Необходимые условия для возникновения жизни (абиогенеза)

[Maki]

Увы, учёные ужасные самодуры, и мнение дилетантов принимают во внимание в последнюю очередь.

И правильно делают. Исключением являются форумы для дилетантов, где те несут несусветную чушь, а учёные их вежливо поправляют или доброжелательно посмеиваются.

Если интерфейсы деталей разные, ничего работоспособного он не создаст и за миллион лет. Вот и рРНК до определённой степени взаимозаменяемы лишь в недавно разошедшихся видах, см. ссылку на статью, которую я давал выше.

Сходил по ссылке, и, при любезном содействии гугл-транслейта, ознакомился.
ОК, предположим "This difference can be explained by the complexity hypothesis that informational genes are complex and possess intrasystem compatibility". То есть имеются гены, которые ограниченно подвержены ГПГ. Соответственно, по ним можно строить линейные цепочки, и применять к этим цепочкам метод МЧ.
Естественно, возник дилетантский вопрос. А могут ли быть точными часы, основанные на кодирующих генах?
Поясню. В случае мусорного генома, где некодирующие участки (как это сейчас представляется) не подвержены отбору - всё достаточно просто. Частота мутаций в "мусорных" участках измерена на примере известных династий. Строится дерево мутаций. И, на основании расчётов, делается математически обоснованный вывод, что-де некая гаплогруппа обособилась столько-то тысяч лет назад. Да и то, господа попгенетики/молгенетики постоянно заводят срачи по поводу того, чья метода точнее.
В случае же кодирующих генов, мы видим результат, в основном, полезных или нейтральных мутаций. А летальные или вредные мутации нам не видны. Соответственно, если мы видим исходный ген, и видим его вариант - мы не понимаем, сколько, на самом деле, неудачных мутаций претерпел исходный ген пока не возникло что-то приличное.
16S rRNA - это гены, судя по всему "кричичные". Их горизнтальный перенос отсеивается отбором. Вероятно, и их мутации, в основном, решительно отсеиваются отбором тоже. Линию из них вы построите. Но как вы определите, точно, в какую эпоху эта линия началась?
P.S.
А вообще, на мой взгляд, основная проблема концепции панспермии в том, что "панспермисты" не предложили пока не то что теории - даже никакой гипотезы абиогенеза. Достаточно сложный LUCA чудесным образом возникает чуть ли не в момент формирования Вселенной, и путешествует по Космосу миллиарды лет, дожидаясь, когда же наконец на Земле появится первая лужа.
В свою очередь, "матьсыраземлисты" уже добились некоторого прогресса, доказывая, что жизнь могла бы возникнуть именно в "луже" и именно на Земле. Хотя то, чем они сейчас занимаются - пока что есмь сущая алхимия.

[Combinator]

Что, и Большего Взрыва тоже не было? Ох, дурят людей эти учёные, ох дурят!

Природа не терпит сингулярностей, а человечески разум бесконечностей... Запомните этот факт...Аоэтому когда вам гоdорят о БВ, то это фигуральное выражение, котрое означает что при T=1000 GeV (ака  Z=10^16) Вселенная представляло горячее плотное  однородное многообразие, а то что было ранее Z>10^16 намне известно , из-за отсутствия экспериментального материала

За природу отвечать не буду, а вот человеческий разум придумал понятие бесконечности и успешно начал им пользоваться задолго до создания теории БВ. Кстати, вариант абиогенеза еще до образования Земли никаких бесконечностей не требует.

[mbrane]

За природу отвечать не буду, а вот человеческий разум придумал понятие бесконечности и успешно начал им пользоваться задолго до создания теории БВ.

Назоаи мне хотя бы одну бесконечную вещь.... И заодно ответь сможет ли быстроногий ахилес обогнать никуда не торопящуюся тортилу... Этот вопрос интересовал еще грека Зеннона, и до сих пор он не имеет разрешения

Кстати, вариант абиогенеза еще до образования Земли никаких бесконечностей не требует.

тут мы согласны, скажи Серега(с)...  Но прямых экспериментальных доказательств тоже нет - вот в чем нюанс

[Combinator]

Сходил по ссылке, и, при любезном содействии гугл-транслейта, ознакомился.
ОК, предположим "This difference can be explained by the complexity hypothesis that informational genes are complex and possess intrasystem compatibility". То есть имеются гены, которые ограниченно подвержены ГПГ. Соответственно, по ним можно строить линейные цепочки, и применять к этим цепочкам метод МЧ.
Естественно, возник дилетантский вопрос. А могут ли быть точными часы, основанные на кодирующих генах?
Поясню. В случае мусорного генома, где некодирующие участки (как это сейчас представляется) не подвержены отбору - всё достаточно просто. Частота мутаций в "мусорных" участках измерена на примере известных династий. Строится дерево мутаций. И, на основании расчётов, делается математически обоснованный вывод, что-де некая гаплогруппа обособилась столько-то тысяч лет назад. Да и то, господа попгенетики/молгенетики постоянно заводят срачи по поводу того, чья метода точнее.
В случае же кодирующих генов, мы видим результат, в основном, полезных или нейтральных мутаций. А летальные или вредные мутации нам не видны. Соответственно, если мы видим исходный ген, и видим его вариант - мы не понимаем, сколько, на самом деле, неудачных мутаций претерпел исходный ген пока не возникло что-то приличное.
16S rRNA - это гены, судя по всему "кричичные". Их горизнтальный перенос отсеивается отбором. Вероятно, и их мутации, в основном, решительно отсеиваются отбором тоже. Линию из них вы построите. Но как вы определите, точно, в какую эпоху эта линия началась?

Во-первых, у прокариот практически нет некодирующих участков, как правило, ген-кодирующие последовательности занимают 98-99% генома. Во-вторых, в методе МЧ учитываются лишь закреплённые отбором нейтральные мутации. Из более-менее общепринятой в настоящее время теории нейтральной эволюции Кимры следует, что темп накопления нейтральных мутаций является в нулевом приближении постоянным. Соответственно, вредные мутации при использовании МЧ попросту не учитываются.

P.S.
А вообще, на мой взгляд, основная проблема концепции панспермии в том, что "панспермисты" не предложили пока не то что теории - даже никакой гипотезы абиогенеза. Достаточно сложный LUCA чудесным образом возникает чуть ли не в момент формирования Вселенной, и путешествует по Космосу миллиарды лет, дожидаясь, когда же наконец на Земле появится первая лужа.
В свою очередь, "матьсыраземлисты" уже добились некоторого прогресса, доказывая, что жизнь могла бы возникнуть именно в "луже" и именно на Земле. Хотя то, чем они сейчас занимаются - пока что есмь сущая алхимия.

А что в Земле такого уникального, что разработанные теории абиогенеза должны работать только на ней, и не должны работать на миллионах других подобных ей планет? А у LUCA в таком варианте как раз появляются дополнительные 5-6 миллиародов лет что бы проэволюционировать от условного первичного бульона до хотя ещё и примитивной, но вполне полноценной прокариотной клетки, а не появиться как чёртик из табакерки в уже у Катархее.
 
 

[Combinator]

Назоаи мне хотя бы одну бесконечную вещь.... И заодно ответь сможет ли быстроногий ахилес обогнать никуда не торопящуюся тортилу... Этот вопрос интересовал еще грека Зеннона, и до сих пор он не имеет разрешения

Во-первых, я не люблю, когда незнакомые люди мне тыкают, мы с Вами на бундершафт не пили. Во-вторых, то, что парадокс Зенона для Вас по прежнему не имеет решения, это Ваши личные проблемы.

тут мы согласны, скажи Серега(с)...  Но прямых экспериментальных доказательств тоже нет - вот в чем нюанс

Ровно как нет прямых экспериментальных доказательств происхождения жизни на Земле, так что, не вижу в этом плане разницы с теорией панспермии.
 

[Андрей Астрофизический]

Этот вопрос интересовал еще грека Зеннона, и до сих пор он не имеет разрешения

no comments...

Достаточно сложный LUCA чудесным образом возникает чуть ли не в момент формирования Вселенной, и путешествует по Космосу миллиарды лет, дожидаясь, когда же наконец на Земле появится первая лужа.

Вообще-то, такого никто из панспермистов не утверждал, вроде как. Эволюция вполне шла от более примитивных форм, но не тут.

[Rattus]

гипотеза молекулярных часов всего лишь гипотеза ,основанная только лишь ра математической подгонке некоторого наблюдательного материала генетических исследований и весьма зыбкого предположения о скорости и пути эволюции, и почти полного отсутствия экспериметнального материала о скорости эволюции .... она еще менее доказана нежели гипотеза Большого взрыва

сможет ли быстроногий ахилес обогнать никуда не торопящуюся тортилу... Этот вопрос интересовал еще грека Зеннона, и до сих пор он не имеет разрешения

Кажется кто-то взломал профиль этого юзера...

Назоаи мне хотя бы одну бесконечную вещь...

Потенциально-бесконечных полезных вещей полно. Например та же лента инструкций Машины Тьюринга.

[Продолжение воспоследовало:]

Вот и рРНК до определённой степени взаимозаменяемы лишь в недавно разошедшихся видах

Хм. Статью пока ещё не дочитал, но если это действительно надёжно доказывается, то это серьёзное дополнение к тому срезу парадигмы системной биологии, что сделан в "Логике Случая" - хотя может у Кунина и это было, а я невзначай пропустил?..
А есть ли подобные данные по каким-нибудь ещё клеточным генно-молекулярным системам или рибосома тут таки уникальна?
Если второе - то концепция древа жизни и если не видов, то хотя бы "родов" (не как у эукариот, довольно своеобразная, но в основе таки дарвиновская) у прокариот может быть восстановлена на фундаменте этой нередуцируемости (точнее - малоредуцируемости) сложности рибосомы и К.Вёзе окажется прав не только по методическому подходу, но и по сути...

Кстати - буквально на днях ув. Сергей Попов запостил у себя ссылку на свежий обзор по временным ограничениям на земной биогенез. Хотелось бы когда-нибудь получить ответ на заданный там вопрос...

[Maki]

А что в Земле такого уникального, что разработанные теории абиогенеза должны работать только на ней, и не должны работать на миллионах других подобных ей планет?

Ровным счётом ничего! Я ни слова не говорил о том, что Земля в плане абиогенеза "уникальна". Напротив теории абиогенеза должны работать или абсолютно на всех землеподобных планетах, или... абсолютно на них не работать, требуя каких-то экзотических условий, например подлёдного океана со сверхвысокими давлениями, или чего похлеще. 

Во-первых, у прокариот практически нет некодирующих участков, как правило, ген-кодирующие последовательности занимают 98-99% генома.

Да, я в курсе, просто не стал подчёркивать, что "мусорный геном" - это геном эукариот.

Во-вторых, в методе МЧ учитываются лишь закреплённые отбором нейтральные мутации. Из более-менее общепринятой в настоящее время теории нейтральной эволюции Кимры следует, что темп накопления нейтральных мутаций является в нулевом приближении постоянным.

Если учитываются "нейтральные мутации" - тогда метод может работать.
Спасибо за разъяснения. Гаплогруппные "часики" я представляю себе неплохо. А вот про генные надо бы ещё почитать.

[mbrane]

Во-первых, я не люблю, когда незнакомые люди мне тыкают, мы с Вами на бундершафт не пили. Во-вторых, то, что парадокс Зенона для Вас по прежнему не имеет решения, это Ваши личные проблемы.

Матчасть логики подучите - тогда и будешь мне басни расскзывать о решении парадокса Зеннона, таких прадоксов милион...номекаю проблема именно в бесконечной цепочки логических  выводов которое и приводит к противоречию... А то что выас учили на курсе матана - дык то не бесконечность , это операция предельного перехода, об этом вы наверное забыли сдав курс - а в этом как раз и ньюанс ...

Ровно как нет прямых экспериментальных доказательств происхождения жизни на Земле, так что, не вижу в этом плане разницы с теорией панспермии.

Ну и получается оценочное суждение с опорой на авторитет... Никакой динамической модели эволюции нет... А меня на курсе химкинетике учили шо есть не только реакции первого порядка , но и второго тоже имеются .. с положительной обратной связью  в виде автокатализа... При реакции второго порядка динамика идет не линейно, и даже не по экспоненте, а по гиперболе, и так как бесконечностей не бывает в физике, то система (популяция) быстро эволюционирует в новое состояние (вытеснив и сожрав всех неудачливых братьев не оставив даже воспоминаний) в котором может потом находится ну очень долго... Поэтому и совершенно адекватный вопрос - а на чем обосновывается гипотеза постоянства хода молекулярных часов, не может ли в нем быть особенности характера катастроф.     

Кажется кто-то взломал профиль этого юзера...

Кому в голову придет такая блажь - взломать акк анонимуса...

Потенциально-бесконечных полезных вещей полно. Например та же лента инструкций Машины Тьюринга.

Приведите мне пример практической реализации машины тьюринга с бесконечной лентой как в теории

[Rattus]

Приведите мне пример практической реализации машины тьюринга с бесконечной лентой как в теории

Написано же - потенциально.

Матчасть логики подучите - тогда и будешь мне басни расскзывать о решении парадокса Зеннона, таких прадоксов милион...номекаю проблема именно в бесконечной цепочки логических  выводов которое и приводит к противоречию... А то что выас учили на курсе матана - дык то не бесконечность, это операция предельного перехода, об этом вы наверное забыли сдав курс - а в этом как раз и ньюанс...

Только парадоксы эти на деле также неразрешимы, как Джо - неуловим.
Вам пишут, что потенциальные бесконечности (т.е. модельные) - имеют применение, а актуальные - напоц никому не нужны и таки действительно не существуют.

Поэтому и совершенно адекватный вопрос - а на чем обосновывается гипотеза постоянства хода молекулярных часов, не может ли в нем быть особенности характера катастроф.

На том, что эволюция != автокатализ.
Keyword: "нейтральные мутации".

[mbrane]

Приведите мне пример практической реализации машины тьюринга с бесконечной лентой как в теории

Написано же - потенциально.

http://lomakin.eu/2013/04/08/potentially-were-millionaires/

Матчасть логики подучите - тогда и будешь мне басни расскзывать о решении парадокса Зеннона, таких прадоксов милион...номекаю проблема именно в бесконечной цепочки логических  выводов которое и приводит к противоречию... А то что выас учили на курсе матана - дык то не бесконечность, это операция предельного перехода, об этом вы наверное забыли сдав курс - а в этом как раз и ньюанс...

Только парадоксы эти на деле также неразрешимы, как Джо - неуловим.
Вам пишут, что потенциальные бесконечности (т.е. модельные) - имеют применение, а актуальные - напоц никому не нужны и таки действительно не существуют.

Я те сразу спрашу такого уиного - па какой модели выстраивать нам краевые условия в бесконечной вседенной  - вапрос далеко не праздный  - ибо оказывается что разные граничные условия на квантование полей ведут к разным физическим законам

Поэтому и совершенно адекватный вопрос - а на чем обосновывается гипотеза постоянства хода молекулярных часов, не может ли в нем быть особенности характера катастроф.

На том, что эволюция != автокатализ.
Keyword: "нейтральные мутации".

нейтральные мутации - это деревья на автобане

[Rattus]

http://lomakin.eu/2013/04/08/potentially-were-millionaires/

Ага. Но иногда это полезно - иначе бы давно уже сбросили с парохода математики.

нейтральные мутации - это деревья на автобане

Поясните.

па какой модели выстраивать нам краевые условия в бесконечной вседенной

А зачем нам бесконечная вселенная? Бесконечна (взможно) - мультивселенная, а какова она - то нам неведомо... И вряд ли когда-то станет ведомо.

[Андрей Астрофизический]

Назоаи мне хотя бы одну бесконечную вещь...

Код: [Выделить]

var a = Infinity;
var b = 0;
while (a > b) {
//... это будет выполняться бесконечно... пока комп не выключат/перезагрузят.
b++;
}

[вова111]

Назоаи мне хотя бы одну бесконечную вещь...

Код: [Выделить]

var a = Infinity;
var b = 0;
while (a > b) {
//... это будет выполняться бесконечно... пока комп не выключат/перезагрузят.
b++;
}

Ну это потенциально бесконечно. Но в любой момент число циклов будет конечным. То есть реально живущий наблюдатель никогда не сможет сказать, что прошла бесконечность циклов. Он может сказать, что потенциально это МОЖЕТ длиться бесконечно. А раз никогда не сможет сказать, то и бесконечность он как практический результат не сможет получить.

[Андрей Астрофизический]

Но в любой момент число циклов будет конечным.

Разумеется. Как и число атомов во вселенной, и число наносекунд прошедшее с момента большого взрыва, всегда будут конечными числами.

бесконечность он как практический результат не сможет получить.

Как практический результат ее нельзя получить никак и нигде. Как абстрактная величина - вот она ∞
Просто число с известными свойствами. "больше любого".

[mbrane]

Поясните.

Тени много - а езде не мешают

А зачем нам бесконечная вселенная? Бесконечна (взможно) - мультивселенная, а какова она - то нам неведомо... И вряд ли когда-то станет ведомо.

да вот я тоже не знаю зачем нам бесконечная вселенная , что  такое вообще бесконечность а камерад Combinaor говорит о  том шо все проблемы с бесконечностяями давно решены не понял токмо в физике чи математике... Чюдны дила тваи господи

Бесконечна (взможно) - мультивселенная

да и еще хотелось бы ненаучную фатнтастику оставить для лекций линде с гутом... даже коллеги по цеху весьма скептичны по поводу рассовывыания мусора под ковер мультверса

[mbrane]

Назоаи мне хотя бы одну бесконечную вещь...

Код: [Выделить]

var a = Infinity;
var b = 0;
while (a > b) {
//... это будет выполняться бесконечно... пока комп не выключат/перезагрузят.
b++;
}

теперь запуситите ее на компе и когда выдаст результат  - огласите его на форуме... Единственная бесконечная вещь - это человеческая глупость говорил А. Эйнштейн... приведенный код хорошо это демонстрирует

[Rattus]

mbrane, ну что тут скажешь... Разве что "ваше мнение очень важно для нас".

[Combinator]

[Продолжение воспоследовало:]

Вот и рРНК до определённой степени взаимозаменяемы лишь в недавно разошедшихся видах

Хм. Статью пока ещё не дочитал, но если это действительно надёжно доказывается, то это серьёзное дополнение к тому срезу парадигмы системной биологии, что сделан в "Логике Случая" - хотя может у Кунина и это было, а я невзначай пропустил?..

Кунин больше делает упор на сетевые структуры, но и роль глобального ДЖ тоже отнюдь не умоляет. Например. в гл. 6 читаем:
==========================
Количественный анализ Леса Жизни обнаруживает сложный ландшафт древовидной и сетевидной эволюции. Сигналы этих двух типов эволюции распределены чрезвычайно неслучайным образом среди различных групп прокариот и среди функциональных классов генов. В целом сетевидный сигнал количественно доминирует, и это открытие (почти буквально) поддерживает идеи «латеральной геномики» или «сети жизни». Эти результаты, бесспорно, несовместимы с представлением об эволюции прокариот как о ДЖ, украшенном тонкими, случайными «паутинками» ГПГ (Ge et al., 2005; Kunin et al., 2005). Однако древовидный сигнал, совместимый с консенсусной топологией Почти Универсальных Деревьев, также несомненно обнаруживается и является сильным; согласно нашим измерениям, до 40 процентов эволюции в мире прокариот следует этому образцу. Решающая, хоть и в некотором смысле парадоксальная черта эволюции прокариот состоит в том, что, хотя сетевидные процессы доминируют количественно, самой сильной специфической тенденцией является древовидная эволюция, отраженная в консенсусной топологии Почти Универсальных Деревьев, которая также в значительной степени повторяет древо рРНК.
===========================

А есть ли подобные данные по каким-нибудь ещё клеточным генно-молекулярным системам или рибосома тут таки уникальна?

Специально этот вопрос не изучал, но по логике вещей сильнее всего должны сопротивляться ГПГ РНК-протеиновые комплексы, например, рибонуклеаза P.

Кстати - буквально на днях ув. Сергей Попов запостил у себя ссылку на свежий обзор по временным ограничениям на земной биогенез. Хотелось бы когда-нибудь получить ответ на заданный там вопрос...

Спасибо. Большинство работ, на которые ссылаются авторы, я читал, но нашёл и кое-что новое.

[Maki]

Применение методики МЧ для мусорного человечьего генома не вызывает сомнений, так как:
1) Частота нейтральных мутаций измеряется на достаточно длинном отрезке родословного дерева, в вычислению подлежат сравнительно короткие сроки (столетние династии VS десятки тысч лет, или 1:100).
2) Мутагенность, очевидно, за последние десятки тысяч лет для Человека не менялась.
Что касается МЧ для дробянок - есть вопросы.
Средняя частота мутаций, для нашего времени и наших условий, надо полагать, высчитана добросовестно.
Но, есть  сомнения в том, что для условий катархея и раннего архея эти данные подходят.
К факторам,  провоцирующим мутации, относится ультрафиолет и радиация. Этого добра, как принято считать, в то время было поболее чем сейчас. Кроме того, частота мутаций, вроде как, выше при при более высокой температуре. А то, что на древней Земле температуры были, в среднем, выше, чем сейчас - факт.
Если внести поправку на более высокую мутагенность среды - МЧ покажут более короткое время до LUCA.