Космологические и комбинаторные основания редкости жизни в наблюдаемой вселенной

[bigol]

Тему переименовать в "Битва дурака за одиночество"

[ВадимZero]

Если коротко, я считаю что случайное событие  - сверхвычислительный процесс. И не может быть, чтобы такое явление не играло некой КЛЮЧЕВОЙ роли в устройстве вселенной.

А это уже вера..

Да. Все верно. Но детерминированная система - МЕРТВАЯ система. Чем детерминированней, тем мертвей. Она не способна на НЕОЖИДАННОСТИ. Она не ошибается, значит не открывает, не превосходит себя. Значит она мертва.

Извиняюсь но это сказки сказочника. Живая вода, мертвая вода. Детерминированая система, может детерминировано породить жизнь(другую детерминированую систему) Мертвое от живого, отличаеться лиж тем как наблюдатель к этому относиться. Мы люди системы детерминированые, и живые при этом.

И еще кстати...Вы тут не раз приплетаете второе начало термодинамики. Мол оно доказывает невозможность закономерного появления жизни, а вот к случайному лояльно относиться. Мне кажеться как раз все обстоит наоборот. Второе начало именно запрещает, случайность появления жизни.

[Nucleosome]

Хотя если честно считать, то наверное надо считать все поле, занятое петлей (мы ведь  не знаем изначально даже что это петля!).

нет, поле здесь не при делах - молекулы у нас линейные. почему правда именно катящиеся колесо? это явно приспособленность к тому, чтобы оставлять как можно меньше открытых концов - которые крайне уязвимы для нуклеаз и вообще менее стабильны. но то - ныне - когда все знают, что любая линейная чужая ДНК или РНК - вирус скорее всего. А тогда - знай себе реплицируйся - из неравных по длинне отрезков. никакого колеса не нужно - липни к чему попало. кстати, подумал тут - не может быть первичный репликатор длинным - будь он длинным, он не распадётся на две нити. а так - у него должен быть небольшой шанс на это, но где-то 99,9% времени он должен быть двойным. это примерно 30 нуклеотидов - но это - только комплементарных, а там ещё должны быть петли с активностью.

[dzver]

Если мы учитываем физический процесс образования в среде (а не сферические вероятности в вакууме), считать все РНК цепочки равновероятными - просто нонсенс.

Даже чисто абстрактно - для открытых цепочек например из-за отражательной симметрии некоторые из них физически одинаковы для всех практических целей - и поэтому вероятности другие.
Например возьмем бинарные цепочки длиной 3. С учета отражательной симметрии двух концов, 011 и 110 например принадлежат одному классу (они физически одинаковы) - поэтому их отличать нет смысла - и будут 6 (а не 8) класса физически разных цепочек, с вероятностями соответно:
000 : 1/8
111 : 1/8
101 : 1/8
010 : 1/8
(011, 110) : 2/8
(100, 001) : 2/8

Аналогично например может оказаться, что цепочки разной длины 11010101010100 и 110101010101010101010100 - также одинаковы для всех практических целей (т.е. длина цикла (01) в середине не имеет значения с некоторого порога повторений).

Если рассматривать и замкнутые бинарные цепочки, там включатся не только симметрии/отражения но и группа ротаций - и  классы эффективно разных цепочек, будут намного меньше чем k^n (и у них вероятностное распределение ниразу не будет равномерно). https://en.wikipedia.org/wiki/Necklace_%28combinatorics%29

Тем более из-за нетривиального взаимодействия уже сформированных цепочек меньшей длины (липнут, срезаются, образуют пространственные конфигурации и пр) совершено неочевидно, что в РНК-супе распределение последовательностей будет нормальным.
Т.е. ожидать что в данной среде типа все 20-елементные цепочки будут представлены с одинаковой вероятности (даже с учета симметрий указанных выше) - необоснованно.
Вполне может оказаться что некие разные по коду цепочки эффективно физически эквивалентны (для "цели образования репликатора" сгодится любая из них) из-за того что скажем пространственные конфигурации подобны, или некая часть из них одинаково "химически/физически инертна" и пр.
Либо возможно оказаться, что даже если "нужная" цепочка (некий предецессор "минимального репликатора") уникальна - то она намного вероятнее (и будет сильно представлена в супе) ибо к ней ведут много самых разных процессов, исходящие из большого количества "по сути разных" предков-цепочек меньшей длины.

Так что скорее всего, наоборот - в "РНК супе" будет некое нетривиальное распределение для всех цепочек,  длиннее чем несколько оснований.
Этого по меньшей мере возможно посмотреть экспериментально, а не считать от балды что все цепочки одинаково вероятны... (дольше трудно продвинуться поскольку неизвестна "целевая цепочка репликатор" и соответно ее предецессоры).

В итоге нельзя с бодуна отвергать гипотезу, что вероятность образования репликатора - даже "длинного" - намного (вкл. экспоненциально) выше, чем тупой комбинаторный рассчет.


P.S. Можно дать и интуитивно понятный пример на КА (как например, "жизнь").
Если начать с некое равномерно-случайное распределение клеток (все n-последовательности клеток встречаются с одинаковой вероятности 1/k^n), то уже после несколько итераций из-за "взаимодействия" (законов КА) - пространство возможных состояний сильно сузится - и распределение разных цепочек клеток отнюдь не будет нормально-равномерно, как оно было в начале.
Например, в КА "жизнь", уже через "несколько поколений" будут преимущественно циклические или двигающиеся/реплицирующиеся структуры как глайдеры, орудия глайдеров и пр. (т.е. естественный отбор циклов/структур из-за сужения пространства состояний).
И вероятность возникания например орудия глайдеров - отнюдь не будет тупо равна 1/2^N где N - количество клеток которое он занимает. Эта вероятность по-любому будет либо сильно подавлена либо сильно преференцирована (по отношению к "равновероятного рассчета" 1/2^N), из-за самих "законов КА".

[Nucleosome]

В итоге нельзя с бодуна отвергать гипотезу, что вероятность образования репликатора - даже "длинного" - намного (вкл. экспоненциально) выше, чем тупой комбинаторный рассчет.

вы правы - более того, те цепочки которые нас интересуют должны быть более стабильны, поскольку должны обладать некими каталитическими функциями, а стало быть и иметь стабильную конфигурацию - то есть их будет больше, то есть - раз, из очень которотких отрезков - ну пусть 8 - 10 нуклеотидов возникнув что-то, что может сложится в некую более-менее стабильную конфигурацию, то дальше оно будет расти уже быстрее прочих (репликации ещё нет, все просто липнут друг ко другу) - то есть да - вероятность сбивается экспоненциально.
также, признаю ошибку - для первичных комплементарных (частино) цепочек не нужна некая активность катализирующая сшивание налипающих нуклеотидов - если они не будут сшиваться сами, то и никаких цепочек не возникнет... стало быть дело теперь только в некой конформации, которая бы, свернувшись нужным образом, начинала бы строить комплементарную новую цепь. также, надо сказать, что репликация будет и до этого - путём достройки слипшихся неравных по длинне цепочек, и их последующий распад - то есть - средняя длинна цепочки в растворе в некоторых условиях - когда нуклеотидов много и раствор благоприятсвует их соединению, будет расти - даже ещё до того, как какие-то будут обладать хоть какой-то активность. паралельно с этим уже тогда будет отбор на более стабильные конформации...
что-то мне теперь подсказывает, что критический фактор тут не "голая" вероятность сборки цепочек, а тонкость условий, в которых этот весь процесс может происходить...

[dzver]

что-то мне теперь подсказывает, что критический фактор тут не "голая" вероятность сборки цепочек, а тонкость условий, в которых этот весь процесс может происходить...

Разумеется, поскольку цепочки взаимодействуют нетривиально друг с друга в собственной среде.
Одно дело швырнуть 10 раз 4-гранную кость, и рассчитать вероятность получения некоей определенной целевой цепочки как 1/4^10.
И совершенно другое дело "замесить РНК-суп"(где исходно все последовательности баз разной длины представлены нормально-одинаково) -  при определенных условий с притоком внешней энергии/негентропии, и пронаблюдать вероятность ("среднее время жизни") с которой эта цепочка будет представлена в нем (напр. по отношению других цепочек той же длины), после того как исходные переходные процессы устаканятся в данной квазиравновесной системы.
Огромнейшее число "нестабильных" цепочек (которыми не примкнуть к кое-какого цикла) просто не выживут.
Также, как и в КА "жизнь" ситуация где все клетки черные, не будет ни за что (а по наивному исчислению должна быть с вероятности 1/2^(L^2)).

Взаимодействие всегда сильно сужает пространство итоговых состояний после релаксации (это общий принцип) - поэтому точно ясно, что нормально-равновероятное распределение последовательностей в цепочек не будет (хотя что именно будет - неизвестно, и может сказать только эксперимент; не думаю что исчисления - даже приблизительные - хоть как-то подъемны).

[dzver]

надо сказать, что репликация будет и до этого - путём достройки слипшихся неравных по длинне цепочек, и их последующий распад - то есть - средняя длинна цепочки в растворе в некоторых условиях - когда нуклеотидов много и раствор благоприятсвует их соединению, будет расти - даже ещё до того, как какие-то будут обладать хоть какой-то активность.

Не только это... В принципе возможно также, что вообще понятие "средняя длина цепочки" в такой квазиравновесной системы будет слишком огрубленным.
Например при определенных условий среды может устаканиться ситуация взаимодействующих конформаций, в которых намного сильнее преобладают цепочки длины 50-60 и 10-20 нуклеотид, а "промежуточные" длины (типа 1-5, 30-40 и более чем 60) очень слабо представлены.
Т.е. "двойной горб" по распределению длин, вместо "наивно ожидаемого" пуассонового распределения с центром в некоей "средней" длины.
Это смещение вероятностей от равномерных, того же типа - только на этот раз по отношению длин; а не для вероятностях разных последовательностей одной и той же длины.
Разумеется все числа примерны; но такая "самоорганизация" - обязательное дело в стационарных систем подобного типа с внутренних взаимодействий, изложенных на потоке энергии (еще безо всяких репликантов).
И запросто отбирает естественным образом, наивно посчитанную "астрономическую невероятность" образования потенциальных репликаторов.

Еще "избитая" аналогия - чтобы в течности "само собой" установились кореляции далечного порядка типа ячеек бенара - "почти настолько" маловероятно, как если бы течность спонтанно замерзла (при той же температуре).
Т.е. "наивный подсчет" микроконфигураций отмел бы такое состояние как сугубо невозможным.
Однако стоит включить градиент температур/поток энергии через систему - как такое якобы "почти-нуль-вероятное" (по наивному рассчету) состояние, становится "почти обязательным"; а "равновероятное" - "почти невозможным".
Так что при наличии взаимодействий и потока энергии через систему - все "термализованые" рассчеты (базированые на равновероятности микросостояний) и не учитывающие сложную динамику внутренних взаимодействий при условия потока энергии - идут лесом. И также соответно все "астрономические числа", вслед за ними.

[alex_semenov]

Так что при наличии взаимодействий и потока энергии через систему - все "термализованые" рассчеты (базированые на равновероятности микросостояний) и не учитывающие сложную динамику внутренних взаимодействий при условия потока энергии - идут лесом. И также соответно все "астрономические числа", вслед за ними.

Вы привели очень разумные аргументы. Вернее последний. Но об этом - отдельно.
Но для начала - "воспитательный час"…

Всё таки на Кулиша вышли. А он тут в засаде давно сидел....

А разве этого не было ясно с самого начала?
Логика Мазура загнала сторонников множественности обитаемых миров на махонький, исчезающе-малый пяточек "короткого саморепликатора".
И только фанатичная преданность защитников концепции заставляет их сопротивляется. И надо признать - некоторым это делать удается очень умело!
(но не всем! далеко не всем!)
Кстати, я рассчитывал именно на это. На хорошие аргументы против логики Мазура.

насколько мощная наклевывается связь между миром РНК и плотностью жизни в окружающем нас мире

Квинтэссенция.
Зачем обдумывать модель, когда можно посчитать...

Александр "модель" и "посчитать" суть одного и того же.
Как в армии "язык командный" и "язык матерный".
У вас одна модель у меня другая. Вот  и все.

И главное считается именно то что хочется счто бы получилось. Ну как у Чудинова, ггг

Чья бы корова мычала, а ваша бы помолчала!
Уж кто, кто, но не таким  фанатичным сторонникам множественности обитаемых миров как вы, Александр, меня пинать, за все эти шалости с расчетами (о чем я сразу предупредил).  Понимает? Именно вы не имеете МОРАЛЬНОГО права это делать!!!
Вы ведь ТУПО вцепились в идею: "братья должны быть где-то рядом!" И вас не сдвинешь ни какими аргументами, как Гималаи. Верно?
Вот ХОЦЦА! И весь тут сказ!
Нет?
Поэтому нечего соринки в моем глазу искать, когда у вас там бревна.
По сути, делая этот несерьезный расчет (который на каждом шаге можно было очень сильно варьировать) я хотел вбить реперную точку в шкалу возможностей.
Если уж на то пошло, то мне не надо было ПОДТАСОВЫВАТЬ расчет. Соотношение отрезков 0-50 и 50-10 000 настолько чудовищно предпочтительно для моей стороны, что  тут и подтасовывать было бы глупо!
На самом деле я очень даже польстил, предположив что подходящая планета оказывается у каждой 10-й звезды. Скорей всего у каждой 1000 или даже 10 000 и тогда, я уже ухожу от оценки методом Кулиша . Но суть в чем? Оценка Кулиша - неравенство. Это граница, и все что за ее пределами уже работает (в смысле решения парадокса Ферми по сценарию Лебедь). И то что я попал именно на эту границу говорит что я тянул к "множественности обитаемых миров" как горящий Гастелло  к вражеской колонне. Из последних сил. Но все равно упал на границе Кулиша недотянув.
И вы после этого моего "подвига лебединого духа над собой" будете меня пинать?

Тему переименовать в "Битва дурака за одиночество"

"Вы патриот?! Я дам вам пистолет!" (с) "Двенадцать стульев"

А это уже вера.

Если вам так удобно - считайте так. У меня, возможно, есть аргументы, но они не для этой темы и даже не для этого форума.

Извиняюсь но это сказки сказочника. Живая вода, мертвая вода.

Да, любые попытки кратко высказывать НЕТРИВИАЛЬНЫЕ идеи похожи на сказки….
Я просто не хочу лезть тут в дебри.
Понимаете?

И еще кстати...Вы тут не раз приплетаете второе начало термодинамики.

К сожалению, тема термодинамики процесса зарождения жизни сама по себе очень важна и богата. Но учитывая, что люди ПЛАВАЮТ даже в вопросе о том, увеличивается или уменьшается энтропия вселенной, я быстро сообразил насколько это "бездонная" тема для. Только тронь! Тема  вся ухнет в нее.
Поэтому, затронув термодинамику, и оценив ситуацию, я сразу же решил ее захлопнуть и держаться от нее пока подальше.
Хотя сделать это очень сложно. Тема на самом деле ключевая. И если у вас нет правильного понимание термодинамической противоестественности ЛЮБОГО механизма самозарождения жизни, вы будете с невинным видом  удивляться: а в чем собственно проблема?
Но  я не хочу сейчас просвещать профанов и по поводу термодинамики.
В общем, важнейшую тему термодинамики жизни я стараюсь как можно дольше не затрагивать. Надеюсь, что мы найдем здесь еще что-то интересное и без углубления в термодинамику. Оставим ее на десерт.

[alex_semenov]

Хотя если честно считать, то наверное надо считать все поле, занятое петлей (мы ведь  не знаем изначально даже что это петля!).

нет, поле здесь не при делах - молекулы у нас линейные. почему правда именно катящиеся колесо? это явно приспособленность к тому, чтобы оставлять как можно меньше открытых концов - которые крайне уязвимы для нуклеаз и вообще менее стабильны.

Да. Согласен. Полностью согласен. Можно уверенно считать, что ДЛИНА петли Ленгстона  86 и состоит она из 4-х ЗНАЧИМЫХ "нуклеотидов"
То есть вот это число вариантов:
4^86~10^51

А все что я "опустил" - это вариабельные участки.

[vika vorobyeva]

Единственное мое твердое убеждение состоит в том, что ответ на вопрос о распространенности жизни в Галактике и во Вселенной вообще должен решаться с помощью наблюдений и экспериментов, а не схоластических споров (чем Вы тут занимаетесь).

Знаете как это называется? Если честно как друг другу?
"Голову в песок" незнания.
Бегство от неприятных мыслей.

Нет. Это называется "интеллектуальная честность"
Уважать свой разум - это значит не развешивать вокруг себя иллюзии, даже написанные математическим языком, а ясно видеть границы своей компетентности. Это значит сказать себе честно: "я не знаю", даже если очень хочется знать.

Я не биолог и не могу ответить Вам предметно (здесь это с успехом делают другие участники дискуссии). Я просто знаю, что человеческий разум слишком слаб, чтобы по капле воды восстановить океан. История науки прозрачно намекает, что люди редко упускают возможность впасть в заблуждение. Что все наши модели (сколь угодно красивые или кажущиеся нам таковыми) должны ПОСТОЯННО сверяться с наблюдениями. Что когда математики, ослепленные красотой и мощью своей науки, лезут в области, где они некомпетенты - получается полная фигня (яркий тому пример - Фоменко).
Мы пока не знаем, как зарождается жизнь. Мы не знаем, какие условия необходимы для этого процесса, какова доля случайности в абиогенезе, мы даже не знаем, где и когда это произошло (гипотеза панспермии еще не закрыта). Поэтому считать вероятность методом комбинаторики - означает заниматься в лучшем случае нумерологией (я бы сказала и по-другому, но - самоцензура ) И там, где Вы видите красоту математической идеи, я вижу банальный страх обезьяны перед неопределенностью, заставляющий ее сочинять мифы. Пусть даже научные

[alex_semenov]

Если мы учитываем физический процесс образования в среде (а не сферические вероятности в вакууме), считать все РНК цепочки равновероятными - просто нонсенс.

Даже чисто абстрактно - для открытых цепочек например из-за отражательной симметрии некоторые из них физически одинаковы для всех практических целей - и поэтому вероятности другие.
Например возьмем бинарные цепочки длиной 3. С учета отражательной симметрии двух концов, 011 и 110 например принадлежат одному классу (они физически одинаковы) - поэтому их отличать нет смысла - и будут 6 (а не класса физически разных цепочек, с вероятностями соответно:
000 : 1/8
111 : 1/8
101 : 1/8
010 : 1/8
(011, 110) : 2/8
(100, 001) : 2/8

Аналогично например может оказаться, что цепочки разной длины 11010101010100 и 110101010101010101010100 - также одинаковы для всех практических целей (т.е. длина цикла (01) в середине не имеет значения с некоторого порога повторений).

Если рассматривать и замкнутые бинарные цепочки, там включатся не только симметрии/отражения но и группа ротаций - и  классы эффективно разных цепочек, будут намного меньше чем k^n (и у них вероятностное распределение ниразу не будет равномерно). https://en.wikipedia.org/wiki/Necklace_%28combinatorics%29

Прекрасно!
Я принимаю ваш аргумент. Но вы можете оценить ВЕС этого аргумента в конечном результате? Слова и примеры - это только слова.
Более того. Я заявляю, что этот же аргумент ПО СУТИ уже выдвинул Нуклеосома и я их принял. Речь идет о вариабельности.
То есть не все мономеры в простейшей цепочке-саморепликаторе (на самом деле это видимо несколько более коротких цепочек, но мы без потери общности, можем считать это одной длинной цепочкой) являются "ключевыми", уникальными (или редкими) решениями, необходимыми для замыкания процесса самовоспроизведения. Какая-то часть цепочки простейшего саморепликатора может быть "какой угодно".
Вот и давайте теперь ее ДОЛЮ оценим.
Скажем это 9/10 (хотя тут нужен более глубокий подход).
Таким образом,  что бы вложиться (например) в 10^40 вариантов  перебора, вам нужно иметь значимую (активную?) часть саморепликатора длиной в 66 нуклеотидов. Значит  длина простейшего саморепликатора с учетом всех остальных вариабельных кусков может быть 660 нуклеотидов.
Согласны? Разумный подход?
На мой взгляд вполне приемлемое обобщение этой вашей (и не только вашей) аргументации. Осталось выяснить какова ДОЛЯ "вариабельных" участков? Я не знаю как это оценить. Но есть сильное ощущение, что чем ЛАКОНИЧНЕЙ (короче) "активная" часть саморепликатора, тем  доля "вариабельных" участков будет ниже.
В общем, тут появляется пространство еще для одной оценки, приближения к истине.
Данный аргумент не отметает подход Мазура. Он просто его корректирует.

Тем более из-за нетривиального взаимодействия уже сформированных цепочек меньшей длины (липнут, срезаются, образуют пространственные конфигурации и пр) совершено неочевидно, что в РНК-супе распределение последовательностей будет нормальным.

Ага. Это как раз второй и более сильный аргумент (как мне показалось).

Т.е. ожидать что в данной среде типа все 20-елементные цепочки будут представлены с одинаковой вероятности (даже с учета симметрий указанных выше) - необоснованно.
Вполне может оказаться что некие разные по коду цепочки эффективно физически эквивалентны (для "цели образования репликатора" сгодится любая из них) из-за того что скажем пространственные конфигурации подобны, или некая часть из них одинаково "химически/физически инертна" и пр.
Либо возможно оказаться, что даже если "нужная" цепочка (некий предецессор "минимального репликатора") уникальна - то она намного вероятнее (и будет сильно представлена в супе) ибо к ней ведут много самых разных процессов, исходящие из большого количества "по сути разных" предков-цепочек меньшей длины.

Так что скорее всего, наоборот - в "РНК супе" будет некое нетривиальное распределение для всех цепочек,  длиннее чем несколько оснований.
Этого по меньшей мере возможно посмотреть экспериментально, а не считать от балды что все цепочки одинаково вероятны... (дольше трудно продвинуться поскольку неизвестна "целевая цепочка репликатор" и соответно ее предецессоры).

В итоге нельзя с бодуна отвергать гипотезу, что вероятность образования репликатора - даже "длинного" - намного (вкл. экспоненциально) выше, чем тупой комбинаторный рассчет.

Мне почему-то упорно не хочется лезть в дебри химических процессов. Я упорно уверен что должна быть АДЕКВАТНАЯ мат-абстракция этого самого процесса, о котором можно помыслить в химии.
Насколько я понимаю, всю эту вашу аргументацию можно по сути свести к идее БИО.
Сборка полименных РНК-молекул оказывается не просто тупым перебором "с забыванием", а  блочно-иерархическим ХИМИЧЕСКИМ отбором. Результаты предыдущих попыток обобщаются и неудачное НАЧАЛО уже отсеиватется.

Вместо того что бы тупо перебирать все N^m=4^66  цепочек, вы перебираете сначала, скажем, все 4^5=1024. Тут же заметная часть этих цепочек теряют способность удлиняться дальше (например). Остается какое-то число из этой тысячи вариантов. Допустим 100 вариантов (которых будет в данном месте, скажем 10^23 штук).  Теперь рекомбинируются они или они наращиваются. Это уже детали.
Так происходит цикл за циклом и в итоге, через j циклов вы (очень условно) перебираете
J*N^n вариантов, где J=Ln(m)/Ln(n). Вы фактически сворачиваете комбинаторный взрыв вариантов в иерархию ГОРАЗДО меньших вариантов.
Если это так, то это действительно сильный аргумент в пользу легкого самозарождения жизни. Хотя я думаю что такие вот вещи случаются только на определенных участках сборки. То есть существуют все же на каких-то уровнях комбинаторные пропасти. Не все так радужно как вам бы хотелось.

P.S. Можно дать и интуитивно понятный пример на КА (как например, "жизнь").
Если начать с некое равномерно-случайное распределение клеток (все n-последовательности клеток встречаются с одинаковой вероятности 1/k^n), то уже после несколько итераций из-за "взаимодействия" (законов КА) - пространство возможных состояний сильно сузится - и распределение разных цепочек клеток отнюдь не будет нормально-равномерно, как оно было в начале.
Например, в КА "жизнь", уже через "несколько поколений" будут преимущественно циклические или двигающиеся/реплицирующиеся структуры как глайдеры, орудия глайдеров и пр. (т.е. естественный отбор циклов/структур из-за сужения пространства состояний).
И вероятность возникания например орудия глайдеров - отнюдь не будет тупо равна 1/2^N где N - количество клеток которое он занимает. Эта вероятность по-любому будет либо сильно подавлена либо сильно преференцирована (по отношению к "равновероятного рассчета" 1/2^N), из-за самих "законов КА".

Хорошо. Уговорили.
Но это все - разговоры. Слова. Нужны оценки. Хотя бы границы.
Я не признаю победу противной стороны. Я признаю что вы сделали нашу игру очень интересной. Теперь победа концепции "мы одни" не столь очевидна.
Давайте без дураков.
Если вы фанатик, которому нужно просто любой ценой вставить "палку в колеса" логики Мазура, то вы можете плясать и веселиться. Я признаю. Вам удалось. Сломалось ли колесо?… Гм… Не видно пока.
Дурачкам и этого достаточно. Они бросятся радостно плясать. Для спасения их ВЕРЫ еще вчера нужна была соломинка. А тут целая палка…
Но правда в чем?
В том что ничего не ясно без количественных оценок. Пока ясно что игра Мазура (назовем это так) теперь ведется ни в одни ворота (кстати за что я тут и сражался с самого начала. Программа минимум данной темы - отвоевать этой идее половину шансов).
Чья на самом деле теперь возьмет УМНОМУ человеку пока не ясно.
Согласны?
Нужно искать подходы к количественным оценкам. Если с первым вашим аргументом разобраться относительно легко. Надо просто оценить долю вариабельных участков и удлинить простейший саморепликаторв в это число раз, то что делать со второй вашей гипотезой?

Если в первичном бульоне идет ХИМИЧЕСКАЯ блочно-иерархическа предэволюця, количество вариантов перебора может резко и существенно упасть. Согласен. Но это количество как-то надо посчитать.
Я, как адвокат противоположной стороны, считаю что указанные вами обстоятельства СОКРАЩАЮТ число переборов. Но только сокращают.
Без расчета ничего сказать нельзя.
И я вполне допускаю что, если учесть все пока опущенные осложняющие обстоятельства то тут только и начинается битва  химического БИО с настоящим комбинаторным взрывом, а не игрушки-поддавки в нашим игрушечном первичном бульоне.

[СТОкрат]

... те цепочки которые нас интересуют должны быть более стабильны, поскольку должны обладать некими каталитическими функциями, а стало быть и иметь стабильную конфигурацию - то есть их будет больше, то есть - раз, из очень которотких отрезков - ну пусть 8 - 10 нуклеотидов возникнув что-то, что может сложится в некую более-менее стабильную конфигурацию, то дальше оно будет расти уже быстрее прочих (репликации ещё нет, все просто липнут друг ко другу) - то есть да - вероятность сбивается экспоненциально.

В таком случае РНК есть результат развития некой молекулярной логики взаимодействий. Например, пятинуклеотидная правильная затравка должна в лабораторных условиях показывать довольно быстро дальнейший рост.

[alex_semenov]

И там, где Вы видите красоту математической идеи, я вижу банальный страх обезьяны перед неопределенностью, заставляющий ее сочинять мифы. Пусть даже научные

Ну что ж... Каждый выбирает по себе женщину, религию, дорогу...
Интеллектуальная честность говорите?
Гм... не верится как-то...
Мне кажется, что это все те же "павлины"... или страусы?...
Про Фоменко. Всегда можно найти подходящий вам пример. Если ТУТ быть "интеллектуально честным", то надо считать отношение удачных, к неудачным междисциплинарным экскурсам.

[Проходящий Кот]

....
 Что когда математики, ослепленные красотой и мощью своей науки, лезут в области, где они некомпетенты - получается полная фигня (яркий тому пример - Фоменко).
.....

Фоменко доказал, что История, как наука, висит в Воздухе.
Историки же сражаются с его реконструкцией, вместо того чтобы подкреплять фундамент своей науки.

[alex_semenov]

Так что при наличии взаимодействий и потока энергии через систему - все "термализованые" рассчеты (базированые на равновероятности микросостояний) и не учитывающие сложную динамику внутренних взаимодействий при условия потока энергии - идут лесом. И также соответно все "астрономические числа", вслед за ними.

В таком случае РНК есть результат развития некой молекулярной логики взаимодействий. Например, пятинуклеотидная правильная затравка должна в лабораторных условиях показывать довольно быстро дальнейший рост.

Господа оппоненты!
Я предлагаю эксперимент куда проще.
У нас уже есть петля Ленгтона. 



Очень простой клеточный автомат-саморепликатор.
Получить ее тупым перебором на поле 15X15 из 5-и вариантов букв-клеток (оставим только важные "цвета") - комбинаторно невероятно.
Да, но люая клетка этого саморепликатора сами по себе уже обладают неким "химизмом". Верно?
Клеточный автомат это не тупой набор букв. Есть правила, описывающие эволюцию каждой клетки в зависимости от состояния соседних. То есть, клетки этого автомата не пассивные буквы в пассивной цепочке, которую мы только и можем тупо соединяем, а потом пробовать на выполнение. Каждая по отдельности клетка УЖЕ обладает некой раз и на всегда заданной активностью.
Петля - только уже сочетание этой активности. "Удачна комбинация".
Верно?
Абсолютно верно. Идеальная модель химии неизвестного нам мира РНК!
Как бы вы не накидали клеток на поле,  они уже сами по себе осуществляют некую химическую избирательность и направленность своей эволюции. И если вы правы, их "химическая эволюция" уже  не будет тупым перебором букв по Мазуру.

Вот и давайте покажем как некая совершенно ПРОИЗВОЛЬНАЯ затравка клеток клеточного автоматов на языке петли Лэнгтона может БЫСТРО и ДЕТЕРМИНИРОВАНО  (блочно-иерархическим химическим отбором, например) превратиться в петлю.
Покажете на простом (даже тупом) примере этого КА?
Можно переходить к куда более головоломной, "большой химии".
Как идея?

[СТОкрат]

Как идея?

Фигня-идея. Конечно в таком КА что-то подобное и будет. Нас же интересует не модель, а реальность. Может в первичном бульоне и нет этого КА ?  Можно взять затравку мало отличающуюся от нужной нам РНК и посмотреть, в каком объёме произойдёт генерация нужной РНК и произойдёт ли. Оценить, насколько первичный бульон похож на КА. Хотя, конечно, модельный эксперимент, пожалуй, более сильный. Если уж он даст отрицательный результат, то и в природе тогда наврядли дождёмся.

[Алексис]

В том что ничего не ясно без количественных оценок.

Если в первичном бульоне идет ХИМИЧЕСКАЯ блочно-иерархическа предэволюця, количество вариантов перебора может резко и существенно упасть. Согласен. Но это количество как-то надо посчитать.
Я, как адвокат противоположной стороны, считаю что указанные вами обстоятельства СОКРАЩАЮТ число переборов. Но только сокращают.
Без расчета ничего сказать нельзя.

Мне почему-то упорно не хочется лезть в дебри химических процессов. Я упорно уверен что должна быть АДЕКВАТНАЯ мат-абстракция этого самого процесса, о котором можно помыслить в химии.

А если подумать над более простой задачей. Возьмем упомянутый выше пример с обезьянами, которые писали программу на СИ.
Предположим для контроля в начале надо посчитать, сколько нужно случайно перебрать букв, чтобы написать простую программу на СИ. Получится какая-то маленькая вероятность. Потом сложную программу. Почему-то мне кажется, что домен получиться ну очень большой. 
А потом включить отбор. Когда найденное слово и или символ из языка СИ становиться клавишей и как целое сочетание участвует в отборе. Чтобы не привлекать божественное проведение накладываем условие - выживают те которые соответствую определенным критериям.
И только потом найденные сочетания слов компилируются. Первые удачные программы запоминаются в виде клавиш обращения к библиотеке и модулям.
В итоге все сведется к набору из нескольких десятков слов и букв и набора библиотек и модулей.
Даже при случайном переборе вариантов и проверке на компиляторе быстро будут получаться все более и более сложные программе. 
Возникающие ошибки либо отсекают эти пути, либо создают мутантов в виде зацикленных или повисших программ. 
На каком-то этапе в результате отбора появиться программа, которую как модуль можно включить в качестве предварительного отладчика - аналог иммунной системы.
В конце концов, можно не только смоделировать информационный аналог эволюционирующего "живого" (в смысле компилируемого и выполняющего программу), но по идее мы должны прийти к искусственному интеллекту (за миллиард циклов).
Конечно это только идея, чтобы не моделировать того что мы не знаем.

[ВадимZero]

И если у вас нет правильного понимание термодинамической противоестественности ЛЮБОГО механизма самозарождения жизни, вы будете с невинным видом  удивляться: а в чем собственно проблема?

Алекс, вы правда считаете, что люди которые на практике, пытаються доказать закономерность появления жизни, не понимают второе начало термодинамики? Теория химической эволюции, противоречит второму началу? Не смешите меня.. Боюсь это у вас неправильное понимание второго начала.

[Stalk.er]

петля Ленгтона

Петля Ленгтона точно не пойдет нам. Там нет химизма, там нет оценки страбильности одной ли другой конформации.
Насколько я читал, минимальный ферментативно устойчивый центр (шпилька) бывает из 13 nt. Возможно бывает и меньше. Так вот. К чему я. Если мы хотим уйти от комбинаторики и увидеть структуру в первичном репликаторе, мы должны разложить его на эти ферментативные центры. Далее это всё надо записать в таблицу, определить вероятность комбинаторной сборки каждого из них, и самое главное - определить стабильность каждого изних (энергию молекулы). Если энергия этих ферментативных центров  окажется ниже чем абсолютно случайных последовательностей такой же длины - то это будет означать что в супе выживут они (запустится эволюция), а весь мусор будет дохнуть и пересобираться в них (устойчивое состояние). Правда нужны условия для постоянной сборки/разборки нуклеотидов. При факторах действующих на разложение цепочек РНК - эти центры выживут(надо затратить больше энергии чтобы их разложить), а всякий мусор не столь стабильный - разложится. Затем снова запускается сборка, затем снова разборка. Выживут только наиболее стабильные. Правда если вскипятить этот суп - сдохнут все))
Далее  в супе будут преобладать они(либо значительный их процент) и вероятность сборки из нескольких центров первого саморепликатора будет не такой уж и маленькой.

[Проходящий Кот]

Вопрос сводится ---- на каком этапе включится Дарвин.
Не слишком ли рано мы его пытаемся включить?