Обычно травлением. Алмазной гравировкой. Однако применяется и так называемый резец-фреза. Представляет из цилиндрическое тело, конус в основании, конус наполовину сточен сбоку (если рассметривать вертикально). Данная конструкция издавна применяется при гравировании, и позволяет получать очень тонкие и чистые проходки. Наверное, применяется и лазерная гравировка. По крайней мере, мелкосхемы сейчас маркируют лазерами.