Актуальные вопросы глобальной эпидемиологии и молбиологии

[Nucleosome]

И, вследствие этого, утверждение что-де "мы задавили бактерии, и нас за это вирусы сожрут" - в корне неверно. Патогенные бактерии не делают иммунную систему устойчивей к вирусам, грибам или гельминтам.

я вижу, что вы не только в корне не понимаете, что такое эволюция и заполнение доступного пространтсва (а любую имунную систему можно взломать), но ещё и настиваете на своём не понимании. все чего-то не знают и не понимают, но всё-таки лучше выучить, чем настаивать на своём незнании. так и получается инвизиция (образно говоря) - близкая либералам по духу (но сейчас не об этом)

В сетях большинство овощей и фруктов  с Китая захимичены до 20 хим обработок до жатвы и урожая ПЛЮС о составе воды с их помоек не мне вам что-то рассказывать

нет уж расскажите - особенно мне. только что отвечал одному умнику по тому же поводу - данные приведите - про воду и про овощи с фруктами, будет разговор, нет - будет пропаганда (со всеми вытекающими)

продавать полку, а не зарабатывать на продуктах

а это что за зверь такой? полки в ИКЕЕ продают, не?

Такие дела

такие да не такие... с животной монофилетичностью проблем куда меньше, в смысле на уровне метазой их нет вообще (глубже да, одни линяющие чего стоят, а целом вообще тушитие свет), а с вирусами там как таковая группа вообще отсутсвует, о чём вы сами пишите:

вирусы весьма полифилетичны

то есть вся классиякация на большой шкале носит сугубо условный характер. любая классификация конечно имеют высокий уровень условности, но у вирусов условность эта из-за полифилетичности почти абсолютная.

всё тем же иммунитетом (макрофагами и т.п.).

это всё понятно. не ясно причём тут резистентность как таковая. в том смысле что для её тестирования никакая имунная система не нужна, а нужны только бактерии и антибиотки.

Эпигенетика?

ну это всё-таки не эпигенетика, поскольку передача сугубо соматическая. однако на эту тему есть один интересный пример - и у меня и у моего брата (двойняшки) обычный тест на антитела к гепатиту А (сделанный в Китае и Израиле соотвественно, при разных обстоятельствах) показывает положительный ответ, при этом ни он ни я никогда ничем похожим на желтуху не болели... не думаю, что этот тест может давать какой-то слишком высокойи процент ложно-положительных ответов (зачем тогда он вообще)
да, собственно по теме только что посмотрел видео:
https://www.youtube.com/watch?v=P04oNGHciqs&feature=emb_title
даёт ответы на занимавшие меня вопросы: нет, с вирусом гриппа этот не рекомбинирует вообще - как и между семействами (а это не функциональные группы, а уже монофилетические кластеры) рекомбинации не происходит, однако есть и другие "короны", которые живут среди нас постоянно, не редки (чего не знал) и с ними уже могут (т. е. защита других от себя имеет место не только если заболел, а вообще потому что другие короновирусы можешь вполне изрыгать), также он говорит то о чём думал - реально заражённых может быть в несколько раз больше, только они никуда с этим не ходили и их не засекли смертность падает чем дальше от Уханя (на данный момент только в 10 раз, а не 30 как по данным лекции) из-за отбора менее патогенных форм

[Rattus]

то есть вся классиякация на большой шкале носит сугубо условный характер

Ага - как таблица Менделеева и классификация ферментов. Ведь ртуть не рождает золото, а мурамидаза не рождает бета-галактозидазу.
В печь их во славу святой Кладистики!

но у вирусов условность эта из-за полифилетичности почти абсолютная.

Ну да - необходимость в вирусной РНК-полимеразе или обратной транскриптазе для жизненого цикла - это совершеннейшая условность и схоластика. Теология почти. В печь вирусологию всю. Вместе с биохимией!

[Nucleosome]

Ага - как таблица Менделеева и классификация ферментов.

ну вы же тоже биолог, что ж вы наводите тень на плетень - элементы превращаются в друга совсем не так, как это делают организмы, отсюда и различия в принципах классификации. с ферментами ситуация иная, но они тоже не размножаются сами по себе

Ну да - необходимость в вирусной РНК-полимеразе или обратной транскриптазе для жизненого цикла - это совершеннейшая условность и схоластика.

речь о классификации, а не конкретных признаках (в данном случае генах), мы уже как-то обсждали про классияикацию не-монофилетечиских групп, и я вам говорил, что никак объединять их в систематике и сопоставлять с монофилетическими - нельзя. потому что какое бы сходство у них бы ни было они разные по сути - то есть по корню происхождения

Про овощи данные МинСелъхоза Китая  ежегодное применение азотных, фосфатных и калийных удобрений в Китае составляет более 54 млн тонн, из которых 33 млн — это азотные удобрения.

и что? сколько в целом потребление? ссылки дадите? и по другим странам тоже?

[Maki]

Пока вы молоды, здоровы и не рожаете.

Я бы сюда добавил "и не являетесь новорождённым, особенно недоношенным и на искусственном вскармливании".

Бывает даже хуже - и потому это не такая уж узкая проблема: применение некоторых антибиотиков (хлорамфеникола-левомицетина) повышает персистенцию бактерий - устойчивость к факторам иммунитета (например лизоциму).

А у некоторых антибиотиков (например меропенема) высокие дозы тупо давят кроветворение, и резистентные формы радуются приятной лейкопении.

Не всегда, но случается и такое. А общий ответ (например пирогенный - лихорадкой) на одного патогена может ударять по множеству прочих куда более тихих симбионтов, чему они тоже не будут рады ни разу - значит опять пересечение экологических интересов и потенциальный толчок для эволюции антагонистических отношений.

Таким образом, правильным будет не утверждение, что "бактерии, грибы и вирусы конкурируют между собой за тушку", а что конкурируют за неё симбионты и паразиты.
Хотя, конечно же, и это будет чрезмерное упрощение. В том числе, потому что:

...отделить паразита от мутуала при ближайшем рассмотрении и особенно в эволюционной динамике даже и не всегда представляется возможным.

В таком случае, возникает любопытная дилемма:
С одной стороны, санитария и гигиена снижают частоту инфекций, защищая иммунную систему от ненужных потрясений.
С другой - ограничивается поступление в кишечник потенциальных мутуалов, и обедняется полезная для иммунитета микрофлора.
Не перебарщивают ли в цивилизованных обществах с чистотой?
Чуть выше я приводил забавную работу о том, что среди грязи и тараканов, дети в среднем вырастают более здоровыми.

P.S.
Как бы вы прокомментировали вот это? Актуальные вопросы глобальной эпидемиологии
На антропогенезе есть отличная статья Маркова о накоплении слабовредных мутаций. Там модельной популяцией были дрозофилы. Делали ли что-то подобное на мышах?

[Ра-М-Ха]

ссылки дадите? и по другим странам тоже?

Разумеется, По США доказателъств хватит?
 
https://advances.sciencemag.org/content/2/8/e1600850

Вы отрицаете, что пестициды убивают вирусы и грибки? Приводя к раку. Напр вирициды  негативно на вирусы ,  а фунгициды подавляют грибки

[mbrane]

[На гору синай поднимались?

В белках,... могут быть участки вирусной ДНК внутри генов

В белках ваабще нет никаких участков ДНК...Если вы имеет ввиду гены с интронами, которые голмолгичны какими-то вирусам, или протеины перенсенные вирусами (та самая плацента) - то даже спроить никто не будет шо таковые ... Но откуда оценка шо на 98% это принадлежит вирусам , грибкам, бактериям - симбионитам?

[mbrane]

то есть вся классиякация на большой шкале носит сугубо условный характер. любая классификация конечно имеют высокий уровень условности, но у вирусов условность эта из-за полифилетичности почти абсолютная.

причем здесб полифиличность ... существенным образом в зависимости от группы меняется состав вирусной частицы, стадиальность репликации вирусной частицы... в 4 группе прямо с вирусной РНК можно транслировать необходимые протеины...В 5 нудно сначал трансскрибировать из антисмысловой цепи смысловую - соотвественно в составе вирусной частицы должна быть соотвествующая полимераза, а уж затем начинается на построенном транскрипте трансляция  необходимых протеинов


ЗЫ

Раттус к тебе вопрос ...Может ли быть горизонтальный перенос генов между вирусами разных групп когда они находятся в одинаковой стадии развития .. Ну к примеру перенос гена от вируса 4 группы , к вирусу 5 группы , когда он находится в тадии после создания смыслового транскрипта... Ну или к примеру от ретровиусов к вирусам 4-5 групп или наоборот

[Nucleosome]

Разумеется, По США доказателъств хватит?

э-э-э... а почему вы не дали ссылку... ну например на ракетные двигатели?

Приводя к раку.

а вот с этого места подробнее

причем здесб полифиличность

она вообще при всём. а функциональность это другой разрез

Поскольку в вашем теле ~ 20 млн генов  вирусов , грибков и бактерий

откуда столько? как это запхать в 3 млрд пар генома?

[Maki]

я вижу, что вы не только в корне не понимаете, что такое эволюция и заполнение доступного пространтсва (а любую имунную систему можно взломать), но ещё и настиваете на своём не понимании. все чего-то не знают и не понимают, но всё-таки лучше выучить, чем настаивать на своём незнании. так и получается инвизиция (образно говоря) - близкая либералам по духу (но сейчас не об этом)

Вы в корне не понимаете, что человеческий организм - не обезличенное "доступное пространство". Бактерии, микоплазмы, вирусы, простейшие, гельминты и грибы занимают в нём как правило разные "экологические ниши", и механизм иммунного ответа на них имеет свои особенности.
Утверждать, что если мы сократили частоту бактериальных пневмоний, то автоматически получаем рост вирусных и грибковых - грубая ошибка. Это будет повышение относительное, но не абсолютное.
 

ну это всё-таки не эпигенетика, поскольку передача сугубо соматическая.

А разве эпигенетика не реализуется как раз таки через соматику?

однако на эту тему есть один интересный пример - и у меня и у моего брата (двойняшки) обычный тест на антитела к гепатиту А (сделанный в Китае и Израиле соотвественно, при разных обстоятельствах) показывает положительный ответ, при этом ни он ни я никогда ничем похожим на желтуху не болели... не думаю, что этот тест может давать какой-то слишком высокойи процент ложно-положительных ответов

Любопытно. Но как могли бы, попавшие с материнским молоком антитела, сохраниться так долго - решительно не могу сообразить.
Если существует некий, неизвестный науке механизм воспроизводства материнских иммуноглобулинов у младенцев, и он у вас с братом случайно проявился - это прорыв в иммунопрофилактике и гарантированная нобелевка. )

да, собственно по теме только что посмотрел видео:
http://www.youtube.com/watch?v=P04oNGHciqs&feature=emb_title
даёт ответы на занимавшие меня вопросы: нет, с вирусом гриппа этот не рекомбинирует вообще - как и между семействами (а это не функциональные группы, а уже монофилетические кластеры) рекомбинации не происходит, однако есть и другие "короны", которые живут среди нас постоянно, не редки (чего не знал) и с ними уже могут (т. е. защита других от себя имеет место не только если заболел, а вообще потому что другие короновирусы можешь вполне изрыгать), также он говорит то о чём думал - реально заражённых может быть в несколько раз больше, только они никуда с этим не ходили и их не засекли смертность падает чем дальше от Уханя (на данный момент только в 10 раз, а не 30 как по данным лекции) из-за отбора менее патогенных форм

Спасибо, весьма интересно.
То есть заражённых может быть и больше - но у многих штамм коронавируса может быть рекомбинирован по другому, и давать, например, картину лёгкого ОРВИ. Я правильно вас понял?

[Nucleosome]

Бактерии, микоплазмы, вирусы, простейшие, гельминты и грибы занимают в нём как правило разные "экологические ниши", и механизм иммунного ответа на них имеет свои особенности.

ниши разные, но суть одна - человеческих организм. ну и понятие ниша вообще весьма расплывчато

Это будет повышение относительное, но не абсолютное.

на эволюционных сроках (какие только начинаются) вполне может быть и во всём потому что "природа не терпит пустоты", а тут такая прорва биомассы...

А разве эпигенетика не реализуется как раз таки через соматику?

в принципе да, но тут речь о соматических клетках, а не о том, что за пределами ДНК зародышевой линии

Но как могли бы, попавшие с материнским молоком антитела, сохраниться так долго - решительно не могу сообразить.

нет конечно антитела так долго не хранятся, потому и может быть какая именно наследственная заковыка

Как следствие иммунные заболевания и аллергия из за вреда человеческим вирусам и грибкам

это имеет то же отношения к раку что и представленная вами ссылка - к нитратам. что-то по теме можите дать?

Разве основания в паре и гены = тождественные понятия ?

что-то я не пойму, ход мыслей... вы писали про:

в вашем теле ~ 20 млн генов  вирусов , грибков и бактерий

то есть почти в тысячу раз больше нешего генома, ну и как столько запихать?

То есть заражённых может быть и больше - но штамм коронавируса может быть рекомбинированный по другому, и давать, например, картину лёгкого ОРВИ

может и так, а может и просто велик шанс на лёгкое протекание (как у двух китайцев в РФ - что если бы не новый короновирус кто-то вообще обратил бы на это внимание? ещё и зимой)

[Maki]

ниши разные, но суть одна - человеческих организм. ну и понятие ниша вообще весьма расплывчато

Это понятие вполне можно конкретизировать: разные системы, органы, клетки-мишени, рецепторы. Разный патогенез. Разный - повторюсь - иммунный ответ на патоген. Представление о человеке как о некоей универсальной питательной среде - неверно.

на эволюционных сроках (какие только начинаются) вполне может быть и во всём потому что "природа не терпит пустоты", а тут такая прорва биомассы...

См. выше. Не "биомасса".
А что до "не терпит пустоты"- об этом написал Rattus. На место патогенных бактерий будут стремиться условно-патогенные и нейтральные.

в принципе да, но тут речь о соматических клетках, а не о том, что за пределами ДНК зародышевой линии

Да, спасибо. Действительно, это не эпигенетикой называть следует, а просто относить к псевдоламарковским механизмам.

нет конечно антитела так долго не хранятся, потому и может быть какая именно наследственная заковыка

Гораздо более естественный вариант - ещё в детстве перенесли гепатит А. Я сейчас проверил - до 6 лет он протекает бессимптомно. У взрослых часто маскируется под банальное пищевое отравление. А где и как вы оба проконтактировали с носителем или съели бяку - дело десятое...

[Nucleosome]

А тараканы, никогда не были никому полезны, что вы антисаниторию разводите

тараканы полезны также как и любые сапрофаги

Оснований генома вируса в тысячи раз болъше

чесно говоря как ни читаю эту фразу не пойму о чём...

Длина белка = 1,2 нм.

это что вообще такое? в какой конформации? да и активных состояний может быть много. белок это вам нее-е-е... в общем сами знаете какой орган, чтобы длинной мерятся!

Представление о человеке как о некоей универсальной питательной среде - неверно.

что значит не универсальная? у нас что какие-то другие белки чем у всех: или они в разных органах так отличаются?

Так говорил Заратустра ... измерять длину днк  в нанометрах - бессмысленно...

именно, конечно длинну ДНК можно оценить, но это обычно делается с тем чтобы показать сколько там её напихано в таких малюсеньких шариках

В 22й ученые замерили 33 миллионов пар базисных оснований

а что основания у ДНК бывают какие-то другие???

А где и как вы оба проконтактировали с носителем или съели бяку - дело десятое...

ну были мы в то время почти всегда вместе, так что то, что оба сразу не увидительно, возможно и так...

[Ра-М-Ха]

А тараканы, никогда не были никому полезны, что вы антисаниторию разводите

тараканы полезны также как и любые сапрофаги

Скажу так,...да жук мертвоед полезен в Природе. А тараканы носители дизентерии и яиц глистов, а их отходы для  аллергиков опастны.
Если вам лень крошки смахнуть на кухне, будучи стороником анти-санытории, то выпущено много соврем. пылесосов  для чистоты.
Словом пылесосы не хуже тараканов справляются с пищевыми крошками. А трупоеды на вашей кухне  не корректно. Как и отходами тараканов в пище.
У моего товарища они прогрызли кожанную дубленку и дорогущие кабели
Разговоры о полъзе кухонных тараканов на руку ленивым неряхам

[ivanij]

  И ещё "в тему".
 Открываю А. Азимова "Выбор катастроф". И нахожу, что 
 1. Инфекционные болезни
 2. Микроорганизмы
 3. Новая болезнь

 Относятся к 4-му классу из пяти, то есть по степени опасности превышает исчерпание ресурсов и дефицит энергии. 

[Ра-М-Ха]

Вирусам и инфекциям все равно какая страна. Медицина показала что ВИЧ для Африки это вымысел и белые тоже заразились . Еще раз к вопросу о гигиене и распущенность образа жизни в бытовых сферах.

Азимов подчеркивает про самые большие эпидемии в густонаcеленных районах. Словом мегаполисы мышеловки - как в Китае, были окружены города войсками = не въехать ни выехать туда-отсюда при эпидемиях.   

[ivanij]

  И ещё "в тему".
 Открываю А. Азимова "Выбор катастроф". И нахожу, что 
 1. Инфекционные болезни
 2. Микроорганизмы
 3. Новая болезнь

 Относятся к 4-му классу из пяти, то есть по степени опасности превышает исчерпание ресурсов и дефицит энергии.

А пятый класс самый опасный, который объемлит все осталъные  разметав успехи технического прогресса, окажется  способным  уничтожить  цивилизацию  и   на  неопределенный  период приговорить  человечество  к  примитивной жизни -- одинокой, омерзительной, тупой и короткой.

  Вы не совсем правильно понимаете шкалу А.Азимова. Дело не в степени опасности, а в том, что чем ниже класс катастроф, тем больше возможностей у человечества контролировать ситуацию, а стало быть, избежать кризиса. 

[otu K.]

Так говорил Заратустра ... измерять длину днк  в нанометрах - бессмысленно... тоже заратустра говорит - ибо у нее нетривиальная простраственно-топологическая структура

я когда-то предлагал измерять в литрах ))) вот интересно, существует ли у макромолекул некая поверхность, как бы отделяющая собственно молекулу от среды

[Rattus]

интересно, существует ли у макромолекул некая поверхность, как бы отделяющая собственно молекулу от среды

Разумеется - как у любой коллоидной частицы. Иначе бы никаких специфических взаимодействий - основы Жизни - бы не было.
И как раз предсказание ландшафта (вместе с электрозарядовой его "окраской", конечно) этих самых поверхностей по первичной последовательности биополимера - прежде всего глобулярных белков - рецепторов и ферментов - и есть передний край и главная задача - "священный Грааль" всей современной молекулярной биологии.
Если раньше для экспериментального изучения оных приходилось делать очень трудоёмкую и не всегда выполнимую процедуру кристаллизации изучаемого белка, чтобы изучить его рентгеноструктурным анализом, то с совсем недавних пор метод криоэлектронной микроскопии с цифровой обработкой получаемых данных развился до нужной разрешающей способности, что наконец избавило биохимиков от необходимости кристаллизации белка.
Что же касается предсказаний - то определённые надежды возлагаются на нейросети и квантовые вычислители. Но это - всё ещё дело будущего...

[mbrane]

Так говорил Заратустра ... измерять длину днк  в нанометрах - бессмысленно... тоже заратустра говорит - ибо у нее нетривиальная простраственно-топологическая структура

я когда-то предлагал измерять в литрах ))) вот интересно, существует ли у макромолекул некая поверхность, как бы отделяющая собственно молекулу от среды

сложный вопрос... когда речь заходит о молекулах и атомах - там теряктся индивидуальность...относиетельно белков (да и шире биомолекул) - существуют молекулы с гидрофильными группами (спиртовая, аминогруппа, карбоксильная, наверное карбонильная тоже, тиогруппы, фосфатные) -они взаимодействуют с водой и в естсвенной укладке  протеинов цитозоля  будут стремиться находится снаружи глобулы протеина и на постоянной основе учавстыуют в водородных связях с водой (аналогично сахарно-фосфатный остов (бекбон) ДНК или фосфаты липидов мембран)...Но существуют и гидрофобные группы (всяческие углеводороды в том числе жиры, ароматика, гетроциклические соедиения) - они имеют тенденцию  уклоняться от воды. Для протеинов цитозоля соотвественно они по возможности будут стремится прятаться внутри глобулы, дабы избежать взаимодействия с водой, аналогично азотистые основания ДНК и жирные хвосты дипидов...Для протеинов мембран все наоборот (части протеинов которые лежат в мембранах обращены гидрофобными белками наружу к гидрофобным частям липидов и гидрофильными внутрь или во выступащие  из мембраны части)...все еще усложняется тем, что взаимодействие с водой облигатно для формирования рабочей конформации и протеинов и мембран... В целом наверное можно отделить гиброфобные от воды,  сгидрофильными так не получится (например вода всегда содержится в бороздке ДНК)

[Rattus]

когда речь заходит о молекулах и атомах - там теряктся индивидуальность

А причём индивидуальность, если речь идёт тупо о геометрии? Даже один целый атом/ион/радикал/ф.группа из биомолекулы в условиях её функционирования просто так никуда не исчезнет и не "туннелирует". А значит специфическая геометрия биомолекул - объективная реальность. Хотя у химически идентичных, она разумеется, идентична (кроме собственно её местонахождения, разумеется).
А всё остальное далее - уже химические детали из учебника для высшей школы, которые вряд ли тут кому особенно нужны...