В общем, у них получается, что из исследованных ими типичных эукариотных генов архейного происхождения, примерно 90% восходят к Асгард археям. С другой стороны, из генов бактериального происхождения, альфа-протеобактериям родственны лишь около половины. Тогда получается примерно такой сценарий - вначале общий предок эукариот получил тем или иным способом гены для формирования ядра и основных органелл (аппарат Гольджи и т.д.). По видимому, это были гены бактериального происхождения, но не их семейства альфа-протеобактерий. По идее, принципиальных препятствий для такого сценария не видно. Позже архейная внешняя мембрана тоже была заменена на нейкий отдалённый аналог бактериальной с помощью этих, или родственных им генов. Как это могло произойти, представить уже сложнее. С моей точки зрения, видимо, возможны, как минимум, два варианта.
1. По последним исследованиям, прокариоты с мембраной, состоящей из смеси архейных и бактериальных липидов, в принципе, тоже могут жизнеспособны. Замена происходила постепенно, вплоть до полного исчезновения архейных липидов.
2. Вначале могла быть синтезирована внутренняя мембрана бактериального типа, окружавшая ядро и все новые органеллы. После этого, внешняя архейная мембрана могла постепенно исчезнуть за ненадобностью.
И ещё я бы не упускал из рассмотрения вариант, что существенную роль в образовании новой химеры могли сыграть вирусы, чему тоже есть многочисленные намёки.
Как-то так.