Происхождение вирусов

[Nucleosome]

вирусы - однозначно или "сбежавшие" гены (вирус гриппа), или крайняя стадия деградации клетки (больше всего на последнее похожи мимивирусы).

Непонятно, что значит - "сбежавшие гены"? От кого, зачем и каким образом им это удалось?
Вирус гриппа не может быть "сбежавшим геном", это же РНК-овый вирус... 

Что такое "крайняя стадия деградации" клетки? Имеется в виду последняя стадия клеточного цикла или аж эволюционный регресс? Если последнее, то это могло бы тогда кому-то пахнуть Нобелем за открытие процесса "деградации" клетки в генного паразита. Природа возникновения мимивирусов до сих пор не раскрыта, и гипотез пока особо никаких не выдвигается, но о деградации клетки слышу впервые.
Хотя одна интересная и вполне трезвая гипотеза имеется, в ней обсуждается "захват" эукариотических генов этим вирусом путем  горизонтального переноса генов (horizontal gene transfer), и вот, например, в свете этого предположения есть неплохое обсуждение сиквенса мимивируса в Science (Moreira D, Lopez-Garcia P. “Comment on ‘The 1.2-megabase genome sequence of Mimivirus.” Science. 2005 May 20;308(5725):1114).

Какой нобель! Просто внутриклеточный паразит далеко зашедший в своём приспособлении к новому хозяину. А "сбежавший" ген - это просто транспозон получивший способность покидать клетку. Отсюда и РНК.
Ius - а что такое субъект познания? Кроме того, никто никогда не подсчитывал, что вероятность самореплицирующиеся цепочки 10^-400. В принцыпе чтобы самореплицироваться нужно быть относительно стаблиьным и иметь возможность создавать комплементарные связи. Никакй особой информации нести для этого не надо, да и нет смысла говорить в данном случае об информации, поскольку некому её считывать. Также не вполне ясно, что имеется ввиду под разумом...
Dudeman - знаем знаем - всегда те, у кого нет никаких аргументов начинают утверждать, что все взгляды отличные от их собственного не выдерживают никакой критики. И даже стандартный набор ваших "возражений" тоже уже известен.

[Nucleosome]

Вы хотите сказать, что это ретротранспозон в виде РНК "убегает"? То есть, "убегает" не ген сам по себе, а скопированный в РНК? О, мамма мия! Если бы всякая РНК "убегала" и потом считывалась в чей попало геном, то что бы мы сейчас видели? Мы бы точно не выглядели так, как мы есть на самом деле. Наш, и не только наш, геном консервативен, нравится вам это или нет. Так или иначе он защищен от изменчивости, в большей степени или чуть меньшей. Вирус - это вовсе не ДНК клетки в "крайней стадии деградации" (даже понятия такого в профессиональных кругах нет). Это просто другая форма жизни. И эта жизнь живет по другим законам, и пользуется отличными от эукариотов  механизмами воспроизводства. И нет у них генетического сродства к эукариотам, окромя типичных паразитических приемов. Иначе и не были бы они опасны для эукариотов, и лекарства от смертельных вирусных заболеваний давно уже бы нашли.

Ничего не понимаю. Почему РНК? Почему любая? где это у меня сказано? Равно как и про крайнюю степень деградации ДНК? Есть же транспозоны - совершенно особые гены. А есть ещё множетсво вирусов, которые "шастают" по нашему геному. Кучи просто. (мобильные элементы генома) И никаких особых законов у вирусов нет - они реплицирубются или вместе с геномом или обратной транскрипцией, что также есть и у нас - в ретротранспозонах. Также, образование новых вирусов происходит постоянно, как и встраивание в геном и полна интеграция предыдущих. Поэтому вирусы - не цельна группа в систематичесом плане, а результат глубокого приспособления к внутриклеточному паразитизму - можно сказать, что это особый вид существования, но с другой стороны, не существует организмов более тесно связанных с нами, чем вирусы - поскольку на опредлённой стадии цикла вирус - часть нас.

[yvar]

Nucleosome, ну в самом деле, как можно быть настолько уверенным в гипотезах и теориях, даже с Р=0,05?

[Nucleosome]

Да каких теориях в самом деле??? Ретротранспозоны показывают много сходства с ретровирусами. Ищите через уже указнный NCBI сиквенсы и сравнивайте их бластом! Тут всё достаточно чётко. Прочесть об этом можно в книге "Гены и геномы". И вообще - я же сказал или или, какая уж тут уверенность?
Как произошли бактериофаги и такие как мимивирусы, не так ясно (а я и не писал, что ясно), поэтому можно предположить, что это - нечто вроде крайний форм внутриклеточного паразитизма. Иной тип существования прослеживается в том, что вирус так сказать не сохраняет своей целостности в течении всего своего жизненного цикла, но на сугубо молекулярном уровне никого глубокого отчуждения вирусов от остальных не получается. Отсюда следует, что вирус происходит от клеточных организмов.
А насчёт кода я уже не понимаю - я привёл картинку гугла, потому что просто легче всего найти, а вообще я видел эту таблицу просто невообразимое количество раз в самых разных источниках. И я, вообще-то говорил тут, что в митохондриях код отличается от ядра.Но где я говорил драматической разности??? Я говорил, что она просто есть. А что же тогда подразумевалось под уникальностью? Я понял это так - если мы где либо найдём иных организмов, которые будут использовать те же нуклеотиды и те же аминокислоты, то будут ли последние также кодироваться, как и у нас. Я и сказал что нет, поскольку на Земле есть отклонения от стандартного генетического кода.
Вот, кстати, база данных про частоты кодонов:
http://www.kazusa.or.jp/codon/
если там пойти на списки организмов, наприме вот:
http://www.kazusa.or.jp/codon/cgi-bin/showcodon.cgi?species=Ragweed+yellows+phytoplasma+[gbbct]
то можно выйти через format на пятнадцать разных (не драматически!) вариантов генетического кода.
vika vorobyeva - хорошая статья, спасибо, много чего более понятно становится.

[Nucleosome]

Отсюда следует, что вирус происходит от клеточных организмов.

Отсюда как раз ничего не следует. И ваш вывод не имеет под собой фактической доказательной базы. Просто потому, что ее к настоящему времени нет. Хотя, не спорю, такая версия происхождения вирусов красива, удобна, но не доказана. Природа возникновения вируса как обособленной таксономической единицы, пока не раскрыта. Это надо просто принять как данность.

что значит принять как данность? Сказать - не знаем и знать не желаем? Это наука??? И вирусы не обособленная таксономическая категория - это факт!!! чтобы в этом убедится можите взять разных вирусов и попытаться построить их общие филогенетическое дерево. Если у вас это получится - то бегите за нобелем. Нет практически никакого сходства между мимвирусом, бактериофагом лямбда, скажем, и ретровирусом, к примеру, грипа.
Я могу ещё тысячу раз повторить, что вирусы содержат массу генов - массу - я подчёркиваю, сходных с генами прочих организмов. И в первую очередь это относится к ретровирусам. А отрицая происхождение вирусов от клеточных организмов вы невольно при этом предпологаете, что либо вирусы имеют совершенно особое происхождение (паралельно со всеми прочими или вообще из космоса), что не просто не имеет под собой оснований, но и противоречит фактическим данным о вирусых гена (ну правда, можно допустить, что они были вирусами "взаимствованы", у остальных, но тогда не ясно как нечно совершено особенное могло что-то взаимствовать у чего-то другого), либо они предки клеточных - что тоже не выдерживает критики, поскольку паразит не мог появится раньше своего хозяина, что очевидно.

А что же тогда подразумевалось под уникальностью? Я понял это так - если мы где либо найдём иных организмов, которые будут использовать те же нуклеотиды и те же аминокислоты, то будут ли последние также кодироваться, как и у нас.

А что вообще может подразумеваться под уникальностью генетического кода? Это одно из ключевых понятий молекулярной биологии, к тому же оно вразумительно определено. И здесь не может быть никаких интерпретаций от себя. И если кто-то понимает это по-своему, а не так, как весь остальной научный мир, то тогда на этой веселой ноте и закончим.

Хорошо, в чём состоит это ключевое понятие об уникальности генетическогок кода? Не универсален - да, но всегда вырожен - да, всегда (кроме стоп-кодона в митохонриях на уровне ДНК, но не РНК)триплетный - да, а вот уникален это что? Не объясните?
Вот, кстати, про эволюцию вирусов:
http://www.mcb.uct.ac.za/tutorial/virorig.html#Virus%20Evolution

[Nucleosome]

Sabine - вы можите изъяснятся по существу и без переходов на личности: крайне затруднительно читать ваши высказывания, пестрящие оскрблениями личного характера, тем более сожержащие заявления, что вы просто ни читаете - вы не понимаете, что такое ретротранспозон, кодон и фаг - так я вам объясню! Я же не то что некоторые, которые твердят о пресловутой уникальности генеческого кода, хотя гугл и pabmed глухо молчат по такому сочетанию слов. Я всё думаю, что вы уповаите на универсальность, которая выполняется почти везде, но не на 100%.
Кстати, знаете, экспериментально получить доказательство происхождения, это как-то странно слышать от человека, который ценится на 100 баксов в час. Вы можите представить себе как подобный результат будет выглядить? Получить вирус из клетки? И как же подобный эксперимент будет происхожить? Ну ретровирус или, тем более, вироид - ещё куда ни шло - они могут образовываться в принцыпе достаточно быстро, а с такими как фаги? О мимивирусах и не говорю... Да и строго говоря это будет мало что доказывать...
И раскрывать тайну происхождения ирусов - это всё равно, что искать лекарство от рака - не может быть общего предка вирусов, это также очевидно, как и для вас то, что вы называете пресловутой "уникальностью" генетического кода, а чтобы убедится - поищите на базах данных последовательности вирусных генов (благо в наши дни их уже известно множество) и попытайтесь на этом основании построить филогенетическое дерево ВСЕХ вирусов. А после этго возьмите гены ретровирусов и гены из ретротранспозонов и постройте их деревья. Или хотя бы сравните несколько из них.
Просто у нас есть три возможных варианта развития событий насчёт вирусов:
 - получившие самостоятельность ретротранспозоны, и "обросшие" генами
 - крайне деградировавшие внутриклеточные паразиты
 - частицы из первичного окена не вошедшие в состав клеток и специализировавшиеся на заражении с последующим размножением в них.
 Все три эти предположения не взаимоисключающие - поскольку вирусы очень мало похожи друг на друга, и также экспериментально, да и то с трудом можно подствердить только, возможно, первое, которое также наиболее подтверждено - из-за сходства генов и механизмов. Для двух других требуются подсчёты, посторояения деревьев, выяснения механизмов и прочие. Последние предположение проверить такими способами крайне затруднительно вообще - поскольку вирусы очень изменчивы. Кроме того, на него, в отличае от первых двух, строго говоря ничего не указывает.

[yvar]

Nucleosome, я не сильный генетик, как вы, даже по сравнению с вами ваще не генетик, но Sabine, как учённый, получивший не мало опыта в исследовательской деятельности, во многом права, в научном сообществе существует строгая договорённость, в соответствии с которой каждый учённый считает истинным, только то, что признано всем сообществом, если на тему о которой вы говорите имеются докторские дисертации и их можно процитировать, то сделайте это

[Nucleosome]

В той ссылке, что я давал по вирусам, было сказано довольно подробно насчёт их филогении... также как и о путях происхождения.
Про истину в научном мире - это мне кажется, будет уже совершенно не в тему, которая называлась: "Как появилась жизнь? Есть идеи?".
Короче - чего воду в ступе молоть - отыщите сиквенсы ретротранспозонов и ретровирусов и - вперёд.
P. S. Sabine - что такое pabmed узнаете по ходу дела.

[yvar]

Про истину в научном мире - это мне кажется, будет уже совершенно не в тему, которая называлась: "Как появилась жизнь? Есть идеи?".

и правда, как-то увлеклись

[yvar]

не стоит писать так недобро

[Nucleosome]

не стоит писать так недобро

Согласен.
Кажется, если по теме, то последним на этот счёт было сообщение от Вики Воробьёвой со ссылкой на статью об обратной транскриптазе?

[vika vorobyeva]

Sabine и Nucleosome, вам обоим предупреждение за публичную склоку
Наиболее грубые посты удалены.

[Nucleosome]

Значит новая тема? Хорошо.
Вирусы, конечно, довольно, скажем так, странные организмы (если их можно назвать организмами) и прежде всего тем, что не клеточные.
некоторые из них хоть и меют липидную оболочку, но она - явно кусок клеточной мембранны, которую они утянули с собой, когда покидали клетку.
Также, вирусы очень склонны к оставлению своих генов в материнской клетки (не все вирусы её разрушают по выходе!), и наоборот к забиранию чужой ДНК, а также к рекомбинациям друг с другом, будучи одновременнов одной клетке - всё это делает вирусы крайне разнородными что затрудняет их филогенетический анализ.
некоторые из вирусов, видимо, находятся в "круговороте" с геномами клеток - встраиваются в них, "живут" чисто внутри клетки достаточно долго, а может и превращаясь в часть клеточного генома, но одновременно с этим подобные им и "выпочковываются" из геномов, поддерживая таким образом их численность.
другие - наоборот - прежде всего фаги, показывают глубокую приспособленность к своим хозяемвам, а колоссальное количество разнообразных энзимов рестрикции (режущих ДНК в специфических участках) показывает насколько глубоко зашла конкуренция фагов с бактериями, что указывает на древность первых, интересно, что подобноых явных, губоко зашедших в ходе конкуренции систем для эукариот не известно - видимо потому, что нои способны в отличае от прокариот "поглощать" вирусы, превращая их в часть генома (по некоторым оценкам до 30% нашего генома - это куски подобных вирусов)
Ну вот то, то хотелось бы сказать в первую очередь по этой теме помимо того, что было сказано, насчёт трёх возможных путей происхождения вирусов(тем более, я как бы её автор получился).

[Ob_ivan]

Вообще очень любопытная и важная тема.
Тот факт, что вирусы по биомассе занимают значительную часть биосферы и даже наверно большая часть органики в биосфере - это вирусы, довольно интересен. Роль вирусов в развитии биосферы, увеличении ее генетического разнообразия, роль бактериофагов достаточно велика. Возможно вирусы - ключ к пониманию эволюции и даже происхождению жизни.
Вопрос генезиса вирусов откыт. Вообще такое разнообразие вирусов и их количество может говорить о том, что вирусы - это механизм регуляции численности бактерий и способ генетического инфообмена. Возможно на определенном этапе развития биосферы образовалось огромное количество бактерий и, как экологических механизм регуляции их численности, появились в таком количестве бактериофаги.

Спор о том кто появился первым вирус или одноклеточное напоминает отдаленно спор о курице и яйце. Мое ИМХО, что образовались они примерно одновременно, но неясности с появлением живой материи пока много и тут сложно сказать что-то наверняка.

Меня интересует вот какой вопрос. Какова роль вирусов в видовой эволюции? Насколько они ускорили ход эволюции? Есть ли такое оценки?

[Nucleosome]

Вопрос генезиса вирусов откыт... Спор о том кто появился первым вирус или одноклеточное напоминает отдаленно спор о курице и яйце. Мое ИМХО, что образовались они примерно одновременно, но неясности с появлением живой материи пока много и тут сложно сказать что-то наверняка.

Тут, в общем-то, из-за крайней изменчивости вирусов и также, что исключительно маловероятно наличие каких-бы то ни было ископаемых вирусов (при самом самом благоприятном стечении обстоятельств, больше, на что можно расчитывать - это вирус замурованый в янтарь), трудно делать однозначные выводы. единственный путь, который может быть перспективен - это сравнительный аназил механизмов "жизни" вируса. Но в общем, тому, что вирус - совеременник первых клеток и развивался паралельно с ними, мешает то, что вирусы очень глубоко приспособлены к своим часто очень конкретным хозяевам. Можно, конечно, сказать, что это - результат их длительной коэволюции, и сами вирусы - это потомки тех кусков полинуклеотидов из первичного океана, которые не стали оформлятся в клетки, а предпочитали блуждать из одной клетки в другую - так же можно объяснить и появление транспозонов, но, мне кажется, что в случае с вирусами большое значение имело то, что они много раз встраивались в хозяев, становясь их частью генома (не в процессе жизненного цикла, а на больших интервалах времени), а затем вновь выделяясь в вирусные частицы. Также, вот что пишут насчёт эволюции мимивируса:
http://www.giantvirus.org/intro.html
Конечно, к таким схемам стоит относится с определённой осторожностью, поскольку вирус всегда будет аккумулировать гены своих хозяев.

Меня интересует вот какой вопрос. Какова роль вирусов в видовой эволюции? Насколько они ускорили ход эволюции? Есть ли такое оценки?

Очень интересный вопрос. Среди одноклеточных имеется множество примеров горизонтального переноса генов с помощью вирусов, для многоклеточных таких примеров значительно меньше, хотя наверняка это имеет весьма сущетвенное влияние на эволюцию, поскольку перемешивает генетических материал порой совершено неродственных организмов. Осознание этого, видимо, только начинается. Также, есть ещё один момент - при подобном переносе, перенесённый ген будет содержать множество мутаций - из многократного реплицирования при размножении вируса.
То есть вирусы - видимо очень важный элемент в эволюции биосферы, не говоря уже о том, что они являются, видимо, самыми эффективными регуляторами численности бактерий. Возможно, они либо "выкристализовались" из них или бо остались от первичного океана, поскольку удерживали сообщества бактерий от черезмерного размножения и гибели в результате этого - то есть бактериальные сообществ, сумевшие успешно расправится с вирусами вымерли черезмерно размножившись и исчерпав доступные ресурсы.

[MoonCat]

Тут, в общем-то, из-за крайней изменчивости вирусов и также, что исключительно маловероятно наличие каких-бы то ни было ископаемых вирусов (при самом самом благоприятном стечении обстоятельств, больше, на что можно расчитывать - это вирус замурованый в янтарь), трудно делать однозначные выводы. единственный путь, который может быть перспективен - это сравнительный аназил механизмов "жизни" вируса. Но в общем, тому, что вирус - совеременник первых клеток и развивался паралельно с ними, мешает то, что вирусы очень глубоко приспособлены к своим часто очень конкретным хозяевам.

Извините, насколько дико звучит такое предположение.?

Организмы-это "муравейники" "наций" вирусов. Вирусные заболевания, которые поражают организмы только определенных видов, это "бойцы" "муравейников" "наций" других видов. Между видовыми "нациями" идет борьба за ресурсы?
vale

[Nucleosome]

Организмы-это "муравейники" "наций" вирусов. Вирусные заболевания, которые поражают организмы только определенных видов, это "бойцы" "муравейников" "наций" других видов. Между видовыми "нациями" идет борьба за ресурсы?
vale

То есть, вы хотите сказать, что вирусы поражают организм, который может быть источником других вирусов, способных создать конкуренцию первым?
Однако в таком случае откудо им "знать", кого именно поражать - то есть почему именно этот организм - источник конкурентных за них вирусов? Но вообще, учитывая острую конкуренцию вирусов за организмы, кто-то из них может быть использует именно такую стратегию.

[MoonCat]

Организмы-это "муравейники" "наций" вирусов. Вирусные заболевания, которые поражают организмы только определенных видов, это "бойцы" "муравейников" "наций" других видов. Между видовыми "нациями" идет борьба за ресурсы?
vale

То есть, вы хотите сказать, что вирусы поражают организм, который может быть источником других вирусов, способных создать конкуренцию первым?
Однако в таком случае откудо им "знать", кого именно поражать - то есть почему именно этот организм - источник конкурентных за них вирусов? Но вообще, учитывая острую конкуренцию вирусов за организмы, кто-то из них может быть использует именно такую стратегию.

Я пыталась выразить мысль, что белковые организмы это "муравейники", которые "строят" вирусы. Причем понятие "вирусы" я понимаю в широком смысле. Те известные нам вирусы, которые вызывают инфекционные заболевания, это просто "воины" этих "муравейников". Их задача, чтобы на территории было как можно меньше "муравейников" как собственного вида, так и других видов. Известно же, что высокая плотность представителей одного вида приводит к пандемиям, когда эта плотность накладывается на неблагоприятные условия существования этих организмов-"муравейников" "нации" вирусов (в широком смысле).

Или допустим, что, если в результате сверхуспешного развития человеческих "муравейников", которые со страшной скоростью разрушают экологический баланс планеты, другие "нации" вирусов вынуждены пытаться остановить их? Под угрозу ведь поставленно их существование. СПИД, куринный грипп-это только первые попытки. Впереди еще более страшные и сверхэффективные вирусы-бойцы, отразить атаки которых для человеческих муравейников окажется невозможным? Люди не вымрут полностью, наверное. Но их численность упадет для безопасного уровня.

vale

[Ob_ivan]

Я считаю что не стоит проводить аналогии между вирусами и известными нам способами организации... например, как тут с общественными насекомыми. Вирусы не "муравьи" и не "нации". Вирусы - это вирусы. Ведут они себя как вирусы. Не думаю что между вирусами может идти какая-то субъективная конкурентная борьба. Мы, например, не наблюдаем антивирусов, т.е. вирусы, "охотящиеся" на вирусы. У вируса только одна цель (как и у всего живого) - сохранить свой ген и распространить его.
Вот в рамках биосферы у вирусов видимо совершенно определенная роль. Регуляция численности бактерий, прежде всего - эдакие природные "антибиотики", перенос генов между организмами, возможно экологический механизм регуляции численности многоклеточных при условии резкого увеличения их численности и плохой работы других механизмов регуляции численности (хищники, паразиты). Это кстати поясняет вспышки вирусных инфекций человека, т.к. человек обезопасил себя от хищников, паразитов и достиг больших успехов в борьбе с бактериальными инфекциями. Возможно вирусы - последний рубеж биосферы защиты самой себя от чрезмерного роста численности человека.

[Acolyte]

Я придерживааюсь гипотизы о том что вирусы имеют смешанное происхождения

ДНК вирусы-генетические элементы клеток.Тут эволюция шла от парвовирусов и заканчиваеться на поксивирусах,которые уже имеют свой сложный набор ферментов и способны к репликации в цитоплазме клеток.

РНК-вирусы ведут свое происхождения от первожизни на земле,паскольку как я уже говорил РНК более универсальная нуклеиновая кислота.Эволюция идет сходная  с ДНК-вирусами.От пикорнавирусов до миксовирусов

Ретровирусы стоят одтельно.Они эволюционировали от подвижых эелементов генетического кода клетки-транспозонов,имеют общие с ними конечные последывательности.Да и обратная транскриптаза вероятнее всего присутствует во всех живых клетках

Бактериофаги ведут происхождения от бактерий утративших органеллы.Потаму что их оболочка весьма напоминает клеточную бактериальную мембрану чего нету у иных вирусов.

Вопрос-зачем на астрофоруме поднимать такие вопросы?