Посоветуйте программу для расчёта прохождений планет по диску солнца

[Acrux]

А что понимать под рассчетом? Если просто посмотреть картинку, то это умеет любой планетарий. Моменты касаний можно опять же оттуда выудить. Сами даты прохождений можно взять с указанных сайтов (там как раз на несколько столетий вперед и назад).

[Acrux]

Господа ЛА, не будем ссориться.
Kiriya, скажу сразу - программ, предоставляющих сведения в той форме, что вам нужны, не знаю. Но есть одно решение, вполне подходящее.
Можно воспользоваться программой-планетарием или любым генератором эфемерид, покрывающим нужный период (до 50 000 года). Оттуда нужно взять экваториальные координаты двух светил в виде списка - Солнца и внутренней планеты и их расстояния до Земли. Дальше - дело техники. Интервал данных - лучше час (согласен, данных будет много). В Excel забить колонки с данными: дата, координаты Солнца, координаты планеты, расстояние до Солнца, расстояние до планеты. Последняя колонка - угловое расстояние между светилами (если предложенный метод решения вас заинтересует - могу покопаться и найти формулу). Если угловое расстояние меньше видимого радиуса Солнца (можно положить 0.25^o) и расстояние до планеты меньше расстояния до Солнца, то прохождение есть. Ну а дальше полученные данные проверить уже вручную.

[Acrux]

Если вы имеете в виду угловое расстояние - то да, это угол элонгации.
Вот онлайн-генератор эфемерид: http://ssd.jpl.nasa.gov/horizons.cgi

[Acrux]

Хотелось бы конкретики, ибо сомневаюсь я в практической ценности результата для 50 000 лет.

Ну а что может в принципе произойти такого,что бы помешала сделать эфемириды до  50 000года?

Ничего не произойдет, просто на достаточно больших сроках будет проявляться неточность современных моделей движения. В пределах столетий погрешности, вносимые взаимными возмущениями планет, несущественны. А вот на длительных периодах оно будет сказываться.