Происхождение ДНК

[dims]

Нам же не интересно исследовать, учиться,

Лично моя реплика была типично ученической.

[Arton]

и в чем же эта дефектность?

В том, что Тимин (в составе ДНК) не способен участвовать в кодировке аминокислот. Ему требуется земной аналог в форме Урацила. Та же дефектность и у Ксантина.

[Ssid]

В том, что Тимин (в составе ДНК) не способен участвовать в кодировке аминокислот.

строго говоря, кодирует информацию именно тимин.
вы же не будете спорить, что генетическая информация хранится в ДНК ?

а рнк - переносчик информации

[Arton]

Не занимайтесь казуистикой. Вы прекрасно поняли о чем речь.

[Ssid]

нет, не понял...
ДНК и РНК имеют 3 одинаковых основания, сходный сахар...
прекрасно "состыковываются" друг с другом

данные за родство - вижу, данных за инопланетность - нет

да в их различиях больше сходства, чем разницы - вы формулы тимина и урацила сравните...

а то же АТФ - тоже нуклеотид, но немного другой по строению...
с третей планеты? 

[dims]

В том, что Тимин (в составе ДНК) не способен участвовать в кодировке аминокислот.

Это скорей всего родовой признак -- запрет на непосредственое участие в трансляции.

[Arton]

нет, не понял...

Хорошо.
Возможно Тимин, действительно, что-то кодирует в ДНК. Но беда в том, что это Что-то совершенно непонятно земным аминокислотам и им требуется переводчик на земной РНК-язык. В этом я и усматриваю «дефектность» ДНК.
Если же для Вас подобная ненормальность нормальна, то почему в Природе нет третьей нуклеиновой кислоты, содержащей, к примеру, Ксантин. Для того чтобы осуществлять простую перекодировку сначала с Ксантина на Тимин, а, затем, с Тимина на Урацил.
Что, на мой взгляд, было бы еще более логично, чем использование всего двух нуклеиновых кислот там, где для кодировки вполне достаточно одной.

[Ssid]

Возможно Тимин, действительно, что-то кодирует в ДНК. Но беда в том, что это Что-то совершенно непонятно земным аминокислотам и им требуется переводчик на земной РНК-язык. В этом я и усматриваю «дефектность» ДНК. Если же для Вас подобная ненормальность нормальна, то почему в Природе нет третьей нуклеиновой кислоты, содержащей, к примеру, Ксантин.

берем листик и выписываем в столбик различия между ДНК и РНК
в соседний столбик выписываем различия между растениями и животными
второй столбик получается гораздо длинней - значит, что растения и животные -с разных планет?

я вижу разницу между ДНК и РНК, но не вижу причин обвинять ДНК в инопланетности
соотношения сходство:различие у этих нуклеиновых кислот такое же, как и у нас с шимпанзе
ах, тимин не кодирует непосредственно белки?... так и мы с шимпанзе напрямую не скрещиваемся - но это же не повод отрицать наше родство в пределах семейства

Что, на мой взгляд, было бы еще более логично, чем использование всего двух нуклеиновых кислот там, где для кодировки вполне достаточно одной.

у одних животных количество хромосом исчисляется единицами - у других - сотнями
тоже с разных планет?
зачем 5 пальцев, когда хватило бы и трех?
много в природе такой "избыточности"....

[dims]

Возможно Тимин, действительно, что-то кодирует в ДНК.

Конечно, кодирует. Он кодирует вот что: Программа выполнила недопустимую операцию и будет закрыта (попытка передачи управления данным)..

Но беда в том, что это Что-то совершенно непонятно земным аминокислотам и им требуется переводчик на земной РНК-язык.

Нет никаких проблем создать синтетазу, которая понимала бы непосредственно ДНК. Просто это эволюционно-невыгоднор.

Если же для Вас подобная ненормальность нормальна, то почему в Природе нет третьей нуклеиновой кислоты, содержащей, к примеру, Ксантин.

А зачем? К ДНК отошла функция хранения информации. Она защищена в этом состоянии одним маркерным основанием. А к РНК отошла функция воспроизводства информации. Хранитель информации должен быть хорошо защищён, а реализатор -- высокоактивен. Два противоположны полюса, зачем что-то ещё?

[Ssid]

Конечно, кодирует. Он кодирует вот что: Программа выполнила недопустимую операцию и будет закрыта (попытка передачи управления данным)..

почему?
он кодирует то же, что урацил в РНК

[dims]

он кодирует то же, что урацил в РНК

А если его "подать" на вход рибосомы?

[Nucleosome]

вообще-то ни к чему огород городить - РНК, как и ДНК хоть и выполняют одну и ту же функцию - то есть передают генетическую информцию, но роль их в клетке (исли говорить о белок-кодирующих генах) различна, и в силу этого ДНК должна быть возможно более стабильной, а РНК - наоборот - достаточно легко разрушаться - для регуляции активности генов. Урацил, как и Рибоза содержит на один атом меньше кислорода, чем их аналоги ДНК, что и снижает стабильность... вопрос, конечно тогда - почему только один нуклеотид из четырёх, но ведь определённой стабильностью должна отличаться и РНК тоже...

[Ssid]

А если его "подать" на вход рибосомы?

а если на компьютер подать ток из трансформатора, что будет?
это тоже повод говорить о инопланетном происхождении трансформаторных будок?

в целлюлозе - сахара, в белках - аминокислоты...
в ДНК - тимин и дезоксирибоза, в РНК - урацил и рибоза
задаваться вопросом "почему?", это то же самое что размышлять, почему у растений целлюлоза, а не хитин, как у грибов... то же потому, что с разных планет?

[dims]

А если его "подать" на вход рибосомы?

а если на компьютер подать ток из трансформатора, что будет?
это тоже повод говорить о инопланетном происхождении трансформаторных будок?

Я не сторонник инопланетной версии. Я сторонник версии о том, что ДНК и РНК -- это потомки какой-то одной древней молекулы/кода.

[Combinator]

Урацил, как и Рибоза содержит на один атом меньше кислорода, чем их аналоги ДНК, что и снижает стабильность... вопрос, конечно тогда - почему только один нуклеотид из четырёх, но ведь определённой стабильностью должна отличаться и РНК тоже...

Давайте внесём ясность. Все ДНК-нуклеозиды содержат на один атом кислорода меньше, чем их РНК-аналоги. Дополнительное отличие урацила от его ДНК-аналога тимина в том, что последний метилирован (содержит дополнительную группу атомов CH3).

[dims]

Дополнительное отличие урацила от его ДНК-аналога тимина в том, что последний метилирован (содержит дополнительную группу атомов CH3).

Можно ли искусственно поставить или наблюдать в природе явление, которое можно было бы интерпретировать как попытку прочтения тимина рибосомой? И что при этом получится?

[Nucleosome]

Давайте внесём ясность.

упс... ошибка вышла - у урацла нет метильной группы, на стабильность молекулы не знаю какое влияние это может оказать (ведь она как гидрофобная в водородных связях не участвует), но может быть делая молекулу более "разветвлённой" как-то...

[Combinator]

Давайте внесём ясность.

упс... ошибка вышла - у урацла нет метильной группы, на стабильность молекулы не знаю какое влияние это может оказать (ведь она как гидрофобная в водородных связях не участвует), но может быть делая молекулу более "разветвлённой" как-то...

В данном случае причина не в повышении стабильности (это как раз достигается удалением кислорода из "сахарного кольца" РНК, что превращает его в рибозу), а в появлении возможности эффективно "ремонтировать" повреждённые участки ДНК, см., например: http://latentbird.dreamwidth.org/133051.html

[Dem]

Вы имеете в виду, что нужны ещё корректирующие белки? Или репликация РНК принципиально хуже репликации ДНК сама по себе?

Слишком длинная РНК - быстрей портится, чем успевает скопироваться.

P.S. Кстати. Если у нас РНК мир -- то РНК -- это не управляющая субъединика, а сама химически активная молекула. Есть ли необходимость копировать её точно?

Есть. Иначе ошибки забьют всё полезное.
Т.е. определённый уровень неточности выгоден, но если выше - всё развалится.

[LUKA]

Т.е. определённый уровень неточности выгоден

Cправедливости ради, лимитирующий фактор - не определённый уровень неточности, а именно уровень точности.
Мутабильность - главный ограничивающий фактор, препятствующий увеличению сложности. Для РНК мира особенно.