Мы все от грибов

[Combinator]

То, что называют грибами, имеет полифилетическое происхождение. Оомицеты (например, фитофтора) - родственник бурых, диатомовых водорослей (домен "разножгутиковые").
Есть родственники ризарий.
Слизевики - амёбозои.

Да, это "классическая" точка зрения. Но можно, наверное, предложить и альтернативное объяснение - большинство из этих групп могли произойти от начавшего диверсифицироваться общего предка эукариот, который был близок к грибам. В противном случае выглядит несколько странным, что во многих крупных таксонах эукариот по какой-то причине независимо появились грибоподобные ветви. В любом случае, я имел в виду "настоящие грибы" (см. ниже).

Но есть большая группа т.н. настоящих грибов - они ближайшие родственники животных.
Все эти группы удалены эволюционно примерно так же, как мы от зелёных растений.

По некоторым признакам актиномицеты (которых я считаю наиболее вероятным претендентом на участие в акте симбиоза, приведшего к появлению эукариот), показывают большое сходство с fungi, то есть, "настоящие грибы", возможно, лежат ближе всего к общему корню эукариот. Это же косвенно подтверждается и результатами другого недавнего исследования, показавшего, что заднежгутиковые отделились от других эукариот раньше других групп. Более того, там же есть намёки, что среди заднежгутиковых древнее всех могут быть именно "настоящие грибы": http://www.science.smith.edu/departments/Biology/lkatz/documents/Katz_euk_root_2012.pdf

[Dem]

У растений – Магний.
У животных – Железо.
У грибов – ни того, ни другого.

Зато у них есть меланин, который способен усваивать ультрафиолет и гамму.
Т.е. пока земля была молодая и имела много нераспавшихся радиоактивных элементов - грибы могли расти не нуждаясь в солнечном свете.
А когда лафа кончилась - пришлось эволюционировать.

[LUKA]

Да, это "классическая" точка зрения. Но можно, наверное, предложить и альтернативное объяснение - большинство из этих групп могли произойти от начавшего диверсифицироваться общего предка эукариот

Нельзя. Даже если очень захотеть - нельзя.
Меня тоже поражает определённое сходство актиномицетов и настоящих грибов, которое правда сильно нивелируется при более детальном рассмотрении.
А также удивительный параллелизм между слизевыми бактериями и амёбозоями слизевиками. Но...
И кит похож на рыбу. Только филогенетические деревья, например, для 16S РНК вбивают гвозди в гроб такого предположения.
Чтобы хоть как-то попытаться чуть-чуть оправдать данные предположения, можно пытаться говорить о некоем горизонтальном захвате генов - чисто умозрительно могу представить, хотя это не оправдывает данное предположение.

[Combinator]

Нельзя. Даже если очень захотеть - нельзя.
Меня тоже поражает определённое сходство актиномицетов и настоящих грибов, которое правда сильно нивелируется при более детальном рассмотрении.
А также удивительный параллелизм между слизевыми бактериями и амёбозоями слизевиками. Но...
И кит похож на рыбу. Только филогенетические деревья, например, для 16S РНК вбивают гвозди в гроб такого предположения.
Чтобы хоть как-то попытаться чуть-чуть оправдать данные предположения, можно пытаться говорить о некоем горизонтальном захвате генов - чисто умозрительно могу представить, хотя это не оправдывает данное предположение.

Там не только чисто внешнее сходство.

Что каcается малой субъединицы рРНК.
Похоже на то, что в результате большой делиции общий предок эукариот и архей потерял часть рибосомных генов, локализованных в области точки начала репликации (большинство рибосомных белков, которые есть у эукбактерий но отсутствуют у архей, расположенны именно в этой области), поэтому ему пришлось существенно перекроить весь рибосомный комплекс. Данный факт может объяснить существенные отличия в субъединицах рРНК. Но если, например, сранивать количество гомологичных рибосомных белков, то и по этому признаку актиномицеты оказываются больше всего похожими на архей и эукариот!

Далее, что касается других молекулярных данных, то если говорить конкретно о сравнении актиномицетов и грибов, можно отметить как минимум:
- наличие у тех и других уникального комплекса синтеза жирных кислот, отсутствующего у других таксонов;
- высокий уровень гомологии генов, отвечающих за функции нерибосомного синтеза протеинов.
- наибольшее количество совпадающих рибосомных белков (см. выше).
- спорогенез актиномицетов во многом похож на спорогенез грибов.

Если же говорить более широко, о сравнении геномов актинобактерий и эукариот вообще, то список можно существенно расширить:
- наличие протеасомы;
- подобно эукариотам актиномицеты используют биквитин для маркировки подлежащих разборке на аминокислоты протеинов;
- у актиномицетов присутствуют сразу несколько ключевых генов, необходимых для синтеза стерола, являющегося своеобразной визитной карточкой эукариот;
-  у многих актиномицетов хромосомы не замкнуты в кольцо, а имеют характерную для эукариот линейную форму.
- актиномиценты обладают одними из самых больших геномов среди бактерий, часто содержащих более 7 тыс. генов. 

Далее, как уже отмечал выше, по размеру генома и доле его некодирующей части грибы как раз практически полностью покрывают брешь в диапазоне соответсвующих значений у прокариот и эукариот.

А вот ещё пара статей на Элеметах об определённых признаках, сближающих многоклеточных животных с "настоящими" грибами или их близкими родственниками:
http://elementy.ru/news/432022
http://elementy.ru/news/432120
Кстати, некий аналог целлюляризации есть и у актиномицетов!