Неизвестные науке виды на Земле

[-Asket-]

В вечной мерзлоте найден гигантский вирус
Чемпионами среди вирусов-гигантов до сих пор были пандоравирусы, но теперь им, видимо, придётся переместиться на второе место: исследователи из Марсельского университета (Франция) вместе с российскими коллегами из Института физико-химических и биологических проблем почвоведения РАН нашли в вечной мерзлоте новый вирус, который оказался ещё крупнее. Образцы льда из Сибири разморозили, позволив вирусу заразить амёб, которые тоже были найдены в вечной мерзлоте. Возраст образцов с вирусами — 30 тысяч лет.

[-Asket-]

Три новых вида грибов открыты в лондонском магазине
Микологи ежегодно описывают около 1200 новых видов грибов. Брин Дентинджер (Bryn Dentinger) и Лора Суз (Laura Suz), работающие в Королевских ботанических садах Кью, решили не отправляться на поиски новых открытий в далекие джунгли. Они всего лишь приобрели пакет сушеных грибов в магазине Gaia Wholefoods в лондонском районе Туикенем. Магазин специализируется на натуральных необработанных продуктах.
Подвергнув грибы из пакета генетическому анализу, ученые обнаружили три новых вида. Все они родственны хорошо известным белым грибам (Boletus). В мире ежегодно потребляется более 100 тыс. тонн белых грибов. В последнее время на европейские рынки попадает всё больше белых грибов из Китая, где центром их экспорта стала провинция Юннань. Видовой состав белых грибов Китая описан не настолько хорошо, как европейские и североамериканские белые грибы. Из Китая прибыли и грибы, попавшие в руки исследователей.
Всего в роде Boletus насчитывают до трех сотен видов. Даже хорошо знакомые жителям России боровики подразделяются на 18 разновидностей, среди которых ряд исследователей выделяет до четырех разных видов. Большинство представителей этого рода отличаются хорошими вкусовыми качествами, но есть среди них и грибы несъедобные, как боровик пурпурный (Boletus purpureus), и даже ядовитые, как сатанинский гриб (Boletus satanas). Исследователи отмечают потенциальную опасность попадания в магазины неизвестных видов грибов, так как в случае проблем со здоровьем у потребителей будет трудно определить их источник.

[Okub62]

Эдак и бледную поганку могут подсунуть. А определять её придётся уже прозектору.   

[Mark]

В нефти нашли жизнь

http://lenta.ru/news/2014/08/11/oillife/

Под антарктическими льдами нашли тысячи видов живых организмов

http://lenta.ru/news/2014/08/20/antarcticlake/

[-Asket-]

Российский эксперт дезавуирует сенсационные открытия ученых из США в Антарктиде

[незлой]

не то, чтобы вид (как его классифицировать вообще непонятно), и не то, чтобы неизвестный, но кмк именно в этой теме ему самое место.

миксомицет:



не гриб, не растение, не животное, не простейшее, а непойми что.

цитирую отсюда, лучше пройти по ссылке, там с множеством фотографий и местами подробнее

любой нормальный миксомицет бóльшую часть своей жизни проводит в виде плазмодия – огромной многоядерной клетки. Вот у нас с вами – нормальных организмов – каждое ядро живет в своей клетке, а плазмодий это одна общая клетка, ком протоплазмы порой с миллионами ядер, могущий достигать – если размазать по ровной поверхности – нескольких десятков сантиметров площади. Такая живая сопля, способная двигаться.

Двигается плазмодий небыстро – миллиметры, ну сантиметры в час, по-амёбьему: выпрастывая ложноножки и потихоньку перетекая с места на место. Движется он обычно к источнику пищи, а также прочь от света, во влажность и темноту – в почву, под кору, куда-нибудь вглубь гнилого пня, где и сидит, впитывая всей своей поверхностью органические вещества из окружающей его влаги. Но, кроме этого, плазмодий может активно захватывать и твердые пищевые частицы, в том числе живые микроорганизмы, мицелий и споры грибов, и тем он от этих самых грибов отличается – грибы только впитывают, но не пожирают, и не двигаются.
[..]
Чтобы чувствовать свет (предполагается, что для этого) и избегать его, плазмодий многих миксомицетов содержит пигменты, придающие им самые различные окраски: ярко-желтую, розовую, красную, фиолетовую, почти черную: плазмодий "видит". Кроме этого, биохимически механизм его движения сходен с процессом, происходящим в мышцах животных при их сокращении.
По пути к цели плазмодий способен даже решать некоторые задачки: преодолевать небольшие препятствия или просачиваться сквозь отверстие диаметром в несколько микрон, а в условиях эксперимента – находить верный путь в лабиринте.
Японцы подвергали плазмодий воздействию сухого воздуха через равные промежутки времени. Тот реагировал на это замедлением движения. Через определенное число повторений плазмодий начинал сам замедляться в "нужное" время, даже если воздействие не производили.
[..]
При неблагоприятных условиях (холод, голод, сухость) плазмодий усыхает, твердеет и превращается в плотную массу – склероций – и в таком виде пережидает тяжелые времена. Описан случай превращения в плазмодий миксомицета, двадцать лет пролежавшего в виде склероция в гербарии.

Так живет себе миксомицет в виде плазмодия, пока в один прекрасный момент (когда нагуляет достаточную массу или, наоборот, выест всё вкусное в пределах досягаемости) отрицательный фототаксис (то есть стремление бежать от света) у него не сменится положительным. Тогда выползает плазмодий на свет божий и на поверхности превращается в зависимости от вида в одно из этих образований-спороношений, которые вы и видите на картинках и ради которых всё это и затевалось. Не дает плодовые тела, оставаясь в субстрате, как гриб, а именно сам, весь целиком превращается.
[..]
Споры же, как и положено спорам, малы, легко переносятся ветром и хорошо, десятилетиями, переносят неблагоприятные условия, Для этого у многих из них есть две оболочки: внутренняя, более тонкая – целлюлозная, как у растений, а наружная – хитиновая, как у животных и грибов, и обе они у одного организма уж вообще ни в какие ворота не лезут.

Если спора прорастает в воде, то из нее выходит от одной до восьми зооспор – одноклеточных тварюшек со жгутиком, напоминающих сперматозоиды, только у сперматозоидов жгутик сзади, а у этих спереди (потом рядом с ним зачем-то вырастает второй жгутик, маленький и согнутый). В случае же прорастания споры просто на влажной поверхности из споры выходят маленькие амебы, так называемые миксамебы. И те, и другие гаплоидны, если это вам интересно, активно размножаются простым делением и в целом ведут себя как обычные одноклеточные.

При достижении некой критической концентрации эти зооспоры или миксамебы начинают половой процесс: попарно сливаются задними концами, их ядра соединяются – и готов новенький плазмодий. Дальше будут делиться и множиться только его ядра, а сам он будет только расти.

[bob]

не то, чтобы вид

Кошмар. Что-то лемовски-эдемовское. Два в одном или одно в двух.  Они нас всех не съедят?

[незлой]

ну, нестандартный подход какойто
кстати, "микса" по гречески -- натурально, "сопля" 

[bob]

ну, нестандартный подход какойто
кстати, "микса" по гречески -- натурально, "сопля" 

Сделать микс - значит обсопливиться? Не знал, не знал... 

[bob]

Сенсация со дна океана.

"...Два странных организма, обнаруженные в глубинах океана у берегов Австралии, ученые не смогли классифицировать ни по одному из известных биологических типов.
Из этого сделали вывод, что, возможно, мы имеем дело с незнакомой до сих пор науке формой жизни.
Как полагают исследователи из Университета Копенгагена, организмы, похожие на полупрозрачные грибы, могут относиться к древним вымершим формам жизни, существовавшим на Земле 600 млн лет назад. Согласно одной из догадок, глубоководные плавучие "грибы" представляют собой один из ранних вариантов эволюции многоклеточной жизни и могли быть ее "неудавшимися экспериментами".
Создания, получившие латинские названия Dendrogramma enigmatica и Dendrogramma discoides, не превышают в длину двух сантиметров, состоят из внешнего покрова, небольшого рта и внутреннего органа - ветвистого желудка, пространство вокруг которого заполнено плотным желеобразным веществом.
Существа были обнаружены еще в 1986 году на глубине 400 и 1000 м недалеко от острова Тасмания, но только сейчас были наконец впервые научно описаны Нажать в публикации журнала
"Подобные находки чрезвычайно редки, - говорит соавтор статьи Йорген Олесен. – Они случались раза четыре за последние 100 лет".
Исследователи нашли-таки некоторые схожие черты с другими группами живых существ, обитающих в воде – такими, например, как стрекающие, или книдарии - нечто среднее между кораллом и медузой. Однако новые организмы не проходят по всем тем критериям, которым они должны соответствовать, чтобы попасть в такую категорию живых существ.
Доктор Олесен считает, что "подводные грибы" – то ли очень раннее ответвление от древа жизни, то ли переходный тип существа. По его словам, возможно, они еще разовьются и войдут в какую-то из уже существующих групп.
О биологии существ Dendrogramma известно очень мало. Очень помогло бы исследование ДНК этих организмов, но для этого надо найти новые экземпляры – имеющиеся пострадали от долгого хранения, сначала в формальдегиде, затем в 80% спирте, что не дает возможности проанализировать генетический материал.
В своей публикации в Plos One исследователи обращаются к ученым всего мира с призывом о помощи в поисках новых экземпляров таинственных подводных "грибов".
http://www.bbc.co.uk/russian/science/2014/09/140904_deep_sea_mushroom.shtml

[Dornier]

Ну спирт вообще никак не вредит ДНК, формалин - другое дело, но все равно не верится, что там совсем-совсем ничего прочитать нельзя. Нужно-то только зацепиться. Это могут быть не самостоятельные организмы, а какие-нибудь живущие в пелагиали личинки. Сейчас есть успешно выполняемый проект секвенирования океанской воды с целью найти всё новое, что только возможно.

[незлой]

насколько мне объяснял один биолог (точнее -- насколько я понял), науке в данный момент в основном известны те простейшие, которые могут существовать в исскуственной среде, создание первой подобной среды из агар-агара -- это, вообщем, день рождения микробиологии -- появилась возможность ухватится за предмет исследований. так вот, в исскуственных средах могут жить отнюдь не все микроорганизмы, создание новых сред с новыми свойствами, подходящими для более специфичных потребностей тех или иных организмов -- большой и важный раздел микробиологии.

другими словами -- мы живём среди огромного количества непонятно чего, очень малую часть которого мы можем размножить, и, размноженное, изучить. но вот вычерпать это море... 

[Olweg]

Пишут, что эти дендрограммы напоминают некоторые образцы эдиакарской фауны. Рисунок дисков очень похож на отпечатки Rugoconites:


Выжившие представители эдиакара - это была бы сенсация, конечно.

[-Asket-]

В статье высказываются более осторожно:

...It has been suggested during review that Dendrogramma could represent a new non-bilaterian phylum. While we may agree, we refrain from erecting such a high-level taxon for the time being, because new material is needed to resolve many pertinent outstanding questions...

Необходимы новые образцы для разрешения многих вопросов...

Статья в PLOS One:
Dendrogramma, New Genus, with Two New Non-Bilaterian Species from the Marine Bathyal of Southeastern Australia (Animalia, Metazoa incertae sedis) – with Similarities to Some Medusoids from the Precambrian Ediacara

мы живём среди огромного количества непонятно чего, очень малую часть которого мы можем размножить, и, размноженное, изучить. но вот вычерпать это море...

Про некультивируемые микроорганизмы есть хорошая тема на палеофоруме: Некультивируемые микроорганизмы (ответы на вопросы)
Но сейчас от выделения и изучения чистых культур уже отходят, это во многом вчерашний день науки: FAQ: Чистые культуры

...И вдруг, где-то в 80-е — 90-е годы ХХ века все катастрофическим образом изменилось. Оказалось, что, если чистые культуры посадить в одну пробирку, они часто начинают вести себя совершенно иначе, чем они себя ведут поодиночке. Химические процессы, за счет которых они существуют, влияют друг на друга — ингибируют или стимулируют. Точно так же и в природных микробных сообществах, которые состоят из огромного количества самых разных микробов, они связаны этими взаимодействиями. Поэтому мы, исследуя чистую культуру в лаборатории, не имеем права экстраполировать ее свойства на природные или даже лабораторные смеси...

...Теперь мы перед дилеммой: заниматься ли чистыми культурами, выделять ли новых микробов или исследовать сложные системы, уже пользуясь современными молекулярно-биологическими инструментами и их все-таки пытаться охарактеризовать, потому что описание микроба — это, конечно, узкая, частная задача...

Подробнее:

Микробиология XXI века
Мы публикуем текст лекции доктора биологических наук, заместителя директора Института микробиологии им. С.Н. Виноградского РАН, заведующей лабораторией гипертермофильных микробных сообществ в том же Институте Елизаветы Александровны Бонч-Осмоловской «Микробы или их сообщества: что является объектом микробиологии в XXI веке?», прочитанной 10 марта 2011 года в Политехническом музее.

...Один академик недавно сказал, что такой науки, как микробиология, больше не существует.

Борис Долгин: В каком смысле?

Елизавета Бонч-Осмоловская: В таком, что она практически перестала существовать, так как молекулярная биология даст ответы на все вопросы. Это меня, конечно, очень разволновало. Другое впечатление — на конференции, на которой я была, человек рассказывал о секвенировании генома индивидуальной клетки. И он начал свой рассказ с такой фразы: «must of microorganisms existing in nature wouldn’t and shouldn’t be isolated», — то есть, что большая часть микробов, существующих в природе, не будут выделены и не должны быть выделены в чистую культуру. Существует очень большая часть сообщества микробиологов, которая считает, что чистая культура — это лабораторный артефакт, достаточно с ним повозились, достаточно поразвлеклись, хватит, теперь нужно заниматься делом. И это такая, конечно, вещь популярная и довольно широко распространяющаяся. Денег сейчас уже не дают на Западе на выделение чистых культур.

Вопрос из зала: Это очевидное совершенно утверждение, потому что видов бактерий в любом определении больше, чем живущих на земле людей, скорее всего. Поэтому чисто физически их всех невозможно в чистую культуру выделить.

Елизавета Бонч-Осмоловская: Конечно, тем более, китайцы взялись за дело, и теперь журнал, где описываются новые таксоны, стал журналом китайской микробиологии. Я всегда считала, и своим молодым сотрудникам говорю, которые, конечно, одержимы всякими честолюбивыми идеями что-то новое описать: главное — это новый фенотип, все-таки, надо искать, надо искать новые процессы...


Главный редактор ПостНауки Ивар Максутов и микробиолог Елизавета Бонч-Осмоловская обсуждают изучение микробных сообществ в программе «Перспективы»

[незлой]

Существует очень большая часть сообщества микробиологов, которая считает, что чистая культура — это лабораторный артефакт, достаточно с ним повозились, достаточно поразвлеклись, хватит, теперь нужно заниматься делом.

о!
сказано достаточно осторожно, т.е. это пока ещё это не мэйнстрим, кмк, но сказано правильно: теперешняя (ммм.. вчерашняя?) микробиология, образно говоря, изучает волков, предварительно одомашнив их до собак.

[-Asket-]

Проблема еще и в том, что само понятие вида в микробиологии стало сейчас весьма субъективным...

Алексей Гиляров, биофак МГУ: У меня, Елизавета Александровна, такой вопрос. Вот вы сказали, что только 5% микроорганизмов известно в этом сообществе. И сейчас вы наверняка знаете, что время от времени появляются статьи, где утверждается, что вообще основное разнообразие жизни видовое — это, прежде всего, микробное разнообразие. Хотя до сих пор мы учим студентов, что это все-таки в основном членистоногие, в частности, насекомые. Но поскольку тут, я думал, вообще одни биологи, а оказывается, не только биологи, поэтому я поясню, что виды — они у высших животных, у растений — это все-таки организмы, которые могут между собой внутри вида скрещиваться и давать плодовитое потомство, а вот про бактерий есть известная такая статья, наверняка вам известная, не помню сейчас точно фамилий авторов, она в PNASе, в трудах американской академии была опубликована, чем бактерия вообще отличается от эукариот. Там маленькие размеры, быстро размножаются и так далее, но там есть замечательная фраза, которую я студентам тоже говорю, — это частота именно полового процесса — обмена генами. И там есть такая фраза, что с точки зрения бактерий — прокариот — эукариоты, в том числе и мы с вами — это сексуальные маньяки, склонные к инцесту. Они делают это слишком часто и со слишком близкими родственниками. Ну, а у бактерий все это не так. Вот вопрос у меня все же по поводу числа видов бактерий. И вообще, может быть, не надо говорить «вид» про бактерий. А говорить какой-нибудь «kind», и вместо species какое-то слово придумать? Спасибо.

Елизавета Бонч-Осмоловская: Но это такой важный и сложный вопрос, потому что род у бактерий, действительно, реален. А вот вид — это некоторый такой фантом, но, тем не менее, пока виды сохраняются. Есть очень четкие критерии молекулярные и рода и вида. Род основан как раз на этом филогенетическом маркере, введенным Вёзе, а вид — это уровень гомологии ДНК, который не должен превышать 70%. И это более или менее подтверждается, как правило, и фенотипическими признаками. Просто с фенотипической систематикой у бактерий всегда было очень трудно, потому что без явной иерархии признаков это ужасно субъективно. Это же не высшее существо, у которых все как-то по полочкам. А у бактерий, например, нам кажется, что очень важна автотрофия. И вдруг оказывается, что ген автотрофного роста может быть как раз перенесен от одного микроорганизма другому. И тут все так сложно, но, тем не менее, вид держится, и очень много людей выступают в защиту вида.

Михаил Гельфанд: Я не знаю, здесь место устраивать научный диспут?

Борис Долгин: Почему нет?

Михаил Гельфанд: Тогда, значит, формальное определение бактериального вида — это то у чего рибосомная РНК похожа на 97% и больше.

Елизавета Бонч-Осмоловская: Нет, неправильно.

Михаил Гельфанд: Ну, хорошо. В тех статьях, которые я читал, так было написано. Видом будем считать вот это. И с этой точки зрения… Хорошо. Если род реален, тогда откуда взялось такое колоссальное количество переименований как раз родовых названий, после того как появилась молекулярная систематика? Это первый вопрос. И второй вопрос: кишечная палочка и шигелла, которая одна Escherichia, а другая Shigella — это вроде бы разные роды, но ежу ясно, что это один вид, причем довольно близкий.

Елизавета Бонч-Осмоловская: Насчет того, что появилось очень много новых родов…

Михаил Гельфанд: Переименование, когда из рода в род перекидывают туда и обратно.

Елизавета Бонч-Осмоловская: Да. Например, почти все термофилы стали из видов отдельными родами, потому что оказалось, что термофилия — это очень важный таксономический признак.

Борис Долгин: В каком смысле оказалось? То есть что заставило изменить представление?

Елизавета Бонч-Осмоловская: Молекулярные исследования были поддержаны фенотипом. Собственно, я считаю, что если нам верить Вёзе, и есть такой генетический маркер, то таким образом мы получаем иерархию фенотипических признаков и видим, какие важны для таксономии, а какие не важны. Что касается вида, то вид — это большая проблема: что считать одним видом, что считать разными. И это ужасно субъективно. Вот у медицинских микробиологов — там какой-нибудь другой субстрат использует — все — уже новый вид. Потому что для них это важно. А у нас, конечно, это не так. Но, мне кажется, что пока надо придерживаться гомологии 70%, а 16S РНК может быть и 99% и даже 99,9%, если гомология достаточно низкая.

Михаил Гельфанд: С точки зрения 70% две кишечных палочки будут, так сказать…

Елизавета Бонч-Осмоловская: Но при этом гомология должна быть меньше 70%. А насчет E. coli я думаю, что ей просто уже пора ставить памятник, и поэтому не хотят ее с какой-то Shigella объединять. Чисто такой историко-культурный феномен, я думаю...

[незлой]

Проблема еще и в том, что само понятие вида в микробиологии стало сейчас весьма субъективным...

оно и в макробиологии достаточно проблематично, на мой взгляд. а как изворачивались микробиологи -- вообще никогда не понимал. насколько представляю (неправильно, конечно) -- завелась в агар-агаре очередная обильно размножающаяся зараза -- вот и новый вид.

Елизавета Бонч-Осмоловская:
Есть очень четкие критерии молекулярные и рода и вида. Род основан как раз на этом филогенетическом маркере, введенным Вёзе, а вид — это уровень гомологии ДНК, который не должен превышать 70%.

 

[-Asket-]

О проблематичности в макробиологии в темах об эволюции не раз это уже упоминалось, но здесь еще и активный горизонтальный перенос генов...

[Nucleosome]

не, ну эти проценты это спекуляция, извените. почему 70%? не 71%... конечно субъективного много, но всё-таки, имеет значение то, какими генами кто обменивается - когда речь об организмах, не спаривающихся... то есть если они обмениваются тем, что у них не имеет никакой вариабельности важной экологически - это могут быть и разные виды, а если тем, что влияет на их экологическую нишу, то уже другое.

[-Asket-]

Находка датских зоологов: артефакт, новый тип или дожившее до наших дней вендское животное?