Какова плотность жизни во вселенной?

[LUKA]

Далее,РНК-синтаза это фермент. Все ферменты это белки (как их можно получить здесь  http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%91%D0%B5%D0%BB%D0%BA%D0%B8   - снова вопросы как они появились в луже?) с молекулярной массой от 15 000 до нескольких млн Да.Это основные требования к первичным реактивам.

Не все ферменты - это белки. В современных живых организмах сами молекулы РНК обладают широким спектром ферментативной активности. В этом случае они называются рибозимами. Например, именно РНК ответственна за катализ образования пептидной связи в белке.
В древних системах катализаторами могли быть комлексы минералов с небольшими органическими молекулами. Например, в современных организмах часто активным центром белков являются металло-серные комплексы, сходные по структуре с некоторыми природными кристаллами.

[Kweni]

Вы ПУТАЕТЕ оптимальную темературу фермента с оптимальной температурой роста или с условиями обитания.

Не надо пытаться придираться. Максимальная температура роста +10 - +20 этих бактерий получается именно из-за деактивации ферментов при повышении температуры:

[LUKA]

Вы ПУТАЕТЕ оптимальную темературу фермента с оптимальной температурой роста или с условиями обитания.

Не надо пытаться придираться. Максимальная температура роста +10 - +20 этих бактерий получается именно из-за деактивации ферментов при повышении температуры:

1. Немного о ЛОГИКЕ. То, что я Вам указал, что в прошлом посту Вы НЕ ПРИВЕЛИ НИ ОДНОГО ДАННОГО ПРО ФЕРМЕНТЫ - это чистая правда. И то, что Вы при этом заявили, что данные ОБЯЗАТЕЛЬНО говорят об оптимальной температуре для работы многих ферментов - это наоборот, неправда. И указание на этот факт никак не может считаться придиркой.
2. Никто не будет отрицать, что  НЕКОТОРАЯ ЧАСТЬ ферментов действительно будет нестабильной при повышенной температуре. Это тоже факт. Какая именно часть - ни я, ни Вы точно не знаете.
3. Я работал с мезофильными организмами и исследовал температурные оптимумы многих ферментов. ОЧЕНЬ ЧАСТО они оказывались в районе 37 градусов, но никак не 10-20. Например, в штаммах так называемой Glacial ice bacterium (блестящая ледяная бактерия из рода, близкого к Mycetocola), которая ПРОСТО НЕ РАСТЁТ при 37 градусах, имеет метилазу, модифицирующую аденин в позиции ttaa C ОПТИМУМОМ 55 ГРАДУСОВ!
Зная такого рода факты, я ОЧЕНЬ ОБОСНОВАННО отнесся К ПОРОЧНОЙ АРГУМЕНТАЦИИ относительно того, что ОБЯЗАТЕЛЬНА привязка оптимума роста и оптимутма работу СУЩЕСТВЕННОЙ ЧАСТИ ферментов.
Вы приводите один пример, я в ответ могу привести МНОГО КОНТРПРИМЕРОВ.
Но из приведённых фактов есть один важный вывод - НЕЛЬЗЯ НАПРЯМУЮ СВЯЗЫВАТЬ оптимальную температуру роста и оптимальную температуру работы отдельных ферментов. Конечно такая корреляция есть, но она неоднозначна.
Равно как и в термофильных штаммах может быть фермент с низким температурным оптимумом.
Это не придирки, а всего лишь уточнение. Тема интересная, потому и написал.

Возможно существует физико-химическая предрасположенность к этим двум температурам - 37 и 55 градусов. Теории, объясняющей этот факт, по видимому нет.
Однако интересно, что максимальная теплоёмкость воды - тоже 37 градусов. Случайно ли это совпадение, и насколько эта предрасположенность объясняется свойствами самой воды - не знаю.

[Nucleosome]

Реальная ситуация С ТОЧНОСТЬЮ ДО НАОБОРОТ. Во первых, продают то, что находят.

ага, в том числе ферменты некультивируемых бактерий? сколько там их % от общего, 99?

Во вторых это - реальная закономерность для ферментов рассматриваемых классов ВООБЩЕ, а не для тех, что продают.

а у вас есть данные чтобы утверждать это, тем более так резко:

И "мощная селекция", связанная с продажей и простотой их получения - это просто Ваше умозрение, не имеющее к реальности никакого отношения.

тем более вы говорите:

У меня нет достаточно полных данных о том, чтобы судить о температурных зависимостях для ферментов разных классов, но для данных вывод однозначный и не связан ни с какой "мощной селекцией".

то есть откуда вывод?..
вообще - меня слегка раздаражают те. кто приходит на форум, и с первых сообщений начинает писать с умным видом ничем не обоснованные вещи да ещё и сопровождая их нападками без всякого на то повода. Считайте это предупреждением.

Зная такого рода факты, я ОЧЕНЬ ОБОСНОВАННО отнесся К ПОРОЧНОЙ АРГУМЕНТАЦИИ относительно того, что ОБЯЗАТЕЛЬНА привязка оптимума роста и оптимутма работу СУЩЕСТВЕННОЙ ЧАСТИ ферментов.

так вопрос в том, задействованных в чём именно ферментов - оптимум роста тоже не с потолка берётся, а опредляется ферментами в конце концов...
это - по теме, а если вообще - то судя по выделенным вами большими буквами, вы страдаете самовлюблённостью.

[Combinator]

вообще - меня слегка раздаражают те. кто приходит на форум, и с первых сообщений начинает писать с умным видом ничем не обоснованные вещи да ещё и сопровождая их нападками без всякого на то повода.

Насколько я могу судить по его статьям, LUCA хорошо разбирается в молекулярной биологии. Думаю, если он примет участие в дискуссиях на данной площадке, то она от этого только выиграет.

[LUKA]

Реальная ситуация С ТОЧНОСТЬЮ ДО НАОБОРОТ. Во первых, продают то, что находят.

ага, в том числе ферменты некультивируемых бактерий? сколько там их % от общего, 99?

Если речь УЖЕ зашла О ДРУГОМ - то да, в том числе некультивируемых.

Во вторых это - реальная закономерность для ферментов рассматриваемых классов ВООБЩЕ, а не для тех, что продают.

а у вас есть данные чтобы утверждать это, тем более так резко:

Да, есть. В течение последних 10 лет главное, за что мне платят деньги - я ищу новые ферменты из этих классов. То есть через меня проходят каждую неделю по крайней мере несколько ферментов, для которых устанавливаю температурный оптимум. Картина - однозначная для данного класса ферментов.
То же касается и для ферментов некультивируемых бактерий. Их мы выделяем с помощью ПЦР из метаДНК почвы, воды (в том числе горячих источинков и горных ледников) или из геномок бактерий или других организмов. В этом случае суждения об оптимальной температуре роста штаммов конечно же косвенные, но они тоже есть. Одно время я специально занимался мезофилами (искали термолабильные ферменты).

..тем более вы говорите:

У меня нет достаточно полных данных о том, чтобы судить о температурных зависимостях для ферментов некторых классов, но для данных вывод однозначный и не связан ни с какой "мощной селекцией".

Тем более.

Насколько я могу судить по его статьям, LUCA хорошо разбирается в молекулярной биологии. Думаю, если он примет участие в дискуссиях на данной площадке, то она от этого только выиграет.

Спасибо.

[Nucleosome]

Если речь УЖЕ зашла О ДРУГОМ - то да, в том числе некультивируемых.

нет, о другом не заходила - в ссылке Combinator про продаваемые ферментами такими фирмами, а не о ферментах вообще. впрочем - о ферментах вообще конечно более соответсвует теме

Да, есть. В течение последних 10 лет главное, за что мне платят деньги - я ищу новые ферменты из этих классов. То есть через меня проходят каждую неделю по крайней мере несколько ферментов, для которых устанавливаю температурный оптимум. Картина - однозначная для данного класса ферментов.

ну так бы и написали сразу в самом деле... то есть - если брать один класс ферментов и проверить его температурный оптимум для многих организмов получится два пика распредления? А корреляции с оптимальной температурой роста бактерий не будет? то есть я не знаю, я этим не занимаюсь... правда - это одна сторона дела, а если брать температурные оптимумы всех ферметов организма (конечно тех, которых удалось выделить...) то будут ли они кучковаться у какой-то точки?.. правда добыть такие данные куда более трудоёмко...

То же касается и для ферментов некультивируемых бактерий. Их мы выделяем с помощью ПЦР из метаДНК почвы, воды (в том числе горячих источинков и горных ледников) или из геномок бактерий или других организмов. В этом случае суждения об оптимальной температуре роста штаммов конечно же косвенные, но они тоже есть.

ну понятно - можно судить по температурным условиям места, откуда вы брали пробы, откуда выделили ДНК, правда микроместообитания вносят свой разброс условий...

[LUKA]

то есть - если брать один класс ферментов и проверить его температурный оптимум для многих организмов получится два пика распредления? А корреляции с оптимальной температурой роста бактерий не будет? то есть я не знаю, я этим не занимаюсь... правда - это одна сторона дела, а если брать температурные оптимумы всех ферметов организма (конечно тех, которых удалось выделить...) то будут ли они кучковаться у какой-то точки?.. правда добыть такие данные куда более трудоёмко...

Совершенно верно. Будет двухпиковость. Первый пик на 37 градусов будет более высоким и острым (меньше незначительных отклонений от 37 градусов). Второй пик при 55 градусах будет не столь большим и более широким.
Данные по температурным оптимумам просто часто бывает удобно собирать по каталогам, так как там приведены данные сразу для нескольких сотен ферментов, в частности можно для сравнения посмотреть в каталоге "New England Biolabs". Такого рода двухпиковость обоснована для эндонуклеаз рестрикции и близких к ним ферментам, ДНК-метилтрансфераз, хоминговых эндонуклеаз.
Что касается ферментов других классов, то достаточных данных для обоснования у меня нет. Хотя все мне известные факты, взятые из статей и каталогов, касающиеся некоторых других классов (гликозилаз, нейроминидаз и др.) в целом ложатся в эту же картину.
Что касается корреляции с температурой роста, то она всё же есть. Ферменты, с оптимумом в 55-60 градусов всё же чаще встречаются у термофилов, хотя в термофилах ферменты с оптимумом 37 градусов не такая уж большая редкость. Достаточно посмотреть на ферменты, название которых начинается с Bst... ((Geo)Bacillus stearothermophilus).

Хотя объяснить причины такого рода не берусь, всё же предполагаю, что то, что у теплокровных организмов темперетура близка к 37 градусов - не случайное явление и имеет непосредственное отношение к некой "физико-химической предопределённости" для них.