Халицин

[mbrane]

Раттус. Ты о халицине что нибудь слышал. О клинических испытаниях. И вообще тема aMacnine Learning имеет место существовать в настоящее время  как технологический подход для поиска лекарств и в астноти антибиотиков. Или это спекулятивна шумиха. Ну и если совсем конкретно - где и какую базу данных брали для обучения. Исходя из мною прочитанного упоминания о каком-то ряде в 2500 веществ, то очень мало для алгоритмов обучения.

[Rattus]

Ты о халицине что нибудь слышал. О клинических испытаниях.

Да в общем-то то же что и все. Пока это не антибиотик, а только антисептик, поскольку пока не вполне ясно что у него с проникаемостью в ткани и токсичностью: https://cen.acs.org/physical-chemistry/computational-chemistry/AI-finds-molecules-kill-bacteria/98/web/2020/02

[mbrane]

Да в общем-то то же что и все. Пока это не антибиотик, а только антисептик, поскольку пока не вполне ясно что у него с проникаемостью в ткани и токсичностью

А в целом что сожешь сказать о стратегиях поиска? Какие ряды использовали.

[viesis]

Вряд ли в этой области можно рассчитывать на какие-то прорывы, она изъезжена вдоль и поперёк. Любое новое соединение проверяется на биологическую активность.

[Rattus]

А в целом что сожешь сказать о стратегиях поиска? Какие ряды использовали?

Даже не интересовался пока - не моя специфика.
Могу прокомментировать по механизмам действия. Антибиотики работают из-за своей высокоспецифичной способности нарушать работу клеточных механизмов, имеющихся только у микроорганизма. Если речь о бактериях, то там сейчас известно три-четыре таких мишени: рибосомы (синтез белка), топоизомераза (разделение цепей ДНК), клеточная стенка (сшивка её полисахаридных цепей) и местами - мембрана. Местами потому, что её основа - в общем те же фосфолипиды, что и у нас, только набор мембранных белков - каналов и насосов - иной. И потому направленные на неё антибиотики - полиены - одни из наиболее токсичных.
Описание механизма действия халицина - "секвестрация железа внутри бактериальных клеток, что препятствует их способности правильно регулировать баланс pH через клеточную мембрану" - выглядит не особенно специфичным. Потому для него можно ожидать и высокой токсичности и проблем с фармакокинетикой (распределением в организме). В общем, антибактериальный эффект - это даже не пол дела в получении нового конкурентоспособного препарата.

Вряд ли в этой области можно рассчитывать на какие-то прорывы, она изъезжена вдоль и поперёк.

Как сказать. Сами антибиотики как одиночные препараты - может и да. А вот их комбинация со множеством других, в том числе и множества физиологичных веществ типа пептидных гормонов, широко применяемых препаратов совсем другого назначения (например анестетиков или даже антипсихотиков)  вполне может открывать эффекты совершенно неожиданные. И этим вполне занимаются.

[mbrane]

топоизомераза (разделение цепей ДНК)

а чо топоизомеразы нет у эукариот. там ведь проблемы с расплетанием еще покруче обстоят чем у прокариот?

[druid3]

А вот их комбинация со множеством других, в том числе и множества физиологичных веществ типа пептидных гормонов, широко применяемых препаратов совсем другого назначения...или даже антипсихотиков)  вполне может открывать эффекты совершенно неожиданные. И этим вполне занимаются.

Кто?

[viesis]

Вряд ли в этой области можно рассчитывать на какие-то прорывы, она изъезжена вдоль и поперёк.

Как сказать. Сами антибиотики как одиночные препараты - может и да. А вот их комбинация со множеством других, в том числе и множества физиологичных веществ типа пептидных гормонов, широко применяемых препаратов совсем другого назначения (например анестетиков или даже антипсихотиков)  вполне может открывать эффекты совершенно неожиданные. И этим вполне занимаются.

Да, немного погорячился, скорее система поиска вызвала скепсис. А вообще, новые классы химических соединений ещё открывают, та же элементорганика, могут быть и неожиданности.

[dr_magneto]

стратегиях поиска? Какие ряды использовали.

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1

[Rattus]

а чо топоизомеразы нет у эукариот. там ведь проблемы с расплетанием еще покруче обстоят чем у прокариот?

Нисколько не круче: наматывание ДНК на гистоны и упаковка в хромосомы образованием новых узлов не сопровождается. И топоизомераза у эукариот вполне есть - только не та о которой речь, а обыкновенные универсальные для любых клеток топоизомеразы I типа, вносящие временные одноцепочеченые разрывы для снятия локальной сверхспирализации при репликации ДНК. Тогда как для прокариот специфичны топоизомеразы II, необходимые для расцепления их кольцевых хромосом или плазмид. У эукариот, как известно, хромосомы линейные, поэтому у них есть другая проблема: удлинять концы хромосом, укорачивающиеся при каждом цикле репликации на длину РНК-затравки для старта крайних полимераз - теломеразами.