяцию - всё же не не мыши. но можно спросить у занимающихся летучими мышами, правда их больше тысячи видов...