В скае есть два места, где включаются отображение и поиск по каталогам:
View - Labels - Setup ---> Messier
View - Display Explorer ---> Core databases ---> Non-stellar ---> M
Быстро не смог найти почему у вас дважды все галактики указываются.
Как вариант, если уже ничто не помогает, то есть такой файлик как "TheSky6Defaults.exe" в директории ская (обычно тут: C:\Program Files\Software Bisque\TheSky6\), который обнуляет все предустановки на дефолтовые (будьте внимательны, т.к. все настройки места, времени, каталогов будут обновлены на дефолтовые).