А где именно при расчетах Вы хотите учитывать параллакс?
Если при получении топоцентрических координат Солнца из экваториальных геоцентрических, то он там мизерный т.к. Солнце далеко от Земли. При расчетах спутников экваториальные коордиты не используются вообще.
Рефракцию также можно не учитывать при расчете сближений двух источником света.
При учете рефракции расстояние между двумя точками будет всегда меньше, как если бы рефракции небыло.