Сейчас специально перегрузился в Линукс. Проверил поиском - нет такого файла comet.dat! Есть asteroids.dat, сидит в директории /usr/share/apps/kstars. Сделал обновление БД, проверил опять - в директории ~/.kde/share/apps/kstars появились два новых файла: comet.dat и asteroids.dat. Комета Holmes присутствует.
Подозреваю, что именно эти файлы и нужно редактировать.