Снимаем как можно больше серий по 3 кадра, затем блинкуем.
Я это только вручную делал... (не кометы искал конечно, а просто примерялся к такому способу обработки).
Какое ПО можно использовать?
В смысле, каким прогам можно скармливать снимки, чтобы, ну допустим координаты объектов получить(я так понимаю что достаточно указать опорные звёзды на снимке). Кому скормить координаты подозрительных объектов, чтобы определить что это такое (базы астероидов, комет, ИСЗ)... Вот про это можно полюбопытствовать?
Если есть желание поискать вместе - пишите и присоединяйтесь 

да ладно, я такому зубру поиска только в обузу буду... но, как соберу сетап, то с вопросами всё-таки обращусь, если можно...
leviathan, кстати, насчёт областей поиска. Орбита Макемаке сильно наклонена к плоскости эклиптики. Возможно поэтому её нашли только в 2005 году, поскольку в основном ищут в эклиптической плоскости - там же больше вероятность...