Актуальные вопросы глобальной эпидемиологии и молбиологии

[Combinator]

где это в большинстве? просто я часто имею дело с COI, и признаться не видел работ по деревьям где бы использовалась аминокислотная последовательность, вообще если мы говорим о калибровке и родстве, а не о функциональных изменениях, то аминокислотные последовательности тут очень плохие советчики - и из-за неодноначности "веса" замен и из-за синонимных мутаций

Вот, например, свежая работа по эволюции цианобактерий: https://mbio.asm.org/content/10/3/e00561-19
Если надо, могу найти и ещё штук пять работ, связанных с оценкой времени эволюционных событий по молекулярным часам, основанных на анализе аминокислотных последовательностей. А вот статей, где бы для аналогичной задачи использовались бы нуклеотидные последовательность генов, кодирующих протеины, я, признаться, не встречал. Буду благодарен за соотетствующую ссылку.

[crazy_terraformer]

с летучими мышами в Китае я тоже почти общался - почти под моим окном, где она сидела...

Вот мышка пролетела и ага.
Вот мышка пролетела и ага.
Летуча мышка пролетела и коллега мой упал.

А как в Китае с ношением огнестрельного оружия иностранными гражданами?

[Maki]

теперь вы же спорите со мной пересказом миоих же слов? или что вы подразумеваете?

У нас с вами просто смешалось обсуждение двух разных вопросов: вопрос о связи биоразнообразия в природе и разнообразия штаммов в зоонозах, и вопрос о путях проникновения инфекци из зооноза.
Собрать в кучу гипоиммунную линейную скотину, или инфицированных диких загнать в один виварий - это повышенный риск создать искусственный зооноз, с возможностью подхватить мутантный вирус.
Иметь в ближайших джунглях множество естественных зоонозов, и разделывать и жрать всё, что там шевелится - тоже определённый риск.
Как мне показалось, тут наши с вами мнения совпадают.

страшно представить в такой логике что означает парламент Каталонии пристороенный к зоопарку Барселоны.

Это т.н. "подмена тезиса". Зоопарк=/=баклаборатория. К логике такой приём не имеет отношения.

а в чём заключается это "разворошили"?

Разделали на рынке больного панголина. Или содержали в виварии инфицированных мышей без соблюдения мер предосторожности.
Хотя, конечно, версию что кто-то заболел в природном очаге, а затем привёз подарочек в Ухань исключать тоже нельзя.

ламарковской нет, а вообще есть, потому что те, кто преодолеют расширят свой ареал и с одной стороны избегут конкуренции на предыдущем, с другой - обретут новую питательную среду. иными словами - дарвиновский отбор будет всегда в пользу таких, что довольно очевидно и следует из самых основ СТЭ

Теоретически да. Практически же, далеко не у всех получится преодолеть те препятствия, на которые указывает Марков.
Тем более, человеческая тушка - это не скатерть-самобранка. 

послушайте, как бы нельзя доказывать утверждение самим фактом его выдвижения, я понимаю так работает пропаганда - повторим сто раз одно и то же, но если мы хотим что-то откопать, то следует привести доволды имеющие выход на реальность - где, как, когда - уже говорил не раз, но вам похоже вирус вылетевший из лаборатории запал так крепко, что никакие доводы тут уже не помогут

А что, вам каких-то "доводов" не хватает? 
Первичный очаг на рынке.
Соседство лаборатории и рынка.
Удалённость рынка от природного очага.
Патогенные штаммы вируса изучаются в лаборатории.
Вирус передаётся через контакт с заражённым животным, его кровью или фекалиями.
Если это факты - даже вы, как биолог, должны заподозрить лабораторию. А мне эта ситуация кажется подозрительной тем более.
Впрочем, если вы на 100% уверены в том, что в этой лаборатории соблюдались все меры предосторожности по обращению с животными и их фекалиями  - тогда версию, действительно, следует снять.
Но тогда какая на данный момент рабочая версия? 
Что сами китайцы-то в кулуарах говорят?

[Проходящий Кот]

Тоесть виноваты ученые.....
Просто самим фактом своего существования.

[Nucleosome]

А вот статей, где бы для аналогичной задачи использовались бы нуклеотидные последовательность генов, кодирующих протеины, я, признаться, не встречал. Буду благодарен за соотетствующую ссылку.

да вот хотя бы:
https://www.pnas.org/content/100/10/5867
работа старая, но актуальная, и вообще что-то вроде time calibration COI sequence даёт массу результатов

Разделали на рынке больного панголина. Или содержали в виварии инфицированных мышей без соблюдения мер предосторожности.

панголин да, а инфицированые мыши почему? если они инфецированны в лаборатории?

Если это факты - даже вы, как биолог, должны заподозрить лабораторию.

вот именно как биолог я и вижу, что совпадания-то есть, но в силу других причин - в лаборатории изучали мышей потому что они живут не именно там, но относительно недалеко, соседство рынка с лабораторией вообще уже вопросы к планировке города

Что сами китайцы-то в кулуарах говорят?

а ничего толком не говорят - нет же никого, большая часть на праздники решила разъехаться, да и как-то не очень волнует откуда именно вирус пришёл. рынок да - все первые случаи связаны с ним, а лаборатория уже рядом стоит. перенос через фекалии вороны вообще сюр... как вирус пройдёт её желудок и кишечник если он и не воздухе-то живет обычно несколько часов (дни это когда уже есть какие-то особенные укрытия) а там среда ядрённее. кстати насчёт мышей это только насчёт родства уже слышал версию, что не мыши это. в общем следы пока теряются, резервуар определить не получается - если и говорят, то примерно так...

А как в Китае с ношением огнестрельного оружия иностранными гражданами?

никак, как и для местных. попробуйте столовый нож который режит что-то твёрже огурца купите

[Maki]

панголин да, а инфицированые мыши почему? если они инфецированны в лаборатории?

Инфицированы, живут, возможно размножаются, производят помёт, умирают или попадают на убой. И это не разовый, как с гипотетическим панголином, а длительный процесс.

вот именно как биолог я и вижу, что совпадания-то есть, но в силу других причин - в лаборатории изучали мышей потому что они живут не именно там, но относительно недалеко, соседство рынка с лабораторией вообще уже вопросы к планировке города

Не просто соседство. Опасное.
Может вы пропустили - но в этой теме уже упомянули вспышку лабораторной сибирской язвы в Свердловске. Когда никто из сотрудников не заболел, а вот среди населения пошли случаи заболевания. Аналогия не напрашивается?

а ничего толком не говорят - нет же никого, большая часть на праздники решила разъехаться, да и как-то не очень волнует откуда именно вирус пришёл. рынок да - все первые случаи связаны с ним, а лаборатория уже рядом стоит. перенос через фекалии вороны вообще сюр... как вирус пройдёт её желудок и кишечник если он и не воздухе-то живет обычно несколько часов (дни это когда уже есть какие-то особенные укрытия) а там среда ядрённее. кстати насчёт мышей это только насчёт родства уже слышал версию, что не мыши это. в общем следы пока теряются, резервуар определить не получается - если и говорят, то примерно так...

Что вы так зациклились на несчастной "вороне"? Я ведь сбросил вам ссылки на начало обсуждения. Это не моё предположение.
Для меня наиболее убедительной кажется или версия заражения сотрудника лаборатории, который посещал рынок, или разгильдяйство при обращении с опасными отходами... Там же есть цифры по выживаемости вируса вне организма. На холоде, в фекалиях, плевках, мокроте, использованных масках, он сохраняется до недели.

P.S.
По ссылке, которую привёл ув. Combinator, в качестве резервуара называются именно мыши. Неужели уже появились опровергающие данные?

[Combinator]

да вот хотя бы:
https://www.pnas.org/content/100/10/5867
работа старая, но актуальная, и вообще что-то вроде time calibration COI sequence даёт массу результатов

Думаю, конкретно для гена первой субъединицы цитохром с оксидазы просто есть уже историческая традиция сравнивать по нуклеотидам, так как для них за несколько десятилетий накопилась огромная база данных (есть с чем сравнивать). Но это, как мне кажется, скорее исключение, чем правило. В любом случае, вопрос не принципиальный, оба метода по обсуждаемой проблеме дают примерно одинаковые результаты.
 

[Nucleosome]

Инфицированы, живут, возможно размножаются, производят помёт, умирают или попадают на убой.

ну и причём тут природа если это всё в лаборатории и причём тут лаборатории если речь о природном очаге?

Аналогия не напрашивается?

вспышка быстр кончилась, так что нет, не напрашивается. так-то понятно, что если что-то где-то есть, то оно может сбежать, но для этого нужно иметь факты. а именно - хотя бы что-то совсем уж близкое, то есть у чего время расхождения максимум месяцы как объект работ в лаборатори с тем, что разлетелось сейчас по миру. пока что родство там дальше

На холоде, в фекалиях, плевках, мокроте, использованных масках, он сохраняется до недели.

где ссылка по таким предметам, что-то не нахожу, обновите если давали.

Неужели уже появились опровергающие данные?

опревергающих нет, но и чтобы вот точно подтверждали - тоже

Для меня наиболее убедительной кажется или версия заражения сотрудника лаборатории, который посещал рынок, или разгильдяйство при обращении с опасными отходами...

я понимаю что крайне охота повесить на лабораторию, но нужно иметь факты, а не домыслы, что могло быть. могло быть что угодно.

Но это, как мне кажется, скорее исключение, чем правило.

вряд ли - есть такие гены как wingless где та же история. но так-то да, вещи конечно будут коррелировать, особенно когда дерево так просто как тут... надо бы посмотреть поглубже вообще

[Maki]

я понимаю что крайне охота

У вас неправильное понимание.

...повесить на лабораторию, но нужно иметь факты, а не домыслы, что могло быть. могло быть что угодно.

Факты, указывающие на то, что лабораторную версию следует рассматривать как одну из вероятных - я вам уже привёл.
Если у вас есть другие факты, указывающие что вирус попал на рынок прямиком их природного очага - выкладывайте!

ну и причём тут природа если это всё в лаборатории и причём тут лаборатории если речь о природном очаге?

Вы это всё серьёзно?
Штамм мог попасть в лабораторию прямиком из лесу, с заражёнными животными. Он мог храниться в лаборатории, и испытываться на мышах разных видов. Мышей могли заражать штаммом и от другого животного - того же панголина, например. И не исключено, что штамм мутировал уже в лаборатории.
И путей распространения инфекции из лаборатории тоже могло быть несколько.

где ссылка по таким предметам, что-то не нахожу, обновите если давали.

Вот, читайте, начиная с этого сообщения. Статья, кстати, опубликована в журнале "Ланцет".
https://astronomy.ru/forum/index.php/topic,179910.msg4970002.html#msg4970002

[Проходящий Кот]

Хайли-лайкли и сюда проникло?

[Combinator]

Хайли-лайкли и сюда проникло?

В науке его называют "правилом трёх сигма". Если его категорически не принимать, то любые научные факты это, вообще говоря, просто "хайли лайкли".

[Combinator]

Информация к размышлению. Построил дерево нуклеотидов по полному геному вируса. Уже упомянутый штамм RaTG13 по полному геному отличается от COVID-19 на 4%. Кстати, образец был получен ещё в 2013-м году. Далее ближе всего (отличие - 11%) пара штаммов SARS, паразитирующая на летучих мышах в военной лаборатории в Нанкине (образцы взяты в 2015-м и 2017-м годах). И ещё больше различие со штамом, паразитирующем на панголинах (отличие - 18%, образцы взяты в 2012-м году).
 

[mbrane]

Информация к размышлению. Построил дерево нуклеотидов по полному геному вируса. Уже упомянутый штамм RaTG13 по полному геному отличается от COVID-19 на 4%. Кстати, образец был получен ещё в 2013-м году. Далее ближе всего (отличие - 11%) пара штаммов SARS, паразитирующая на летучих мышах в военной лаборатории в Нанкине (образцы взяты в 2015-м и 2017-м годах). И ещё больше различие со штамом, паразитирующем на панголинах (отличие - 18%, образцы взяты в 2012-м году).

А если убрать синонимичные замены?насколько будет отличие

[Nucleosome]

Он мог храниться в лаборатории, и испытываться на мышах разных видов.

если он там был должны быть факты - в лаборатория очень редко и тем более такого рода хранится без этикеток (да вообще как это "вирус хранится" он что у нас - тихоходка, спора какая-нибудь?) - то есть, выглядеть это должно как вот вирус ничем в пределах наблюдаемой вариабельности не отличающийся от того, что гуляет по миру, находился в лаборатории. вот такое выделил кто-то? где опубликовал? сотрудников лаборатории тестировали на антитела? (болезнь могла пройти без внятных симптомов) есть такие данные? или будите ссылаться за засекреченность? вот если вы вцепились в версию о сбежавшем виурсе начинать надо именно с этого, а не планировки города.

Если у вас есть другие факты, указывающие что вирус попал на рынок прямиком их природного очага - выкладывайте!

причём здесь другие версии? речь о вашей, я вам сказал что её может подтвердить. вот и представте если хотите чтобы получился разговор, а не пропаганда в духе особо развитых стран. а иначе да:

Хайли-лайкли и сюда проникло?

без этого некоторым и жизнь не в жизнь...

Статья, кстати, опубликована в журнале "Ланцет".

так и дайте на него ссылку, а не на архив, где её уже и нет

А если убрать синонимичные замены?насколько будет отличие

а это не важно - речь же идёт о накопленных мутациях вообще как маркере дивергенции

[mbrane]

а это не важно - речь же идёт о накопленных мутациях вообще как маркере дивергенции

Синонимичные замены (например в третьей позиции кодона) в быстро мутирующих  организмах не приводят к появлению новых штаммов. Это бег на месте.. его можно свободно выкидывать

[Maki]

Построил дерево нуклеотидов по полному геному вируса. Уже упомянутый штамм RaTG13 по полному геному отличается от COVID-19 на 4%.

В этом обзоре такие же цифры - между RaTG13 и эпидемическими штаммами совпадает около 96% нуклеотидов.
Как интерпретировать эти цифры? Это много или мало для патогенных вирусов?

[Combinator]

А если убрать синонимичные замены?насколько будет отличие

Не знаю, было пожелание измерять всё в последовательностях нуклеотидов. Я же не могу 24 часа в сутки заниматься построение деревьев, что-то и по основоному профилю работы делать надо.

[Combinator]

Как интерпретировать эти цифры? Это много или мало для патогенных вирусов?

Если впрямую "на пальцах" прикинуть, то получается, что RaTG13 и COVID-1 разошлись где-то примерно 7 лет назад. Такую же цифру даёт и дата взятия образца в лаборатории в Ухане (24.07.2013). Таким образом, "хайли лайкли", что оба сабжа разошлись примерно 7 лет назад. По существу, это всё, что можно более или менее твёрдо утверждать на основе анализа геномов...

[mbrane]

А если убрать синонимичные замены?насколько будет отличие

Не знаю, было пожелание измерять всё в последовательностях нуклеотидов. Я же не могу 24 часа в сутки заниматься построение деревьев, что-то и по основоному профилю работы делать надо.

А построенному дереву отнимите синонимичные замены в кодирующих протеины участках?...вот и все...и сколько после этого отличия в геномах

[Combinator]

А построенному дереву отнимите синонимичные замены в кодирующих протеины участках?...вот и все...и сколько после этого отличия в геномах

Спасибо, кэп! А вы сами не хотите этим заняться? Базы - общедоступны.