Ура, я поборол этого монстра. Решение такое: делать "Quick align", т.е. align без align-а, просто телескоп "верит на слово", что наводка полярной оси, выставление в горизонт, координаты и время точно правильные. После этого первая попытка навестись идет со значительной ошибкой, но если подкрутить винты так чтобы первая звезда на которую сделан goto была на перекрестии, то потом все наводится вполне OK, остаточная ошибка в пределах разумного.
Т.е. баг, похоже неизлечимый, в алгоритме alignment, но если оно каким-то нечеловеческим образом вставлено, то все работает.