Теория эволюции: "за" и "против".

[basj]

Да, глядя на Вселенную, трудно назвать ее хаосом. Может хаос у кого то в голове? 

) Возможно ! Только не у меня !
Вселенная и её объекты, которые мы можем наблюдать, имеют структуру, находятся в неравновесном состоянии и эволюционируют - рождение и эволюция жизни на Земле это есть лишь скромный слепок и следствие более грандиозных эволюционных явлений в нашей Вселенной.
Я не знаю, каким большим умом надо обладать сегодня, чтобы, владея всеми фактами, имеющимися в рамках всех наук, отрицать эволюцию.

[sceptic]

 Разумеется, протеины служат универсальными конструкционными материалами, но главное-то в другом. Узкоспецифичные катализаторы-ферменты поддерживают и контролируют бесчисленные химические процессы в живой клетке. А клетка и есть многоуровневый каскад физико-химических процессов...
 Другие молекулярные структуры - такие, чтобы хоть как-то приближались к протеинам по богатству удивительных свойств, - не известны. Причем в косной природе белков нет: аминокислоты встречаются, а готовые протеины не водятся. Только принципиальная возможность синтеза...
 Первый белок синтезирован когда-то в протоклетке, и с тех пор наследственные программы в высшей степени «толерантны» к мутациям. В надпрограмме ДНК никак не прописаны функции протеинов, там нет ни схем, ни чертежей внутриклеточных органелл - вроде рибосом. «Двойная спираль» не инструктирует протеины и не направляет их, а просто «вызывает». Поименно. Вот почему надпрограмма не особенно сложна. А уж каждый из белков твердо «знает» свою роль. Они находят свое место на сцене и делают именно то, что «умеют».
 Мало того, без всяких подсказок от ДНК разнообразные протеины образуют замысловатые молекулярные агрегаты - и вовлекают туда другие структуры (РНК и пр.). Сами по себе складываются рибосомы и т.п. Чудеса самосборки и самоорганизации - без всякой пригожинской мутоты. Читайте, например, на
   phys.protres.ru/lectures/protein_physics/l01.html (по-русски).
 Наоборот, представьте на минуту, что белков нет и генетические программы составлены, так сказать, в «машинных кодах», где прописано все про все. Чудовищная сложность и негибкость, никаких шансов на выигрышные мутации: любое случайное изменение губительно. Программа не «толерантна» к мутациям, эволюция не идет.
 И козырный довод креационистов насчет того, что выигрышные мутации нереальны, метит как раз по программам в «машинных кодах». Все правильно - только не по делу. Благодаря протеинам, эволюция живого идет совсем другим путем. И добилась немалого.

[dims]

В надпрограмме ДНК никак не прописаны функции протеинов, там нет ни схем, ни чертежей внутриклеточных органелл - вроде рибосом. «Двойная спираль» не инструктирует протеины и не направляет их, а просто «вызывает».

Это трюизм. Любое описание, любого объекта, на любом языке не имеет смысла без возможности интерпретации и без существования интерпретаторов. Любой символ любого языка просто "вызывает" связанный с ним смысл. Но это не значит, что в "Войне и мире" ничего не написано про войну и мир.

Мало того, без всяких подсказок от ДНК разнообразные протеины образуют замысловатые молекулярные агрегаты

Что есть "подсказка" в Вашем понимании? Структура белка полностью определяется ДНК. Так что ДНК не просто немного "подсказывает" белку, что делать, а тотально определяет всю его судьбу.

Наоборот, представьте на минуту, что белков нет и генетические программы составлены, так сказать, в «машинных кодах», где прописано все про все.

Абсурд! Машинные коды имеют точно такой же смысл, как и гены. Например, инструкция сложения в архитектуре Intel "всего лишь" вызывает электрических схемы сумматора внутри микропроцессора. Если микропроцессора нет или есть микропроцессор другой архитектуры, то команда сложения Intel не имеет никакого смысла.

[sceptic]

 dims (04.06.2010): сколько раз нужно повторять, что идея дарвинизма состоит из трёх явлений - наследственности, изменчивости и отбора - работающих совместно?
 
 Крик души. Душа горит за триаду «наследственность-изменчивость-отбор». Или на языке XXI в. «самореплицирование-мутации-ЕО». Ведь саморепликаторы - не что иное, как наследующие сущности. До их появления наследование не имело место.
 В триаде надо как-то отделить котлеты от мух. Не перечислять «факторы», как принято в «единственно верном» учении (вы видели, чтобы в астрофизике или оргхимии считали «факторы»?), а указать первичные условия. Отделить от них следствия - вторичные, привходящие обстоятельства.
 Назвать необходимые и достаточные условия. В общем дифференцировать и структурировать, - как принято в науке. Допустим, идет самореплицирование, самопроизвольное копирование с копий. Численность «особей» нарастает по экспоненте. Нужно особо постулировать, что возникают ошибки? Или не ясно, что бездефектных способов копирования не существует? Энтропия, блин.
 В ходе самореплицирования, мутации абсолютно неотвратимы, - и среди них (нечасто) случаются интересные. Спрашивается, зачем причитать об изменчивости? Просто и лаконично: самореплицирование и ЕО.
 Но как вы догадываетесь, с ЕО в составе триады происходит то же, что и с мутациями. Копнуть чуть глубже (см., например, в моих постах), и видишь, как сильная - на поверхностный взгляд - идея ЕО сводится к плоской банальности. Еще одно из следствий самореплицирования. Привходящее обстоятельство, особо постулировать которое - как и мутации - нет никакой надобности.
 От триады остается немногое: самореплицирование (наследственность). Суть дела. Та самая формула, которую Ж.Моно дал 40+ лет назад.
 Итак, нетривиальное первичное условие: самореплицирование. А все прочее – банальные следствия. Мутации (наследуемая изменчивость). Плюс то соображение, что «нежизнеспособные» не оставляют потомства. Что потомство оставляют только «жизнеспособные» (хоть и не все)… Плоская банальность, на изучении форм которой теоретики сколотили за ряд десятилетий немалый капитал.
 «Наследственность-изменчивость-отбор». Или «самореплицирование-мутации-ЕО»... Дико извиняюсь, но ставить ключевое (достаточное!) условие самопроизвольной эволюции в ряд с пошлыми банальностями просто глупо. Ладно, давние викторианские времена, но теперь... Без пользы в истерике заклинать публику задами СТЭ; проехали. Одноходовое мышление, - на что гляжу, о том пою, - слишком примитивно по нашим временам.

[RDjirov]

 От триады остается немногое: самореплицирование (наследственность). Суть дела. Та самая формула, которую Ж.Моно дал 40+ лет назад.
 Итак, нетривиальное первичное условие: самореплицирование. А все прочее – банальные следствия. Мутации (наследуемая изменчивость). Плюс то соображение, что «нежизнеспособные» не оставляют потомства. Что потомство оставляют только «жизнеспособные» (хоть и не все)… Плоская банальность, на изучении форм которой теоретики сколотили за ряд десятилетий немалый капитал.
 «Наследственность-изменчивость-отбор». Или «самореплицирование-мутации-ЕО»... Дико извиняюсь, но ставить ключевое (достаточное!) условие самопроизвольной эволюции в ряд с пошлыми банальностями просто глупо. Ладно, давние викторианские времена, но теперь... Без пользы в истерике заклинать публику задами СТЭ; проехали. Одноходовое мышление, - на что гляжу, о том пою, - слишком примитивно по нашим временам.

Таки как прав "сам Ж.Моно". "Суть дела. Та самая формула, которую Ж.Моно дал 40+ лет назад."

http://ethology.ru/library/?id=318
"Я полагаю, что одна из проблем с дарвинизмом проистекает из того, что, как проницательно отметил Жак Монод, всякий полагает, что разбирается в нём."
Ч. Доккинз.

[sceptic]

 Читайте Ж.Моно, а не пересказы (несгибаемого дарвиниста) "Доккинса". Хотя куда там, - ведь  книгу Ж.Моно  на  русский никогда не переводили. Видимо,  не ко двору...

[RDjirov]

 Читайте Ж.Моно, а не пересказы (несгибаемого дарвиниста) "Доккинса". Хотя куда там, - ведь  книгу Ж.Моно  на  русский никогда не переводили. Видимо,  не ко двору...

Утверждаете, что Доккинз переврал цитату?
Или что Доккинз не читал Жака?
Не переведенного на английский?
 
Сомневаюсь, Скептик, не следует судить всех по себе.
Кстати, Скептик, Доккинз- наравне с Моно поминался Вами здесь в каждом посте как "гигант мысли давно прозревший истинну",( или как Вы там изволили выражовыватся), которая, по Вашим словам, заключается в том, что эти гении учат нас,  что дарвинизм это мертворожденное дитё викторианской эпохи.
И вдруг оказывается, что Доккинз- "несгибаемый дарвинист". Т.е. узколобый и тупой кретин из викторианской эпохи, по вашей терминологии.
Как же так, а, Скептик? 
А уж как Вы удивлены были-бы, узнав, что Ж.Монод- дарвинист... 

[sceptic]

 Кто-то тут вянькает... Не слышу без очков.

[dims]

Крик души. Душа горит за триаду «наследственность-изменчивость-отбор».

Да не за триаду горит, а за человека, которому говоришь-говоришь, а не доходит. Он всё равно утверждает, что "дарвинисты никак не могли понять, что отбор ничего не создаёт".

Допустим, идет самореплицирование, самопроизвольное копирование с копий. Численность «особей» нарастает по экспоненте. Нужно особо постулировать, что возникают ошибки?

Конечно! Вы же допустили, что идёт самореплицирование. Кто знает, что именно Вы имели в виду? Может быть, Вы допустили абсолютно-точное реплицирование? Поэтому необходимо уточнить.

Или не ясно, что бездефектных способов копирования не существует?

Вопрос в степени. Частным случаем копирования с дефектами является полное уничтожение. Это когда дефектов 100%.

Спрашивается, зачем причитать об изменчивости?

Затем, что нужно перечислить все процессы, которые важны для работы, а не только те, которые кому-то неочевидны. Вербализовать алгоритм. Если Вы будете писать эволюционный алгоритм на компьютере и запрограммируете туда только репликацию, то компьютер не догадается сам добавить туда мутации. Вы сказали "реплицировать", компьютер и будет делать именно это, безо всяких неявных допущений.

Но как вы догадываетесь, с ЕО в составе триады происходит то же, что и с мутациями.

Конечно, догадываюсь: Вы его выкидываете из рассмотрения по каким-то субъективным причинам.

Копнуть чуть глубже (см., например, в моих постах), и видишь, как сильная - на поверхностный взгляд - идея ЕО сводится к плоской банальности.

Если копнуть поглубже, то всё сводится к банальности, в том числе и репликаторы. Это не повод для того, чтобы закрывать глаза на все или часть явлений.

От триады остается немногое: самореплицирование (наследственность).

Её тоже можно выкинуть. Это же банальность.

[sceptic]

 В добрый час! И попутного ветра!

[petrowich]

 В добрый час! И попутного ветра!

sceptic, этим своим примитивнейшим хамством Вы же только себя унижаете. В принципе, конечно, это Ваши проблемы, но прошу прекратить подобные выкрики, которые очень похожи на пьяную агрессию.
Без дискуссий, за очередную попытку выкрика с мест буду давать штрафные баллы.

[dims]

Читайте Ж.Моно

Это Вы приводИте из него цитаты, если хотите что-то доказать с помощью Моно

[dims]

По-моему, он всё-таки "Моно", а не "Монод". Он француз, а у французов одна или несколько последних букв часто не читаются. По-французски "Monod" читается "Моно" (с ударением на последний слог). А у англоязычных принято фамилии записывать как есть, даже если они не английские, а читать как надо. То есть, и в английском тоже Monod читается Моно (Poirot - Пуаро, Peugeot - Пежо, Renault - Рено).

[sceptic]

 Стараюсь держаться в парламентских рамках, но иной раз, видимо… В любом случае, вовсе не желаю ребятам ничего плохого (кроме хорошего). Вот только зудение сильно утомляет.

 А для тех, кто понимает, продолжу: на «двойной спирали» нигде нет «служебных инструкций» для протеинов - только их «названия». Схемы (чертежи) внутриклеточных органелл тоже отсутствуют - лишь списки белков (плюс кой-каких РНК). Они сами складываются в соответствующие структуры - микротрубочки клеточного скелета, рибосомы и пр.
 Невообразимо - и подходящую аллегорию подобрать непросто. Может, средневековая мануфактура, где под общей крышей собирали специализированных ремесленников? Каждый в совершенстве выполняет свою операцию, никого не нужно учить и инструктировать. И инструмент у всех собственный. Ремесленники самоорганизуются в бригады: снабжай их подходящими материалами и сырьем, и мануфактура регулярно выдает качественный продукт.
 Соль в том, каких привлечь мастеров - поименно. И если ансамбль мастеров составлен неудачно, - ничего хорошего не получится. «Репетиция оркестра» у Фелллини.
 Протеины синтезируются на рибосомах – как длинные цепочки из многих сотен аминокислотных «бусин». Причем готовый белок тут же принимает свою 3-мерную конформацию - уникальную для каждой цепочки. А уж пространственная конфигурация протеина определяет его своеобразные физико-химические свойства. И стОит поменять хоть одну аминокислоту в цепочке, - и она сложится в другую 3-мерную конформацию. С иными свойствами: система, блин. Хотя, может, и в ту же самую - нет способа предсказать.
 Но откуда цепочка аминокислотных остатков за долю секунды «узнает», какую именно конформацию ей надлежит принять? Так называемый «парадокс Левинталя»: с какого конца ни вести сборку, готовая цепочка неизменно примет ту самую 3-мерную конформацию...
 В живой клетке работают белки лишь из 20 разновидностей аминокислот, хотя известно их 100 с лишним. Хватает: прикиньте, сколько неодинаковых протеинов (скажем, по 333 «бусины» каждый - совсем не много) можно собрать из 20 аминокислот. Поболе, наверное, чем количество атомов во Вселенной...
 То есть, генетический код открывает доступ в виртуальную «вселенную» белков - в удивительный мир самоорганизации и самосборки. Трудно переоценить. В отличие от скудного списка феноменов по Пригожину, здесь необозримый мир самоорганизации и самосборки. Не там ищем - как обычно. За деревьями леса не видно.

[dims]

на «двойной спирали» нигде нет «служебных инструкций» для протеинов - только их «названия».

Там полная аминокислотная последовательность, записанная в виде кодонов. То есть, там записана точная химическая формула белка, полностью определяющая его функцию.

Схемы (чертежи) внутриклеточных органелл тоже отсутствуют - лишь списки белков

Если Вы откроете поварёную книгу, то увидите, что там тоже нет схемы котлет или супа. Однако, каждый рецепт является инструкцией по изготовлению блюда.

Они сами складываются в соответствующие структуры

Это философский вопрос, "сами" или "не сами". Это сложная, но "всего лишь" химия. Они складываются из-за того, что имеют соответствующую химическую формулу, которая задана в ДНК.

Если террорист заложил взрывчатку и взорвал её, то кто является преступником? Террорист? Или господин гексоген?

Ответ на этот вопрос даётся в зависимости от того, кому мы приписываем свободу выбора.

У гексогена нет выбора, взрываться или нет. Он так устроен, такова его химическая формула. Так же, как правило, и с белком. У него нет выбора, сворачиваться в трубочки или нет. Его химическая формула определяет это. А формула задаётся из ДНК. А у ДНК выбор есть, так как это очень вариабельная молекула.

Конечно, бывают и сложные белки, которые так же вариабельны и реагируют на множество факторов.

Но, как правило, вариабельность ("свобода") ДНК выше. Поэтому, командует ДНК, хотя, повторяю, это философский вопрос.

Каждый в совершенстве выполняет свою операцию, никого не нужно учить и инструктировать.

Учить нужно. Подбор аминокислотной последовательности -- это и есть такое обучение.

И стОит поменять хоть одну аминокислоту в цепочке, - и она сложится в другую 3-мерную конформацию. С иными свойствами: система, блин.

Нет, Вы ошибаетесь. Ваш фетиш "система" здесь не срабатывает, Вы его неправильно понимаете.

Иногда замена одной аминокислоты может изменить белок сильно, а иногда слабо. Например, свиной инсулин отличается от человеческого на одну аминокислоту, но это всё равно инсулин и он работает, как инсулин.

Это и есть "система, блин": игроки могут как вычитать усилия, так и складывать, компенсируя где-то недостатки.

Хотя, может, и в ту же самую - нет способа предсказать.

Есть. На сегодняшний день есть программное обеспечение, способное рассчитывать пространственную конформацию по аминокислотной последовательности, а так же некоторые свойства получаемого белка. Внутри программного обеспечения -- обыкновенные физико-химические расчёты.

[sceptic]

 Читайте книжки, учите матчасть. Не все же судить своим "умом". И всего вам наилучшего - от души.

[Nucleosome]

собственно, ни то, что каждый белок несёт в своей первичной структуре необходимую и достаточную информацию о своей третичной структуре, ни тем более того, несут ли белки информацию о структуре цитоплазмы доподлинно не известно - белки всегда складываются в присутствии других белков, а органеллы клетки формируются как минимум из пузырьков органелл предшествующей клетки. И может так оказаться, что самые основы структуры клетки как раз и сидят в ней самой, во всей той совокупности структур, которые клетки передают при делении. собственно, некие, правда весьма слабые данные на этот счёт имеются и это эпигенетические маркеры.

[dims]

белки всегда складываются в присутствии других белков, а органеллы клетки формируются как минимум из пузырьков органелл предшествующей клетки

Фактор окружения нельзя исключить, но можно варьировать. Известны ли случаи, когда белок с одной и той же аминокислотной последовательностью приобретал бы разную конформацию в разных организмах?

Это можно экспериментально проверить, внедряя конкретный ген в различные организмы.

Если окажется (либо оказалось), что в различном окружении конформация оказывается одной и той же, то это будет означать, что она, по крайне мере, в каком-то диапазоне условий, связана с первичной структурой однозначно.

[Nucleosome]

Известны ли случаи, когда белок с одной и той же аминокислотной последовательностью приобретал бы разную конформацию в разных организмах?

насчёт разных организмов не знаю, видимо нет (поскольку обратное - сходство третичной структуры при полном несходстве первичной, имеет место), но прионы работают именно по такому принципу - создание иных конформаций того же белка.

[sceptic]

 Мысленно сравните живую клетку с гипотетическим самовоспроизводящимся автоматом (на электронно-механической основе). Теорией таких СвА еще 60+ лет назад занимался знаменитый Дж. фон Нейман – с мало оптимистичными для эволюции выводами. Ведь в программе СвА нужно подробно прописать все до единой функции, заложить детальные чертежи каждой из подструктур. Мрак и кошмар...
 Даже если такие СвА операциональны, к эволюции они заведомо не способны. СвА «не толерантны» к мутациям; тупик. И столь сложны, что об их естественном происхождении нет и речи. Но живое-то идет совсем другим путем! Живая клетка извлекает (из ниоткуда) узкоспецифические функции и микро-подпрограммы в сборе - как кроликов из шляпы. Разнообразные нанороботы, всегда готовые отыграть каждый свою особую роль. С «цифровой» точностью.
 С ДНК считывается та или иная последовательность (ген) аминокислотных остатков - «имя», и протеин аккуратно собирается на рибосоме. При посредстве информационной и транспортных РНК… Прикол в том, что линейная цепочка тут же свертывается в 3-мерную структуру – принимает свою (уникальную) нативную конформацию. А 3-мерная наноструктура уже наделена специфической физико-химической активностью: вперед и с песней!
 Самопроизвольный переход от пассивной линейной структуры к активной (и вполне определенной) 3-мерной конформации – ключевой для понимания живого пункт. Отсюда «разматываются» все секреты живой клетки. Разумеется, активна лишь малая часть белков. Хуже того, многие из активных протеинов смертельно опасны для живой клетки. Такой-то фермент вмиг нарежет ДНК кружочками. Или еще что сотворит…
 Можно ли предвидеть, как поведет себя новый протеин? Программы для расчета 3-мерных белковых конфигураций белков есть, но считать по ним, к сожалению, нельзя. Мало ли какие есть программы, – скажем, астрологические… Увы, невычислимо - разве что для полипептида на 10-12 аминокислотных остатков. А для типового белка (сотни «бусин») - бесполезно. Слишком велика размерность задачи – покруче, чем прогноз погоды на 3 месяца вперед. А в общем см., например, на
   phys.protres.ru/lectures/protein_physics/l01.html
Автор знает предмет.