Искусственный сигнал в генетическом коде

[VimanaPro]

Братья и Сестры.
Разрешите узнать Ваше мнение по поводу  одной (может быть) продуктивной идеи.

Преамбула.
Одной из частей моей и моих знакомых работы является поиск неординарных личностей в рунете. Просматривая мунинский форум, был обнаружен забаненный пользователь "Debiloid", который в теме
http://dxdy.ru/topic990.html (страница1,сообщение 3) оставил ссылку на http://livejournal.com/community/science_freaks/. Перейдя по этой ссылке сегодня на http://science-freaks.livejournal.com/ была обнаружена ссылка на форум Андрея Кураева http://kuraev.ru/smf/index.php?topic=620882.0. Здесь и была обнаружена тема обсуждения: "Статья в рефер. журнале о том, что ген.код содержит паттерны искусственности".
Сама статья здесь http:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0019103513000791
и здесь http://www.nn.ru/data/forum/images/2013-03/64182102-1-s2.0-s0019103513000791-main.pdf
"The “Wow! signal” of the terrestrial genetic code" (переводить название статьи думаю излшне)

Краткое изложение идеи в нашем понимании.
Лучший способ доставить послание от предтеч - поместить его в генетический код адресата

[Скеп-тик]

Почитал, повеселился.
Вообще палео-генные инженеры довольно практичные ребята. 4 млрд. л. н. были трудности - сделали нитрофиксаторы на железе, 500 млн. л. н. кризис миновал, переделали на молибден. Потом 300 млн л.н. выбирали, тремя или пятью пальцами... кодировать геном. Решили, пятью короче.

[Kweni]

Генетический код плохо подходит для этого, так как он быстро изменяется с эволюцией, особенно это касается незначимых синонимических замен. Гигантский монумент на Луне куда лучше подошёл бы в качестве доказательства направленной панспермии.

[an]

Генетический код плохо подходит для этого, так как он быстро изменяется с эволюцией,

С геномом перепутали? Никаких оснований нет считать, что в последние 3 миллиарда лет генетический код был другим.

[Combinator]

Генетический код плохо подходит для этого, так как он быстро изменяется с эволюцией,

С геномом перепутали? Никаких оснований нет считать, что в последние 3 миллиарда лет генетический код был другим.

Естественно, генкод (в отличии от того же генома) гораздо лучше сохраняется в биоте. И тем не менее, есть достаточно много его диалектов, так что, для всевозможных "посланий" он действительно подходит плоховато...

[Скеп-тик]

В статье речь не о геноме, а о аминокислотах. Казахстанские ребята нашли у всех аминокислот середину, и стали справа-слева умножать, делить и складывать количество протонов, нейтронов, электронов и атомов, получая цифры от 001 до 999, заполняя ими магический квадрат, наподобии судоку. Цифры десятичные, авторы (сужу по переложению) предположили, что дизайнер заранее предпологал. что у существ будет по пять пальцев (видимо, включая мух, инфузорий и плоских червей ).
Повеселили и верующие комментаторы на форуме диакона Кураева. Один написал, теперь он точно знает, что является творением "дизайнера". а не как презренный атеист - порождением обезьяны ("Двух обезьян!" - прим. КВН). Забыв как-то, что дизайнер развлекался так давно, что и предки истово верующих вынуждены были пройти эволюционные стадии гадов ползучих, и обезьянами-палеантропами-негроидами побывать предкам пришлось...

[Klapaucius]

Ученые из Калифорнийского университета,  провели свое независимое исследование ДНК самых разных видов, в том числе и реликтовых видов и обнаружили нечто совершенно необычное. Там явно что-то зашифрованно. Подробнее, в отчете этой группы исследователей, я прикрепляю его в архиве к сообщению.

Файл пароль требует однако.

А вообще, по теме: http://russian.rt.com/Science/3385 - это отнюдь не первый случай. Вопрос только в том, подвержена ли такая информация поломкам, мутациям. Возможно что и нет, т.к. мутации - специальный механизм для эволюции, и большая часть информации в ДНК от них защищена.
Единственно, конечно поражает то обстоятельство, что наша жизнь существует миллиарды лет. Некие послания на такой срок, без попыток "всё обустроить" раньше... Или мы мотыльки, не имеющие представления о том что такое время, или что-то пошло не по плану. Причём во всей Вселенной, иначе бы были повторные волны "заражения" посланиями.

Возможно, конечно, что послания были внедрены относительно недавно, через специализированные вирусы. Это всё же выглядит рациональнее в смысле ихних затрат и ожиданий нахождения нами, чем даже древний гигантский монумент на Луне. Подверженный действию многих долгосрочных факторов, да  и просто дорогой.

[Абрамий]

 

Это всё нумерология и  произвольное жонглирование цифрами .
И только .
http://nikola-borisov.livejournal.com/103299.html#comments мнение ( кстати  человека  активно  верующего и старообрядца )  известного биофизика и эволюциониста  Николая Борисова  об этой статье . Ключевое:

    О "терморектальном криптоанализе над логикой" у Макукова-Щербака: краткий пересказ методов статьи, которые, по мнению АйДи-отов, "широко применяются в криптоанализе или, например, лингвистике".

    Ни один лингвист (если он не чудиновец, не задорновец и не велесокнижник) не будет при расшифровке неизвестного текста использовать, скажем, ширину и длину листа бумаги, на которой текст написан, чтобы затем проводить какие-то математические преобразования с этим текстом
 А ведь число тридцать семь как "ключ к шифру" возникает у авторов следующим образом: они делят аминокислоты на радикал и базу, затем замечают, что молекулярная масса масса базы у всех, кроме пролина -- 74 дальтона (у пролина один протон из базы "перешел" в радикал -- но так было нужно по "хитрому плану" Дизайнера, утверждают авторы), затем разлагают 74 на два простых сомножителя (получают 2 и 37) и говорят, что 37 -- это ключ к шифру.
 Затем они замечают, что число тридцать семь, будучи умноженным на 3*N (0 <= N <= 9) дает в результате последовательность чисел, десятичная запись которых будет NNN. Ну как Вам такой "терморектальный криптоанализ над логикой"?
 Кто сказал, что в аминокислотах что-то зашифровано?
Кто сказал, что этот шифр -- факторизационный (находящийся с помощью разложения на простые множители?)
Почему базе пролина приписали лишний протон?
Почему запись числа должна быть десятичной позиционной?
 Кстати, больше всего на земле по численности насекомых, а на их ногах вообще нет пальцев.

Кстати аминокислотный состав белков эволюционировал .
Первоначально использовались совсем  не те аминокислоты ,что есть сейчас .
Этому имеются некие признаки .
 Не  было     сразу  и  20   аминокислот.   
Ну  не  было. 
 Если  интересно  -   то  читайте    хотя  бы  Кунина,
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/iub.146/full . 
  Или  если  сразу  много   http://www.twirpx.com/file/1036354/ .
 Правда,  опять     английский.     
 Кроме того в организмах присутствуют и другие аминокислоты сверх 20 стандартных .

[rtfai]

Главный вопрос здесь - зачем? "Здесь был Вася"?

[Klapaucius]

Файл пароль требует однако.

Порядок, вот тут есть одна программка, которой этот архив открывается без пароля: http://urlguard.org/5155c07881b43417

Антивирус не пустил.

Главный вопрос здесь - зачем? "Здесь был Вася"?

Именно. Это самый главный мотив для всех живых существ. Выжить в том или ином виде, хоть как-то отметиться, повлиять на окружающее.
Некоторые даже согласны на славу Герострата. Есть и те, кто согласен мирно вымереть, не оставив никаких следов.

[rtfai]

Файл пароль требует однако.

Порядок, вот тут есть одна программка, которой этот архив открывается без пароля: http://urlguard.org/5155c07881b43417

Антивирус не пустил.

Главный вопрос здесь - зачем? "Здесь был Вася"?

Именно. Это самый главный мотив для всех живых существ. Выжить в том или ином виде, хоть как-то отметиться, повлиять на окружающее.
Некоторые даже согласны на славу Герострата. Есть и те, кто согласен мирно вымереть, не оставив никаких следов.

Как-то я не представляю себе профессора, 70 лет от роду, который ходил бы по городу и рисовал в лифтах "здесь был Вася".

Есть линейка: смекалка, интеллект, разум, сознание, мудрость. И вот гопник не брат мне хотя бы по разуму.

[Dem]

Как-то я не представляю себе профессора, 70 лет от роду, который ходил бы по городу и рисовал в лифтах "здесь был Вася".

У профессора есть более эффективные методы - например спроектировать дорожную сеть города в виде этих букв...

[LUKA]

В статье речь не о геноме, а о аминокислотах. Казахстанские ребята нашли у всех аминокислот середину, и стали справа-слева умножать, делить и складывать количество протонов, нейтронов, электронов и атомов, получая цифры от 001 до 999, заполняя ими магический квадрат, наподобии судоку. Цифры десятичные, авторы (сужу по переложению) предположили, что дизайнер заранее предпологал. что у существ будет по пять пальцев (видимо, включая мух, инфузорий и плоских червей ).
Повеселили и верующие комментаторы на форуме диакона Кураева. Один написал, теперь он точно знает, что является творением "дизайнера". а не как презренный атеист - порождением обезьяны ("Двух обезьян!" - прим. КВН). Забыв как-то, что дизайнер развлекался так давно, что и предки истово верующих вынуждены были пройти эволюционные стадии гадов ползучих, и обезьянами-палеантропами-негроидами побывать предкам пришлось...

Я читал почти все труды авторов. Даже лично общался.
Резюме - некоторых вещей они просто не знают. Например, то, что симметрии Румера модельно объяснены с точки зрения жирной физико-химии. Об этом ЧАСТИЧНО можете прочитать и у меня.
Есть конечно СТРАННЫЕ симметрии, обнаруженные Щербаком. Учитывая то, что румеровские симметрии уже объяснены, думаю, что не стОит делать из них священную корову.

[Combinator]

Я читал почти все труды авторов. Даже лично общался.
Есть конечно СТРАННЫЕ симметрии, обнаруженные Щербаком. Учитывая то, что румеровские симметрии уже объяснены, думаю, что не стОит делать из них священную корову.

Кстати, рассматривая описанные в Вашей статье симметрии Щербака под несколько иным углом, к ним можно добавить ещё одну. Имея в виду, что в основе упорядочивания аминокислот Щербаком (как, впрочем, и авторами обсуждаемой статьи) лежат их молекулярные массы, логичным выглядит попытаться как-то привязать сюда и молекулярные массы нуклеотидов, их кодирующих. Так как они отличаются лишь нуклеозидами, достаточно использовать для упорядочивания лишь их молекулярные массы. Они таковы:
A= 135
G= 151
C= 111
U= 112
Как видно, массы C и U отличаются лишь на еденицу, что, учитывая, что в реальных условиях все элементы представлены смесью изотопов, можно считать малосущественным. Тогда нуклеотиды по признаку их молекулярной массы можно условно разделить на три группы - С/U, A, G. Так вот, если считать C и U неразличимыми, то и вторые нуклеотиды триплетов в группе с вырожденностью 4 на Рис. 2, подобно тому, как это наблюдается для вторых нуклеотидов в группе с вырожденностью < 4, являются взаимно симметричными!
 

[chiahua]

Можно согласится, что гены претерпевали изменения за всю историю биомассы Земли(включая челдобреков). Но как вы считаете сам механизм работы ДНК-РНК претерпел изменения или нет? И сможем ли мы найти образцы ДНК хотя бы миллионной давности для сравнения?
Не пытался кто-нибудь в окаменевших клетках (хотя бы растительных) попытать счастья?

[Combinator]

И сможем ли мы найти образцы ДНК хотя бы миллионной давности для сравнения?
Не пытался кто-нибудь в окаменевших клетках (хотя бы растительных) попытать счастья?

ДНК разрушается довольно быстро. Даже геном неандертальцев (то есть, "возрастом" всего лишь в десятки тысяч лет) восстанавливается с большим трудом.
 

[OratorFree]

Чтение тем о "ползучей экспансии" и "путешествии микроорганизмов в космическом пространстве" натолкнуло меня на мысль, которая будет ясна из чтения следующего фрагмента из Википедии о Deinococcus radiodurans :

В 2003 году американские ученые показали, что D. radiodurans может быть использован в качестве средства хранения информации, которое может пережить ядерную катастрофу. Они перевели песню Это маленький мир (It's a Small World ) в ряд сегментов ДНК длиной в 150 пар нуклеотидов, внедрили их в бактерии, и были в состоянии получить их без ошибок 100 бактериальных поколений спустя[38].

Этот самый 38 : McDowell, Natasha. Data stored in multiplying bacteria (8 января 2003). Проверено 1 апреля 2011.

Т.е. представьте себе не "ползучую экспансию", а "ползучую коммуникацию". Скажем у цивилизации нет смысла (или технических-энергетических возможностей) заселять нашу планету, которая встретилась им, при очередном сближении,например еще до "кембрийского взрыва" или что-то около того. Ну в общем без нас это было дело. И они решили оставить сообщение. И им была доступна технология указанная в цитате. Это значит, что прочесть "сообщение" может только цивилизация добравшаяся до чтения генов.

Конечно, когда меня как-бы "осенило", я сразу вспомнил, что уже встречал пару-тройку таких вариантов в фантастических произведениях (сейчас не вспомню в каких), но это не отменяет идеи, что не так сели... не там ищем...



 

[vika vorobyeva]

Эта идея упоминалась Гиндилисом в его книге "SETI: поиск внеземного разума". Какая-то группа специалистов даже поискала признаки осмысленного сообщения в геноме какого-то бактериофага. Закономерно ничего не нашла.
Основная проблема подобного способа передачи информации - то, что кусок генома, не отвечающий за синтез белка и поэтому не подвергающийся давлению стабилизирующего отбора, очень скоро накопит большое количество мутаций, и "внедренный" текст станет нечитаемым. 100 поколений бактерий - это очень мало, на самом деле. Миллионы, тем более сотни миллионов лет такой текст не протянет.

[OratorFree]

Эта идея упоминалась Гиндилисом в его книге "SETI: поиск внеземного разума". Какая-то группа специалистов даже поискала признаки осмысленного сообщения в геноме какого-то бактериофага. Закономерно ничего не нашла.
Основная проблема подобного способа передачи информации - то, что кусок генома, не отвечающий за синтез белка и поэтому не подвергающийся давлению стабилизирующего отбора, очень скоро накопит большое количество мутаций, и "внедренный" текст станет нечитаемым. 100 поколений бактерий - это очень мало, на самом деле. Миллионы, тем более сотни миллионов лет такой текст не протянет.

Ну да, конечно же "Все уже придумано до нас"  , кроме беллетристики эта идея даже попала в разряд "относительно новых гипотез" :

Ученые усмотрели инопланетное послание в генетическом коде человека

Относительно новую гипотезу еще называют биологической программой поиска внеземного разума ("biological SETI"), ссылаясь, таким образом, на существующий проект по поиску внеземного разума - SETI.

"Этот код был однажды установлен и может не меняться на протяжении очень многих лет. Это самая долговременная информация из всех нам известных. И именно клеймо инопланетной цивилизации в нашем генетическом коде подтверждает наличие разумной жизни помимо нас. Если переписать геном, то информация останется зафиксированной до последующих изменений и может совершать путешествия во времени и пространстве", - сообщают авторы идеи в журнале Icarus.

Ученые подробно проанализировали человеческий геном и составили карту. На ней виден четкий порядок нуклеотидов ДНК и аминокислот. Простое и ясное устройство генетического кода может говорить о том, что это информация, записанная на неком языке символов. В код включена десятичная система, логические видоизменения и абстрактное обозначение нуля. Такая стройная система - это результат логического мышления и нетривиальных исчислений, уверены ученые.

Хотя искать именно в коде человека, это чистой  воды антропоцентризм. Если строго научно, то искать нужно везде. Исходя из парадигмы "ползучей коммуникации" передача "сообщения" могла произойти в любой произвольный момент времени в течении 4 млрд. лет.
По  замечанию да. Вы правы есть такое дело. Но здесь два пути решение :

1. Многократное дублирование кода.
2. Код связанный с чем-либо дающим эволюционное преимущество (гемоглобин, хлорофилл и.т.п.).
В этом случае конечно нужно использовать, например только двоичный код, а два оставшихся нуклеотида считать "пустыми", с тем что-бы был шанс совместить "необходимое" с сообщением.

UPDATE 04/11/2014 14:45 Мск
Нашел на архив орг англоязычную статью (The “Wow! signal” of the terrestrial genetic code) Щербака и Макукова по приведенной выше цитате : http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1303/1303.6739.pdf

[OratorFree]

Помнится, что в своей прошлой жизни ... бла-бла-бла ... , в общем была такая тема  в этом же разделе.

Ну лично я, данную статью (ссылку на которую на архив орг я сам тоже дал) считаю недостаточно научной. Да и авторы ничего и не расшифровали, а только "многозначительно намекнули" на искусственность кода, что имеет нулевую инфоценность. Но.
1. В генетическом коде можно записать осмысленные сообщения. Что подтверждено  Natasha McDowell.
2. Использовать такой тип сообщения имеет смысл тогда, когда межзвездные перелеты трудны или разумная цивилизация не располагает техническими, энергетическими возможностями для этого. А случайно встреченная планета при случайном сближении звезд имеет жизнь, но не имеет разумной цивилизации для общения с ней.  И попытаться передать что-то через генетический код - единственная возможность в таком случае. Может даже небольшой группы  представителей этой цивилизации.
Т.е. это несколько другой подход, чем в заявленной Вами теме по ссылке. Хотя тема тоже наверное завянет. Поскольку сама идея SETI завяла. Что в общем-то несправедливо. Например, несмотря на неудачи - гравитационные волны продолжают искать хотя вроде в стандартной модели нет гравитонов. А искать сигналы ВЦ считается маргинальным занятием для ученого, хотя факт их возможного существования подтверждается нашим существованием.  Мир несправедлив, ничего не поделать.