Теория эволюции: "за" и "против".

[RDjirov]

 С ДНК считывается та или иная последовательность (ген) аминокислотных остатков - «имя», и протеин аккуратно собирается на рибосоме. При посредстве информационной и транспортных РНК… Прикол в том, что линейная цепочка тут же свертывается в 3-мерную структуру – принимает свою (уникальную) нативную конформацию. А 3-мерная наноструктура уже наделена специфической физико-химической активностью: вперед и с песней!
 Самопроизвольный переход от пассивной линейной структуры к активной (и вполне определенной) 3-мерной конформации – ключевой для понимания живого пункт. Отсюда «разматываются» все секреты живой клетки. Разумеется, активна лишь малая часть белков. Хуже того, многие из активных протеинов смертельно опасны для живой клетки. Такой-то фермент вмиг нарежет ДНК кружочками. Или еще что сотворит…
 Можно ли предвидеть, как поведет себя новый протеин? Программы для расчета 3-мерных белковых конфигураций белков есть, но считать по ним, к сожалению, нельзя. Мало ли какие есть программы, – скажем, астрологические… Увы, невычислимо - разве что для полипептида на 10-12 аминокислотных остатков. А для типового белка (сотни «бусин») - бесполезно. Слишком велика размерность задачи – покруче, чем прогноз погоды на 3 месяца вперед. А в общем см., например, на
   phys.protres.ru/lectures/protein_physics/l01.html
Автор знает предмет.

Милейший, да Вы хоть сами вначале читайте, на что ссылаетесь!
И пытайтесь понять.
http://phys.protres.ru/lectures/protein_physics/index.html

Опыты Анфинсена принципиально отделили физический процесс  —  самоорганизацию пространственной структуры  —  от биохимического синтеза белковой цепи. Стало ясно, что структура белка детерминирована самой его аминокислотной последовательностью, а не навязывается белку клеточной машинерией. По-видимому, основная задача этой машинерии  —  оберегать сворачивающийся белок от нежелательных контактов (к коим относятся и контакты между отдаленными, образующими разные домены кусками цепи очень больших белков)  —  ведь in vivo белок сворачивается в клеточном бульоне, где так много разных молекул, так много возможностей прилипнуть к чему-нибудь! Но в разбавленном растворе in vitro белок  —  по крайней мере, не очень большой  —  складывается спонтанно, сам по себе.

       Строго говоря, белок способен к спонтанной самоорганизации и ренатурации, только если он не подвергся сильной пост-трансляционной модификации  —  т.е. если его химическая структура не была сильно нарушена после биосинтеза. Например, инсулин (где половина цепи вырезается уже после того, как он свернулся) не способен к ренатурации.

Верно ли обратное, т.е. определяет ли функция белка его структуру? Здесь тоже прослеживаются некие частные корреляции, но в общем такое определяющее влияние прослеживается только на очень грубом уровне,  —  уровне, определяемом "средой обитания" белковых функций (так, белки, несущие структурную функцию  —  например, те, из которых слагаются волосы или фибриллы  —  как правило, фибриллярны; рецепторы  —  это мембранные белки, и т.д.). Но часто это совсем неверно на уровне архитектуры белка.

Ну и как, сильно это похоже на Ваше:
"Живая клетка извлекает (из ниоткуда) узкоспецифические функции и микро-подпрограммы в сборе - как кроликов из шляпы."?
Из ниоткуда только бредовые фантазии появляются.
Читайте еще раз и запоминайте:

структура белка детерминирована самой его аминокислотной последовательностью, а не навязывается белку клеточной машинерией.

А если уж полезли от имени Дж. фон Неймана бред нести, то нехудо нам Неймана процитировать, а не Алексея Витальевича Финкельштейна.
А то я смотрю, все Ваше поведение заключается в том, чтоб от имени великих людей изрекать несусветнейшие глупости.
Никогда и нигде Нейман не делал "малооптимистичных для эволюции выводов".
Неча собственную необразованность именами великих ученных прикрывать.

[sceptic]

Кто-то тут вянькает... Не слышу без очков.

[Ксей]

 Самопроизвольный переход от пассивной линейной структуры к активной (и вполне определенной) 3-мерной конформации – ключевой для понимания живого пункт. Отсюда «разматываются» все секреты живой клетки.

Вряд ли только что собранный белок вытянут в линию.  Собранный конец сразу загибается, чем больше собрано, тем замысловатей изгибы, некоторые части молекулы видимо касаются друг друга и это тоже меняет конфигурацию.
Среда клетки меняет конфигурацию электрических полей и значит пространственную конфигурацию белка и его свойства.  Белки могут быть индикаторами, если в клетке чего то не хватает,  белок принимает некую конфигурацию , в которой может запустить сборку того что нужно.

Живая клетка извлекает (из ниоткуда) узкоспецифические функции и микро-подпрограммы в сборе - как кроликов из шляпы. Разнообразные нанороботы, всегда готовые отыграть каждый свою особую роль.

Видимо простейшие "микро-программы" формировались параллельно. Когда условия для самовоспроизведения стали неидеальными , они стали комбинироваться.

Интересно из чего состоит простейший "кролик"? Белок сам, без рнк не соберется. Значит вначале была рнк. Может ли она воспроизводиться в идеальных условиях? Или ей сначала надо собрать некий белок, который ее скопирует?

[sceptic]

 Ну разумеется, поначалу РНК, в которых объединялись функции и ROM, и активных агентов. РНК-мир… А затем специализация: ДНК и протеины. С отходом РНК на 2-й план. Видимо, так.
 Кстати, почитать насчет СвА у Дж. фон Неймана (из первых рук) можно, например, на
                  public.clunet.edu/~reinhart/CSC521MSCS/Week2/HixonSymposium.pdf
Конечно, если кто читать умеет.
 Так вот, 3-мерная структура белка наперед не вычислима – в принципе. И даже, допустим, конформация нового протеина известна заранее. Все равно о его специфических физико-химических свойствах много не скажешь. Маленькая большая система, блин. Только методом тыка. Отсюда еще раз к тому, что эволюция живого – насквозь случайный процесс. Ж.Моно: ««У истоков всех инноваций в биосфере, возникновения любого живого существа лежит голый случай…» Какой еще дарвинизм? Я вас умоляю…
 Протеины - «апериодические кристаллы», по выражению Э.Шредингера. Живое, так сказать, паразитирует на удивительных способностях «апериодических кристаллов». А паразиты обычно гораздо проще свободно живущих форм. Именно поэтому генетические программы на диво несложны. Даже в эукариотных клетках - в составе многоклеточного организма...
 В том-то и дело, что белки – лишь в последнюю очередь конструкционные материалы живого. (Кстати, бесподобные). Суть в другом: протеины – квалифицированные мастера на все руки. В живой природе они главные действующие лица и исполнители. Бесценные дары, которые косная природа преподносит живому. Без счета. Дары, помимо которых живая клетка немыслима. И если задаться вопросом: «Где истоки чуда живого?», то ответ… Чудо живой природы вырастает из обыкновенного чуда протеинов. Чудо из чуда, а вовсе не на ровном месте. А вы как думали?

[RDjirov]

 Кстати, почитать насчет СвА у Дж. фон Неймана (из первых рук) можно, например, на
                  public.clunet.edu/~reinhart/CSC521MSCS/Week2/HixonSymposium.pdf
Конечно, если кто читать умеет.

Скептик- так точно читать не умеет. Ибо там ни слова о "невероятности эволюции".
Лгать- плохо.

Отсюда еще раз к тому, что эволюция живого – насквозь случайный процесс. Ж.Моно: ««У истоков всех инноваций в биосфере, возникновения любого живого существа лежит голый случай…» Какой еще дарвинизм? Я вас умоляю…

[/quote]
http://ethology.ru/library/?id=318
"одна из проблем с дарвинизмом проистекает из того, что, как проницательно отметил Жак Монод, всякий(Скептик? прим. мое) полагает, что разбирается в нём."
Дарвинизм чистой воды- Мутация(случайность)=>Отбор=>Репликация.
Как видим...

[sceptic]

 Кто-то тут вянькает... Видимо, силится что-то выразить...

[dims]

Граждане! Храните деньги в сберегательной кассе! Не кормите тролля!

[Ксей]

Только методом тыка. Отсюда еще раз к тому, что эволюция живого – насквозь случайный процесс.

Случайность, но не слепая, может (случайно) появиться метка "этот участок не менять" и мутации в нем будут исправляться по второй нити днк . А отбор покажет правильно это или нет. Т.е. со временем  изменений в данном участке  может не быть .

 В том-то и дело, что белки – лишь в последнюю очередь конструкционные материалы живого. (Кстати, бесподобные). Суть в другом: протеины – квалифицированные мастера на все руки. В живой природе они главные действующие лица и исполнители.

Из них делается не только несущая конструкция, но и инструмен, и движки. Белки умеют шевелить хвостиком, расширять или сужать просвет и все это при изменении электрического поля вблизи них.  Это набор пьезокерамических толкателей, из которых можно сложить машинку (молекулярную), и она поедет , если в нужном месте время от времени будет меняться потенциал.

[sceptic]

 Ксей (07.06.10): Случайность, но не слепая...

 Случайность таки слепая, но даже и ввиду слепой случайности возможны рациональные стратегии. И эволюция их находит ("эволюция способов эволюции"). Отдельный разговор.
 А что касается протеинов, то дело не в "хвостиках", а по большому счету, в самоорганизации. И в организационных талантах белков: ведь среди них немало сильнейших катализаторов. Трудно переоценить.   
 

[Ксей]

 А что касается протеинов, то дело не в "хвостиках", а по большому счету, в самоорганизации. И в организационных талантах белков: ведь среди них немало сильнейших катализаторов. Трудно переоценить.   

Про таланты не понял. 
А в качестве  катализатора  белок может быть лучше представить в виде двух пинцетов. В одном одна сориентированная молекула в другом другая. В каком то месте молекулы белка  изменился потенциал , и пинцеты сомкнулись, соединив молекулы.

[sceptic]

 Узкоспецифичные катализаторы-ферменты организуют все химию живой клетки. Исключительные организаторские  таланты.

[petrowich]

 Кто-то тут вянькает... Видимо, силится что-то выразить...

Контрольный в голову. 25%

[sceptic]

 Да, агрессивное большинство надо как-то защищать от «скептика»-одиночки. А то загонит ведь в угол... Ребята, наверное, сколько-то утешились. Хотя лучше, конечно, запинать ногами - дружно, вместе. Как принято в обозе. Запинали же 100 лет назад Хуго де Фриза - за еретический «мутационизм». А де Фриз таки прав... Запинали в середине прошлого века замечательного эволюциониста Рихарда Гольдшмидта - за гипотезу о «счастливых уродцах». А теперь авангард науки осмысливает его идеи (симпатрического!) видообразования.
 Воображаю, с каким удовлетворением запинали бы Жака Моно - не будь он к 1970 признанным авторитетом и нобелевским лауреатом. А в нашей солнечной стране по сути запинали. Замечательная книга Ж.Моно (переведена на все языки мира) так никогда у нас и не издана. Тогда как всякую плешь – килотоннами… Жестокие нравы в эволюционном учении, сударь. Социал-дарвинизм.
 Что ж, какие есть. Как говорил лучший друг генетиков, «других теоретиков-эволюционистов у меня для вас нет».

 А если вернуться к нашим … протеинам, видно, как сокровенная тайна живого расшифровывается по 2-м главным пунктам. Во-первых, «двойная спираль» извлекает из потока энтропии «счастливые случайности» - интересные мутации. Типа невод. То есть, эволюция живого ловко седлает случайность - великую творческую силу доразумной природы (Ж.Моно). И едет на ней.
 Запрячь случайность удается именно потому, что ДНК работает как ROM. «Система ниппель», которая никогда не прогибается под текущие обстоятельства. Эволюция и адаптация - противоположности. И эволюция по Ламарку невозможна - в принципе.
 Во-вторых, живое мобилизует - через генетический код - возможности самоорганизации и самосборки, какими полна «вселенная» протеинов. Самоорганизация белков - без всяких пригожинских мотивов. Для понимания того, что происходит в живой клетке, они попросту не нужны. Идеи И.Пригожина начинают работать на уровне биосообществ - не раньше.

[Ксей]

А то загонит ведь в угол...

Пока, Вы сами застряли в тупике "Исключительных организаторских талантов белков".

[sceptic]

 Ксей, ну не все воспринимают даже довольно простые фразы. К сожалению. А теперь разберемся с вашим высказыванием.

 Ксей (02.06.2010): А отбор покажет правильно это или нет.

 А если уважаемый Ксей скажет: «Случай решит, оставить или элиминировать», в рассуждениях хоть что-то изменится? Привыкли причитать: «отбор ... отбор». Слова и вылетают - кстати и некстати. Забавно, когда грамотные взрослые люди не хотят видеть, что ЕО - лишь иллюзия. И что случайность остается случайностью - как ее ни назови.
 Шахматную аллегорию партии восприняли далеко не все. Видимо, слишком сложно. Ладно, возьмем «спортлото» - попроще. Два «лоха» заполняют карточки - в надежде выиграть. Каждый по-своему: один лепит как Бог на душу положит. Без затей - случайно. Другой же заполняет не по произволу, а «по системе». И что - он делает неслучайный выбор? Так оно и выглядит - на крайне поверхностный взгляд. Но по здравому размышлению, вы понимаете, что на самом деле выбор чисел у обоих одинаково случаен.
 «По системе» или как, а ни тот, ни другой не предвидят ход событий. Они не знают, какие именно числа выпадут. С одной стороны. А с другой - выбор необратим. Ведь карточки нельзя перезаполнить, когда станут известны результаты. К сожалению. И значит, выбор вполне случаен, - что бы ни воображали о себе наши «лохи».
 То есть, вопрос насчет ЕО сводится к тому, предвидит он эволюционные события - или нет? Вот выразительное высказывание (см. на
   elementy.ru/news?newsid=431333 )

грамотного автора - д.б.н. А.Маркова: «Естественный отбор не умеет заглядывать в столь отдаленное будущее». Прикольно: а в не столь отдаленное - умеет?
 В общем каждый сам дает себе ответ. И еще: что для вас значимо - иллюзия или реальное положение дел? Раз иллюзия (а почему нет?), то заполняйте карточки «по системе». Если же реальность - не играйте с государством на деньги. Ферштейн? Или желательно еще проще?

[omnidroid]

Граждане! Храните деньги в сберегательной кассе! Не кормите тролля!

Есть мнение, это не тролль, а шизофреник, и его не голодом морить надо, а демократически забанить и удалить всё нагаженное им.
А то будет как с телевидением, когда сто профессоров не могут унять одного дурака, который несёт бред себе и несёт. А зритель смотрит и думает - ну надо же, значит в чём-то он прав, раз тупые профессора ему слова поперёк сказать не могут! Ибо зритель не в силах отличить бред от науки.
Форум вроде о науке, а не для предоставления народной трибуны психически больным.

[sceptic]

 Правильно, omnidroid, голосованием - как принято в обозе. А все же запинать ногами лучше...

[Ксей]

 д.б.н. А.Маркова: «Естественный отбор не умеет заглядывать в столь отдаленное будущее». Прикольно: а в не столь отдаленное - умеет?
 

Я  имел в виду , что днк как бы помнит прошлое,  явно ошибочные мутации не реализуются, поэтому изменения не совсем случайны. Может и д.б.н. говорит об этом, т.к. не отдаленное будущее похоже на недавнее прошлое.

И может быть вернемся к "Исключительным организаторским талантам белков", или Вам уже не хочется?

[sceptic]

 Ксей, страшно сожалею, но мне не интересно обсуждать с вами вопросы эволюционной теории.  Ведь речь не о качестве пиццы в ближайшей харчевне.

[omnidroid]

 Правильно, omnidroid, голосованием - как принято в обозе. А все же запинать ногами лучше...

Никаких голосований, тебя просто упрячут в дурку.