Я поначалу тоже использовал DSS. Вроде бы удобно - загрузил файлы, нажал кновку - вуаля!
Но обнаружил, что DSS очень криво калибрует кадры. Постоянно лез градиент. 
Отказался от DSS в пользу IRIS  - разница существенная по качеству обработки.
Попробуйте IRIS. 
Ну а по делу - я б смотрел на калибровочные кадры. DSS делает master файлы, посмотрите на них повнимательнее.