Актуальные вопросы глобальной эпидемиологии и молбиологии

[Rattus]

Комментарий модератора раздела

Шизофазический флуд Ра-М-Ха с уклоном в злокачественное конспироложество вычищен вместе с ответами других пользователей без контента по обсуждаемой теме. За многочисленные нарушения п.3.1.д и е Правил Форума Ра-М-Ха получает +60% предупреждений и временно покидает нас.
UPD: Ра-М-Ха покидает нас насовсем из-за недержания копролалии в личку (причём уже не первый раз). Пожелаем ему доброго здоровья!

Двуцепочная днк как раз - весьма годный пример как структура определяется исключительно слабыми, но многочисленными водородными связями...

Вот только на практике конкретная структура эта не так уж много где важна сама по себе. Разве что для объяснения как работают антибиотики-фторхинолоны и зачем нужны ферменты-топоизомеразы. Ну и для детального описания прочих ДНК-связывающих ферментов. То, что дцДНК - спираль - это один из числа самых впечатляющих дилетанта и самых малозначимых для специалиста фактов. Туда же, кстати, относится и видимая в микроскоп форма бактериальных клеток...
А вообще конечно водородные связи важны для итоговой формы молекулы, подобно верёвкам, стягивающим отдельные узлы упругой шарнирной конструкции. И они, разумеется, должны быть отмечены на чертеже. Вот только конкретная форма самих верёвок, не находящихся под натягом, никому не нужна.

а есть еще прямо бесчисленный класс минералов

Речь в исходном вопросе шла о молекулах, а ионные и металлические кристаллы, как известно, состоят не из молекул.

А коли касаться протеинов, то добавил  всего-то ничего 1 мг на л (а то именьше) протонов и конформация белков - со всеми ее поверзносями потенциалов поменялась до неузнаваемости...

А никто и не говорил, что она совершенно жёсткая. И поменялась форма - поменялся и функционал (т.е. как правило тупо исчез, если был) - так что всё как надо.

ну вы же тоже биолог, что ж вы наводите тень на плетень - элементы превращаются в друга совсем не так, как это делают организмы, отсюда и различия в принципах классификации

Вы как биолог тем более должны понимать, что организмы разных форм жизни воспроизводятся сильно по разному. Если клетка всегда не менее чем на 0,9999 происходит от материнской клетки же, как известно вот уже более полутора веков от Луи Пастера и Рудольфа Вирхова, то неклеточные формы это делать не обязаны. Хотя их и следует считать живыми, но живые они только вместе с клеткой-хостом. Что касается конкретно вирусов, то они замечательно определяются как таковые по наличию капсида, а также генам - вирусным сигнатурам, по гомологии которых можно отследить несколько крупных суперсемейств, монофилия которых уже начинает прослеживаться, хотя отдалённое родство можно усмотреть и между ними, но уже без надёжных свидетельств в пользу cуществования LUCAV.
По-Вашему из-за этого надо понятие вируса как такового из биологии упразднить как упразднили "царство Простейшие", а вирусологию разделить по числу этих супергрупп, чтобы каждой занимались отдельные специалисты что-ли?
Если так - могу порекомендовать начать с малого: рассказать клиническим микробиологам, что эшерихии и шигеллы - парафилетические группы и следует немедля называть всех шигелл кишечными палочками, а некоторых бывших кишечных палочек - исключить даже из эшерихий. Сообщите тут потом - как далеко Вас пошлют.

никак объединять их в систематике и сопоставлять с монофилетическими - нельзя, потому что какое бы сходство у них бы ни было они разные по сути - то есть по корню происхождения

Ибо нет Б-га кроме кладистики и В.Хенниг - пророк её?

а функциональность это другой разрез

Биологам им заниматься - ниже достоинства?

[mbrane]

По-видимому, любые протеолитические ферменты, трипсин, например.

ну  трипсин ведь не все же протеина подряд берет...

[otu K.]

конкретная форма самих верёвок, не находящихся под натягом, никому не нужна.

я ничего не понимаю в вашем профессиональном споре, но как может быть водородная связь не под натягом. она либо есть, либо нет, и в виде "свёрнутой верёвки" существовать не может

[Rattus]

Но как может быть водородная связь не под натягом. она либо есть, либо нет

Связь не может, а участвующие в ней протоны и диполи - вполне могут.

[otu K.]

типа протоны и диполи запоминают, в какой связи участвовали...

[Rattus]

Нет - типа возник вопрос: нужно ли их считать частью формы молекулы. Мы же показываю, что вопрос не принципиальный.

[otu K.]

даже "лёгкое прикосновение" двух макромолекул это взаимодействие миллионов или миллиардов атомов. каков объём информации, которой обменялись эти молекулы?

[Rattus]

даже "лёгкое прикосновение" двух макромолекул это взаимодействие миллионов или миллиардов атомов.

Ерунда. Взаимодействие между активным центром фермента и молекулой субстрата осуществляется при их сближении на расстояние порядка 15—20 ангстрем - т.е. 20 условных атомов водорода. В кубе это соответственно будет всего 8 тысяч условных минимальных атомов. А с учётом того, что молекулы жидкой воды - это не атомы водорода далеко, то поделите минимум на 3.
Сами же активные центры формируются как правило всего несколькими аминокислотами (3-6 в среднем) и далеко не всегда взаимодействия с субстратом вызывают конформационные изменения молекулы самого фермента.

[otu K.]

Ерунда.

то есть взаимодействовать могут только некие "активные центры" а макромолекулы при столкновениях не взаимодействуют? типа игнорируют, что у них есть сродсвенные группы, стремящиеся в подходящую компанию?

[Rattus]

то есть взаимодействовать могут только некие "активные центры" а макромолекулы при столкновениях не взаимодействуют?

Упругими столкновениями. И?

типа игнорируют, что у них есть сродсвенные группы, стремящиеся в подходящую компанию?

Типа не приводят к запуску биохимической реакции.
Предмет химии - химические реакции. Всё остальное успешно описывается самой обыкновенной термодинамикой, т.е. статфизикой.

[otu K.]

и да . не каждое взаимодействие должно сопровождаться химической перестройкой. возможно результатом будет просто изменение пространственной конфигурации

[Rattus]

возможно результатом будет просто изменение пространственной конфигурации

Хорошо обратимое на этом уровне, если в пределах температурного оптимума. Т.е. не фиксируемое по сути. А значит - не имеющее биологического смысла.
Важно разве что суммарное количество температурных столкновений, определяющих время жизни той или иной молекулярной машины.

в условиях действия закона Кулона как определяющего пространство

С какого перепугу прям аж целиком определяющего? Вы обычный жидкий электролит с плазмой не попутали, часом?

слабо верится

У нас не церковь. Не верится - считайте.

[otu K.]

. А значит - не имеющее биологического смысла.

если только не является буквой некоего языка. вы ведь хороший лингвист, Ратус?

[Rattus]

если только не является буквой некоего языка.

Чтобы быть буквами некие явления или объекты должны обладать свойством дискретности и хоть какой-то стабильности, достаточной для их однозначной фиксации. В биологии это только мономеры нерегулярных биомолекул - нуклеиновых кислот и белков.
Есть ещё ветвящиеся полисахариды, но там с постоянством последовательности ветвлений таки проблема.
Так что только аминокислоты и нуклеотиды - других букв в биологии на молекулярном уровне нет.

[otu K.]

других букв в биологии на молекулярном уровне нет.

мне кажется, это слишком сильное утверждение. но спорить с вами не могу, ибо мне, шаману, духи не велят))) вот когда найдётся причина жизни, тогда и про буквы можно будет говорить что-то определённое.

[otu K.]

Чтобы быть буквами некие явления или объекты должны обладать свойством дискретности и хоть какой-то стабильности

дискретность и стабильность пространственной структуры макромолекулы в масштабе жизни клетки вас не устраивает? нужны музейные масштабы?

[mbrane]

Речь в исходном вопросе шла о молекулах, а ионные и металлические кристаллы, как известно, состоят не из молекул.

речь в исходном вопроске шла о том, что можно сказать вот здесь зананчивается биополимер . а тут начинается среда... и выссеяется, что сама форма ограничивающей поверхности в общем-то сильно зависит от среды, и среда определяющим образом влияет и  конформацию и на функционирование биополимеров


PS


Тебе вот этот творчество вот этого человека  знакомо


http://cyclowiki.org/wiki/%D0%93%D0%B5%D0%BE%D1%80%D0%B3%D0%B8%D0%B9_%D0%9F%D0%B0%D0%B2%D0%BB%D0%BE%D0%B2%D0%B8%D1%87_%D0%93%D0%BB%D0%B0%D0%B4%D1%8B%D1%88%D0%B5%D0%B2


нашел его книгу еще совестских времен по термодинамке , коей  он пытвется объчснить абиогенез - не знаю стоит листать....

[Rattus]

Комментарий модератора раздела

Флуд про определение информации удалён.

дискретность и стабильность пространственной структуры макромолекулы в масштабе жизни клетки вас не устраивает?

В масштабе жизни клетки как раз её и не особо-то наблюдается, из-за чего белки в клетке постоянно обновляются (а вне клетки молбиологи держат их всегда в морозильнике и даже берут нетермостабильные пипеткой не извлекая пробирки из него). Потому например бактериальные клетки буквально напичканы рибосомами - около 85% их РНК - рибосомная. Из-за чего один известный молбиолог даже изрёк: "Жизнь - это рибосомы, делающие рибосомы." Вот Вам, кстати, и "причина жизни".
А у эукариот, архей и некоторых бактерий ещё дополнительно есть протеасомы, принудительно разбирающие отслужившие своё белки. Само существование этих органоидов ясно говорит о том, что "конформационная память" для клетки скорее шум, чем что-то полезное.
Хотя есть и исключение в виде прионных белков, но - почему-то практически только для грибов. Остальные этим носителем почему-то брезгуют...

Тебе вот этот творчество вот этого человека  знакомо

Что-то не припомню. Но перечень регалий какой-то подозрительный. Впрочем, думаю, такое не обязательно должно быть у чистого фрика - может быть какой-то более-менее обычный профессор, но изрядный любитель пофилософствовать и потусоваться в  "академиях".

нашел его книгу еще совестских времен по термодинамке , коей  он пытвется объчснить абиогенез - не знаю стоит листать...

Вам, как более физически подкованному - может и стоит. Но лично мне какие-то сферовакуумные детали высокой физики сверх "общепригожинского", в отрыве от конкретных возможностей химии нашей вселенной малоинтересны уже: если бы там оказалось что-то существенно важное, думаю, давно бы это уже увидел изложенное вполне общепонятным языком.

[Maki]

Новость по теме, слегка протухшая, но занятная. Новый препарат против гриппа ускорил эволюцию вируса сделал его невосприимчивым к лекарству.
Для эстетов - оригинал. 

[Combinator]

Вышла статья, предполагающая новую гипотезу происхождения текущей эпидемии. Желающие могут погуглить  The possible origin of 2019-nCoV coronavirus.