Обнаружены нанобактерии

[LUKA]

Впечатляет. Итак, получается,  что есть вирусы, размером с небольшую бактерию (мимивирусы), и есть бактерии, размером с большие вирусы.
Самое главное другое - при таком маленьком размере может оказаться, что и геном очень маленький. Это может помочь понять, как должен был выглядеть минимальный геном в период, когда ещё жил LUCA.
Впечатляет и то, что археи, которые и так относительно недавно обнаружены (вторая половина 70-х прошлого века), к тому же оказались возможно довольно повсеместно представлены ещё и повсеместными "микропредставителями", которых мы просто не замечали.
Признаюсь, что очень скептически относился к взглядам об их существовании, но теперь кто знает...

[Проходящий Кот]

Самое главное, что в силу своей малости для их даже чисто случайного возникновения требуются уже совершенно другие числа, да и собраться они могут за гораздо меньшее время. Значит, жизнь может возникнуть в каждой подходящей луже....

[Combinator]

Впечатляет. Итак, получается,  что есть вирусы, размером с небольшую бактерию (мимивирусы), и есть бактерии, размером с большие вирусы.

Насколько я в курсе, по последним данным существование нанобактерий практически опровергнуто.

[-Asket-]

Не самих нанобактерий, а их права называться живыми, теперь это величают саморазмножающимся минеральным комплексом.
Однако же штука все равно презанятная: http://ru.wikipedia.org/wiki/Нанобактерии
А об истории проблемы можно почитать здесь: http://www.paleo.ru/forum/index.php?topic=1136.0

[Проходящий Кот]

саморазмножающиеся минеральные комплексы --- чего только не придумают, чтобы оставить грань между живым и неживым

[LUKA]

Насколько я в курсе, по последним данным существование нанобактерий практически опровергнуто.

А что может быть их доказательством? 16S прочитана, место в классификации определено. Разве что хоть какая-то культивация?

[Combinator]

Насколько я в курсе, по последним данным существование нанобактерий практически опровергнуто.

А что может быть их доказательством? 16S прочитана, место в классификации определено. Разве что хоть какая-то культивация?

Вот фрагмент из статьи в Википедии по ссылке выше:
===============================
 Ранние заявления о секвенированных последовательностях 16S РНК «нанобактерий» связаны с контаминацией проб (нуклеотидная последовательность 16S рРНК «нанобактерий» неразличима с таковой у Phyllobacterium mysinacearum— бактерии, часто являющейся причиной контаминации проб в ПЦР реакции), показано также и отсутствие нуклеиновых кислот и белка в «колониях нанобактерий», состоящих из кристаллов апатита.
===============================

Или по этому поводу есть более свежая информация?

[LUKA]

Вот фрагмент из статьи в Википедии по ссылке выше:
===============================
 Ранние заявления о секвенированных последовательностях 16S РНК «нанобактерий» связаны с контаминацией проб (нуклеотидная последовательность 16S рРНК «нанобактерий» неразличима с таковой у Phyllobacterium mysinacearum— бактерии, часто являющейся причиной контаминации проб в ПЦР реакции), показано также и отсутствие нуклеиновых кислот и белка в «колониях нанобактерий», состоящих из кристаллов апатита.

Скептицизм на первый взгляд кажется разумным. Однако есть одно но... Авторы говорят о принципиально новой группе архей, которая ранее не была известна. Однако, согласен, нужно  дождаться нормальной статьи. Да и культивировать хоть как-то, но надо попытаться.
Сейчас научились даже культивировать штаммы из горячих источников, кстати.

[-Asket-]

Авторы говорят о принципиально новой группе архей, которая ранее не была известна.

Наноархеоты (лат. Nanoarchaeota) — четвёртый тип в домене Археи. Открыт в 2002 году.
Единственный известный к настоящему времени вид — Nanoarchaeum equitans. Его представители могут развиваться только в сокультуре с археями рода Ignicoccus (относящегося к типу Crenarchaeota), что является уникальным явлением для архей. На одной клетке Ignicoccus селится от 2 до 4 клеток Nanoarchaeum equitans, диаметр которых 0,35—0,50 мкм. В месте контакта клеток прикрепительных структур не обнаружено. Отделение Nanoarchaeum equitans от клеток Ignicoccus может быть вызвано мягким воздействием ультразвука. При совместном культивировании в искусственных условиях на поздней экспоненциальной фазе роста наблюдалось самостоятельное отделение около 80 % клеток Nanoarchaeum equitans от Ignicoccus.
Метаболизм Nanoarchaeum equitans пока не известен. Они не размножаются в отсутствие живых клеток Ignicoccus. Nanoarchaeum equitans строгие анаэробы. Температура, при которой живут эти археи, составляет 90 °C.
Их геном отсеквенирован и составляет 490 885 пар оснований. Это один из наименьших клеточных геномов, который пока что удалось обнаружить (меньше геном у эндосимбиотической бактерии Carsonella). У Nanoarchaeum equitans остались только гены, отвечающие за биосинтез белка, репликацию, транскрипцию и трансляцию, 95 % генома кодирует белки.
Nanoarchaeum equitans не могут синтезировать липиды, нуклеотиды и аминокислоты, получая их от Ignicoccus. Возможно, они также зависят от энергетического метаболизма хозяина. Скорость роста Ignicoccus в чистой культуре и смешанной культуре при невысокой численности Nanoarchaeum equitans не различается, но очень большое число наноархей (несколько на каждую клетку хозяина) подавляет развитие Ignicoccus. В связи с этим Nanoarchaeum equitans можно рассматривать как паразитов, что делает их единственными известными паразитами среди архей.
Nanoarchaeum equitans выделены из горячих серных источников Срединно-Атлантического хребта на глубине 106 метров. Позже 16s рРНК наноархей с последовательностями, похожими на Nanoarchaeum equitans, обнаружили в чёрных курильщиках Тихого океана, в гейзерах Йеллоустона и Камчатки. Методом FISH установлено, что все Nanoarchaeota прикрепляются к клеткам других архей.
http://ru.wikipedia.org/wiki/Наноархеоты

Nanoarchaeum equitans (tiny cells) attached to its host Ignicoccus spec. (big cells). Fluorescence light micrograph taken after DNA-specific staining. Bar 5 µm.

Co-culture of Ignicoccus spec. (green) and Nanoarchaeum equitans (red). ss rRNA sequence-specific fluorescence staining. Confocal laser micrograph. Bar 1 µm.

Cell of Ignicoccus spec. (big) with cells of Nanoarchaeum equitans (tiny) attached to its surface. Electron micrograph. Pt-contrasting. Bar 1 µm.

[Combinator]

Скептицизм на первый взгляд кажется разумным. Однако есть одно но... Авторы говорят о принципиально новой группе архей, которая ранее не была известна. Однако, согласен, нужно  дождаться нормальной статьи. Да и культивировать хоть как-то, но надо попытаться.
Сейчас научились даже культивировать штаммы из горячих источников, кстати.

Подождём, конечно, но вот уже лет 5 как я ни одной статьи в серьёзных журналах про нанобактерий не видел. Кстати, на форуме палеоантологов я попытался возобновить дискуссию на тему происхождения жизни на Земле, если есть интерес, присоединяйтесь!

[Проходящий Кот]

Возможно, это остатки одной из предыдущих биосфер, когда свободных аминокислот было гораздо больше.....

[Combinator]

Наноархеоты (лат. Nanoarchaeota) — четвёртый тип в домене Археи. Открыт в 2002 году.

Это просто совпадение названия, указанная бактерия во первых является облигатным симбиотом, а во вторых не имеет практически ничего общего с явлением, которое принято называть "классическими" нанобактериями. 

[-Asket-]

Уж какая есть, а с "классическими" все тухло, похоже...

[Проходящий Кот]

Их давно съели....

[-Asket-]

Биологи нашли сверхмалые нанобактерии в грунтовых водах
Международная группа микробиологов нашла в образцах обычной грунтовой воды сразу несколько штаммов бактерий, чьи размеры оказались в несколько раз меньше, чем общепринятый минимальный предел для жизни, говорится в статье, опубликованной в журнале Nature Communications.
"Эти сверхмалые бактерии могут быть первым примером того подраздела микробной жизни на планете, о которой мы практически ничего не знаем. Они очень загадочные. Мы нашли следы их присутствия во многих средах, и эти бактерии, скорее всего, играют важную роль в сообществах микробов и в работе экосистем. Мы пока не совсем понимаем, чем же они занимаются", — заявила Джилл Банфилд (Jill Banfield) из университета Калифорнии в Беркли (США).
Банфилд и ее коллеги нашли ответ на один из самых обсуждаемых среди биологов и эволюционистов вопросов – каковы минимальные пределы и размеры жизни, изучая образцы грунтовых вод.
Как объясняют авторы статьи, сегодня большинство ученых считает, что существует некий предел размеров для жизни, ниже которого живые организмы просто не будут существовать. Под ним обычно понимается некий минимальный объем клетки, которая может в себя вместить генетический материал и несколько рибосом. На этом консенсус среди ученых заканчивается, и начинаются дискуссии о том, насколько плотно можно "упаковать" эти элементы.
Группа Банфилд попыталась найти ответ на этот вопрос не в теории, а в живой природе, обратив внимание на то, что за последние годы их коллегам удалось найти несколько сотен микробов с очень короткой и компактной ДНК. Авторы статьи предположили, что носители таких геномов могут обладать крайне малыми размерами.
Для проверки этой гипотезы ученые создали специальную систему фильтров, нижние "ячейки" в которых не пропускали кусочки материи размером меньше, чем 0,2 микрона, которые сегодня используются в медицинской промышленности для стерилизации воды. Пропустив образцы грунтовой воды через эти фильтры, авторы статьи изучили ее содержимое и с удивлением обнаружили сразу несколько видов микробов, чьи размеры были в разы меньше ожидаемого.
По расчетам Банфилд и ее коллег, объем каждой такой бактерии составляет всего 0,009 кубических микрометра — иными словами, они настолько малы, что колония из 150 таких микроорганизмов может поместиться внутри одной кишечной палочки.
Обнаружив существование микробов за предполагаемыми пределами жизни, авторы статьи попытались определить их родовую принадлежность, изучив структуру их генома. Оказалось, что они принадлежат к трем относительно малоизученным группам бактерий – OD1, WWE3 и OP11. По словам ученых, примерно половина их генов обладает необычной структурой, и их предназначение пока остается тайной для генетиков.
Относительно малая длина их генома — всего миллион нуклеотидов — говорит о том, что они не могут жить отдельно от более крупных бактерий, которые поставляют им недостающие белки и питательные вещества. В пользу этого говорит то, что поверхность "мини-бактерий" покрыта многочисленными усиками-пилиями, которые могут помогать им обмениваться веществами с более крупными собратьями.
Как отмечают исследователи, несколькими годами ранее их коллеги обнаружили почти столь же малых архей.

Статья: Diverse uncultivated ultra-small bacterial cells in groundwater

[Olweg]

Паразиты, значит... Я всё ещё надеюсь, что как-нибудь удастся обнаружить свободноживущие добактериальные (и доархейные) формы жизни. Но шансов мало; видимо, потомки LUCA оказались настолько эффективными организмами, что полностью вытеснили все предыдущие формы жизни.

[Nucleosome]

Паразиты, значит... Я всё ещё надеюсь, что как-нибудь удастся обнаружить свободноживущие добактериальные (и доархейные) формы жизни. Но шансов мало; видимо, потомки LUCA оказались настолько эффективными организмами, что полностью вытеснили все предыдущие формы жизни.

скорее всего. а вообще про нанобактерий давно писали, что штукенции это сомнительные. и вообще что это - просто особо мелкие бактерии или какие-то "особые" бактерии, одна из хараткреных черт которых - малый размер, как самих, так и генома, вообще же бактерий с мелкими геномаи, внутриклеточных паразитов знали и раньше.

[Dem]

Паразиты, значит...

Может и симбиоты... и даже друг с другом.
Почему не может быть десятка недобактерий, которые суммарно обладают полным необходимым геномом?