молибден и происхождение земной жизни

[Combinator]

По моему с селеном гораздо более интересная ситуация, чем с молибленом. Селен, которого на Земле крайне мало, по химическим свойствам очень похож на широко распространённую в её коре серу. Тем не менее, он не только играет важнейшую роль в биохимических процессах келетки, но даже входит в состав одной из аминокислот! Что за странная тяга у живого к этому очень редкому элементу?

[Combinator]

По моему с селеном гораздо более интересная ситуация, чем с молибленом. …

Ну, от кислорода же как-то надо защищаться.

На сколько я в курсе, он широко используется и анаэробами.

[Combinator]

С селеном по моему понятней. Он на столько химически похож на серу, что в биосинтезе ферменты часто их просто путают. В существенных концентрациях селен токсичный, так как слишком активно замещает серу в синтезируемых аминокислотах, приводя образующиеся белки в негодность.
А в пару случаев такая замена оказалась полезной – так чего бы и не использовать.

Может иногда ферменты и путают селен с серой, но, например, в первом же в базе NCBI геноме фирмикутов, кроме селеноцестенина встречается ещё более десятка протеинов, так или иначе связанных именно конкретно с селеном. Кстати, если судить по способу кодирования селеноцестеина, то он как раз выглядит скорее рудиментом, чем инновацией.

[Combinator]

Кстати, если судить по способу кодирования селеноцестеина, то он как раз выглядит скорее рудиментом, чем инновацией.

Это как?

http://elementy.ru/news/430968

[Combinator]

Я видел эту статью. Но в упор не понял, почему вы решили что «выглядит скорее рудиментом, чем инновацией».
Выглядит именно как надстройка над имеющимся базисом.

Если бы это было поздняя инновация, то гораздо проще было бы просто использовать для этой аминокислоты один из многочисленных избыточных триплетов. Судя по разнообразию вариаций генетического кода, такой апдейт таблицы кодирования для эволюции в случае необходимости совсем не проблема. Да и автор статьи высказывает предположение, что более примитивное кодирование "на шпильках" предшествовало современному способу кодирования.

[Combinator]

Точно также можно предположить, что поменять в ходе эволюции значение уже занятого кодона на другую аминокислоту весьма проблематично. Постепенно ведь не поменяешь - одновременно работающие в одной клетке разные тРНК с разными аминокислотами, реагирующие на один и тот же кодон, представить сложно. Это можно сделать только заняв стоп-кодон, к которому тРНК  с соответствующим антикодоном еще нет. А когда стоп-кодонов стало мало (три), для последних экзотических аминокислот пришлось так «шпильками» изворачиваться.

Например, у митохондрий (которые, очевидно, появились с точки зрения эволюции достаточно поздно), CGG кодирует триптофан вместо аргинина, а CU* серин вместо лейцина, так что, они как то без особых проблем справились с заменой аминокислот на одном и том же кодирующем триплете.

[Combinator]

Митохондрии, как многие думают, не эволюционировали из каких-то частей клетки, а являются частью симбионта, принесенного извне.
Я не знаю, среди архей/бактерий нет примеров такой же кодировки, как и у митохондрий?

Считается практически доказанным, что предками митохондрий были альфа-протеобактерии. Но последние используют стандартный генетический код. Да и у других бактерий и архей, на сколько мне известно, "митохондриальные" кодировки не используются.

[Combinator]

Боюсь, я слегка отклоняюсь от темы, но меня действительно заинтересовал этот вопрос. До сегодняшнего дня я вообще не знал про такое различие в кодировки.
А по какой причине могла произойти такое перепрограммирование митохондрий?
Даже не затрагивая вопрос «как?». Хотя бы «зачем?».

Я думаю, может быть много причин. Например, пара G-C имеет более сильную связь, чем A-U, соответственно, скажем, в смысле устойчивости к агрессивному свободному кислороду она конкретно в митохондриях в каких-то ситуациях при прочих равных может оказаться предпочтительнее. Вообще, в митохондриях наблюдаются наибольшие отклонения от стандартного генетического кода, причём, у митохондрий разных эукариот они, вообще говоря, могут быть разными.

[Combinator]

У митохондрий разных эукариотов разный код?

Если есть возможность – подкиньте статьи про особенности ДНК митохондрий и их транскрипцию. В чем причина такой разницы от ядерной.
Заранее благодарен.

Честно говоря, не интересовался особо этим вопросом. Могу отослать лишь к статье в Википедии:
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9_%D0%BA%D0%BE%D0%B4
(см. раздел Вариации стандартного генетического кода). Там  же приведены и ссылки на некоторые статьи по этому поводу.