Возможность альтернативной биохимии

[Combinator]

Combinator, спасибо за подержку, тскзть.  А то мне надоело играть в одиночку за панспермистов обоего рода, и ещё креационистов в придачу. 

Ну, я, в принципе, не сторонник дружить вместе против кого-нибудь, как говорится критикуя - предлогай. Кстати, я не вижу большой разницы между направленной панспермией и креаценизмом. И если рассматривать это множество гипотез как полное, то, на мой взгляд, по имеющимся на настоящий момент фактам вероятности  соотв. гипотез распределяются примерно так:
- внеземной абиогенез + ненаправленная панспермия - 95%;
- земной абиогенез - 5%;
- направленная панспермия (креаценизм) - ну пусть будет, скажем, 0.1%.

[Combinator]

ОЧЕНЬ большое значение этот элемент для производителей БАДов играет.
В организме он на одном из последних мест.

Это один из 6-ти элементов (наравне с углеродом, кислородом, азотом, водородом и серой), которые входят в состав используемых клеткой аминокислот.

[Ssid]

Селеноцистеин - нестандартная аминокислота.
В состав 20 аминокислот, кодируемых генетическим кодом она не входит.
Входит в состав активных центров некоторых ферментов, уступая по биологической значимости естественно макроэлементам и многим микроэлементам.
То,что селен в селеноцистеине входит в состав аминокислоты напрямую, а, например,  железо в гемоглобине соединяется с белком посредством комплексной связи - не ставит селен выше по необходимости и не означает его к сверхъестественной значимости для организма.

[Combinator]

Селеноцистеин - нестандартная аминокислота.
В состав 20 аминокислот, кодируемых генетическим кодом она не входит.

Да, она кодируется более архаичным способом - через специальные петли во вторичной структуре РНК, но это как раз, скорее всего, подтверждает её древность (близость к миру РНК). Таких аминокислот всего две.

Входит в состав активных центров некоторых ферментов, уступая по биологической значимости естественно макроэлементам и многим микроэлементам.
То,что селен в селеноцистеине входит в состав аминокислоты напрямую, а, например,  железо в гемоглобине соединяется с белком посредством комплексной связи - не ставит селен выше по необходимости и не означает его к сверхъестественной значимости для организма.

То, что селен входит в аминокислоту напрямую говорит, скорее всего, о том, что в той среде, в которой когда-то зарождалась жизнь, его было очень много, и клетки на него "подсели". Иначе совершенно непонятно, с чего бы это заводить под него специальную аминокислоту, тем более, что он по своим химическим свойствам почти неотличим от имеющейся на Земле в изобилии серы.
 

[L_Pt]

То, что селен входит в аминокислоту напрямую говорит, скорее всего, о том, что в той среде, в которой когда-то зарождалась жизнь, его было очень много, и клетки на него "подсели".

Очень сложно себе представить среду, пусть и в другой звездной системе, где селена слишком много, соизмеримо с той же серой.

[Ssid]

Да, она кодируется более архаичным способом - через специальные петли во вторичной структуре РНК, но это как раз, скорее всего, подтверждает её древность (близость к миру РНК)

что за петли и почему это более архаичный способ? источник?

То, что селен входит в аминокислоту напрямую говорит, скорее всего, о том, что в той среде, в которой когда-то зарождалась жизнь, его было очень много, и клетки на него "подсели".

По-вашему, чем больше элемента в окружающей среде, тем чаще он должен встречаться в организмах живых существ? 
Скорее это определяется его физико-химическими свойствами и востребованностью их конкретным организмом.
У вас в крови гемоглобин, у головоногих - гемоциан. Это же не означает, что они с другой планеты, где больше меди.

И самое главное -  ферменты, в состав которых входит селен - антиоксиданты. Да они достаточно важны для нас, в наше время.
Но жизнь-то зарождалась (хоть абиогенезом, хоть панспермией) в бескислородной атмосфере, когда подобные ферменты были не нужны.

[Ssid]

- внеземной абиогенез + ненаправленная панспермия - 95%;
- земной абиогенез - 5%;

Что за отсутствие патриотизма )) Почему шансы самозарождения жизни на Земле почти в 20 раз ниже, чем самозарождение в любом другом месте?
Заявлять подобное можно, если гарантированно знать при каких условиях возможно зарождение белковой жизнь подобной нашей, а потом доказать, что на Земле таких условий не было.

[Combinator]

Что за отсутствие патриотизма ))

Я вне политики.

Почему шансы самозарождения жизни на Земле почти в 20 раз ниже, чем самозарождение в любом другом месте?
Заявлять подобное можно, если гарантированно знать при каких условиях возможно зарождение белковой жизнь подобной нашей, а потом доказать, что на Земле таких условий не было.

Более подробно свои оценки я обосновал вот в этой статье:
http://evolbiol.ru/large_files/anisimov_panspermia.doc

[Combinator]

что за петли и почему это более архаичный способ? источник?

http://elementy.ru/news/430968
По поводу архаичности это, естественно, лишь предположение, но, на мой взгляд, вполне логичное.

По-вашему, чем больше элемента в окружающей среде, тем чаще он должен встречаться в организмах живых существ? 

Однозначной зависимости, конечно, нет, но сильная корреляция, несомненно, есть. Недаром в состав РНК и аминокислот входят практически все наиболее распространённые во Вселенной химические элементы за исключением абсолютно интерного гелия.

У вас в крови гемоглобин, у головоногих - гемоциан. Это же не означает, что они с другой планеты, где больше меди.

Очевидно, большую роль играет и доступность вещества. В современном океане почти всё железо в легкодоступной для усвоения биотой форме, на сколько я понимаю, уже высосано. 

И самое главное -  ферменты, в состав которых входит селен - антиоксиданты. Да они достаточно важны для нас, в наше время.
Но жизнь-то зарождалась (хоть абиогенезом, хоть панспермией) в бескислородной атмосфере, когда подобные ферменты были не нужны.

Селен нужен далеко не только как антиоксидант. Гены для работы с ним есть у большинства организмов, включая строгих анаэробов.

[L_Pt]

Очевидно, большую роль играет и доступность вещества. В современном океане почти всё железо в легкодоступной для усвоения биотой форме, на сколько я понимаю, уже высосано. 

По данным А.П. Виноградова, в морской воде в среднем железа в 3 раза больше, чем меди. 10 против 3 мг/м³.

[Ssid]

Более подробно свои оценки я обосновал вот в этой статье:
http://evolbiol.ru/large_files/anisimov_panspermia.doc

Начиная с 7 страницы статья не выдерживает никакой критики даже при поверхностном изучении. Достаточно много ошибок и теоретическом подходе (например методика расчетов распространенности элементов; идея о том, что количество элементов в среде должно соответствовать по соотношению элементам в живых организмах), количественных данных (в ключевом расчете "...отношение средних молекулярных масс воды и воздуха составляет 1:1.6..." используется средняя молярная масса современного воздуха)
И самое главное не дается никакого объяснения механизмам возникновения жизни в другом месте. Что при другом составе атмосферы РНК длиннее и быстрее синтезируются?

[Combinator]

Начиная с 7 страницы статья не выдерживает никакой критики даже при поверхностном изучении.

95% получается уже по первым 6-ти страницам. 

Достаточно много ошибок и теоретическом подходе (например методика расчетов распространенности элементов; идея о том, что количество элементов в среде должно соответствовать по соотношению элементам в живых организмах), количественных данных (в ключевом расчете "...отношение средних молекулярных масс воды и воздуха составляет 1:1.6..." используется средняя молярная масса современного воздуха)

Естественно, что это лишь оценки с точностью до порядка величины, учёт изменения плотности земной атмосферы со времён архея в этом смысле мало что изменит.

И самое главное не дается никакого объяснения механизмам возникновения жизни в другом месте. Что при другом составе атмосферы РНК длиннее и быстрее синтезируются?

Всё в одну статью втиснуть невозможно. Это уже тема для следующей статьи, над которой я сейчас работаю. Ну а то, что синтез тех же нуклеотидов при прочих равных идёт тем быстрее, чем больше концентрация в окружающей среде тех веществ, из которых они состоят, по моему, очевидно.

[Ssid]

что за петли и почему это более архаичный способ? источник?

http://elementy.ru/news/430968
По поводу архаичности это, естественно, лишь предположение, но, на мой взгляд, вполне логичное.

Обычное строение матричной РНК, никаких особых отклонений я там не вижу.

[Combinator]

По данным А.П. Виноградова, в морской воде в среднем железа в 3 раза больше, чем меди. 10 против 3 мг/м³.

Важна ещё и его доступность. Почти всё железо в современном океане содержится в виде его оксидов, и выкавыривать его из них это очень энергозатратный процесс.
 

[Combinator]

Обычное строение матричной РНК, никаких особых отклонений я там не вижу.

Никто и не говорит про какие-то отклонения, речь о способе кодирования, является ли он более древним, или, наоборот, возник сравнительно недавно. Если недавно, то не совсем понятно, зачем природе понадобилось так извращаться, если можно было просто использовать какие-то из многочисленных избыточных кодонов?
 

[Ssid]

Естественно, что это лишь оценки с точностью до порядка величины, учёт изменения плотности земной атмосферы со времён архея в этом смысле мало что изменит.

Посчитайте )))

Ну а то, что синтез тех же нуклеотидов при прочих равных идёт тем быстрее, чем больше концентрация в окружающей среде тех веществ, из которых они состоят, по моему, очевидно.

Огромная ошибка, учитывать надо не общее содержание ЭЛЕМЕНТА, а содержание веществ из которых этот элемент может усваиваться живыми организмами. В современной атмосфере более 70% азота, но он содержится в форме крайне проблемной для усвоения живыми организмами. для зарождающейся жизни он, что инертный гелий. Аммиак, азотсодержащие соли - пожалуйста. Углерод в форме графита или алмаза тоже невкусный. ))

[Ssid]

Никто и не говорит про какие-то отклонения, речь о способе кодирования, является ли он более древним, или, наоборот, возник сравнительно недавно. Если недавно, то не совсем понятно, зачем природе понадобилось так извращаться, если можно было просто использовать какие-то из многочисленных избыточных кодонов?

Стандартный способ кодирования. И отклонение в коде не единственное.

Где обнаружено наибольшее количество отклонений от универсальности кода? В митохондриях. Считается, что митохондрии на заре зарождения жизни были отдельными организмами, а затем стали частью более современных клеток. Отклонения в коде - отзыв о этапе становления генетического кода. В митохондриях закрепились одни кодоны, в клетках - другие.

[Combinator]

Посчитайте )))

Как? Вы можете аккуратно оценить баланс изменения состава атмосферы и её плотности за время существования Земли? Мне лично и 95% по первым 6-ти страницам вполне достаточно. 

Огромная ошибка, учитывать надо не общее содержание ЭЛЕМЕНТА, а содержание веществ из которых этот элемент может усваиваться живыми организмами. В современной атмосфере более 70% азота, но он содержится в форме крайне проблемной для усвоения живыми организмами. для зарождающейся жизни он, что инертный гелий. Аммиак, азотсодержащие соли - пожалуйста. Углерод в форме графита или алмаза тоже невкусный. ))

Я же, вроде, ясно написал - при прочих равных.

[Combinator]

Стандартный способ кодирования.

Нет, при стандартном способе последовательность нуклеотидов после текущего кодона никак не влияет на ту аминокислоту, которую он кодирует.

И отклонение в коде не единственное.

Где обнаружено наибольшее количество отклонений от универсальности кода? В митохондриях. Считается, что митохондрии на заре зарождения жизни были отдельными организмами, а затем стали частью более современных клеток. Отклонения в коде - отзыв о этапе становления генетического кода. В митохондриях закрепились одни кодоны, в клетках - другие.

В митохондриях (и не только) отклонения заключаются лишь в переназначении соответствия некоторых кодонов некоторым аминокислотам, это совсем другой (классический) механизм.

[Ssid]

Combinator, статья http://evolbiol.ru/large_files/anisimov_panspermia.doc кроме того, что не дает ответа как появилась жизнь в другом месте, не дает ответа и на то, когда и в виде чего жизнь на Землю была занесена.