По форме "провала" в кривой блеска. В случае транзита имеем падение, потом "площадку", потом рост до прежнего значения. А пятно даёт кривую U-образной формы. Собсно, как и планета, "не заходящая" на диск звезды полностью... но в таком варианте транзит очень короткий, да и редко такое бывает.