Чуть отошел, и тут такое началось...

Во первых - никаких АВР мутить не надо. В ксилинкасх есть встроенный "процессор" - picoblaze. Для создания конечных автоматов его хватает за глаза.
На самом деле его хватает даже чтоб замутить микросистему управления - ТФТ экран + кнопки + логика поведения устройства. Это мы уже делали. Энто раз.
Второе - насчет усб и гинабит эзернета. УСБ 2 кипресс чип пропускает через себя поток что то примерно 45-48 мегабайт секунду и не давится.
Замечу то гигабитный эзернет пропускает 90-95 мегабайт, если формировать UDP пакеты. Это тоже проверено, откатано, опробовано.
Из чего происходит логический вывод - эзернет вещь хорошая, но всего лишь в пару раз шустрее копеечного усб. Запомним это.
Третье - дравера для Кипреса (чипа УСБ) настолкьо простая и обкатаная вещь.. что я даже проще и не знаю. На них програматоры xilinx например делают. Проще топора. Залил прошивку, резет и он работатет.
Четвертое. Люди, какие AIX. GPIO.. Посмотрите на задачу под иным углом. Есть матрица. Единственная задача устройства - это собрать сигнал с АЦП и пропихнуть его на комп. Учитывая, что ридоут у матрицы до 25 МГц, а мы собираемся делать ниже. 15-10-5 и до 1 МГц для нежных скачиваний. Это значит при 16 битном АЦП несжатый поток будет от 30 до 2 мегабайт секунду. Это значит что нам УСБ _много_. Он будет занят примерно на половину.
Пятое - буферизация. Весь кадр хранить - вовсе незачем. Калибровку можно делать на лету. т.к. координаты текущего пролетающего пикселя известны. Вопрос только в том, где хранить данные для калибровки. Темновой и белого поля. Можно прицепить ПЗУ, например 8 выводный флеш. И читать с него. Скорости хватит заведомо больше. Можно тупо припаять SD карты разъем.
Для буферизации потока до чипа кипресс - более чем хватает блочной памяти самого ПЛИС. Ее там немало, несколько килобайтных блоков.
Шестое - гидирование - тут да. Нужен какой-нибудь управлящий процессор + небольшой объем ОЗУ. И опять же ПЗУ. Т.к. до гидирования нужна калибровка.
Что получается в итоге - без гидирования и калибровки - текущий аппаратный сетап в 2 раза превышает необходимые запросы.
А для введения гидежа не хватает пары компонентов обвеса.