Если же системы фундаментально отличаются, то почти любое химсоединение, естественное одной системе становится ядом для другой.
Не почти любое, но диапазон таких веществ существенно расширяется и антагонизм значительно усиливается (но и системы антитоксинов тоже будут мощно эволюционировать). Тем не менее две наиболее биохимически далёкие ветви живого на нашей планете - бактерии и археи (почти все антибиотики для одних безвредны для других) - на сегодня не только почти не антагонизируют (хотя и хорошо зафиксировали разделение экониш), но и в симбиозе породили наиболее сложные организмы, включая нас самих - эукариот.
Какая религия запрещает развернуть на такой планете замкнутую экосистему исключительно для земных организмов?
Статфизика.

Чем замкнутее - тем дороже. Предлагаемый уровень замкнутости делает всю затею нерентабельной - так же как и попытки "колонизации" голых камней навроде марсианских или лунных. Там - тотальная химическая регенерация, тут - тотальная микрофильтрация - аксиома Эскобара.