А каким образом Вы в Stellarium'е подключаете телескоп? На сколько я знаю, надо их связывать через драйвер ASCOM. Тогда обе программы будут синхронизироваться.
Для моего случая существует в варианта подключения в Stellarium, прямое(кабель есть), через Synscan, или ASCOM(для этого также надо запускать SynScan).
Насколько я понимаю вид подключения не должен влиять на синхронизацию.
Сегодня на всякий случай проверил подключение телескопа через SynScan Pro Вай-Фай Андроид, произвёл выравнивание с начальной позиции 0.0 градусов,
перешёл в Stellarium Mobile+ , Всё работает, наводиться по указанным звездам почти точно.
Беспокоит информация о начальном положении телескопа в Stellarium WIN 10