Распределенные вычисления

[Programma.Boinc]

2-ТРАНСВЕРСАЛИ В ПАРАХ ОРТОГОНАЛЬНЫХ ДИАГОНАЛЬНЫХ ЛАТИНСКИХ КВАДРАТОВ.

(кликните для показа/скрытия)

2-ТРАНСВЕРСАЛИ В ПАРАХ ОРТОГОНАЛЬНЫХ ДИАГОНАЛЬНЫХ ЛАТИНСКИХ КВАДРАТОВ.

УДК 681.3 Э.И. Ватутин evatutin@rambler.com
Юго-Западный государственный университет, Курск

В работе предложено понятие 2-трансверсалей (диагональных и общего вида) в парах ОЛК/ОДЛК, показана их связь с задачей построения троек взаимно ортогональных ЛК/ДЛК и приведено краткое описание их свойств.

Латинские квадраты (ЛК) и диагональные латинские квадраты (ДЛК) представляют собой достаточно известные типы комбинаторных объектов, исследованию которых посвящено достаточно большое количество научных публикаций. Одной из наиболее известных открытых математических проблем является попытка построения тройки взаимно ортогональных ЛК/ДЛК (ВОЛК/ВОДЛК) порядка 10 N = либо доказательство ее несуществования.

Для построения ортогональных соквадратов (ОЛК/ОДЛК) к заданному квадрату наиболее эффективным является метод Эйлера-Паркера, базирующийся на построении множества трансверсалей, и последующем поиске покрытия из N попарно не пересекающихся трансверсалей (диагональных трансверсалей при поиске ОДЛК и трансверсалей общего вида при поиске ОЛК).

Введем в рассмотрение понятие 2-трансверсалей, определенных в парах ОЛК/ОДЛК. Так 2-трансверсалью в паре ОЛК/ОДЛК A и B будем называть такую трансверсаль, которая одновременно является трансверсалью как в квадрате A, так и в квадрате B.
Аналогично, диагональной 2-трансверсалью в паре ОДЛК будем называть такую диагональную трансверсаль, которая одновременно является диагональной трансверсалью в обоих ДЛК пары.

Несложно показать, что необходимым и достаточным условием существования третьего квадрата C, ортогонального обоим квадратам A и B пары, является наличие N попарно не пересекающихся 2-трансверсалей.  Следовательно, при поиске тройки ВОЛК/ВОДЛК имеет смысл сконцентрироваться на целенаправленном построении пар ОЛК/ОДЛК с большим числом 2-трансверсалей, для чего необходимо исследование их свойств. Пример пары ОДЛК порядка 9 и диагональной 2-трансверсали приведен на рисунке.

00 11 22 33 44 55 66 77 88
82 53 36 08 27 60 41 15 74
46 04 17 20 65 78 52 83 31
35 87 58 61 13 24 70 06 42
28 45 64 12 76 81 37 50 03
14 68 73 47 80 32 05 21 56
57 26 01 75 38 43 84 62 10
71 30 85 54 02 16 23 48 67
63 72 40 86 51 07 18 34 25

Рис. Пример пары ОДЛК порядка 9 и диагональной 2-трансверсали [1 0 3 2 4 6 5 8 7] (выделена жирным). Также указанная пара ОДЛК имеет еще 3 диагональных 2-трансверсали: [2 6 7 0 4 1 8 3 5], [3 5 1 8 4 7 0 2 6] и [5 3 8 1 4 0 7 6 2]

С использованием построенных ранее коллекций ОДЛК можно посчитать следующие числовые ряды для 2-трансверсалей:

• минимальное число 2-трансверсалей в парах ОДЛК – 1, 0, 0, 4, 10, 0, 2, 2,2, 2, 2, 2 (диагонали ДЛК по определению являются трансверсалями, поэтому для всех порядков N, для которых существуют ОДЛК, ( )2a N ³ );
• максимальное число 2-трансверсалей в парах ОДЛК – 1, 0, 0, 4, 10, 0, 28,96, 648, ()1028a³, ( )11
1782a³, ()12 108a³;
• мощность спектра числа 2-трансверсалей в парах ОДЛК – 1, 0, 0, 1, 1, 0, 3,7, 66, ()10 17a³, ( )11 35a³, () 12 42a³; и для диагональных 2-трансверсалей:
• минимальное число диагональных 2-трансверсалей в парах ОДЛК – 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 (вероятно далее с ростом размерности N ряд будет состоять из нулевых значений);
• максимальное число диагональных 2-трансверсалей в парах ОДЛК – 1, 0, 0, 0, 0, 0, 14, 32, 140, ()10 8a³ , ( )11 320a³, () 12 38a³, () 13 992a³;
• мощность спектра числа диагональных 2-трансверсалей в парах ОДЛК – 1, 0, 0, 1, 1, 0, 3, 4, 53, () 106a³ , ( ) 11 37a³, ()12 11a³, () 13 14a³.

Все посчитанные числовые ряды не представлены в OEIS и планируются к добавлению в состав энциклопедии. Для порядка 11 N = ДЛК в составе рекордных пар ОДЛК являются либо циклическими, либо DSODLS/ESODLS (либо одновременно); для порядка 12 N =– по-видимому, диагонализированными составными квадратами вида 34´ с максимально возможным для данной размерности числом трансверсалей, равным 198 144 (см. числовые ряды A287644 и A344105 в OEIS).

Для порядка 10 N =рекордным числом общих 2-трансверсалей (как диагональных, так и общего вида) обладают ДЛК, являющиеся SODLS/ESODLS с относительно небольшим числом трансверсалей (124/932 и 128/932 соответственно при известных максимальных значениях 890/5504), что делает актуальной задачу бестрансверсального поиска ESODLS с использованием схем отображения ячеек CMS [1].

В перспективе при необходимости введенное определение 2-трансверсалей может быть расширено на 3-трансверсали в тройках ВОЛК/ВОДЛК, 4-трансверсали в четверках ВОЛК/ВОДЛК и т.д.

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ
1. Vatutin E.I., Zaikin O.S., Manzuk M.O., Nikitina N.N. Searching for Orthogonal Latin Squares via Cells Mapping and BOINC-Based Cube-And-Conquer // Communications in Computer and Information Science. 2021. Vol. 1510. pp. 498–512. DOI: 10.1007/978-3-030-92864-3_38.
https://boinc.ru

[Programma.Boinc]

Простой World Community Grid в декабре

Продолжительный простой World Community Grid будет с 7 декабря 2024 года по 3 января 2025 года.

Опубликовано: 5 декабря 2024 г.

Мы определили, что перенос инфраструктуры BOINC на другой сайт во время простоя нецелесообразен, и мы все еще ждем ответа от персонала UHN, который управляет нашими записями DNS, чтобы узнать, когда мы сможем переключить веб-сайт и форумы на альтернативный сайт.

Как отметили пользователи на форумах, не имело смысла начинать отправлять новые рабочие единицы ARP1, учитывая неизбежный простой, и мы прекратили производить новые рабочие единицы MCM1 сегодня, чтобы, как мы надеемся, дать возможность загрузить большую часть невыполненных рабочих единиц.

Когда мы отключимся, после того как весь трафик на серверы загрузки будет остановлен, сроки для невыполненных рабочих единиц будут продлены, чтобы покрыть время простоя.

С улучшениями в облачной среде мы были проинформированы, что проблема с сетевыми агентами в нашей облачной среде, приводящая к тому, что экземпляр базы данных веб-сайта и форумов становится недоступным в сети до тех пор, пока не вмешается хостинг (из-за сбоя в прошлые выходные и многих предыдущих сбоев), будет устранена.

Чтобы быть в курсе любых проблем, пожалуйста, посетите веб-страницу Jurisica Lab.
https://www.cs.toronto.edu/~juris/jlab/wcg.html

[Programma.Boinc]

Обновление исследования от команды MCM (январь 2025 г.)

(кликните для показа/скрытия)

Обновление исследования от команды MCM (январь 2025 г.)

Мы продолжаем изучать молекулярные сигнатуры, связанные с раком легких, с текущим фокусом на GCM1, факторе транскрипции, участвующем в развитии плаценты и потенциально значимом в биологии рака легких.

Ген GCM1 кодирует белок с мотивом gcm, играющий центральную роль в связывании ДНК и регуляции генов, специфичных для плаценты. Хотя его основная функция связана с биологией плаценты, появляющиеся данные свидетельствуют о том, что мутации GCM1 связаны с различными видами рака, включая аденокарциному легких (ADC).

Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 21 января 2025 г.

Предыстория

Проект картирования маркеров рака легких (MCM) направлен на выявление наборов генов (сигнатур), которые могут отличать рак легких от здоровых людей. По состоянию на 15 января 2025 г. добровольцы пожертвовали более 962 тысяч лет работы и 2,5 миллиарда результатов. Это составляет в среднем более 235 лет времени выполнения в день. Большое спасибо за вашу постоянную поддержку.

Анализ данных WCG из проекта MCM выявил 26 генов с наивысшей оценкой по сигнатурам при раке легких. Мы уже представили данные для VAMP1, FARP1, GSDMB, ADH6, IL13RA1, PCSK5, TLE3, HSD17B11, KLF5 и ASTN2. Теперь мы обсудим GCM1.

Терминология

Транскрипционный фактор: белок, который связывается с определенными последовательностями ДНК для регулирования экспрессии генов.

Плацентарный фактор роста (PGF): белок, критически важный для развития плаценты и ангиогенеза.
Клетки трофобласта: клетки, образующие внешний слой бластоцисты, которая позже развивается в часть плаценты.

Исследования GCM1

GCM1 (Glial Cells Missing Transcription Factor 1) экспрессируется преимущественно в плаценте, но также проявляет активность при некоторых видах рака, таких как аденокарцинома легких (ADC).

Этот фактор транскрипции регулирует плацентарный фактор роста (PGF) и влияет на дифференциацию клеток трофобласта по нескольким путям. Исследования показывают, что биологические процессы, управляемые GCM1 в развитии, такие как клеточная инвазия и дифференциация, могут иметь параллели в прогрессировании рака.
Как показано на рисунке 1, GCM1 гораздо больше экспрессируется на ранних стадиях развития в различных органах, включая легкие (PMID: 26076956).

Рисунок 1. Тканеспецифическая экспрессия GCM1 на стадиях развития плода человека.
Аберрантная экспрессия GCM1 в легких взрослого человека связана с плохой выживаемостью при ADC легких (рисунок 2A), однако она является защитной при плоскоклеточной карциноме легких (SQC) (см. рисунок 2B).

Рисунок 2. Сверхэкспрессия GCM1 в ADC легких приводит к плохому прогнозу (A), тогда как в SQC легких она демонстрирует защитный эффект (B). Данные получены с помощью KM Plotter.

Панраковые тенденции

GCM1 обогащен раком яичек (рис. 3), что приводит к плохому прогнозу (рис. 4).
Рисунок 3. Концентрация белка в Г/см1 особенно высока при раке яичек (Human Protein Atlas).
Рисунок 4. При раке яичек в целом наблюдается хорошая выживаемость, но у пациентов с высокой экспрессией GCM1 выживаемость при опухоли половых клеток яичек значительно ниже (ОР=6,3).

Аналогичный негативный прогноз при высокой экспрессии GCM1 имеет карцинома SQC шейки матки (рис. 5A), почечно-клеточный рак почки (рис. 5B), гепатоцеллюлярная карцинома печени (рис. 5C), АДК протоков поджелудочной железы (рис. 5D), АДК прямой кишки (рис. 5E). Мутации CCM1 в ADC желудка приводят к неблагоприятному прогнозу (рис. 5F) и демонстрируют отрицательную тенденцию к выживаемости при карциноме SCC шейки матки (рис. 5G).

Рисунок 5. Неблагоприятный прогноз при раке с высокой экспрессией GCM1: карцинома SQC шейки матки (A), почечно-клеточный рак почки (B), гепатоцеллюлярная карцинома печени (C), АДК протоков поджелудочной железы (D), АДК прямой кишки (E). Мутации GCM1 в ADC желудка приводят к неблагоприятному прогнозу (F) и демонстрируют отрицательную тенденцию к выживаемости при карциноме SQC шейки матки (G).

С другой стороны, высокая экспрессия GCM1 играет важную защитную роль при раке яичников (рис. 6A), раке мочевого пузыря (рис. 6B), карциноме головы и шеи (рис. 6C), папиллярно-клеточном раке почек (рис. 6D), феохромоцитоме и параганглиоме (рис. 6E), тиоме (рис. 6F) и рак щитовидной железы (рис. 6G). Мутации в гене GCM1 приводят к хорошему прогнозу при раке мочевого пузыря (рис. 6H).

Рисунок 6. Хороший прогноз при раке с высокой экспрессией GCM1: рак яичников (A), рак мочевого пузыря (B), карцинома головы и шеи (C), папиллярно-клеточный рак почек (D), феохромоцитома и параганглиома (E), тимома (F) и рак щитовидной железы (G). Мутации в гене GCM1 указывают на благоприятный прогноз при раке мочевого пузыря (не показан) и карциноме тела матки (I).

Связь между развитием и раком

Роль GCM1 в биологии плаценты связана с ключевыми процессами, связанными с раком, такими как ангиогенез и клеточная инвазия. Развитие и рак имеют общие пути, которые включают регуляцию роста, дифференцировку и миграцию — все процессы, на которые влияет GCM1.

Например, инвазия трофобласта во время развития плаценты параллельна инвазии опухолевых клеток во время метастазирования.

Исследования показывают, что мутации в гене GCM1 влияют на функцию митохондрий, метилирование ДНК и дифференцировку трофобластов. Кроме того, его роль в развитии нераковых заболеваний, таких как болезнь Паркинсона и рак носоглотки, еще раз подчеркивает универсальность гена в регуляции клеточных процессов.

Продвигаясь вперед

Проект MCM продолжит предоставлять обновленную информацию по остальным генам, которые имеют наибольшую вероятность развития рака легких. Хотя на данном этапе мы не проводим экспериментальных исследований по этим генам, полученные результаты служат основой для будущих исследований, направленных на изучение их потенциала в качестве биомаркеров или терапевтических мишеней.

Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, не стесняйтесь обсуждать их здесь.

Спасибо за поддержку нашего исследования!
Команда MCM

https://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do
https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=819
www.Boinc.ru

[Programma.Boinc]

Миссия "Gaia" завершила 11-летнюю работу по картированию Галактики из-за истощения топлива.

Очень интересное событие произошло, которое также касается и участников проектов распределённых вычислений, в частности проекта Gaia@Home, который анализирует данные с одноимённого космического телескопа.

Появилась следующая новость: “15 января миссия "Gaia" завершила 11-летнюю работу по картированию Галактики из-за истощения газового топлива. Аппарат будет уведён на орбиту захоронения подальше от Земли из точки Лагранжа L2, а учёным понадобятся ещё годы, чтобы закончить обработку данных.”

 Так вот, эта новость, это событие должно привлечь участников распределённых вычислений проекта Gaia@Home – теперь ведь становится, что этот проект становится не бесконечным проектом, а становится проектом, решающим конечную задачу, чтобы обработать уже до конца полученные данные, новые ведь данные в проект поступать не будут.

Это очень важное событие в области астрономии и распределённых вычислений. Это должно привлечь в проект распределённых вычислений Gaia@Home новых участников, усилить мощность проекта, чтобы не как в статье “а учёным понадобятся ещё годы чтобы закончить обработку данных”, а эти годы не растягивать, а данные быстрее обработать на обычных компьютерах.
Единственное, что сейчас счётное приложение Gaia@Home есть только под Linux, под Windows нет.

https://www.esa.int/Science_Exploration/Space_Science/Gaia/Last_starlight_for_ground-breaking_Gaia

[Programma.Boinc]

Вот, достался такой телефон Samsung SM-G970 Galaxy S10e. Теперь он будет считать Boinc.

[Programma.Boinc]

Присоединяйтесь к вызову «В память о Дилане Буччи»

19 февраля, базирующаяся в Виннипеге, кибер - академия старшей школы Сислера начнет командный вызов, который продлится 19 дней.

Опубликовано: 12 февраля 2025 года

Вклад кибер - академии в WCG давно постоянно поддерживается благодаря помощи учителя и главы департамента г -на Роберта Эспозито и нескольких высокопроизводительных студентов. Один из них, Дилан Буччи, провел много часов своего свободного времени, реконфигурируя дюжину пожертвованных серверов, и в течение года он внес 168 лет обработки времени на исследования рака мировой общины.

К сожалению, у Дилана была диагностирована саркома Юинга на 4 -й стадии летом 2020 года. Академия.

Чтобы отпраздновать страсть Дилана к исследованиям рака и в честь его очень ценного вклада в исследования WCG, академия начала челлендж «В память о Дилане Буччи», где дата начала - это продолжительность жизни Дилана и его возраст.

Вы можете присоединиться к команде и внести свой вклад в Memorial Challenge Дилана.

https://www.sislercyberacademy.org/
https://www.worldcommunitygrid.org/team/challenge/viewTeamChallenge.do?challengeId=11003

[Programma.Boinc]

В память о Дилане Буччи завершается конкурс "Более 600 лет ЦП на исследования рака".

Кибер-академия Sisler заняла 1-е место по итогам конкурса, который стартовал 19 февраля и продолжался 19 дней.

Автор: доктор Игорь Юришика, Исследовательский институт Крембил, Университетская сеть здравоохранения, Торонто

Опубликовано: 12 марта 2025 г.

Кибер-академия Sisler при поддержке своего руководителя г-на Роберта Эспозито организовала командный конкурс "В память о Дилане Буччи" в World Community Grid, который стартует 19 февраля и продлится 19 дней.

19-дневная программа и дата ее начала посвящены дню кончины Дилана и его возрасту. Благодарим команду Кибер-академии Sisler из Манитобы, Канада, за организацию компьютерного конкурса. Нет лучшего способа почтить память Дилана, чем мобилизовать больше поддержки для исследований рака.

Также невероятно приятно видеть, как с годами расширяется наследие Дилана Буччи в клубе Dylan Bucci WCG в Сислере. Среди 66 активных команд команда Sisler Cyber Academy заняла первое место по итогам конкурса с огромным отрывом, набрав почти 500 миллионов баллов.

Мы все несем эстафету, и мы благодарим всех участвующих волонтеров и команды, которые всего за 19 дней создали производительность, эквивалентную более чем 600 процессорным годам вычислений!

Каждый вклад помогает - и вместе мы сможем изменить ситуацию к лучшему. Спасибо».

https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=821

[Programma.Boinc]

Результаты исследования от команды MCM (март 2025 г.)

(кликните для показа/скрытия)

Результаты исследования от команды MCM (март 2025 г.)

В рамках наших текущих исследований мы продолжаем изучать гены, которые имеют наибольшую вероятность развития рака легких, выявленные в рамках проекта "Картирование онкомаркеров" (MCM). В продолжение нашего предыдущего исследования GCM1, в этом обновлении рассматривается ген DYNLT1 (динеиновая легкая цепь Tctex-тип 1), играющий ключевую роль во внутриклеточном транспорте и патофизиологии рака.

Опубликовано: 18 марта 2025 г.

Терминология

Динеиновый моторный комплекс: Группа белков, ответственных за транспортировку клеточного груза по микротрубочкам в клетке.
Первичные реснички: сенсорные органеллы на поверхности клетки, которые играют роль в передаче сигналов и регуляции клеточного цикла.

Онкогенные нуклеопорины: Мутировавшие или аномально экспрессируемые белки из комплекса ядерных пор, которые стимулируют прогрессирование рака.
Прогностический маркер: биологический признак, связанный с клиническими исходами, такими как выживаемость или прогрессирование заболевания.

Фон

Проект MCM направлен на выявление молекулярных признаков, которые отличают рак легких от здоровых людей. Среди 26 генов, получивших высокую оценку, DYNLT1 выделяется благодаря своему участию во внутриклеточных транспортных механизмах и его значению в биологии рака.

Этот белок, некаталитический компонент цитоплазматического динеинового моторного комплекса, необходим для клеточных процессов, таких как митоз, нейрогенез и проникновение вируса в клетки-хозяева.

Dynlt1 также регулирует длину первичных ресничек, влияя на критические клеточные сигнальные пути. Кроме того, он взаимодействует с онкогенными нуклеопоринами и вирусными белками, способствуя нарушению регуляции генов и лейкозной трансформации. Эти многогранные роли подчеркивают его значение, как в нормальной физиологии, так и в болезненных состояниях.

Dynlt1 взаимодействует с онкогенными нуклеопоринами, способствуя нарушению регуляции генов и лейкозной трансформации. Он также связывает вирусные белки, такие как мелкий капсидный белок PAPILLOMAVIRUS человека (HPV) L2, помогающий в доставке вирусной нуклеиновой кислоты в ядро хозяина.

С момента своего открытия Dynlt1 был связан с различными раковыми заболеваниями и биологическими процессами. Его экспрессия по типам тканей была изучена, выявляя низкую специфичность ткани, но заметную прогностическую ценность при определенных видах рака.

Исследование DYNLT1 - Роль при раке легких

В контексте рака легких DYNLT1 демонстрирует защитную роль при аденокарциноме легкого (ADC) и плоскоклеточном раке легкого (SQC).
Новые исследования показывают, что повышенная экспрессия DYNLT1 способствует клеточной пролиферации и миграции, что является важнейшими факторами метастазирования рака. Эти данные указывают на то, что DYNLT1 является потенциальной диагностической и терапевтической мишенью для рака легких.

Другие виды рака

DYNLT1 играет важную роль при нескольких основных типах рака и оказывает как защитное, так и негативное влияние на прогноз.
Рак молочной железы: усиливает метаболизм митохондрий за счет ингибирования убиквитинирования VDAC1, способствующего росту опухоли. Это также диагностический и прогностический маркер, связанный с метаболизмом липидов, который имеет решающее значение для прогрессирования рака.

Глиобластома: способствует онкогенезу за счет взаимодействия с сигнальными путями, что подтверждается иммуногистохимическими анализами тканей пациента.

Рак желудка: Экзосомальный miR-15b-3p усиливает онкогенез по пути DYNLT1/каспаза-3/каспаза-9, подчеркивая его роль в злокачественной трансформации.

Вывод

DYNLT1 играет ключевую роль в биологии рака, влияя на клеточный транспорт, сигнальные пути и онкогенез. Его участие в развитии рака легких — наряду с его более широкой ролью в других злокачественных новообразованиях — подчеркивает его потенциал в качестве мишени для диагностических и терапевтических разработок. По мере того, как мы углубляемся в изучение молекулярных особенностей рака легких, DYNLT1 становится перспективным кандидатом для будущих исследований.
Если у вас есть какие-либо вопросы или идеи по поводу этого обновления, не стесняйтесь поделиться ими в теме. Спасибо за поддержку наших исследований!
Команда MCM

https://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do
https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=822

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc
Ссылка на телеграмм https://t.me/TSCRussia

[Павел Васильев]

Интересные графики и схемы глиобластом в лёгких. А про астрономию у вас в распределённых расчётах что то есть? Что-то не нашел.

[Programma.Boinc]

Интересные графики и схемы глиобластом в лёгких. А про астрономию у вас в распределённых расчётах что то есть? Что-то не нашел.

Вот - Einstein@Home: открыты радиопульсары!
http://milkyway.cs.rpi.edu/milkyway/
https://asteroidsathome.net/boinc/
https://universeathome.pl/universe/

[Programma.Boinc]

Очередные открытия мега простых чисел, сделанные добровольцами с помощью домашних компьютеров.

3 марта 2025 года, в результате обобщенного поиска простых чисел Ферма в PrimeGrid был найден MegaPrime: 13427472 524288 +1

Простое число состоит из 3 737 122 цифр и войдет в “Самую большую из известных баз данных простых чисел”, заняв 15-е место по обобщенным простым числам Ферма и 94-е в целом.

Открытие было сделано Жан-Люком Гарамбуа (Jean-Luc Garambois) из Франции с использованием видеокарты NVIDIA GeForce RTX 4080 SUPER на 64-ядерном процессоре AMD Ryzen Threadripper 3990X с 256 ГБ оперативной памяти, работающей под управлением Linux Ubuntu 22.04.5 LTS.

Этому компьютеру потребовалось около 15 минут и 23 секунд, чтобы выполнить тест probable prime (PRP) с использованием приложения Genefer22. Жан-Люк является членом франкоязычной команды L'Alliance.

17 апреля 2025 года было подтверждено начало работы PRP на AMD Ryzen 9 7950X3D с частотой 4,20 ГГц и 128 ГБ оперативной памяти под управлением Debian 12.5.

Этому компьютеру потребовалось около 20 часов 35 минут, чтобы выполнить тест на первичность с использованием LLR. Для получения более подробной информации, пожалуйста, ознакомьтесь с официальным анонсом.

https://t5k.org/primes
https://www.primegrid.com/show_user.php?userid=54689
https://www.primegrid.com/team_display.php?teamid=37
https://www.primegrid.com/download/GFN-13427472_524288.pdf

8 апреля 2025 года, в 12:49:49 UTC, проект PrimeGrid по решению задачи Sierpiński/Riesel Base 5 устранил проблему k=67612, найдя мега простое число: 67612*5 5501582 +1

Простое число состоит из 3 845 446 цифр и войдет в “Самую большую из известных баз данных простых чисел”, занимая 92-е место в общем зачете. В задаче Серпинского Base 5 осталось 27 тысяч цифр.

Открытие было сделано Каем Преслером (Kai Presler) (Aperture_Science_Innovators) из Австралии с использованием 8 ядер AMD Ryzen 9 7945HX с 14 ГБ оперативной памяти под управлением Linux Mint 21.3.

Этому компьютеру потребовалось около 1 часа 24 минут, чтобы выполнить тест probably prime (PRP) с использованием приложения PRST.

Кай является членом команды [H]ard|OCP.

8 апреля 2025 года, в 20:19:10 по Гринвичу, было подтверждено начало работы PRP на AMD Ryzen 9 7950X3D с частотой 4,20 ГГц и 128 ГБ оперативной памяти под управлением Debian 12.5.

Этому компьютеру, использующему 4 ядра, потребовалось 3 часа и 44 минуты, чтобы пройти тест на простоту использования с использованием LR2. Более подробную информацию смотрите в официальном анонсе.

https://primes.utm.edu/primes/page.php?id=140585
https://t5k.org/primes
https://www.primegrid.com/show_user.php?userid=1654901
https://www.primegrid.com/team_display.php?teamid=1710
https://www.primegrid.com/download/SR5-67612.pdf

[Programma.Boinc]

16 апреля 2025 года, в 11:37:45 UTC, программа PrimeGrid Generalized Cullen/Woodall PrimeSearch обнаружила крупнейшее из известных обобщенных простых чисел Каллена:

4052186 * 69 4052186 +1

Обобщенные числа Каллена имеют вид: n* bn + 1. Обобщенные простые числа Каллена называются обобщенными простыми числами Каллена. Для получения дополнительной информации, пожалуйста, смотрите “Простое число Каллена” в глоссарии простых чисел.

Это простое число состоит из 7 451 366 цифр и входит в “Самую большую из известных баз данных простых чисел”, занимая 1-е место по обобщенным простым числам Каллена и 16-е в целом. Это второе по величине простое число, когда-либо найденное PrimeGrid.

Основание 69 было одним из 9 простых обобщенных оснований Каллена для b ≤121, которые ищет PrimeGrid. Остальные основания являются 13, 29, 47, 49, 55, 101, 109 & 121.

Открытие было сделано Марком Уильямсом из США с использованием 8 ядер 64-ядерного процессора AMD EPYC 9554 с 196 ГБ оперативной памяти под управлением Microsoft Windows 10 Professional x64 Edition. Этому компьютеру потребовалось около 10 часов 15 минут, чтобы выполнить тест probable prime (PRP) с использованием PRST. Марк является членом команды AnandTech.

17 апреля 2025 года было подтверждено начало работы PRP на AMD Ryzen 9 7950X3D с частотой 4,20 ГГц и 128 ГБ оперативной памяти под управлением Debian 12.5. Этому компьютеру, использующему 8 ядер, потребовалось 12 часов и 32 минуты, чтобы пройти тест на простоту использования с помощью PRST.

Более подробную информацию смотрите в официальном анонсе.
https://t5k.org/primes/page.php?id=140607
https://t5k.org/glossary/page.php?sort=Cullens
https://t5k.org/primes
https://www.primegrid.com/download/GC69-4052186.pdf

[Павел Васильев]

Обобщенные простые числа Каллена называются обобщенными простыми числами Каллена.

Это крутое определение, на аксиому тянет. Не ясно только как эти числа можно использовать в астрономии.

[Programma.Boinc]

Сегодня в области распределённых вычислений значимое событие.

Проект Amicable Numbers который ищет пары дружественных чисел до 10^21 выполнил свою работу на 50 процентов (https://sech.me/boinc/Amicable/server_status.php).

Завершение этого проекта ориентировочно будет в начале 2026 года.

Ну будем надеяться, что хоть когда-то в будущем людям начнёт приходить осознание и вразумление, что обычно компьютер загружает свои ресурсы при обычной работе на доли процента, и что можно установить BOINC, чтобы он незаметно в фоновом режиме проводил вычисления, и все науки, математика, астрономия будут продвигаться и развиваться быстрее.

[Programma.Boinc]

Результаты исследования от команды MCM (май 2025 г.)

(кликните для показа/скрытия)

Результаты исследования от команды MCM (май 2025 г.)

Опираясь на результаты наших предыдущих исследований, мы изучаем гены, которые имеют наивысшую оценку и ассоциируются с различными видами рака, в рамках проекта по картированию онкомаркеров (MCM).

В этом обновленном исследовании основное внимание уделяется PDE8B (фосфодиэстеразе 8B), гену, который участвует в синтезе гормонов и имеет измененную экспрессию при различных видах рака.

Проект: Картирование онкомаркеров

Опубликовано: 21 мая 2025 г.

Терминология

Прогностический маркер: биологический признак, связанный с клиническими исходами, такими как выживаемость или прогрессирование заболевания.

Вторичный посредник: небольшая молекула, которая вырабатывается в ответ на гормон или рецепторы на поверхности клетки. Вторичные посредники усиливают сигнал, активируя нижележащие белки, которые вызывают физиологическую реакцию.
мРНК: Промежуточный продукт, полученный из ДНК, который может быть подвергнут дальнейшей обработке для получения функциональных белков.

Значение p: число от 0 до 1, которое показывает, насколько вероятно, что результат был получен случайно; меньшее значение p (обычно ниже 0,05, обозначаемое как p < 0,05) предполагает, что результат, скорее всего, обусловлен реальным эффектом, а не случайным изменением.

Рисунок 1. Структура белка PDE8B (UniProt).

Фон

Проект MCM - это крупномасштабная инициатива, направленная на улучшение лечения рака и научных исследований с помощью данных. Сравнивая миллионы образцов тканей, как здоровых людей, так и больных раком, мы исследуем, что является движущей силой рака на самом фундаментальном уровне - генном.

Эта работа стала возможной благодаря щедрому вкладу волонтеров WCG, которые играют решающую роль в проведении анализов, помогающих нам идентифицировать эти генетические маркеры. По состоянию на 6 мая 2025 года волонтеры MCM получили более 2,6 миллиарда результатов, которые являются неотъемлемой частью общих целей по выявлению маркеров для раннего выявления рака и стратификации риска. Мы чрезвычайно благодарны за вашу постоянную поддержку!

В рамках проекта MCM мы выявили 26 генов, повышающих риск развития рака легких. В предыдущих статьях мы изучали другие гены, такие как DYNLT1 и GCM1, но в этом обновленном исследовании основное внимание уделяется PDE8B.

PDE8B - это ген, который вырабатывает белок под названием фосфодиэстераза (PDE), который помогает контролировать реакцию клеток на сигналы.

PDE работают путем расщепления небольших молекул внутри клетки, которые действуют как посредники, помогая клетке “понимать” внешние сигналы и реагировать на них изнутри. PDE8B отвечает за мониторинг уровней специфического типа мессенджера, называемого циклическим аденозинмонофосфатом (цАМФ).

цАМФ является важнейшим промежуточным звеном в клетке, активирующим процессы, связанные с ростом, метаболизмом и выработкой гормонов.

Регулируя уровень цАМФ, ФДЭ играют уравновешивающую роль в организме, предотвращая чрезмерную активацию сигналов, вызывающих воспаление или способствующих развитию рака. По сравнению с другими PDE, PDE8B очень хорошо воздействует на цАМФ, что делает его ключевым регулятором уровня цАМФ на клеточном уровне и в организме [PMID: 18514160].
PDE8B высоко экспрессируется в эндокринных органах, таких как щитовидная железа и яички (рис. 2), где он поддерживает сбалансированный уровень цАМФ, регулируя выработку различных гормонов.

Например, в щитовидной железе PDE8B помогает поддерживать соответствующие уровни тиреотропного гормона (ТТГ), трийодтиронина (Т3) и тироксина (Т4) [PMID: 18514160, PMID: 20373981]. Когда уровень PDE8B слишком низок, нарушается нормальный рост клеток и метаболизм, что может привести к развитию заболеваний щитовидной железы и рака [PMID: 18514160].

Изменения в уровнях PDE8B, как в генетических инструкциях (мРНК), так и в самом белке, были обнаружены при различных видах рака. Например, уровни мРНК PDE8B, как правило, выше в клетках рака щитовидной железы (рисунок 3). Однако, несмотря на то, что изменения были обнаружены при различных видах рака, PDE8B был четко связан только с исходами у пациентов с раком легких. При раке легких PDE8B считается полезным прогностическим маркером: более высокие уровни PDE8B связаны с улучшением выживаемости (рис. 4).

Рисунок 2. Экспрессия PDE8B в различных тканях (Human Protein Atlas). PDE8B высоко экспрессируется в щитовидной железе и умеренно - в других тканях, таких как паращитовидная железа и яички.

Рисунок 3. Уровень мРНК PDE8B повышен при различных типах рака, но особенно повышен при раке щитовидной железы, что, вероятно, отражает ее роль в передаче сигналов ТТГ/Т3/Т4 (Атлас белков человека).

Рисунок 4. В частности, при аденокарциноме легкого высокая экспрессия PDE8B (розовая кривая) связана со значительно более высокой выживаемостью (p < 0,001), чем низкая экспрессия PDE8B (синяя кривая). PDE8B не был идентифицирован как прогностический маркер для других видов рака (Human Protein Atlas).

Исследование PDE8B

 Роль PDE8B в развитии рака легких

Экспрессия PDE8B может быть связана с улучшением исходов при раке легких, но ее влияние зависит от подтипа рака легких. При одном из видов рака легких, называемом аденокарциномой (ADC), пациенты с высоким уровнем PDE8B имеют гораздо больше шансов на выживание (рис. 5А). Однако при другом типе плоскоклеточного рака (SQC) уровни PDE8B, по-видимому, не влияли на выживаемость (рис. 5B).

Рисунок 5. Кривая выживаемости Каплана-Мейера для аденокарциномы легкого 1 стадии (ADC) (A) и плоскоклеточного рака легкого (SQC) (B). Этот график описывает вероятность выживания (ось y) с течением времени (ось x). (А) Высокая экспрессия PDE8B (красная кривая) связана с большей вероятностью выживания по сравнению с низкой экспрессией PDE8B (черная кривая) при ADC в легких. В частности, высокая экспрессия ассоциируется со снижением риска на 65% (ОР = 0,35 (0,22 - 0,55), р = 1,3 ≈ 10-6). (B) Высокая экспрессия PDE8B не связана с большей вероятностью выживания по сравнению с низкой экспрессией PDE8B при SQC (ОР = 1,04 (0,72 - 1,51), p = 0,83)). Рисунки, сгенерированные с помощью KM Plotter.

В нескольких исследованиях изучалась роль PDE8B в развитии рака легких. Хотя некоторые анализы показывают, что более высокие уровни PDE8B могут быть связаны с более высокими шансами на выживание, его роль в развитии рака может быть более тонкой, чем считалось ранее. Недавнее экспериментальное исследование показало, что снижение уровня PDE8B может привести к тому, что распространенный химиотерапевтический препарат пеметрексед (PMX) в более низких дозах будет лучше воздействовать на клетки рака легких [PMID: 39001537]. Интересно, что блокирование PDE8B само по себе не замедляло рост рака, но при использовании PMX ингибирование PDE8B помогало химиотерапии работать более эффективно. Это говорит о том, что PDE8B может влиять на рак тонким образом, возможно, влияя сразу на несколько различных клеточных процессов.

Связь между высоким уровнем PDE8B и лучшей выживаемостью при раке легких может зависеть от того, курил ли человек в прошлом. Когда исследователи рассматривают выживаемость пациентов с ADC отдельно в зависимости от их статуса курильщика, преимущество в выживаемости от высокого уровня PDE8B наблюдается только у пациентов, которые курили ранее (рис. 6А).

Между тем, у пациентов, не курящих в анамнезе, польза снижается, но не является существенной (рис. 6Б). Эти различия могут быть связаны с тем, как сигаретный дым влияет на поведение клеток и сигнальные пути, связанные с раком, которые были выявлены в предыдущих исследованиях [PMID: 24179496, PMID: 31664853]. Необходимы дополнительные исследования, чтобы уточнить наше понимание PDE8B и прояснить взаимосвязь между экспрессией PDE8B, историей курения и исходами рака легких.

Рисунок 6. Кривая выживаемости Каплана-Мейера при аденокарциноме легкого 1-й стадии (ADC) у пациентов с курением в анамнезе (А) и у пациентов, которые никогда не курили (Б). (А) Высокая экспрессия PDE8B (красная кривая) связана с более высокой вероятностью выживания на 88% у пациентов с курением в анамнезе (ОР = 0,12 (0,04 - 0,36), р = 3,7 ≈ 10-6). (B) Высокая экспрессия PDE8B не связана со значительно большей вероятностью выживания у пациентов, не курящих в анамнезе (ОР = 0,56 (0,19 - 1,67), p = 0,29). Данные получены с помощью KM Plotter.

Вывод

PDE8B является главным регулятором в клетке, оказывая каскадное воздействие на рост, метаболизм и выработку гормонов посредством регулирования уровня цАМФ. Хотя его экспрессия варьируется в зависимости от типа рака, более высокие уровни связаны с выживаемостью при раке легких, особенно среди пациентов с курением в анамнезе. Эти данные свидетельствуют о том, что PDE8B может влиять на реакцию рака на лечение и что PDE8B может быть ценным маркером для будущей диагностики и разработки методов лечения. Поскольку мы продолжаем изучать молекулярные маркеры рака легких, PDE8B представляет собой еще одного многообещающего кандидата для будущих исследований, которые могут изменить нашу жизнь.

Если у вас есть какие-либо вопросы, комментарии или идеи, мы будем рады их услышать! Не стесняйтесь делиться своими мыслями на форуме проекта.

Спасибо вам за то, что вы являетесь ценным сторонником World Community Grid!

Команда MCM
https://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc
Ссылка на телеграмм https://t.me/TSCRussia

[Programma.Boinc]

Добро пожаловать на конкурс PrimeGrid, посвященный 20-летию PrimeGrid:

(кликните для показа/скрытия)

Добро пожаловать на конкурс PrimeGrid, посвященный 20-летию PrimeGrid:

5-дневный обобщенный поиск простых чисел Ферма n = 20 с 12 июня 20:20 UTC по 17 июня 20:20 UTC.

12 июня 2005 года PrimeGrid отметит 20-ю годовщину своего основания, проведя 5-дневный конкурс в рамках проекта GFN-20.
Проект "Обобщенное число Ферма" - это подпроект PrimeGrid, который проверяет простоту чисел вида b ^ n + 1, где b - четное число, а n - целое число в степени 2.

В рамках подпроекта GFN-20 проверяются номера, где n = 2^20. Для участия в конкурсе необходимо:
Дождитесь начала тестирования (или установите соответствующее расписание загрузки вашего клиента BOINC), так как задания, выполненные до начала тестирования, не будут учитываться. В разделе настроек PrimeGrid выберите только обобщенный проект Fermat Prime Search n=20.

Важные напоминания:

Примечание по задачам GFN-20:
Genefer (программа, на которой работает GFN-20) устранил необходимость в полной двойной проверке каждого рабочего элемента, заменив ее короткой задачей проверки.
Ожидайте получить несколько заданий примерно на 1% от обычной продолжительности. Обычно срок выполнения некоторых из этих заданий превышает установленный для проверки срок, поэтому убедитесь, что ваш компьютер в состоянии вернуть задания в течение 5 дней. Учитываться будут только задания, выданные после истечения времени начала и возвращенные до истечения времени окончания.

По завершении задания:

Мы убедительно просим пользователей, которые "движутся дальше", прервать выполнение своих задач, а не ОТКЛЮЧАТЬ их, ПЕРЕУСТАНАВЛИВАТЬ или ПРИОСТАНАВЛИВАТЬ. ПРЕРВАННЫЕ задачи можно немедленно переработать, что значительно ускоряет "очистку" до конца задания.
ОТКЛЮЧЕНИЕ, СБРОС и ПРИОСТАНОВКА выполнения задач приводит к тому, что они остаются в подвешенном состоянии до истечения срока их действия. Поэтому мы должны дождаться истечения срока действия задач, чтобы отправить их на завершение. Пожалуйста, подумайте о том, чтобы либо завершить то, что находится в очереди, либо прервать их. Спасибо!

Давайте поговорим об оборудовании:

Поддерживаемые платформы для задач GFN: Windows: процессоры 1: x86, x64.
Графический процессор 2: Nvidia, AMD, Intel ARC.
Linux: процессоры 1: x86, x64, ARM64. Графический процессор 2: Nvidia, AMD, Intel ARC. Mac: Процессор 1: x64, ARM64.
Графический процессор 2: Nvidia, AMD, Apple серии M. Для задач, выполняемых процессором, поддерживается и рекомендуется многопоточность.
Нажмите здесь, чтобы задать максимальное количество потоков.
Все GFN используют задачи быстрой проверки, поэтому нет необходимости в повторных проверках.

Все являются "первыми"!

1 Задачи для процессора недоступны для GFN-15 (n=32768) или "Чувствуете ли вы себя счастливым?".
2 Требуется OpenCL версии 1.1 или выше. В настоящее время производительность GFN-18 WU составляет в среднем 12 часов на процессоре и 21 минуту на графическом процессоре.

В настоящее время производительность GFN-19 WU составляет в среднем 2 дня на процессоре и 1 час на графическом процессоре. В настоящее время производительность GFN-20 WU составляет в среднем 6 дней на процессоре и 3 часа на графическом процессоре.

Чтобы получить общее представление о том, как работает ваш графический процессор, вы можете ознакомиться со списком самых быстрых графических процессоров.

Как и в случае с любыми другими графическими процессорами, чрезмерное нагревание может привести к необратимому отказу оборудования.

Пожалуйста, убедитесь, что ваша система охлаждения достаточно мощная.
Пожалуйста, ознакомьтесь с этим постом для получения более подробной информации о том, как вы можете "нагрузить" свой процессор.

Дополнительная информация:

Преобразователь часовых поясов: С 20:20 UTC 12 июня в 20:20 UTC 17 июня ПРИМЕЧАНИЕ: Часы обратного отсчета на главной странице показывают время на главном компьютере.

Поэтому, если время на вашем компьютере отключено, то и часы обратного отсчета будут показывать то же время. Для точного определения времени используйте время UTC в разделе данных в самом верху, над часами обратного отсчета.
Информация о подсчете очков

Баллы будут начисляться как отдельным участникам, так и командам. Для зачисления будут учитываться только задания, выполненные ПОСЛЕ 20:20 UTC 12 июня и ДО 20:20 UTC 17 июня. Мы будем использовать тот же метод начисления баллов, который в настоящее время используется для начисления баллов в BOINC.

Для присвоения контрольного балла не требуется кворум в 2 человека, т.е. не требуется двойная проверка. Таким образом, за каждый полученный результат будет начисляться контрольный балл. Пожалуйста, обратите внимание, что если результат в конечном итоге будет признан недействительным, оценка будет удалена.

https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=11523

 

[Programma.Boinc]

Мой опыт в исправлении ошибки приложения Boinc в части заряда батареи смартфона.

Хотел бы поделиться опытом в исправлении ошибки приложения в части заряда батареи смартфона. Сразу скажу, что описанный способ подходит только для устройств без батареи.

Я совсем не программист, поэтому заранее прошу прощение за описанные костыли.

Телефоны решил собрать в некое подобие кластера. Делаю все из подручных средств. Пока все еще в процессе.
Первая часть кластера готова, подключено к компьютерному БП через преобразователь напряжения 12>5 В.
Прикладываю фото работающих телефонов с модифицированным приложением.

Небольшая предыстория. Ко мне в руки попало несколько смартфонов Vertex Impress Luck без батарей. Оперативки 1 Гб, 4 ядра, Android 8.1. Конечно железо слабое, но было интересно повозиться с этими телефонами и запустить на них BOINC.
Телефоны предполагалось использовать без батарей, провода питания подключал к контактам вместо батареи.

К сожалению, расчеты не запускались, все время висело сообщение:
"Расчеты возобновятся, когда заряд батареи достигнет 90% (в настоящее время 100%) (computing will resume when battery charge reaches 90% (currently 100%))".

В сети решения этой проблемы не нашел, но возможно плохо искал. На форуме boincstats было сообщение, что разработчики знают о такой проблеме, но решения пока нет.

Я подумал, что смогу как-нибудь отключить использование батареи в исходном коде приложения, ломать - не строить. На гитхабе довольно подробная инструкция по компиляции приложения под андроид с помощью WSL. Для модификации использовал версию 8.0.2.

Методом проб и ошибок я сделал следующий костыль. В файле client/cs_prefs.cpp вручную указал значение заряда батареи: int cp = 90;

И это сработало. Приложение скачало задание, и начался расчет.

Но каждые 28 секунд вычисления останавливались и начинались сначала. Оказалось проблема в отсутствии батареи. Хотя у меня уже несколько лет BOINC работает на смартфоне без батареи, там таких проблем не было, но там андроид версии 4.2.
В логе постоянно было сообщение "E/BOINC_GUI( 3087): [MONITOR] Monitor.reportDeviceStatus exception: temperature parsing error."

Приложение не могло определить температуру батареи и постоянно перезапускало вычисления.
Эту проблему я также решил с помощью костыля. В файле android/BOINC/app/src/main/java/edu/berkeley/boinc/client/DeviceStatus.java вручную указал значение температуры батареи: int temperature = 10;

Сейчас приложение работает нормально, уже посчитано несколько заданий Einstein@home.
Костыль про температуру может быть опасен для устройств с батареей, может привести к перегреву батареи и к пожару. Поэтому его можно использовать только для устройств без батареи.

[Programma.Boinc]

Вот, мой телефон проводит расчет астрофизического задания проекта  einstein (Эйнштейн@Home) – это поиск слабых астрофизических сигналов от вращающихся нейтронных звезд (часто называемых пульсарами), используя данные гравитационно-волновых детекторов LIGO, радиотелескопа MeerKAT, гамма-спутника Fermi, а также архивные данные радиотелескопа Аресибо.
https://boinc.ru/o-rv/

[Programma.Boinc]

Здесь упоминается фолдинг белков, чем сейчас занимаются волонтеры и добровольцы на своих компьютерах по всему миру.

Что полезного сделал ИИ? [Veritasium]

ИИ помогает расшифровывать структуру белков и создавать новые, способные выполнять определённые задачи. В теории, это поможет нам справиться с множеством проблем — от неизлечимых болезней до изменения климата. Дерек Маллер с канала Veritasium расскажет о том, на что способен искусственный интеллект в умелых руках умных людей.
https://youtu.be/2l-dv_z4KUc?list=PLV1sLzkglTXf1q7mbUUJR0jQhd0Ei8HN1