Не только автофокус может барахлить в зеркале. С ручным тоже могут быть проблемы. Дело в том, что в зеркалке вы фокусируетесь по изображению на матовом стеклышке искателя. При этом подразумевается, что если изображение на стекле в фокусе, то и изображение на матрице тоже будет в фокусе. Так чаще всего и бывает. Но специалисты говорили, что не всегда.
Способ проверки следующий.
Кладете на стол линейку. Располагаете фотоаппарат под углом к линейке. Фокусируетесь на определенное деление, которое запоминаете. Делаете снимок. Потом смотрите, какое деление в фокусе. Если то, что ы запомнили, все ок. Если другое, значит положение стеклышка расстроено, относительно матрицы.