Актуальные вопросы глобальной эпидемиологии и молбиологии

[mbrane]

есть основания считать, что в пределах провинции Хубей орудует один штамм, а за её пределами другие - иначе бы не было таких различий в смертности (текущая - 3% против 0,77%),

вполне может один штамм...а смертность определяется взаимодействием трех   факторов
1: в хубее инфекция начала распостраняться раньше
2. у значительной части носителей виручов длитильное время нет симптомов заболевания
эти два фактора привели к большоиу числу инфицированных в хубее
3. Из-за высокого числа инфицированных оказалисб переполены больницы даже не смотря на быстрое строительство двух госпитлей (один из которых тут же пострадал при ветре)- и просто нет возможно оказать своеввременную интенсивеую терапию в тяжелых случаях...

а в других провинциях, не смотря на то что штамм тот де  но число заболевших на 2 порядка меньше...посему и смерность меньше, из-за надлежащего лечения

[mbrane]

Также  две вспышки за пределами Китая - в Южной Корее и на севере Италии показывают несколькко иной характер распространения, чем в Китае - сразу много новых случаев,

тоже можно объяснить в рамках гипотезы одного штама...в ухане запаздало начали действовать, а секвесирование вируса провели только а январе...то есть системно диагноситровать в ухане стали весьма поздно по объективным и субъективным факторам... в европе же уже есть опыт китая - и соотвественно процедуры диагносики усовершенствавны

[ivanij]

Также  две вспышки за пределами Китая - в Южной Корее и на севере Италии показывают несколькко иной характер распространения, чем в Китае - сразу много новых случаев,

тоже можно объяснить в рамках гипотезы одного штама...в ухане запаздало начали действовать,

  Теперь пишут, что вирус на этот рынок откуда-то со стороны попал. И называют уже три возможных канала.

[mbrane]

Интересный вопрос. Я не специалист, но мне кажется понятие "штамм" несколько искусственное. Вот выделили мы линию - это штамм. Но в этой линии может затем случиться мутация. Вроде штамм один - а вирусы разные. С другой стороны, можно выделить вирусы из разных источников - и это, формально, разные штаммы. А их геном может быть идентичен.

собственно весь вопрос то у мне и вырос из филогенетических жерревьев и могу перформулровать по другому.... Филогенетические деревья можно строить как по геному, так и по аминокислотам гомологичных протеинов или мотивов...предположу что построеннные деревья строились по последовательностям РНК...Далее всем известно, что генетический код избыточен, и у значительной части триплетов третье основание не определяющее . вопрос нумер 1
1. будут ли относится шенетиескиии линии с подобными мутациями к одному штамму
следущий вопрос сложнее...Ну ведь и второе и перво основание могут поменяться  в результате точечной мутации...Ну пусть в результате мутации U->C Серин поменялся на треонин - аминокислоту с аналогичными свойствами
2. Будут ли такие мутации относится к одному штамму
Ну и третий вопрос еще более общий ... опять же известно что функционирование белков определяется в основном конформацией, и значительная часть аминокислот где нибуддь в центе глобуле модно заменить гомологами, так что химичнеские свойства сало поменялись
3. Будет ли и в этом случае две линии относится к одному штамму     

[Combinator]

собственно весь вопрос то у мне и вырос из филогенетических жерревьев и могу перформулровать по другому.... Филогенетические деревья можно строить как по геному, так и по аминокислотам гомологичных протеинов или мотивов...предположу что построеннные деревья строились по последовательностям РНК...

Конкретно то дерево, которое я выложил, построено по последовательности аминокислотных остатков ключевого белка, отвечающего у данного вируса за процесс заражения. По РНК обычно строятся лишь деревья по сабъюнитам рибосомы, каковой у вирусов нет в принципе.

[mbrane]

собственно весь вопрос то у мне и вырос из филогенетических жерревьев и могу перформулровать по другому.... Филогенетические деревья можно строить как по геному, так и по аминокислотам гомологичных протеинов или мотивов...предположу что построеннные деревья строились по последовательностям РНК...

Конкретно то дерево, которое я выложил, построено по последовательности аминокислотных остатков ключевого белка, отвечающего у данного вируса за процесс заражения. По РНК обычно строятся лишь деревья по сабъюнитам рибосомы, каковой у вирусов нет в принципе.

у сарса - ничего окромя рнк и нет...

[Combinator]

у сарса - ничего окромя рнк и нет...

Ну так эта РНК и кодирует его собственные протеины, так же как ДНК кодирует протеины у клеточных форм жизни.

[Nucleosome]

А как человеком переносится дикий мышиный вирус? Получается, что он должен быть достаточно вирулентен, но давать очень смазанную клиническую картину банального "ОРВИ". В таком виде он мог достаточно долго циркулировать среди работников рынка, пока не мутировал и не проявил свою "истинную сущность".

это вполне возможно, ну и курсировать он мог не только по рынку, но и вообще в округе - кто ж его знает, дело зимнее, обычное, иди свищи

А вообще, любопытно, можно ли говорить о том, что биоразнообразие животного мира - это один из факторов риска для человека? Выше разнообразие зоонозов - выше риск подцепить какую-то природную дрянь. Ну и вопрос пищевых табу, в этой связи, оказывается не праздным...

с одной стороны вирусы могут стать тоже разнообразнее "тестируя" разные имунные ответы у разных животных, с другой - если есть только дватри вида, то у вирусов будет больше простора для расширения очень однородной популяции в плане рекомбинации (а в случае разных животных это будет более затруднено из-за разных приспособлений) и тогда оттуда может вылезти что-то "особенное". ну и потом - через пищу передача этого вируса не показана - тут для нег единственный путь это налипнуть с куска еды на слизистую глотки. во-первых тут явно не та концентрация что просто при вдохе может быть, а во-вторых сырых животных едят очень мало (устриц могу вспомнить, но в Китае сырая еда вообще не популярна, варят даже огурцы). то есть - говоря с кого он залетел речь идёт прежде всего о контакте с животными или их частями - то есть разделываешь тушу свиньи - получай свиной грипп в нагрузку (говорят кстати что он никуда не ушёл, в отличае от атипичной пневмонии, а так и болтается как и сезонный грипп) вряд ли правда отвразение к свинине /некоторых/ это от такого опыта...

в хубее инфекция начала распостраняться раньше

этот фактор есть, но всё же посмотрите на текущую ситуацию - кроме Хубея в Китае практически нет новых случаев (на сегодня: 4 в Конг Конге, 1 на Тайване, 5 - во всех остальных провинциях)

у значительной части носителей виручов длитильное время нет симптомов заболевания
эти два фактора привели к большоиу числу инфицированных в хубее

ну это к вопросу о том, что он циркулировать начала сильно раньше - правда тогда не понятно а что Ухань? за тот срок - с ноября как говорят (я тогда как раз приболел...) он мог попасть куда угодно

Из-за высокого числа инфицированных оказалисб переполены больницы даже не смотря на быстрое строительство двух госпитлей (один из которых тут же пострадал при ветре)- и просто нет возможно оказать своеввременную интенсивеую терапию в тяжелых случаях...

это тоже возможно, но смертноть до конца января была низкой

а в других провинциях, не смотря на то что штамм тот де  но число заболевших на 2 порядка меньше...посему и смерность меньше, из-за надлежащего лечения

ну в Хубей уже со всей страны что могли свезли, так что вряд ли там сейчас умирает от недостатка лечения большая часть. кто-то наверное, увы, да. ну и всё-таки кол-во смртей не так уж велико (за пределами Хубей за вечерашний день никто от этого вируса не умер) чтобы критическим не успевали оказывать помощь, когда число мед работников собранное там равно, а может уже и больше числа больных...

тоже можно объяснить в рамках гипотезы одного штама...в ухане запаздало начали действовать, а секвесирование вируса провели только а январе...

так только в последние дни декабря стало ясно, что речь идёт о чём-то новом... запоздало может откопали его, но действовать после этого уже - не получается: секвенировали когда умерших было меньше пальцев одной руки.

в европе же уже есть опыт китая - и соотвественно процедуры диагносики усовершенствавны

да, опыт конечно есть, но он хорош тогда, когда им пользуются. а то - тесты на приезжих из Ктиая тратить не желали, в Израиле решили вкинуть всех туристов из Южной Кореи тоже без всяких тестов - типа заразили или нет нас не касается, но все на всякий случай - на выход (я всегда говорил что гетто не на Канареджио (Венеция), а в голове). с лайнера решили развозить по миру... в Испании теперь пишут - а почему люди смели маски какие были из магазинов? ведь минздрав ничего о них не говорит! только мыть руки (в Европе руки мыть не любят вообще говоря, в Китае и то больше замечено), поезда из Италии в Австрию как ходили так и ходят - ну проверили, подзадержали и всё - известно же уже что на ранних стадиях болезни рутинными тестами вирус не выявить... в общем посмотрим что будет - среди постдоков тут (анголо-американская пара возвращается на следующей неделе) уже говорят - если так дальше пойдёт, от этого вируса безопаснее всего в Китае и будет - билеты в поезда для возвращающихся на работу продают так, чтобы больше половины мест не занимали)

Теперь пишут, что вирус на этот рынок откуда-то со стороны попал. И называют уже три возможных канала.

да, я тоже такое читал. то есть - рынок и летучие мыши долго волновали умы как наиболее предпочтительная версия, но как будто с ней не всё стыкуется...

Будет ли и в этом случае две линии относится к одному штамму

зависит от того, что они изменят, собственно, вы же ниже и отвечаете на вопрос:

значительная часть аминокислот где нибуддь в центе глобуле модно заменить гомологами, так что химичнеские свойства сало поменялись

замена аминокислоты может и ничего не изменить. а может выбить (или наоборот усилить активность) всего белка целиком - в первом случае штамм будет один, во втором - нет. проблема не-нейтральных замен (строго говоря - эволюция) - камень преткновения любых выводов о двивргенции исходя из филогенетического дерева - где изменения просто по ходу жизни, а где - критично важные для выживания - и задним числом соверменными методами определить получается очень плохо (почти никак). и это ответ на этот вопрос:

Будет ли и в этом случае две линии относится к одному штамму

один или нет могут показать только лабораторные исследования. последовательность может указать - что с какой-то вероятностью этот будет иметь другие свойства нежеле "тот", но и только, то есть указать на с чего надо начинать копать чтобы отыскать наиболее опасных

По РНК обычно строятся лишь деревья по сабъюнитам рибосомы, каковой у вирусов нет в принципе.

а какая разница? была бы послеовательность, а построить можно. вообще по аминокислотной строить - весьма криво потому что как уже написал mbrane код вырожден. правда в данном случае это ясно показывает, что замены были не только "тихие", но и заменябщие аминокислоты

[Combinator]

а какая разница? была бы послеовательность, а построить можно. вообще по аминокислотной строить - весьма криво потому что как уже написал mbrane код вырожден. правда в данном случае это ясно показывает, что замены были не только "тихие", но и заменябщие аминокислоты

Формально построить, конечно, можно, но для кодирующих протеины участков ДНК/РНК в абсолютном большинстве случаев используются именно аминокислотные последовательности. Нейтральные мутации, не приводящие к изменению протеинов, мало кому интересны. Тем более, что РНК вирусы мутируют с такой бешенной скоростью, что что при людом акте репликации РНК появляется достаточно много не синонимических замен. Но если есть интерес, я могу выложить и РНК дерево по этому же протеину.

[Maki]

это вполне возможно, ну и курсировать он мог не только по рынку, но и вообще в округе - кто ж его знает, дело зимнее, обычное, иди свищи

Возможно. Но тогда мы теряем связь с лабораторией. Китайские власти наверняка распутывают этот детектив. И, судя по тому что они не скрыли информацию о лаборатории, возможно что и цепочку они обнародуют.

с одной стороны вирусы могут стать тоже разнообразнее "тестируя" разные имунные ответы у разных животных, с другой - если есть только дватри вида, то у вирусов будет больше простора для расширения очень однородной популяции в плане рекомбинации (а в случае разных животных это будет более затруднено из-за разных приспособлений) и тогда оттуда может вылезти что-то "особенное".

В тропической фауне есть куча всяческой мелкотравчатой экзотики. Но достаточно много и массовых видов. Так что всё указывает на то, что там одновременно могут циркулировать и крупные массовые штаммы, и вырабатываться мелкие, очень специфические. То есть возможностей для эволюции там гораздо больше.

ну и потом - через пищу передача этого вируса не показана - тут для нег единственный путь это налипнуть с куска еды на слизистую глотки. во-первых тут явно не та концентрация что просто при вдохе может быть

Вопрос касался вирусов вообще.
В частности же, вся проблема в том, что летучих мышей, китайцы, похоже действительно не едят, а едят не относящихся к делу крыланов. Так что тут возможно дело и не в разделке. Подхватить вирус могли на чердаке или в пещере, где эти твари обитают. Но при обращении с тушкой дохлой мыши или мышиным помётом в лаборатории или вне её, вирус могли подхватить тоже. И это надо учитывать.

P.S.
Кстати, на всякий случай уточните, как в КНР выглядит система сбора и утилизации отходов. Если там принцип территориальный, и организация вынуждена работать с отходами разных классов опасности, в том числе отходами рынка и лаборатории одновременно - канал утечки мог возникнуть именно так.

[cybertron]

Текущая теория - что к человеку инфекция передалась не от летучих мышей - а от какого-то другого животного/насекомого - который подхватил ее от мышей.

[mbrane]

это тоже возможно, но смертноть до конца января была низкой

среднее время до летального исхода что-то около 14 дней...

[Nucleosome]

Тем более, что РНК вирусы мутируют с такой бешенной скоростью, что что при людом акте репликации РНК появляется достаточно много не синонимических замен.

да, это проблема, потому что мутации могут достигнуть насыщения - то есть произошли все какие могли закрепится (т. е. нейтральные и слабовредные) и всё, на этом всё дерево кончится - пойдут политомические ветвления (будет как множество не внятных узлов), но всё-такие всё равно интересно как выглядит дерево всех мутаций. т. е. по РНК

Нейтральные мутации, не приводящие к изменению протеинов, мало кому интересны.

ну как это? они позволяют калибровать время (хотя бы относительное - одной ветви от другой), а в этом вопросе это очень важно

а от какого-то другого животного/насекомого - который подхватил ее от мышей.

животного vs насекомого?.. от насекомых всё же вряд ли - уж слишком велико отличае и дыхательная система не та. во всяком случае следы пока теряются

среднее время до летального исхода что-то около 14 дней...

тем более было время подвезти людей и оборуование. но дело даже не в этом - по другим городам (лучше конечно сказать уездам) Хубей смертность не так кардинально ниже, чем в другим местах, а заражённых куда меньше и приток новых сейчас тоже намного ниже Ухани (но это может быть потому, что там больше всего тех, у кого ещё не подтвердли диагноз), при том что население не так уж сильно меньше - в двух наиболее инфицированных местах по 6-7 млн населения в каждом против 11 уханьских (это ж Китай! людей везде кроме Тибета много )

Но тогда мы теряем связь с лабораторией.

ну как бы трудно терять то, чего нет, точнее не прослеживается. а вера это уже совсем другая история

То есть возможностей для эволюции там гораздо больше.

в тропиках конечно эволюция идёт быстрее и на это чётко указывает наблюдаемое разнообразие, но - поскольку в данном случае нас интересует эволюция против нас, то есть в итоге очень узкое (а точнее почти никакого) разнообразия, то разобщённость и разнородность исходной базы (природных резервуаров) тут будет играть уже не такую ведущую роль, а точнее - иметь только значение общей массы. в случае же если это вирус, живущий на близких нам животных и которых много, и он иногда будет практиковать заскоки к нам и наоборот - вот тут среда получится идеальная.

Подхватить вирус могли на чердаке или в пещере, где эти твари обитают. Но при обращении с тушкой дохлой мыши или мышиным помётом в лаборатории или вне её, вирус могли подхватить тоже. И это надо учитывать.

надо, но мы живём даже не в аналоге термитника (где свой воздух, крытые дорожки и т. д.) и вокруг нас всегда кто-то есть - к примеру тот же лицевой клещ, он-то конечно с нами состоит в очень далёком родстве, но тем не менее. тут чтобы себя достаточно обезопасить нужно истребить всех наземных позвоночных... с летучими мышами в Китае я тоже почти общался - почти под моим окном, где она сидела... да мало ли с кем...

Если там принцип территориальный, и организация вынуждена работать с отходами разных классов опасности, в том числе отходами рынка и лаборатории одновременно - канал утечки мог возникнуть именно так.

из лабораторий тем более таких мусор ещё и биологически активный в общую кучу точно не выбрасывают и много где есть отдельные баки для разного типа отходов.

[Combinator]

да, это проблема, потому что мутации могут достигнуть насыщения - то есть произошли все какие могли закрепится (т. е. нейтральные и слабовредные) и всё, на этом всё дерево кончится - пойдут политомические ветвления (будет как множество не внятных узлов), но всё-такие всё равно интересно как выглядит дерево всех мутаций. т. е. по РНК

Хорошо, построю дерево по РНК когда руки дойдут.

ну как это? они позволяют калибровать время (хотя бы относительное - одной ветви от другой), а в этом вопросе это очень важно

Обычно молекулярные часы используют на характерных промежутках времени в миллионы лет и больше, а там основная проблема не столько найти различия (их за это время накапливается более, чем достаточно), сколько выровнять последовательности, нивелируя вставки и делиции, а это гораздо удобнее делать на основе более информационно насыщенного алфавита аминокислотных последовательностей (всё же 22 буквы против 4 букв в алфавите нуклеотидов).
   

[Maki]

ну как бы трудно терять то, чего нет, точнее не прослеживается. а вера это уже совсем другая история

Какая там история - с верой, катей или машенькой - совершенно неважно. А информация о связи лаборатории и рынка вот: https://astronomy.ru/forum/index.php/topic,179910.msg4970002.html#msg4970002

в случае же если это вирус, живущий на близких нам животных и которых много, и он иногда будет практиковать заскоки к нам и наоборот - вот тут среда получится идеальная.

Ну так биоразнообразие "близких нам" позвоночных, и в том числе млекопитающих - и есть такая идеальная среда.

вокруг нас всегда кто-то есть - к примеру тот же лицевой клещ, он-то конечно с нами состоит в очень далёком родстве, но тем не менее. тут чтобы себя достаточно обезопасить нужно истребить всех наземных позвоночных... с летучими мышами в Китае я тоже почти общался - почти под моим окном, где она сидела... да мало ли с кем...

Всё сказанное в корне неверно. Есть определённые пути передачи инфекции, есть минимальные количества возбудителя для заражения. И для каждой заразы есть практически непреодолимые барьеры. Асептика, антисептика, санитария и гигиена давно доказали это. От пролетевшей мыши заразиться вам вирусом столь же вероятно, как и девственнице забеременеть в бассейне. Только укус, разделка тушки или свежий помёт.

из лабораторий тем более таких мусор ещё и биологически активный в общую кучу точно не выбрасывают и много где есть отдельные баки для разного типа отходов.

Слово "точно" применимо только к высокомотивированным сотрудникам. Мусорщики к ним по определению не относятся.
И, да, чтобы вам не казалось, что я как-то унижаю своими подозрениями китайцев - у нас бардак с медотходами не менее вероятен.
Всё-таки кто занимался мусором рынка и лаборатории - разные компании, или одна?

[Combinator]

По просьбам трудящихся - дерево, построенное на основе последовательности RNA того же ключевого гена. Как видно, картина опять похожа на то, что было по дереву, построенному по последовательности аминокислот. Пожалуй, единственное изменение - общим предком "классических" вирусов SARS и SARS-CoV-2 выступает уже обсуждавшийся коронавирус, паразитирующий на панголинах. Описание из базы последнего общего предка всех вирусов SARS-CoV-2:
==============
Submitted (27-JAN-2020) CAS Key Laboratory of Special Pathogens, Wuhan Institute of Virology, Center for Biosafety Mega-Science,
Chinese Academy of Sciences, No. 44 Xiao Hong Shan, Wuhan, Hubei,  430071, China

/organism="Bat coronavirus RaTG13"
/mol_type="genomic RNA"
/isolate="RaTG13"
/isolation_source="fecal swab"
/host="Rhinolophus affinis"
===============

Как-то так...

[Nucleosome]

Обычно молекулярные часы используют на характерных промежутках времени в миллионы лет и больше, а там основная проблема не столько найти различия (их за это время накапливается более, чем достаточно), сколько выровнять последовательности

ну... миллионы лет это когда речь о более-менее глубокой филогении, а тут тем когда поколения смеют друг друга не раз в год или даже месяц, а часы, а может и минуты, то временная шкала соотвественно сжимается, ну и ещё и обратная транскрипция с более высоким уровнем мутаций чем репликация

а это гораздо удобнее делать на основе более информационно насыщенного алфавита аминокислотных последовательностей (всё же 22 буквы против 4 букв в алфавите нуклеотидов).

ну сколько букв тут не важно - то есть важно если у нас уж совсем короткие последовательности или замен по пальцам пересчитать, но на таких данных толковой филогении не построить, более того, именно со множеством букв и возникают проблемы при сравнеии последовательностей - есть конечно таблицы какая замена сколько "весит", но сугубо эмпирические или чуть ли не умозрительны - на химическом родстве аминокислот, с нуклеотидами проще потому что там две или три водородные связи и на этом в общем-то и всё...

А информация о связи лаборатории и рынка вот:

где? где там о том, что лаборатория при делах в деле распространения?

Всё сказанное в корне неверно.

да конечно - эволюции то у нас нет! всё у нас занесено во вселенские константы:

Есть определённые пути передачи инфекции, есть минимальные количества возбудителя для заражения. И для каждой заразы есть практически непреодолимые барьеры.

у вас по всем пунктам - что по виду "инопленетян", что по путям изменчивости вирусов тотально доминирует мысль, что всё вписано в клеточки некой матрицы и изменяясь организмы могут только занимать нужны.е интересно, ваши сообщения тут тоже из таких вот клеточек мироздания выпадают? есть барьеры которые преодолеваются с трудом (скажем не возник штамм лепры столь же быстрый как и нынешняя зараза), а есть - которые взламываются на раз - вот опять же как тут, и это всё укладывается в изменичивость и скорость размножения возбудителей. или есть приверы с вредителями - сначала нечто на ура выкашивает, а потом - уже не так... эволюция-с мил человек, и не по Ламарку. а Дарвину.

Асептика, антисептика, санитария и гигиена давно доказали это.

да? так что же у нас... к примеру с грибковыми инфекциями? герпесом? ну или вот тут, на дворе буквально, а лучше - в Ухане? чистота затрудняет пути передачи, снижают численность тех, кто перенесётся, то есть в итоге увеличивают число мутаций, необходимых, чтобы преодолеть барьер, но и только.

Мусорщики к ним по определению не относятся.

то есть лаборант выносит мусор в общую кучу? а зачем там он вообще нужен? вы когда-нибудь в био лаборатории были? я вот только сегодня, сейчас, маска подсохла как раз, опять пойду потому что случайно унёс в ноутбуке препарат (не-не, не вирусный, только наездников, который сам с полгода назад делал)

И, да, чтобы вам не казалось, что я как-то унижаю своими подозрениями китайцев - у нас бардак с медотходами не менее вероятен.

бардак при желании где угодно найти можно, это ж не значит что постоянно заражённых летучих мышей выкидывают на помойку, после вчего совершенно невероятным путём через желудок вороны он попадает прямёхонько к лёгкие китайцу... вы в каком паблике таких вещей начитались?

Всё-таки кто занимался мусором рынка и лаборатории - разные компании, или одна?

слушайте, если вам это так интересно то "поезжайте в Киев Ухань и спросите" - поехать туда можно, обратно вот уехать не получится в ближайшее время... но не переживайте - как раз кол-во как новых случаев так и летальных исходов в посление дни снизилось (не то что тут пятый летальный исход и чёрт бы драл этот Чао Янг нашпигованный посольствами с его 9 из 10 на Пекин новыми на сегодня случаями! ой, я ж в нём живу...)

[Combinator]

ну сколько букв тут не важно - то есть важно если у нас уж совсем короткие последовательности или замен по пальцам пересчитать, но на таких данных толковой филогении не построить, более того, именно со множеством букв и возникают проблемы при сравнеии последовательностей - есть конечно таблицы какая замена сколько "весит", но сугубо эмпирические или чуть ли не умозрительны - на химическом родстве аминокислот, с нуклеотидами проще потому что там две или три водородные связи и на этом в общем-то и всё...

Тут можно долго приводить аргументы за или против, но по факту, если расчёт идёт по кодирующему ген участку, в большинстве случаев используются именно аминокислотные последовательности. Видимо, это неспроста.

[Maki]

да конечно - эволюции то у нас нет! всё у нас занесено во вселенские константы:

Эпидемические процессы подчиняются определённым закономерностям. И эволюции эти закономерности никак не противоречат.
Если бы китайцы не разворошили природный очаг - коронавирус так бы и мутировал в мышах и панголинах.

у вас по всем пунктам - что по виду "инопленетян", что по путям изменчивости вирусов тотально доминирует мысль, что всё вписано в клеточки некой матрицы и изменяясь организмы могут только занимать нужны.е интересно, ваши сообщения тут тоже из таких вот клеточек мироздания выпадают? есть барьеры которые преодолеваются с трудом (скажем не возник штамм лепры столь же быстрый как и нынешняя зараза), а есть - которые взламываются на раз - вот опять же как тут, и это всё укладывается в изменичивость и скорость размножения возбудителей. или есть приверы с вредителями - сначала нечто на ура выкашивает, а потом - уже не так... эволюция-с мил человек, и не по Ламарку. а Дарвину.

Эволюция, мил человек, не хаотический процесс, как вы постоянно пытаетесь представить - а идёт в строгом соответствии с законами математики, физики и химии. О чём я вам всегда вежливо напоминаю.
Почему лепра не превращается в агрессивный и высоковирулентный штамм? Ламарк запрещает? Нет, просто существующая форма оптимально приспособлена к своей нише, а мутанты отсеиваются отбором.
То же касается и зоонозов. От пролетающей мыши, вирус вы не подхватите. А вот если вы соберёте полную ферму кур или свиней, и будете пичкать их антибиотиками - звериный грипп получит возможность в этой среде персистировать, и возможно "подберёт ключик" к человеку.

чистота затрудняет пути передачи, снижают численность тех, кто перенесётся, то есть в итоге увеличивают число мутаций, необходимых, чтобы преодолеть барьер, но и только.

У инфекции нет ламарковской цели что-то там "преодолеть". Если зооноз с человеком не контактирует - возбудителю в нём нет необходимости сохранять патогенные для людей мутации. И эти мутации будут отбраковываться отбором сколь угодно долго.
Но когда с одной стороны есть опасный серотип, а с другой - нарушение гигиены - вот тогда и получается "Ухань".

слушайте, если вам это так интересно то "поезжайте в Киев Ухань и спросите"

Если вы не в курсе - просто так и скажите.

где? где там о том, что лаборатория при делах в деле распространения?

А что, расположение баклаборатории в 5 минутах ходьбы от эпидемического очага как бы не повод задуматься том, что она "при делах"?

бардак при желании где угодно найти можно, это ж не значит что постоянно заражённых летучих мышей выкидывают на помойку, после вчего совершенно невероятным путём через желудок вороны он попадает прямёхонько к лёгкие китайцу... вы в каком паблике таких вещей начитались?

А чем вам этот паблик не угодил? https://astronomy.ru/forum/index.php/topic,179910.msg4970149.html#msg4970149
Заодно, где-то в том паблике было про выживаемость вируса в окружающей среде. Советую начитаться. Тогда станет понятно, что версию систематического нарушения санитарных норм кем-то из вспомогательного персонала лаборатории, совсем исключать нельзя.
Хотя я думаю, что более вероятна эта:
https://astronomy.ru/forum/index.php/topic,179910.msg4970170.html#msg4970170

[Nucleosome]

но по факту, если расчёт идёт по кодирующему ген участку, в большинстве случаев используются именно аминокислотные последовательности

где это в большинстве? просто я часто имею дело с COI, и признаться не видел работ по деревьям где бы использовалась аминокислотная последовательность, вообще если мы говорим о калибровке и родстве, а не о функциональных изменениях, то аминокислотные последовательности тут очень плохие советчики - и из-за неодноначности "веса" замен и из-за синонимных мутаций

Если бы китайцы не разворошили природный очаг - коронавирус так бы и мутировал в мышах и панголинах.

а в чём заключается это "разворошили"? люди вообще-то всегда живут в биосфере и её часть - что китайцы что нет, и летает всякое по всем направлениям...

О чём я вам всегда вежливо напоминаю.

как-то уже читал эту работу, написанную хотя и когда уже умели читать геномы, но это ещё не стало обыденным делом, речь там о том как раз о вероятностях траекторий, примерно о том же я писал выше:

есть барьеры которые преодолеваются с трудом (скажем не возник штамм лепры столь же быстрый как и нынешняя зараза), а есть - которые взламываются на раз

У инфекции нет ламарковской цели что-то там "преодолеть".

ламарковской нет, а вообще есть, потому что те, кто преодолеют расширят свой ареал и с одной стороны избегут конкуренции на предыдущем, с другой - обретут новую питательную среду. иными словами - дарвиновский отбор будет всегда в пользу таких, что довольно очевидно и следует из самых основ СТЭ

А вот если вы соберёте полную ферму кур или свиней, и будете пичкать их антибиотиками - звериный грипп получит возможность в этой среде персистировать, и возможно "подберёт ключик" к человеку.

вы же пишите выше:

Если бы китайцы не разворошили природный очаг - коронавирус так бы и мутировал в мышах и панголинах.

вы уж определитесь - природный очаг или ферма. к тому же странно это видить в ветке ответов где я вам писал ровно то же самое в сообщении не далее как вчера:

в случае же если это вирус, живущий на близких нам животных и которых много, и он иногда будет практиковать заскоки к нам и наоборот - вот тут среда получится идеальная.

теперь вы же спорите со мной пересказом миоих же слов? или что вы подразумеваете?

А что, расположение баклаборатории в 5 минутах ходьбы от эпидемического очага как бы не повод задуматься том, что она "при делах"?

страшно представить в такой логике что означает парламент Каталонии пристороенный к зоопарку Барселоны.

Тогда станет понятно, что версию систематического нарушения санитарных норм кем-то из вспомогательного персонала лаборатории, совсем исключать нельзя.

послушайте, как бы нельзя доказывать утверждение самим фактом его выдвижения, я понимаю так работает пропаганда - повторим сто раз одно и то же, но если мы хотим что-то откопать, то следует привести доволды имеющие выход на реальность - где, как, когда - уже говорил не раз, но вам похоже вирус вылетевший из лаборатории запал так крепко, что никакие доводы тут уже не помогут