Распределенные вычисления

[Programma.Boinc]

Обновление перезапуска Africa Rainfall Project (ARP)

(кликните для показа/скрытия)

Обновление перезапуска Africa Rainfall Project (ARP)

Команда ARP готовится к перезапуску после того, как проект был приостановлен в декабре 2022 года. В этой статье описаны шаги, которые мы предпринимаем для перезапуска этого проекта.

Проект:  дождевые осадки в Африке
Опубликовано: 25 апреля 2024 г.
Фон

Проект Africa Rainfall Project (ARP) направлен на моделирование ливней в странах Африки к югу от Сахары для улучшения региональных прогнозов погоды. Цель состоит в том, чтобы запустить моделирование погоды с высоким разрешением (1 км) для всего региона в течение одного года.

Предоставление точных прогнозов погоды имеет решающее значение для самообеспеченности местного фермерского сообщества. Сравнивая результаты, полученные в результате расчета данных об осадках из различных источников с использованием World Community Grid, ученые могут создавать все более точные прогнозы, улучшать будущие симуляции и, в свою очередь, прогнозировать погоду.

Дополнительную информацию об этом проекте можно найти в нашем обновлении исследования за март 2022 года.
https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=766

В декабре 2022 года проект был поставлен на паузу из-за ограничений емкости системы хранения. Чтобы узнать больше о деталях этого ограничения хранилища, обратитесь к обновлению ARP от марта 2023 года.
https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=781

Как мы сообщали в обновлении от июля 2023 года, частью этой проблемы было то, что поддержка хранилища командой ARP со стороны SURF, совместной ассоциации голландских образовательных и научно-исследовательских учреждений прекратили свое существование.

К счастью, Amazon Web Services (AWS) согласилась разместить данные, и таким образом начался процесс их перемещения. После завершения переезда команда ARP предпринимает шаги, чтобы сделать данные более доступными через платформу AWS, но эта работа все еще находится на ранних стадиях. В настоящее время основное внимание уделяется завершению подготовки новых рабочих блоков и созданию данных, необходимых для перезапуска ARP.

Обновление перезапуска ARP

Мы начали работу над возобновлением рассылки волонтерам рабочих модулей ARP1. Наши партнеры по исследованиям из Делфтского технического университета уже прислали нам большую часть необходимых сценариев и документации, которые мы рассмотрели и внедрили на месте.

В настоящее время мы ожидаем решения о том, получим ли мы остальные необходимые данные и код приложения напрямую или нам нужно будет воспроизвести эти компоненты из документации, предоставленной командой TU Delft. Мы оценили, что оба подхода осуществимы, и хотели сообщить волонтерам, что мы находимся на определенном пути к перезапуску ARP1 в ближайшие недели.

Сроки возможного перезапуска этого проекта зависят от информации от команды ARP.

Если требуемый код и данные не полностью доступны нам, нам нужно будет создать недостающие компоненты конвейера для создания новой работы ARP1 и подтвердить, что мы можем воспроизвести те же входные данные, которые мы ранее получали от серверов TU Delft.

В любом случае, никаких изменений и действий со стороны добровольцев для облегчения процесса не потребуется, и когда ARP1 перезапустится, распределение рабочих единиц будет таким же, как и раньше.

Рисунок 1. Пример агрегата. Каждый блок состоит из трех вложенных доменов (однонаправленных) с разрешением соответственно 9 км, 3 км и 1 км.
https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,46631_offset,0#696179

Спасибо команде ARP за постоянное сотрудничество с WCG. Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы могли ответить.

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.ru

[Programma.Boinc]

Вот, достался по случаю, такой вот Intel Optane Memory на 16 гигабайт за 500 р., а до этого он лет пять работал в каком то маломощном сервере. Лежал он, лежал у меня уже давно и чета недавно решил я перебрать комп. Но, так как на материнской плате нет этого разъёма, пришлось идти за переходником в днс, за 700 руб. (кошмар цены)

А вот что показывает программа Hard Disk Sentinel 5.40.1 и его фото в компьютере.

В общем установил я этот Intel Optane в пк, через разъем PCI Express x1. Установил туда Boinc.
А сделал я это, что бы не портить ресурс системного ssd. И кто ни будь, скажите мне, долго ли он проработает и имеет ли смысл это для системного ssd?

[Programma.Boinc]

Обновление исследования от команды MCM (май 2024 г.)

(кликните для показа/скрытия)

Обновление исследования от команды MCM (май 2024 г.)

Мы продолжаем характеризовать биомаркеры рака легких, выявленные в проекте MCM1. Это обновление посвящено KLF5, хорошо изученному гену, который участвует в развитии нескольких типов рака. KLF5 является фактором транскрипции, который экспрессируется во многих органах и тканях.

________________________________________
Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 13 мая 2024 г.
________________________________________

Терминология

- Фактор транскрипции: белок, который контролирует скорость транскрипции ДНК в РНК, связывая определенную последовательность ДНК.
- Транскрипция: процесс, при котором копия РНК создается из последовательности ДНК.
- Промоторные элементы: участок ДНК, где инициируется транскрипция.
- Сфинголипид: тип липида, который содержит сфингоидное основание остова.
- Трофобласт: слой клеток, который помогает развивающемуся эмбриону прикрепиться к матке, защищает эмбрион и является частью плаценты.
- Диабетическая невропатия: повреждение нервов, вызванное диабетом.
- Диабетическая кардиомиопатия: изменения структуры и функции ткани сердечной мышцы, вызванные диабетом.
- Волчаночный нефрит: заболевание почек, вызванное волчанкой, аутоиммунным заболеванием.
- Хроническая обстрикторная болезнь легких (ХОБЛ): группа заболеваний, вызывающих закупорку дыхательных путей и проблемы с дыханием.

Фон

Идентификация молекулярных маркеров и их комбинаций (сигнатур) позволяет нам раньше выявлять заболевание (диагностические сигнатуры) и стратифицировать пациентов на подгруппы на основе закономерностей прогрессирования заболевания (прогностические сигнатуры). Последняя группа маркеров помогает определить, каким пациентам будут полезны конкретные варианты лечения (прогностические признаки). Проект Mapping Cancer Markers анализирует наборы данных с миллионами точек данных, собранных у пациентов с раком, чтобы найти такие диагностические, прогностические и прогностические признаки.

С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали проекту более 905 700 лет процессорного времени, помогая анализировать данные о раке и саркоме легких и яичников гораздо более тщательно, чем это было бы возможно в противном случае. Мы безмерно благодарны за эту постоянную поддержку.

Сосредоточив внимание на характеристике 26 генов, наиболее результативных при раке легких, мы уже обсуждали VAMP1 , FARP1 , GSDMB , ADH6 , IL13RA1 , PCSK5 , TLE3 и HSD17B11 в предыдущих обновлениях MCM. Здесь мы излагаем информацию о KLF5.

Исследования KLF5
 
KLF5 (Krueppel-подобный фактор 5) представляет собой фактор транскрипции, который активирует транскрипцию нескольких генов ( Uniprot ). Важность KLF5 при раке легких еще больше усиливается, поскольку он также нацелен на уже обсуждавшиеся нами гены: VAMP1, IL13RA1, PCSK5 и TLE3.

KLF5 участвует в различных биологических процессах, включая ремоделирование кровеносных сосудов [1] и поддержание их работоспособности [2] , метаболизм сфинголипидов и барьерную функцию кожи [3] , клеточный ответ на стресс [4,5] , формирование зубов у мышей [6] и др. дифференцировка эмбрионов и трофобластов [7,8,9], дифференцировка скелетных мышц [10] и самообновление стволовых клеток [9,11] . KLF5 экспрессируется во многих органах и тканях (рис. 1).

Исследования также показали, что KLF5 может быть вовлечен в такие состояния, как диабетическая нефропатия [12] и кардиомиопатия [13] , фиброз почек при волчаночном нефрите [14] , защита от иммунного ответа при колите [15] и воспаление дыхательных путей при астме [16]. ] .

 Рисунок 1. Экспрессия KLF5 в различных типах тканей ( Атлас белков человека ).

KLF5 также активируется в дыхательных путях пациентов с хронической обструктивной болезнью легких (ХОБЛ) и может участвовать в ремоделировании тканей при ХОБЛ [17] . Примечательно, что исследования показали, что ХОБЛ и рак легких тесно связаны на молекулярном уровне [18] .

Как и в случае с другими генами, которые мы представили до сих пор, было обнаружено, что KLF5 играет защитную роль при раке легких (рис. 2А), который особенно силен у некурящих (рис. 2В).

А
Б

Рисунок 2. (A) Кривые выживаемости для пациентов с раком легких с низкой и высокой экспрессией KLF5 ( KMplot ) и (B) только для некурящих пациентов.

Мы также изучили связь между KLF5 и другими видами рака. Как показано на рисунке 3, при сравнении раковых тканей с нормальными тканями KLF5 по-разному экспрессируется во всех исследованных раковых клетках, кроме одного (обозначено красным текстом). Примечательно, что уровень KLF5 повышается при раке легких, а также при большинстве других видов рака, тогда как его уровень снижается только в 7 из 22 исследованных видов рака.

В литературе KLF5 хорошо изучена связь с многочисленными типами рака, включая рак яичников [19] , рак желудка [20] , рак пищевода [21] , рак щитовидной железы [22] , рак простаты [23] , рак эндометрия [20] . 24] , рак поджелудочной железы [25] , а в последнее время и рак легких [26] .
 Рисунок 3. Экспрессия KLF5 в нормальной и раковой ткани при нескольких типах рака. Красный текст представляет значительную разницу между экспрессией в раковой ткани по сравнению с нормальной тканью ( TNMplot ) .

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.ru
https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=812

[Павел Васильев]

Обновление перезапуска Africa Rainfall Project (ARP)

Про дожди в Африке, статистику ретин и почек разных животин в распределённых вычислениях это конечно очень интересно. Ну а какие-то проекты про звёзды у вас вообще есть? Астрономам было бы полезней, если бы вы оперативно обновляли какую-то глобальную базу данных, каталог с новыми астрометрическими и фотометрическими данными, чем про интенсивность дождей в тропиках. Например, было бы интересно запустить в распределённых вычислениях проект моделирования эволюции Млечного Пути от начала времён после большого взрыва и до наших дней с экстраполяцией на 10 млрд лет в будущее. Пересчёт от сегодняшней известной структуры с имеющимися данными в прошлое с учётом свёртки функций рождения, угасания и преобразования звёзд в соответствии с диаграммой ГР. Ну и с учётом уже имеющейся статистики по экзопланетным системам.

[Programma.Boinc]

Обновление перезапуска Africa Rainfall Project (ARP)

Про дожди в Африке, статистику ретин и почек разных животин в распределённых вычислениях это конечно очень интересно. Ну а какие-то проекты про звёзды у вас вообще есть? Астрономам было бы полезней, если бы вы оперативно обновляли какую-то глобальную базу данных, каталог с новыми астрометрическими и фотометрическими данными, чем про интенсивность дождей в тропиках. Например, было бы интересно запустить в распределённых вычислениях проект моделирования эволюции Млечного Пути от начала времён после большого взрыва и до наших дней с экстраполяцией на 10 млрд лет в будущее. Пересчёт от сегодняшней известной структуры с имеющимися данными в прошлое с учётом свёртки функций рождения, угасания и преобразования звёзд в соответствии с диаграммой ГР. Ну и с учётом уже имеющейся статистики по экзопланетным системам.

Вот Einstein@Home: открыты радиопульсары! ищет гравитационные волны Einstein@Home: открыты радиопульсары!

[Programma.Boinc]

Доступна новая версия BOINC (8.0.2).

Загрузите клиентское программное обеспечение BOINC

Страница загрузки
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

ПРИМЕЧАНИЕ.
Для версий до 7.18 может потребоваться обновление файла пакета CA для связи с некоторыми проектами. Вы также можете скачать исполняемые файлы с GitHub.
https://boinc.berkeley.edu/ca_bundle.php
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Github_download

[Programma.Boinc]

Обновление исследований от команды MCM (июль 2024 г.)

(кликните для показа/скрытия)

Обновление исследований от команды MCM (июль 2024 г.)

Мы продолжаем характеризовать биомаркеры рака легких, выявленные в проекте MCM1. Это обновление фокусируется на ASTN2, белке, участвующем в миграции нейронов. Он экспрессируется в нескольких типах тканей и участвует в различных видах рака.

Проект: Картирование маркеров рака
https://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do

Опубликовано: 10 июля 2024 г.

Терминология

- Аномалия Киари I типа: порок развития, при котором часть мозга выпячивается через нормальное отверстие в черепе, где она соединяется со спинномозговым каналом, оказывая давление на головной и спинной мозг.
- Хроническая обструктивная болезнь легких (ХОБЛ): группа заболеваний, вызывающих закупорку дыхательных путей и проблемы, связанные с дыханием.
- Глиобластома: тип рака, который образуется из клеток, называемых астроцитами, в головном или спинном мозге.
- Астроциты: тип клеток в центральной нервной системе, которые играют множество важных ролей в поддержке нейронов.

Предыстория

Определение молекулярных маркеров и их комбинаций (сигнатур) позволяет нам выявлять заболевания на ранних стадиях (диагностические сигнатуры) и стратифицировать пациентов на подгруппы на основе моделей прогрессирования заболевания (прогностические сигнатуры). Последняя группа маркеров помогает определить, каким пациентам будут полезны определенные варианты лечения (прогностические сигнатуры). Проект Mapping Cancer Markers анализирует наборы данных с миллионами точек данных, собранных у пациентов с раком, для поиска таких диагностических, прогностических и предсказательных сигнатур.

С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали более 905 700 процессорных лет проекту, помогая анализировать данные о раке легких и яичников и саркоме гораздо тщательнее, чем это было бы возможно в ином случае. Мы безмерно благодарны за эту постоянную поддержку.

Сосредоточившись на характеристике 26 наиболее часто встречающихся генов при раке легких, мы уже обсуждали VAMP1, FARP1, GSDMB, ADH6, IL13RA1, PCSK5, TLE3, HSD17B11 и KLF5 в предыдущих обновлениях MCM. Здесь мы излагаем информацию об ASTN2.

Исследование ASTN2

ASTN2 (Astrotactin-2) — это белок, который опосредует рециркуляцию ASTN1 (Astrotactin-1), молекулы адгезии нейронных клеток. Этот процесс включает в себя содействие интернализации ASTN1 обратно в нейрон и обеспечение его транспортировки по нейрону во время миграции нейронов (Uniprot).

Учитывая роль ASTN2 в центральной нервной системе, понятно, что он участвует в эмоциональных и когнитивных функциях. Данные свидетельствуют о том, что ASTN2 играет роль в расстройствах, связанных с мозгом и познанием, таких как болезнь Альцгеймера, психиатрические расстройства, умственная отсталость, восприимчивость к мигрени и мальформация Киари I типа.

При этом ASTN2 имеет низкую тканевую специфичность и экспрессируется во всех типах тканей, исследованных в Атласе белков человека. Соответственно, ASTN2 вовлечен в функцию почек, эндометриоз, остеоартрит, кардиометаболические признаки и хроническую обструктивную болезнь легких (ХОБЛ). Интересно, что эта связь с ХОБЛ является специфической для женщин. Потенциальная роль ASTN2 в ХОБЛ заслуживает внимания, поскольку исследования показали, что ХОБЛ и рак легких тесно связаны на молекулярном уровне.

Рисунок 1. Экспрессия ASTN2 в различных типах тканей (Атлас белков человека).

В соответствии с другими представленными нами генами, высокая экспрессия ASTN2 связана с более длительной выживаемостью при раке легких (Рисунок 2A). Примечательно, что эта связь присутствует только у женщин (Рисунок 2B), а не у мужчин (Рисунок 2C).

Рисунок 2. (A) Кривые выживаемости для пациентов с раком легких с низкой и высокой экспрессией ASTN2 (KMplot), (B) только для женщин и (C) только для мужчин.

Хотя наше внимание сосредоточено на раке легких, мы дополнительно изучили, связан ли ASTN2 также с другими типами рака. Как показано на рисунке 3, сравнивая раковые ткани с нормальными тканями, ASTN2 дифференциально экспрессируется в 13 из 22 проанализированных видов рака (обозначено красным текстом). Примечательно, что ASTN2 повышается в 8 из этих видов рака, тогда как снижается только в 5.

В литературе связь между ASTN2 и раком, по-видимому, недостаточно изучена, и опубликовано очень мало статей по этой теме. Однако одно исследование предположило, что ASTN2 связан с функцией легких, а другое исследование показало, что экспрессия ASTN2 повышена в клеточных линиях глиобластомы по сравнению с нормальными человеческими астроцитами.

Рисунок 3. Экспрессия ASTN2 в нормальной и раковой ткани для нескольких типов рака. Красный текст представляет собой значительную разницу между экспрессией в раковой ткани по сравнению с нормальной тканью (TNMplot).

Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, пожалуйста, оставляйте их в этой теме, чтобы мы могли ответить!

Команда поддержки WCG
https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=813

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.ru
https://www.proteinatlas.org/ENSG00000148219-ASTN2/tissue

[Programma.Boinc]

19 июня 2024 года, обобщенный поиск простых чисел Ферма PrimeGrid обнаружил мегапростое число:

10913140^524288+1

Простое число состоит из 3 689 913 цифр и войдет в «Самую большую базу данных известных простых чисел», заняв 11-е место среди обобщенных простых чисел Ферма и 81-е место в целом.
https://t5k.org/primes

Открытие было сделано Генрихом Подсадой (PoHeDa) из Германии с использованием NVIDIA GeForce RTX 3070 в 16-ядерном процессоре AMD Ryzen 9 5950X с тактовой частотой 3,40 ГГц и 64 ГБ оперативной памяти под управлением Microsoft Windows 11 Professional x64 Edition. Этому компьютеру потребовалось около 50 минут, чтобы выполнить тест на вероятное простое число (PRP) с использованием Genefer23. Генрих Подсада — член команды SETI. Germany.

PRP был подтвержден 20 июня 2024 года на процессоре AMD Ryzen 9 5950X с тактовой частотой 3,4 ГГц и 128 ГБ ОЗУ под управлением Linux Mint 20.3. Этому компьютеру потребовалось около 15 часов 56 минут, чтобы пройти тест на простоту с использованием LLR.

Более подробную информацию можно найти в официальном объявлении.
https://www.primegrid.com/download/GFN-10913140_524288.pdf

[Programma.Boinc]

Запустим ламу на домашнем кластере.

Llama 3.1 405B, квантизированная до 4 бит, запущенная на двух макбуках (128 гиг оперативки у каждого). Возможно это с помощью exo - тулы, позволяющей запускать модельку распределённо на нескольких девайсах. Поддерживаются практически любые GPU, телефоны, планшеты, макбуки и почти всё о чём можно подумать.
(https://x.com/ac_crypto/status/1815969489990869369)

[Programma.Boinc]

27 июля 2024 года, 09:18:10 UTC,

функция Primorial Prime Search от PrimeGrid обнаружила Primorial Prime: 4328927#+1

https://t5k.org/primes

Простое число состоит из 1 878 843 цифр и войдет в «Самую большую базу данных известных простых чисел», заняв 1-е место среди первичных простых чисел и 373-е место в целом.

Открытие было сделано Каем Преслером (Aperture_Science_Innovators) из Антарктиды с использованием процессора Intel(R) Xeon(R) E7-8890 v4 @ 2,20 ГГц с 256 ГБ оперативной памяти и Linux Mint 21.1.

http://www.primegrid.com/show_user.php?userid=1654901
http://www.primegrid.com/team_display.php?teamid=1710

Этому компьютеру потребовалось около 6 часов 53 минут, чтобы выполнить тест на вероятное простое число (PRP) с использованием PRST.

Кай Преслер — член команды [H]ard|OCP.

PRP был подтвержден 29 июля 2024 года на процессоре AMD Ryzen 9 7950X3D с тактовой частотой 4,20 ГГц и 128 ГБ ОЗУ под управлением Debian 12.5.

Этому компьютеру потребовалось около 2 дней 3 часов 38 минут для завершения теста на простоту с использованием PGFW с 4 потоками. Более подробную информацию можно найти в официальном объявлении.
https://www.primegrid.com/download/PRS-4328927.pdf