Космологические и комбинаторные основания редкости жизни в наблюдаемой вселенной

[Combinator]

Очень хорошо, что Вы привели оригинальную статью. График, как видно отличается от Вашего.

Не пугайте меня, я лично вставлял один и тот же график в обе статьи, лишь продлив его в прошлое во втором случе.

В конце статьи упоминается о том, что цитирую "правомерность и методика подобной экстраполяции, а также выводы, которые можно сделать на ее основе, требуют подробного обсуждения, которому будет посвящена отдельная публикация. Отметим лишь, что имеются доводы как "за", так и "против" утверждения о том, что резкий "обрыв" модельных кривых в левой части графика (рис.1) то есть в момент предполагаемого появления прокариотической клетки, может быть истолкован как аргумент в пользу гипотезы внеземного абиогенеза."
Нет ли у Вас ссылки на нее ?

Она была опубликована в 3-м выпуске альманаха «Эволюция» за  2010 г. Если Вам интересно, могу поискать, может найду на своём компе её электронный вариант.

А кто говорит о накоплении генетической информации ? Идет накопление другой информации, которая в полной мере в геноме не заложена, хотя всеже опосредованно в него переносится через отбор.  Да, Вы и сами ссылались на "нейронную эволюцию". Только здесь она представлена в масштабе отдельного организма.

Новая информация накапливается имено в процессе "нейронной эволюции". А потом она просто передаётся от одного поколоения другому как эстафетная палочка. По сути всё очень похоже на эволюцию генома. Вот Эйншнтейн, например, действительно внёс свой скромный вклад в информацию, накапливаемую цивилизацией. Но сделал он это отнюдь не в младенческом возрасте...

Не нравится этот пример, возьмите любой закрытый биоценоз. Сначала бурный рост биомассы и разнообразия, потом эволюционный стазис.

Сначала (перед бурным ростом разнообразия) всегда есть медленный процесс выделения вида и поиска им своей экологической ниши. Бурный рост начиается лишь тогда, когда вид, наконец, находит удачное место в своей экосистеме и включаются положительные обратные связи. А перед этим, кстати, он часто находится на грани выживания, проходя через "бутылочное горлышко".

Или НТР в области авиации или автомобилестроения. Сначала бурный рост инженерных решений, сейчас - косметические изменения, рекламируемые, как прорыв.

"Бурный рост инженерных решений", это уже, так сказать, основной этап развития технологии. Ему обычно предшествует "консолидация" когда на протяжении достаточно долгого периода времени разные люди экспериментируют с возможными технологическими решениями, причём, часто кажется, что происходит топтание на месте. Возьмём, например, автомобилестроение. Первая работающая модель "паровой кареты", которую можно условно считать прототипом современного автомобиля, была построена в 1784 году, а их массовое развитие началось лишь в начале XX-го века.

Или географически изолированную цивилизацию, или популяцию хищников случайно попавших в "нетронутые края", любую систему развивающуюся по  параметрам, ограниченным ресурсами.

А здесь вообще нет никакой эволюции, а есть простой количественный рост вплодь до достижения ресурсных ограничений.

Рассчитывать на большее с моей стороны неразумно, я в биологи "читатель", а не писатель.
Хотя в приведенной статье именно этим и занимались, взяв за основу цитирую "в качестве меры сложности генома нами используется минимальный размер генома (МРГ) в пределах крупного таксона . Насколько я понимаю, понятие таксона включает морфологические признаки, как критерий разделения видов.

Нет, таксон это общее название для едениц какого-либо уровня иерархии на эволюционном дереве, это не обязательно вид. При этом, в процессе классификации нет чётких, единых для всего живого критериев. Обычно это достаточно условная договорённость специалистов, занимающихся данной конкретной областью биологии или палеантологии.

Например, по размеру тела, количеству и разнообразию его функционально выделенных частей.

Не очень представляю, каким образом можно выделить единые критерии для измерения "разнообразия функционально выделенных частей" у многоклеточных и одноклеточных.

P.S. Только не воспринимайте критику, как предубеждение. Я также не считаю, что Вы заранее примеряете модели и факты, предвосхищая вывод о "старости" жизни. Просто они пока не достаточно убедительны. Такой возраст жизни, многим здесь пришелся бы по душе, даже Вашим критикам... но терзают смутные сомнения...

Позволю себе в этом усомниться. НЕТ НИ ОДНОГО ФАКТА, ПОДТВЕРЖДАЮЩЕГО ЗЕМНОЙ АБИОГЕНЕЗ (если это нет так, приведите их мне, плиз). Факты, указывающие на обратную возможность, есть. Даже если не брать в расчёт обсуждаемый график, это данные, получаемые с помощью молекулярных часов. Тем не менее, большинство стойко придерживается гипотезы, не подтверждённой ни единым фактом, предпочитая выискивать слабые места в противоположной точке зрения.
 

[Combinator]

Кстати, Земное происхождение жизни требует еще более взрывного (гиперболического) роста длинны генома, что выглядит удивительным, и ставит вопрос о местоположении и количестве его сингулярностей, и нашего места среди них.

Ну, собственно, об этом и исходно обсуждавшаяся статья...

[Combinator]

Выбранное направление по вложенных групп - весьма субъективно имхо - и возможно влияет на оценку.
Вариантов исследовать такой же график в самых разных направлений вложения групп, довольно много - https://en.wikipedia.org/wiki/File:Tree_of_life_SVG.svg
Непонятно, почему выбрали конкретно так - что в конце сидит какая-то обезъяна : )

Есть объективнй критерий "продвинутости" вида. Условно более "совершенным" является тот вид, который размножается не столько за счёт количества своих штампуемых копий, сколько за счёт их качества, обеспечивающего максимальную выживаемость. В этом плане млекоптиающие - самый совершенный класс, так как у них рождается меньше всего дитёнышей в расчёте на одну самку.

Если не получится - то единственно остается самая левая точка ("минимальные бактерии" - под насловом "все живое") - и вопрос "как она сумела набраться генома 10^6 за каких-то 1 млрд лет"... "много" это или "мало", не понятно.

Не было там миллиарда лет. Интенсивная метеоритная момбардировка, в результате которой вся вода в мировом океане должна была периодически выкипать, закончилась лишь 3.9 млрд. лет назад, так что, пол миллиарда в лучше случае...

[vika vorobyeva]

Собираюсь сходить в следующую субботу на лекцию Михаила Никитина в "Полигоне Про".

Анонс: "В последнее десятилетие происходит революция в представлениях о происхождении жизни. Секвенирование сотен и тысяч геномов бактерий, архей и вирусов дало огромный объем информации, из которой реконструируются многие черты общего предка клеточных форм жизни. Развитие геохимии, космохимии и теории катализа дает новые ответы на вопросы об абигенном синтезе органических веществ, истоках хиральной чистоты, образовании первых биополимеров и появлении самореплицирующихся РНК.
Мы расскажем о новых игроках пребиотической химии, таких как формамид и сульфид цинка; о экологической нише РНК-мира и используемых им источниках энергии; о первой эволюционной гонке вооружений, приведшей к возникновению синтеза белка; о роли вирусов в появлении ДНК, эукариотических клеток и других крупнейших событиях ранней эволюции; об истории разделения бактерий и архей и о многом другом."

Будет что-то интересное - отпишусь

[Patsak]

Цитата: Patsak от Вчера в 21:44:13
Очень хорошо, что Вы привели оригинальную статью. График, как видно отличается от Вашего.

Не пугайте меня, я лично вставлял один и тот же график в обе статьи, лишь продлив его в прошлое во втором случе.

"Лишь" - применительно к экстраполяции в разы – это не скромно.
А "пугать" Вас никто не собирался

Она была опубликована в 3-м выпуске альманаха «Эволюция» за  2010 г. Если Вам интересно, могу поискать, может найду на своём компе её электронный вариант.

Зачем повторяться ? Вопрос был задан: "есть ли у Вас ссылка на эту работу ?" Приведите ссылку или скажите, что нет.

Новая информация накапливается имено в процессе "нейронной эволюции". А потом она просто передаётся от одного поколоения другому как эстафетная палочка. По сути всё очень похоже на эволюцию генома. Вот Эйншнтейн, например, действительно внёс свой скромный вклад в информацию, накапливаемую цивилизацией. Но сделал он это отнюдь не в младенческом возрасте...

Правильно, в геноме отражаются крохи этой другой информации и ее эволюция идет своим чередом, к генам имеющим весьма опосредованное отношение.
Как только Эйнштейн предъявил новую систему физического мировоззрения, все подстроились под нее практически мгновенно.

Сначала (перед бурным ростом разнообразия) всегда есть медленный процесс выделения вида и поиска им своей экологической ниши. Бурный рост начиается лишь тогда, когда вид, наконец, находит удачное место в своей экосистеме и включаются положительные обратные связи. А перед этим, кстати, он часто находится на грани выживания, проходя через "бутылочное горлышко".

По Вашему, так примеров Г-образного развития вообще не может быть в принципе
ДНК в данном случае, как идея Эйнштейна. Либо она адекватна действительности и дальнейшее – просто Г-образный рост ее эксплуатации, либо нет – тогда продолжающийся S-образный поиск, пока такая идея не найдется.

"Бурный рост инженерных решений", это уже, так сказать, основной этап развития технологии. Ему обычно предшествует "консолидация" когда на протяжении достаточно долгого периода времени разные люди экспериментируют с возможными технологическими решениями, причём, часто кажется, что происходит топтание на месте. Возьмём, например, автомобилестроение. Первая работающая модель "паровой кареты", которую можно условно считать прототипом современного автомобиля, была построена в 1784 году, а их массовое развитие началось лишь в начале XX-го века.

Именно, "топтание на месте". Пока идея не родилась, имеется только "аморфное болото", а как только "родилась" – идет бурное освоение и воплощение в "камне".

Или географически изолированную цивилизацию, или популяцию хищников случайно попавших в "нетронутые края", любую систему развивающуюся по  параметрам, ограниченным ресурсами.

А здесь вообще нет никакой эволюции, а есть простой количественный рост вплодь до достижения ресурсных ограничений.

Может и рост генома – только количественная характеристика не имеющая к качественной эволюции прямого отношения ?

Нет, таксон это общее название для едениц какого-либо уровня иерархии на эволюционном дереве, это не обязательно вид. При этом, в процессе классификации нет чётких, единых для всего живого критериев. Обычно это достаточно условная договорённость специалистов, занимающихся данной конкретной областью биологии или палеантологии.

Насчет "четких, единых" критериев полностью согласен, именно поэтому категоричные и поспешные экстраполяции не одобряю.
Насчет "нет", в отношении таксона и морфологии, как части критериев разделения видов, лучше дождусь ответов других специалистов в биологии (может Nucleosome или LUKA).

Не очень представляю, каким образом можно выделить единые критерии для измерения "разнообразия функционально выделенных частей" у многоклеточных и одноклеточных.

Если не очень представляете, то не удивительно, что экстраполяция смутного критерия "сложности" на уровне многоклеточных,  в область одноклеточных, вызывает так много критики.

Позволю себе в этом усомниться. НЕТ НИ ОДНОГО ФАКТА, ПОДТВЕРЖДАЮЩЕГО ЗЕМНОЙ АБИОГЕНЕЗ (если это нет так, приведите их мне, плиз).

Позволю себе усомнится в наличии ФАКТОВ ПОДТВЕРЖДАЮЩИХ ВНЕЗЕМНОЙ АБИОГЕНЕЗ.

Факты, указывающие на обратную возможность, есть. Даже если не брать в расчёт обсуждаемый график, это данные, получаемые с помощью молекулярных часов. Тем не менее, большинство стойко придерживается гипотезы, не подтверждённой ни единым фактом, предпочитая выискивать слабые места в противоположной точке зрения. 

Вы ангажированы, потому и не можете беспристрастно оценить позицию критиков.
Мне в принципе "фиолетово" образовалась жизнь на Земле или в космосе.
Я соглашусь с фактами. Пока их нет.

[Patsak]

 

Будет что-то интересное - отпишусь

Подождем.

[Combinator]

Будет что-то интересное - отпишусь

Сходите, думаю, будет интересно.
Кстати вот здесь: http://users.livejournal.com/_hellmaus_/118334.html можно ознакомиться с конспектами лекций автора на схожие темы за прошлый год.

[Combinator]

Зачем повторяться ? Вопрос был задан: "есть ли у Вас ссылка на эту работу ?" Приведите ссылку или скажите, что нет.

Ссылки у меня нет.

Правильно, в геноме отражаются крохи этой другой информации и ее эволюция идет своим чередом, к генам имеющим весьма опосредованное отношение.

Я разве где-то говорил, что она имеет какое-то отношение к генам?

Как только Эйнштейн предъявил новую систему физического мировоззрения, все подстроились под нее практически мгновенно.

Не могу согласиться. Многие до сих пор её активно критикуют. С другой стороны, сам Эйнштейн так до конца своей жизни и "не поверил" в методологическтие основы квантовой механики.

По Вашему, так примеров Г-образного развития вообще не может быть в принципе

Ищите, да обрящете! Только именно эволюционное развитие, а не просто количественную экспансию или сборку сложной системы по априори заданным чертежам.

Именно, "топтание на месте". Пока идея не родилась, имеется только "аморфное болото", а как только "родилась" – идет бурное освоение и воплощение в "камне".

Идея автомобиля родилась как минимум в 18-м веке, в может и раньше. Но массовое "воплащение в камне" что-то затянулось...

Может и рост генома – только количественная характеристика не имеющая к качественной эволюции прямого отношения ?

Частично это так, особенно для эукариот. Но среди "нововведений" есть немало и новых генов, без которых, скажем, сложные многоклеточные развиться бы не смогли. Существует как бы "минимальный джентельменсктй набор" для каждого таксона, и чем сложнее его представители, тем он больше. А всё что сверх данного набора, это, так сказать, "произвольная программа", которая иногда может по объёму на порядки превышать "обязательную".

Насчет "нет", в отношении таксона и морфологии, как части критериев разделения видов, лучше дождусь ответов других специалистов в биологии (может Nucleosome или LUKA).

Конкретно для разделения видов такой критерий как раз есть - скрещиваемость и возможность произвести плодовитое потомство.

Вы ангажированы, потому и не можете беспристрастно оценить позицию критиков.
Мне в принципе "фиолетово" образовалась жизнь на Земле или в космосе.
Я соглашусь с фактами. Пока их нет.

Хорошо давайте обсуждать конкретные факты. Только по честному, мои факты против фактов сторонников земного абиогенеза. Устроим, так сказать, небольшую дуэль!
Мой первый факт - в соответствии с оценкой по методу молекулярных часов возраст ЛУКА превышает возраст Земли. Давайте его обсудим.
Ну и, разумеется, с нетепрением жду ответных фактов от сторонников земного абиогенеза. Выстрел, так сказать, за Вами!

[Nucleosome]

НЕТ НИ ОДНОГО ФАКТА, ПОДТВЕРЖДАЮЩЕГО ЗЕМНОЙ АБИОГЕНЕЗ (если это нет так, приведите их мне, плиз).

охотно - вы сами, дерево за окном, попугай на него ветке, жучёк на листе - мы все живём на Земле и не может нигде более, нигде более не обнаружено достоверно жизни (да, у нас нет и способов для этого вне солнечной системы, поскольку внитри неё ничего не даёт), но всё равно - нулевая гипотиза тут - жизнь и возникла тут - она и не требует дополнительных, механистисеических, так сказать подтверждений - на то и нулевая и для её поровержения нужны не только:

Факты, указывающие на обратную возможность, есть.

но и нужно указать почему абиогенеза не было на Земле, и

Даже если не брать в расчёт обсуждаемый график, это данные, получаемые с помощью молекулярных часов.

тоже не подходят - молекулярные часы имеют (по сути,о чём не любят говорить) очень узкую область применения и на миллиарды лет и тем более когда мы говорим о появлении новых генов (т. е. концепуия нейтральных замен - краеугольнй камень часов) или глубоких изменений существующих уже не распространяется - во-первых - не получится накапливать мутации в таком количестве равномерно, во-вторых, а во-вторых - как калибровать это? какого время поколения? берём среднее? а откуда нам знать что там было так давно и у столько давних организмов?..

Насчет "нет", в отношении таксона и морфологии, как части критериев разделения видов, лучше дождусь ответов других специалистов в биологии (может Nucleosome или LUKA).

это правда - критерии вида говорят лишь о свободного невозможности генетического смешивания организмов (когда у них есть на то физическая возможность со стороны внешней среды), тогда как критерии прочих таксонов, как Combinator уже сказал - весьма условны, начиная уже с таких низких как роды. то есть там есть ещё некие объективные черты - к примеру нельзя считаь "рыб" классом, как и птиц - поскольку двоякодышащие, хрящевые и костные по сути не имеет ничего общего друг с другом кроме того что челюстные (миноги и миксины - вообще как всем прочим - внешняя группа), а птицы - это только одна из ветвей рептилий, но критерии тут (что значит больше или меньше отличается) устанавливаются во многом субъективно

Существует как бы "минимальный джентельменсктй набор" для каждого таксона, и чем сложнее его представители, тем он больше. А всё что сверх данного набора, это, так сказать, "произвольная программа", которая иногда может по объёму на порядки превышать "обязательную".

существует конечно, но на какую кривую он ложится?.. у инфузорий и нас генов одинаково...

[dzver]

Есть объективнй критерий "продвинутости" вида. Условно более "совершенным" является тот вид, который размножается не столько за счёт количества своих штампуемых копий, сколько за счёт их качества, обеспечивающего максимальную выживаемость. В этом плане млекоптиающие - самый совершенный класс, так как у них рождается меньше всего дитёнышей в расчёте на одну самк

В первых, это просто некая (сильно антропоморфная) дефиниция "продвинутости" данная вами - которая природе и жизни - по барабану.

Также произвольно, можно дефинировать как "продвинутыми" те организмы которые не обязаны паразитировать на остальной биосфере, а реплицируются из неорганических компонентов (аутотрофы).
Или, можно судить по делах - определить как "продвинутыми" те, кто по факту сумел занять наибольший процент биомассы из всего живого (тут самые продвинутые будут сами знаете кто).
Либо - можно считать продвинутыми самые гибкие/вариабельные - те кто сумеют оцелеть при сильно и быстро изменяющихся внешних условий для занятой ниши (тут не знаю кто, но едва ли те с самым малым коеффициентов размножения и смертности).
Все факторы, которые напрямую связаны с определением явления жизни (реплицироваться, мутабельность-отбор и пр.)

Во вторых, причем тут приплетать какое-то требование "продвинутости"?
Вы изучаете якобы объективный фактор - как растет минимальная длина генома с временем (беря минимумы для живых существ из вложенных таксономических групп) - для жизни ВООБЩЕ.
И из него делаете, некие выводы для жизни ВООБЩЕ.
Вот и изучайте объективно как меняется геном для жизни вообще.

Если в вашей подборки замешан еще выбор зависящей от какого-то дополнительного критерия (напр. вашей дефиниции "продвинутости") - то вы конечно, получите искажение распределения, которое связано с этого дополнительного конкретного критерия, под котором подобраны/отфильтрованы экспериментальные данные.
Например, можно утверждать что экспоненциальное распределение во всех времен, примерно после млекопитающих (где и сосредоточены много точек определяющих "форму" кривой) - является сугубо артефактом этого критерия (если конечно, вы не покажете что такая зависимость универсальна и имеет место и вне данного критерия).
Тем более, вы теряете основания экстраполировать график на области, где этот критерий уже сугубо неадекватен-бессмыслен. Не только линейно, но тем паче и его "вид" в смысле кривизны и пр.

[dzver]

Есть аналитические соображения, что определённые ограничения на форму кривой всё же есть. В частности, на начальных этапах она обычно растёт медленнее, чем на "главном" участке (перед выходом на плато).

В студию (если Марков не тот из ссылке с блохами и собаками - тогда даже обсуждать не хочу).
Во всех ссылках по которые я сходил и которые выглядели заслуживающих доверия - написано что существуют аргументы за и против.

Для того, что бы на основе ряда наблюдений сделать выводы о линейности (в определённом приближении, разумеется!) процесса никакие аналитические обоснования не нужны, достаточно посчитать ско. А уж навешивать потом на это аналитику - дело теоретиков.

Тут просто мне нечего сказать, кроме как посоветовать вас с вашей линейности на Форекс делать денег - и пожелать успеха в этом деле.

"Естественное предположение" для бактерий не верно. У них практически нулевая избыточность генома. По сути заметная избыточность появляется лишь у эукариот.

Тут вроде говорили, что есть бактерии с длины генома больше человеческого - или я ошибся?
Кроме того, я конечно не настаиваю - просто дал примера как легко подкрутить некое обоснование к любом распределении (в случае к Г-образной кривой) принимая некие исходные предпоставки.

Например, по мнению того же Маркова, если сравнивать по уровню организации, дистанция от условного "первичного бульона" до бактерии гораздо больше, чем от бактерии до эукариотической клетки.

Глубоко сомневаюсь что за это сидит что-то большее чем "одна бабка сказала" - ибо точные, общепринятые физические критерии по которых можно рассчитать "уровень организации чего-нибудь" - мне неизвестны.
Кроме энтропии, но не думаю что она имеется ввиду.

Потом, вопрос не только про "дистанции по уровне организации" - так как у вас речь еще идет во времени, вам нужно еще и аргументировать что скорость "дистанция сложности/единица времени" - не может быть убывающей.

Я просто применяю к последовательности эксперименитальных данных теорему Лапласа. Надеюсь, её вы не собираетесь оспаривать?

Давите "уважением к теоремами"?? : )))
Вопрос не в теорем - а в их применимости. Вы матстатистику изучали? Определение "вероятности" знаете?

Я лишь говорю, что при прочих равных она НАИБОЛЕЕ ВЕРОЯТНАЯ.

Вам объяснять почему применяя вашего критерия к "экспериментальной последовательности биржевого курса" - так что если по ваших рассчетов "наиболее вероятного" вы были бы на выигрыше - вы на самом деле, денег потеряете?
Т.е. к вашему изумлению, ваши "наиболее вероятные" ожидания "по Лапласу" примененные к экспериментальными данными - окажутся на самом деле НЕ наиболее вероятными?

Вовсе не значит. У Земли существенно больше сила тяжести и гораздо более плотная атмосфера.

Тем более это работает против вероятности панспермии - труднее отколупливать от планет с атмосферы.
Вы то определитесь - жизнь на Марсе или ее отсутствие - это довод "за" или "против" вашей гипотезы.

[Combinator]

охотно - вы сами, дерево за окном, попугай на него ветке, жучёк на листе - мы все живём на Земле и не может нигде более, нигде более не обнаружено достоверно жизни (да, у нас нет и способов для этого вне солнечной системы, поскольку внитри неё ничего не даёт), но всё равно - нулевая гипотиза тут - жизнь и возникла тут - она и не требует дополнительных, механистисеических, так сказать подтверждений - на то и нулевая

Нулевая гиптеза это просто-напросто то, во что ВЕРИТ большинство людей. Так что, для неё тоже нужны доказательства. Например, в раннем средневековье нулевой гипотезой была гипотеза о том, что Земля расположена в центре Вселенной, а Солнце вращается вокруг неё. Это казалось вполне естественным и принималось практически всеми. Но назвать её на этом основании фактом нельзя, ибо факт, это то, что не зависит от субъективного мнения людей. Так что, по прежнему с нетерпением жду фактов.

и для её поровержения нужны не только:

Факты, указывающие на обратную возможность, есть.

но и нужно указать почему абиогенеза не было на Земле,

Хорошая тактика. Приверженцы земного абиогенеза сами ВООБЩЕ НИ УТРУЖДАЮТ СЕБЯ НИКАКИМИ ДОКАЗАТЕЛЬСТВАМИ, зато от оппонентов требуют доказать это, вот это, вот это, ну и ещё пожалуй, вот это.
Абиогенеза на Земле не было хотя бы потому, что на ней не было подходящих для этого условий, в частности, было слишком жарко, а концентрация органики была катастрофически низка. Кстати, по последним данным, ЛУКА был мезофилом, что тоже как то не вяжется с условиями на ранней Земле.

данные, получаемые с помощью молекулярных часов тоже не подходят - молекулярные часы имеют (по сути,о чём не любят говорить) очень узкую область применения и на миллиарды лет и тем более когда мы говорим о появлении новых генов (т. е. концепуия нейтральных замен - краеугольнй камень часов) или глубоких изменений существующих уже не распространяется - во-первых - не получится накапливать мутации в таком количестве равномерно, во-вторых, а во-вторых - как калибровать это? какого время поколения? берём среднее? а откуда нам знать что там было так давно и у столько давних организмов?..

Калибровать, понятно дело, по палеонталогическим данным, да и другие вопросы решаемы. См, например http://www.timetree.org/book.php
В частности, временная шкала для дерева архей: http://www.timetree.org/pdf/Battistuzzi2009Chap06.pdf и бактерий http://www.timetree.org/pdf/Battistuzzi2009Chap07.pdf

существует конечно, но на какую кривую он ложится?.. у инфузорий и нас генов одинаково...

Как раз мы в своей статье и пытались для каждого таксона найти организм, содержащий как можно меньше генетического материала сверх минимального для данного таксона "джентельменского набора". А инфузории, да, действительно нахватались без разбора всякой гадости по самые гланды...

[Combinator]

В первых, это просто некая (сильно антропоморфная) дефиниция "продвинутости" данная вами - которая природе и жизни - по барабану.

Дело не в названии, а в том, что есть объективно измеряемый параметр изменение которого коррелирует с минимальной длиной генома. Не нравится лейбл "продвинутость" замените его на "плодовитость", в рассуждениях ровным счётом ничего не изменится.

Во вторых, причем тут приплетать какое-то требование "продвинутости"?
Вы изучаете якобы объективный фактор - как растет минимальная длина генома с временем (беря минимумы для живых существ из вложенных таксономических групп) - для жизни ВООБЩЕ.

Это не так, перечитайте ВНИМАТЕЛЬНО хотя бы название статьи, плиз.

[Nucleosome]

Тут вроде говорили, что есть бактерии с длины генома больше человеческого - или я ошибся?

нет, такхи бактерий нет - для бактерии иметь такую свалку в геноме как у нас - непозволтилеьная роскошь. однако рекорд по размеру генома держат одноклеточные эукариоты - амёбы.

Нулевая гиптеза это просто-напросто то, во что ВЕРИТ большинство людей.

нет, это самое простое предподожение из наблюдаемых фактов - геоцентрическая система, которую вы привели - тому пример.

Приверженцы земного абиогенеза сами ВООБЩЕ НИ УТРУЖДАЮТ СЕБЯ НИКАКИМИ ДОКАЗАТЕЛЬСТВАМИ, зато от оппонентов требуют доказать это, вот это, вот это, ну и ещё пожалуй, вот это.

ну знаете - в этой теме привели довольно ссылок на работы по этой теме.

Абиогенеза на Земле не было хотя бы потому, что на ней не было подходящих для этого условий, в частности, было слишком жарко, а концентрация органики была катастрофически низка.

ну если это так - то автор этой темы прав... откуда данные о низкой концентрации? так получается из моделирования условий? а если внести попровки? слишком жарко... насколько именно?.. а... где было и органики вдоволь и температура подходящая? на планете в каких условиях так могло быть? (Солнечную систему в расчёт, ественно, не берём)

Калибровать, понятно дело, по палеонталогическим данным,

вы шутите - палеонтологическим данным неземных организмов? конечно, часть проблем решается, но у накопления мутаций есть насыщение (можно выявисть если есть более медленные маркеры), можео отделить и нейтральные от не нейтральных мест (есть есть достоверно нейтральный кусок), но на таких интервалах и при таком уровне различий подобных точек отсчёта уже не оказывается...

А инфузории, да, действительно нахватались без разбора всякой гадости по самые гланды...

о каких именно их генах идёт речь?

[Combinator]

нет, это самое простое предподожение из наблюдаемых фактов - геоцентрическая система, которую вы привели - тому пример.

Хорошо, пусть будет предположение. А предположения желательно подкреплять независимыми фактами, иначе можно легко оказаться в положении средневековых теологов.

ну знаете - в этой теме привели довольно ссылок на работы по этой теме.

Ну приведите ХОТЯ БЫ ОДНУ. Только, понятное дело, нужна ссылка, подтверждающая, что дело было ИМЕННО КОНКРЕТНО НА ЗЕМЛЕ.

ну если это так - то автор этой темы прав... откуда данные о низкой концентрации? так получается из моделирования условий? а если внести попровки? слишком жарко... насколько именно?.. а... где было и органики вдоволь и температура подходящая? на планете в каких условиях так могло быть? (Солнечную систему в расчёт, ественно, не берём)

Посмотрите распространённость углерода на Земле и в среднем в нашей галактике. Вы будете удивлены. На Земле его средняя конентрация примерно на два порядка (!) меньше. Таким образом, с этой точки зрения Земля, по видимому, гораздо хуже приспособлена для зарождения жизни, чем просто взятая наугад типичная планета Млечного Пути. Жарко, это 100С и выше (вода в океанах 4 млрд. лет назад периодически выкипала).   
Более благоприятные условия, на мой взгляд, например, на космических телах типа Титана или ядер больших комет. Очень важно, что бы в атмосфере преобладал угарный (CO), а не углекислый (CO2) газ, а так же были постоянные источники молекулярного водорода. Как-то так...

вы шутите - палеонтологическим данным неземных организмов?

Почему неземных, в породах возрастом 3.5 млрд. лет довольно много отпечатков бактерий различных типов.

 конечно, часть проблем решается, но у накопления мутаций есть насыщение (можно выявисть если есть более медленные маркеры), можео отделить и нейтральные от не нейтральных мест (есть есть достоверно нейтральный кусок), но на таких интервалах и при таком уровне различий подобных точек отсчёта уже не оказывается...

Я дал ссылку на работу, где построены филогенические деревья архей и бактерий вплодь до возраста 4.2 млрд. лет. У авторов масса публикаций в журналах уровня Nature, так что, каким-то образом перечисленные Вами проблемы решаются, хотя, конечно, к выводам нужно относиться с осторжностью, тем не менее, это лучшие оценки, которые современная наука может предложить на сегодняшний день.

о каких именно их генах идёт речь?

Я не имел в виду конкретные гены, ибо никогда не копался в геномах инфузорий (к стати, отнюдь не уверен, что хотя бы один из них уже полностью секвенирован), просто общеизвестно, что у них суперизбыточный геном.

[dzver]

Это не так, перечитайте ВНИМАТЕЛЬНО хотя бы название статьи, плиз.

Гипотеза земного абиогенеза в свете данных палеонтологии, молекулярной биологии и анализа химического состава молекул РНК
Не вижу ничего общего с вашей конкретной дефиниции "продвинутости" (да и с какой-нибудь другой)?
Или вы про другую статью?

Цитата: dzver от Сегодня в 17:13:20

    В первых, это просто некая (сильно антропоморфная) дефиниция "продвинутости" данная вами - которая природе и жизни - по барабану.

Дело не в названии, а в том, что есть объективно измеряемый параметр изменение которого коррелирует с минимальной длиной генома. Не нравится лейбл "продвинутость" замените его на "плодовитость", в рассуждениях ровным счётом ничего не изменится.

Не важно слово-лейбл (я то и на "сепулькой" его могу заменить) а важно то что оно означает - и что вы "подобрали" экспериментальные данные соответно.
Если из ста экспериментов орел-решка отфильтруем только "продвинутых" (решкоподобных) - то и получим что вероятность решки 99%.

Ну а если вы отфильтровали выборку экспериментальных данных в связи с вашей дефиниции "продвинутости" - то и получите соответные корреляции и соответно график - подкрученные именно под этой связи.

Для цели экстраполяции в прошлом (что бы узнать где на временной шкале евентуально расположен "момент" абиогенеза) - такое недопустимо. Причина - в том, что ваша дефиниция "продвинутости" в этой области становится бессмысленной.

Статистически правильно, делать так:
- взять современный представитель биосферы, пусть Х
- Начертить график длины параметра (минимального генома) предков Х назад во времени, по расклонений его эволюционного дерева
- Сделать такое для как можно более репрезентативной выборки из всех современных представителей биосферы X1, X2...
- Последннее в частности подразумевает что не должны быть никакие пристрастия в выборки
- "Усреднить" все полученное, с весов равные весами биомассы каждого представителя и его предков

Все такие эволюционные линии мин. длин геномов - будут конвергироваться к мин. длину LUCA назад во времени - сливаясь т.к. разнообразие будет уменшаться.
Из них - только ничтожная часть будут представители "продвинутых видов" - и это нормально.
Вот такой "усредненный" график можно эвентуально пытаться экстраполировать назад чтобы надеяться получить что то вразумительное (правда, тут тоже необходимо допустить что те же самые закономерности применимы и прежде LUCA - т.е. нет какого-нибудь качественного изменения в сложных процессов обеспечивающих данного тренда - вплоть до момента абиогенеза - что также не факт).

Я понимаю, что такого нельзя сделать из-за нехватки данных - но это как минимум то к чему нужно стремится - Для цели экстраполяции в прошлом (что бы узнать где на временной шкале евентуально расположен "момент" абиогенеза).

Если в общем случае, у вас цель другая - то вы можете делать и экстраполяций на базе пристрастных выборок - но а) понимая что эти экстраполяции относятся именно к отфильтрованных выборок (домен событий у вас ДРУГОЙ, отфильтрованный) и б) экстраполировать только в области где критерии пристрастия выборки имеют тот же четкий смысл

[Nucleosome]

Только, понятное дело, нужна ссылка, подтверждающая, что дело было ИМЕННО КОНКРЕТНО НА ЗЕМЛЕ.

вообще-то... все работы этого направления исходят именно из того, что дело было на Земле - будет известно - где, как, когда и что прилетело - тогда и вопрос будет ставится иначе... "трудно искать чёрную кошку в тёмной комнате" но ещё труднее, если мы не знаем в какой и что ищем.

Посмотрите распространённость углерода на Земле и в среднем в нашей галактике.

на Земле или в Земной Коре? это очень разные вещи. но это и не важно. в недрах его не много - лёгкий он. во-вторых - угдерод образуется в ядрах красных гигантой и потому большая его часть в Галактике сконцентрирована в белых карликах, где ни LUCA ни кто другой образоваться не могу - тем более так давно (в среднем белые карлики тогда были горячее нынешних), на планеты же попадают только те крохи, которые выносятся из ядра конвекивиными потоками крайне протяжённой оболочки гиганта...

просто общеизвестно, что у них суперизбыточный геном.

это вы макронуклеус, так то другое:
http://elementy.ru/news/431996
http://elementy.ru/news/430314
и вот что из геномов есть:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Ciliophora
вот с полным геномом:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/222
103 и 147 млн пар нуклеотидов, генов 24 тыс - где это он "суперизбыточен" вы не амёбами спутали?

хотя, конечно, к выводам нужно относиться с осторжностью, тем не менее, это лучшие оценки, которые современная наука может предложить на сегодняшний день.

лучшие-то они лучшие, но погрешность этих оценок, как и молекулярных часов вообще оставляет желать лучшего - когда речь о различиях - 4,2 и 3,5...
кроме того - не факт, что LUCA вообще существовал - сходство организмов может быть вызванно и обильным обменом генами, что на ранних стадиях эволюции было наверняка очень распространенно

[Combinator]

В студию (если Марков не тот из ссылке с блохами и собаками - тогда даже обсуждать не хочу).

Что-то у Вас, похоже, какая-то мешанина в голове. Собаки с блохами, это Панов.

Тут просто мне нечего сказать, кроме как посоветовать вас с вашей линейности на Форекс делать денег - и пожелать успеха в этом деле.

Ну Вы, батенька, добряк!
Форекс это игра с отрицательной суммой,  с огромным числом участиков. Котировки на нём определяются процессами со сложными обратными связями, а интересы игроков антогонистичны. Соответственно, поведение курсов валют в среднем фрактально и на больших промежутках времени практически хаотично. Даже если какая-то прямая случайно и нарисуется, то там будет такое ско, что любой разумный человека поймёт, что достоверность полученных таким образом данных близка к нулю.

Глубоко сомневаюсь что за это сидит что-то большее чем "одна бабка сказала"

Вообще-то эта, как Вы выразились, "бабка", лауреат премиии "Просветитель" за 2011-й год.

Давите "уважением к теоремами"?? : )))
Вопрос не в теорем - а в их применимости. Вы матстатистику изучали? Определение "вероятности" знаете?

Я просто назвал основание для выбранного мною расчёта вероятности, не более того.
Да, матстатитистику я изучал, определений "вероятности" есть как минимум два. Какое конкретно Вы имеете в виду, аксиоматику Колмогорова, или определение через частоты реализации событий?

Вам объяснять почему применяя вашего критерия к "экспериментальной последовательности биржевого курса" - так что если по ваших рассчетов "наиболее вероятного" вы были бы на выигрыше - вы на самом деле, денег потеряете?
Т.е. к вашему изумлению, ваши "наиболее вероятные" ожидания "по Лапласу" примененные к экспериментальными данными - окажутся на самом деле НЕ наиболее вероятными?

Что Вы всё о деньгах, да о деньгах, лучше бы о душе подумали.
Но раз уж Вас так волнует эта тема, то могу сообщить, что наш торговый робот за 8 месяцев торговли на Форекс увеличил первоначальный капитал примерно на 40%.

Тем более это работает против вероятности панспермии - труднее отколупливать от планет с атмосферы.
Вы то определитесь - жизнь на Марсе или ее отсутствие - это довод "за" или "против" вашей гипотезы.

Естественно, "за". Только жизнь там, если и есть, то скорее из того же источника, что и на  Земле. Обе планеты могли быть "заражены" практически одновременнно.

[Combinator]

вообще-то... все работы этого направления исходят именно из того, что дело было на Земле - будет известно - где, как, когда и что прилетело - тогда и вопрос будет ставится иначе... "трудно искать чёрную кошку в тёмной комнате" но ещё труднее, если мы не знаем в какой и что ищем.

Те же всякие там "чёрные" и "белые" курильщики наверняка есть на огромном множесте планет земного типа, на многих из которых с первоначальным запасом органики должо было быть намного лучше, чем на Земле. Вы, как я понимаю, читали последнюю книжку Кунина, так что, сами можете оценить, что думает о проблеме происхождения жизни вообще, и правдоподобности предложенных к настоящему времени соответсвующих теорий один из ведущих молекулярных биологов современности. Он, мягко говоря, не испытывает по отношению к ним большого прилива оптимизма.
Кстати говоря, отнюдь не все исследователи ориентируются исключительно на условия первобытной Земли. В частности, Спирин выяснил, что пик ферментативной (точнее, энзимной ) активности РНК приходится на сверхнизкие температуры (около нуля по Цельсию и даже ниже), после чего стал подумывать о том, не могла ли жизнь быть занесена на Землю с кометами.

на Земле или в Земной Коре?

В земной коре.

но это и не важно. в недрах его не много - лёгкий он. во-вторых - угдерод образуется в ядрах красных гигантой и потому большая его часть в Галактике сконцентрирована в белых карликах, где ни LUCA ни кто другой образоваться не могу - тем более так давно (в среднем белые карлики тогда были горячее нынешних), на планеты же попадают только те крохи, которые выносятся из ядра конвекивиными потоками крайне протяжённой оболочки гиганта...

Тем не менее, CO - самая распространённая в облаках межзвёздного газа двухатомная молекула после водорода. А на Земле (атмосфера + океан + земная кора) углерода на три порядка меньше, чем кислорода.

это вы макронуклеус, так то другое:
http://elementy.ru/news/431996
http://elementy.ru/news/430314
и вот что из геномов есть:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Ciliophora
вот с полным геномом:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/222
103 и 147 млн пар нуклеотидов, генов 24 тыс - где это он "суперизбыточен" вы не амёбами спутали?

Да, действительно перепутал с амёбами, извиняюсь. У некотрых инфузорий гиганское число хромосом, хотя общий размер генома при этом более-менее обычный, видимо, это меня и сбило с толку.

лучшие-то они лучшие, но погрешность этих оценок, как и молекулярных часов вообще оставляет желать лучшего - когда речь о различиях - 4,2 и 3,5...

Да, погрешность достаточно велика. Поэтому я в своей статье считаю вероятность внеземного абиогенеза именно с учётом погрешности измерения!

кроме того - не факт, что LUCA вообще существовал - сходство организмов может быть вызванно и обильным обменом генами, что на ранних стадиях эволюции было наверняка очень распространенно

Рибосомный супероперон (около 50-ти генов и рРНК) есть у всех без исключения организмов, причём гены в нём идут в одном и том же порядке. Вряд ли такой важнейший и очень немаленький кусок хромосомы мог бы так хорошо сохраниться практически в неизменном виде, если бы он исходно не составлял "ядро" генома Лука.

[dzver]

Форекс это игра с отрицательной суммой,  с огромным числом участиков. Котировки на нём определяются процессами со сложными обратными связями, а интересы игроков антогонистичны. Соответственно, поведение курсов валют в среднем фрактально и на больших промежутках времени практически хаотично. Даже если какая-то прямая случайно и нарисуется, то там будет такое ско, что любой разумный человека поймёт, что достоверность полученных таким образом данных близка к нулю.

Все в общем верно.
И?... Как это потверждает применимость теоремы Лапласа к для оценки доверительности экстраполяции экспериментальной выборки на вашем графике?
"батенька"

Вообще-то эта, как Вы выразились, "бабка", лауреат премиии "Просветитель" за 2011-й год.

Да хоть и Майкл Джексон.
Важна формула для рассчета "уровня организации" объекта - где она, и в чем сей уровень меряется - дайте или приведите ссылку.
Чтобы могли посчитать "уровня организации" например, табуретки.

Я просто назвал основание для выбранного мною расчёта вероятности, не более того.
Да, матстатитистику я изучал, определений "вероятности" есть как минимум два. Какое конкретно Вы имеете в виду, аксиоматику Колмогорова, или определение через частоты реализации событий?

Да любое.

В вашей статьи, в связи с этого написано следующее: "В нашем случае в качестве «событий» можно рассматривать факт соответствия закона роста минимальной длины генома на определенном промежутке времени полученной в работах
(Sharov 2006, Марков и др. 2010) зависимости."

Но извините, "соответствие закона роста" - событием не является.

Что цитированное утверждение очевидная чушь - должно быть очевидным и для и для дилетанта.
Так как поскольку под набора же самых экспериментальных данных можно подогнать самые разные "законы" - которые будут экстраполироваться на неизвестной области самым разным образом - а у вас по этой ущербной логики, для каждого из них получится что "оценка что на участке экстраполяции наблюдаемый характер зависимости не изменится, равную 81%".

Еще простейший пример.
Вам дата выборка пяти неизвестных чисел.
Первые три из них "открываются" и видно, что они: 1,2,3
На основание данного, можно ли утверждать какие будут остальные две числа, и с какой вероятности?

Если вы на самом деле знаете что такое вероятности - признайтесь, что сбагрили такое в статьи просто для убедительности.

Что Вы всё о деньгах, да о деньгах, лучше бы о душе подумали.
Но раз уж Вас так волнует эта тема, то могу сообщить, что наш торговый робот за 8 месяцев торговли на Форекс увеличил первоначальный капитал примерно на 40%.

Поздравляю! : )

Естественно, "за". Только жизнь там, если и есть, то скорее из того же источника, что и на  Земле. Обе планеты могли быть "заражены" практически одновременнно.

Ок