1. Зачем отмечать центр -- для юстировки? Я обхожусь без. Но некоторые наклеивают на центр гл. зеркала маленький кружок из черной бумаги. Нахождение центра -- задача из школьной геометрии. Можно, наверное, провести линии фломастером, а потом смыть их ацетоном.
2. Трубу проще всего чернить краской (черной, обязательно матовой) из баллончика с распылителем. Лично я использовал автомобильную краску фирмы King, но бывают и другие, не хуже. Цвет колпачка баллончика точно соответствует цвету краски, так что ошибиться невозможно. В Ньютоне желательно обеспечить минимум отражения от той части трубы, что лежит напротив окулярной трубки. Можно наклеить туда кусок черного бархата или черной бархатной бумаги (это хуже -- бумага не любит росы).