Актуальные вопросы глобальной эпидемиологии и молбиологии

[crazy_terraformer]

Вот ссылка на дерево, построенное Бластом: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/treeview/treeView.cgi?request=page&blastRID=588T80V1016&queryID=ref|YP_009724390.1|&entrezLim=&ex=&exl=&exh=&ns=100&screenWidth=1067&screenHeight=853
На нём "spike glycoprotein [Bat caronovirus]" в нижней части графа это ген из генома вируса, извлечённого из экскрементов летучей мыши, живущей в лабратории в Ухане. А то, что правее этой точки, это уже геномы штаммов вируса COVID-19. По моему, картинка довольно наглядна.

Подправил ссылку.

[Maki]

это когда нет одной последовательности имеющей определённые функции, а есть их совокупность

То есть для HS опасен не определённый штамм коронавируса, а целая группа? Кстати, интересно.

а какая разница свежий он или нет? важна его общая численность, а она очень велика по любому. вероятность же мутации - если это один нуклеотид, то будет порядка 1 к ста миллионам (или выше, это всё же ретро), что для такого как вирус - сущая ерунда (учитывая численность), если больше - то уже соответственно существенно ниже.

Что ещё за "какая разница"? Нет никаких доказательств, что вирус сей циркулирует в разных популяциях людей длительное время. Всё выглядит как инвазия вируса, которому даже дополнительной мутации не потребовалось.

я думаю на это ответ дан в другом месте:

Ответ принят. Вы - не специалист.
P.S.
Я понимаю, что китайцы ваши работодатели, и что КНР вполне приличное государство. И замечательно. Но вы должны понимать, что если система основана не на нравственном законе, а на дырке в башке - она непременно даст сбой. Этот сбой, полагаю, мы и наблюдаем.

[Combinator]

Вот ссылка на дерево, построенное Бластом: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/treeview/treeView.cgi?request=page&blastRID=588T80V1016&queryID=ref|YP_009724390.1|&entrezLim=&ex=&exl=&exh=&ns=100&screenWidth=1067&screenHeight=853
На нём "spike glycoprotein [Bat caronovirus]" в нижней части графа это ген из генома вируса, извлечённого из экскрементов летучей мыши, живущей в лабратории в Ухане. А то, что правее этой точки, это уже геномы штаммов вируса COVID-19. По моему, картинка довольно наглядна.

Подправил ссылку.

Спасибо. Что бы не думалось, я подправил пост выше, просто скопировав картику с экрана.

[crazy_terraformer]

Но вы должны понимать, что если система основана не на нравственном законе, а на дырке в башке - она непременно даст сбой.

Да какая дырка в башке?! Быстренько и цивильненько разберут на органы и фсё .
Ни что не пропадёт даром, всё будет отдано людям . Ну, почти всё .

[Combinator]

дерева из двух ветвей? какие последовательности тут применены?

На картинке выше ген "surface glycoprotein" из шести выложенных на NCBI секвенированных штаммов генома COVID-19. Выше него - этот же ген вируса, паразитирующего на летучей мыши, которая содержится в лаборатории в Ухане.
Вначале от генома, выделенного жёлтым цветом, были найдены сто наиболее похожих на него по гомологии, а потом из них построено дерево.

[mbrane]

импотенцию лечат порошком из носорога

Пенисом тигра

https://en.wikipedia.org/wiki/Tiger_penis

 

похоже  начали бороться с этой среднивековой дурью


Как сообщает официальное агентство Синьхуа, данный законопроект был внесен в Постоянный комитет Всекитайского собрания народных представителей (ВСНП). «Он направлен на полный запрет поедания диких животных и подавление незаконной торговли дикими животными», - говорится в нем. (Дословный перевод Редакции).

[Андрей Астрофизический]

начали бороться

Давно пора бы...
Хотите носорога - устраивайте носорожьи фермы, блин. С ветконтролем и т.д.)

[Ultima Thulean]

Про медвежьи фермы для сбора желчи тоже было

https://www.google.com/search?q=%D0%BC%D0%B5%D0%B4%D0%B2%D0%B5%D0%B6%D1%8C%D0%B8+%D1%84%D0%B5%D1%80%D0%BC%D1%8B+%D0%B4%D0%BB%D1%8F+%D1%81%D0%B1%D0%BE%D1%80%D0%B0+%D0%B6%D0%B5%D0%BB%D1%87%D0%B8&sourceid=chrome-mobile&ie=UTF-8

[mbrane]

Про медвежьи фермы для сбора желчи тоже было

В командировки езжу на Колыму на регулярной основе....дык вот мойный шеф меня сразу предупреждал, будут угощать медвежатиной отказывайся. Большинство медведей переносчики трихинелл. Для того что бы от них избавиться нужно долго выкуривать - мясо теряет вкус, становится как подошва после этой процедуры...А тут вот недавно узнал что на всю территорию Колымы а это пол миллиона квадратных километров   живет всего то -8000 медведей -

[loky1109]

И если возникнет штамм со столь же длительной инкубацией, но более высокой летальностью - преимущество переходит к нему...

С чего бы это? О_о Максимально эффективен в эволюционном смысле совершенно нелетальный вирус.

[loky1109]

У меня действительно есть сомнения, что китайский режим способен обеспечить соблюдение всех научно обоснованных мер предосторожности в стране, где импотенцию лечат порошком из носорога.
Возможно, я ошибаюсь. Это личное

Я всё же сомневаюсь, что пенисы носорогов и рога тигров используют в "медицинских" целях те же люди, что руководят лабораториями.

[Проходящий Кот]

У меня действительно есть сомнения, что китайский режим способен обеспечить соблюдение всех научно обоснованных мер предосторожности в стране, где импотенцию лечат порошком из носорога.
Возможно, я ошибаюсь. Это личное

Этот режим в своё время обеспечил уничтожение всех воробьёв в Китае.
Это об его эффективности, когда надо.

[Fall63]

Меня лично даже больше, чем Италия, напрягает Иран. Исходя из данных о летальных случаях (коих уже 12 - второе место после Китая!), по-видимому, официально сообщённое число заражённых (64) занижено в десятки раз. Например, депутат от города Кума утверждает, что только в этом городе число жертв вируса уже достигло 50-ти. Учитывая традиционную закрытость информации из Ирана, и неизбежную скученность людей во время намаза в мечетях, как-то тревожно...

Мягко говоря иранские цифры по количеству заболевших кажутся заниженными как минимум в разы... иначе не всплывало бы столько завезенных случаев в арабских странах - в Кувейте и Бахрейне уже по 8... даже в Канаде один отметили. Видать там совсем жесть творится по факту...

[Nucleosome]

То есть для HS опасен не определённый штамм коронавируса, а целая группа?

так где кончается один штамм и начинается другой - вопрос очень условный - просто потому что мутации есть всегда (иначе генетическое определение отцовства бы не работало)

Всё выглядит как инвазия вируса, которому даже дополнительной мутации не потребовалось.

вообще-то дерево, постороенное Сombinator´ом внятно говорит, что мутации есть и как раз отличающие человеческих вариант от тех, что нашли на летучих мышах

Ответ принят. Вы - не специалист. 

я когда-то говорил что занимаюсь эпидемиологией? я говорю про эволюцию, но вы не понимаете, что это такое. и да, на этом считаю перейти от обсуждения моей области специализации (кстати как насчёт вашей, раз вы такие вопросы задаёте?) к чему-то тематическому, а то тут ещё и флуд помимо обуждения личностей. а вот тут:

Я понимаю, что китайцы ваши работодатели, и что КНР вполне приличное государство. И замечательно. Но вы должны понимать, что если система основана не на нравственном законе, а на дырке в башке - она непременно даст сбой. Этот сбой, полагаю, мы и наблюдаем.

ещё и отход на политику. что я должен понимать я уж решу как-нибудь сам, находясь внутри. и вообще как-то странно писать о каком-то нравственностном законе вместо уголовного (что кстати применяется в любимых вами странах, где определённые слои населения освобождены по факту от уголовной ответственности, правда похищения людей, пытки, клевету и вымогательства, от оттвета за что они освобождены может в особо либеральных сообществах и считают нравственными поступками, но как-то так вообще-то не принято поступать с себе подобными, хотя кто там их знает кого они за таких считает - про фонари я вам кстати уже писал, это так к слову) когда клиент упорно не понимает что на форуме есть правила и надо им следовать исходя хотя бы из просто воспитанности. вместо этого он травит про каких-то крыс в пропагандиском угаре уверовав в побег из лабы про антисанитарию и отсутствие правил использования подобпытных в лабах занимающихся особо опасными инфекциями. (интересно я хожу только в еуропэйские супермаркеты и рестораны? ну это ладно). к слову про соблюдение подобных правил - вот тут в Пекине нельзя в общественные места (магазины, торговые центры, транспорт, учерждения, банки) заходить без маски в эти дни, но на улице никто не следит, тем не менее почти все так не делают, будите мне втирать про дяду Ляо работающему и с инфицированными летучими мышами и уборщиком на рынке рядом? я по вашему не в лаборатории работаю? тут никаких инфекций и близко нет, но уборщики во-первых имеют свою форму (т. е. от какой организации), во-вторых, из лаб убирают мусор уже лаборанты.

Ни что не пропадёт даром, всё будет отдано людям

чем-то люди же должны приносить пользу обществу...

На картинке выше ген "surface glycoprotein" из шести выложенных на NCBI секвенированных штаммов генома COVID-19. Выше него - этот же ген вируса, паразитирующего на летучей мыши, которая содержится в лаборатории в Ухане.

а, ну понятно, я из-за того, что ссылку пришлось копировать подумал, что открыл что-то не то

похоже  начали бороться с этой среднивековой дурью

ну вообще вряд ли можно вот так просто взять и сожрать пенис гигра тут - мочкануть тигра может это не то, что панду, но тоже очень серьёзно. вообще я тут пока не видел ничего дикого в продаже тут. рыбу ловят это понятно, но даже просто собранных в поле улиток (как в Севилье) не встречал. ну на Юге конечно едят больше всего.

Я всё же сомневаюсь, что пенисы носорогов и рога тигров используют в "медицинских" целях те же люди, что руководят лабораториями.

да уж наверное... хотя методы китайской медицины в деле борьбы с короновирусом уже утверждены в случае лёгкого протекания (речь конечно об общем укреплении организма), правда ни о носорогах, ни тем более тиграх там речь не идёт.

Это об его эффективности, когда надо.

эффективность да - вырезать кусок страны из общей сети по сути, позакрывать много чего (уже начинают открывать) а никаких перебоев ни в чём или изменений в ценах не заметно. единственно был в начале прокол с масками...

Мягко говоря иранские цифры по количеству заболевших кажутся заниженными как минимум в разы... иначе не всплывало бы столько завезенных случаев в арабских странах - в Кувейте и Бахрейне уже по 8... даже в Канаде один отметили. Видать там совсем жесть творится по факту...

да, или там в самом деле с выявлением случаев всё плохо, или, что хуже, это какой-то особо ядрённый штамм, дающий необычайную смертность... правда, в Италии смертность пока что тоже велика - как в Ухане.

[Dem]

По расчётам, "нулевой пациент" заразился в самом начале декабря. Я думаю, что месяц, это вполне достаточное время, что бы вылечиться.

Он мог вообще не болеть.
Например просто сбегал на рынок не переодеваясь и принёс вирус на одежде.

[Maki]

так где кончается один штамм и начинается другой - вопрос очень условный - просто потому что мутации есть всегда (иначе генетическое определение отцовства бы не работало)

Аналогия неверная. Индивидуальность генома "отца" определяется рекомбинацией. А мутациями - на какие-то доли процента.
В случае вирусов, конечно же, индивидуальность определяется именно мутациями.

вообще-то дерево, постороенное Сombinator´ом внятно говорит, что мутации есть и как раз отличающие человеческих вариант от тех, что нашли на летучих мышах

будем полагаться на ваше мнение и мнение ув. Сombinator.
Если всё так - тогда возникает вопрос. В каком очаге эта мутация произошла?
Вариантов два: 1) Это зоонозная инфекция, которая мутировала и выскочила к людям. 2) Это очень локальная антропонозная инфекция, которая вдруг сделалась высоковирулентной и дала эпидемию.
Исходя из течения эпидемического процесса, мне кажется более вероятным первый вариант. Мышиный коронавирус мутировал в лаборатории, и затем попал к людям?

будите мне втирать про дяду Ляо работающему и с инфицированными летучими мышами и уборщиком на рынке рядом? я по вашему не в лаборатории работаю? тут никаких инфекций и близко нет, но уборщики во-первых имеют свою форму (т. е. от какой организации), во-вторых, из лаб убирают мусор уже лаборанты.

Давайте оставаться в рамках вежливости.
Я, в силу определённых обстоятельств, имею некоторое представление о движении отходов разных классов опасности. Прекрасно, что мусор убирают лаборанты. Прекрасно, что уборщики в униформе. Но это не гарантия того, что биомусор из вашей лабы не вываливается на соседний рынок.
Даже простая вероятность того, что мутантный штамм вырвался именно из лаборатории, требует очень тщательного анализа ситуации. И допущение, что имело место разгильдяйство, антисанитария, и нарушение стандартных протоколов придётся делать.

[mbrane]

уважаемые...А как вообще определяется штамм? То есть как на основании анализа филогенетического дерева и/или иных лабораторных исследования сказать что вот этот генетический материал разных линий (подразумеваем геном вируса или часть его) относится к одному штамму - а вот эти линии к другому штамму?

[Combinator]

Исходя из течения эпидемического процесса, мне кажется более вероятным первый вариант. Мышиный коронавирус мутировал в лаборатории, и затем попал к людям?

По моему мнению, филогенетическое дерево оставляет очень мало шансов на иные варианты, кроме нижеследующего.
1. Вирус, вызывающий текущую коронавирусную инфекцию (COVID-19), произошёл в результате ощутимых изменений в геноме вируса, родственного паразитирующему на летучих мышах сабжу, который в своё время вызвал эпидемию атипичной пневмонии: https://en.wikipedia.org/wiki/Bat_SARS-like_coronavirus_WIV1
2. В лаборатории в Ухане исследуются летучие мыши, у которых наличествует вирус, имеющий появившегося относительно недавно общего предка с вирусом, вызывающим COVID-19.
3. Различия между одним из штаммов COVID-19, и остальными его штаммами, вполне сравнимы с их отличием от штамма лабораторной летучей мыши.
Вывод - скорее всего вирус от летучей мыши из лаборатории вначале заразил условного "нулевого пациента". После этого он мутировал, в результате чего, возможно, существенно усилил свою вирулентность. Дальше штамм с "удачной" мутацией стал быстро распространяться. Как-то так.

На всякий случай, для ясности, ещё раз - я не специалист-вирусолог, приведённые выше рассуждения сделаны из общих соображений, так что, они могут быть и неверными. Если на этом форуме есть кто-то, обладающий более глубокими знаниями в данной области, я с удовольствием ознакомлюсь с его комментариями.
 
 

[Nucleosome]

Индивидуальность генома "отца" определяется рекомбинацией.

только рекомбинация будет давать что-то разное только если до этого мутации создали разные варианты, которые и будут определять разнообразие. или по вашему откуда разнообразие вообще?

В случае вирусов, конечно же, индивидуальность определяется именно мутациями.

а рекомбинацию у вируосв уже отменили... ну-ну...

Но это не гарантия того, что биомусор из вашей лабы не вываливается на соседний рынок.

ну вам-то конечно лучше видно куда вываливается мусор из нашей лабы... я-то откуда это знать могу...

И допущение, что имело место разгильдяйство, антисанитария, и нарушение стандартных протоколов придётся делать.

чтобы делать такие допущения нужно иметь факты. где, когда как... вот будет это всё - приходите, а заливать про дядющек на том основании что они Ляо, а не Смиты (а ещё может быть и коммунисты!) - это в духе либерализма, я понимаю, но к реальности только "либерального" толка имеет отношение...

Исходя из течения эпидемического процесса, мне кажется более вероятным первый вариант.

какие именно моменты этого процесса вам это говорят?

А как вообще определяется штамм? То есть как на основании анализа филогенетического дерева и/или иных лабораторных исследования сказать что вот этот генетический материал разных линий (подразумеваем геном вируса или часть его) относится к одному штамму - а вот эти линии к другому штамму?

штамм вообще понятие введеённое микробиологами когда ещё не было как таковых молекулярных методов и в общем-то можно сказать, что штамм это то, что мы умеем отличить от другой линии. по каким критериям - это уже зависит от свойств изучаемого предмета, но в общем понятие очень условное. например - есть основания считать, что в пределах провинции Хубей орудует один штамм, а за её пределами другие - иначе бы не было таких различий в смертности (текущая - 3% против 0,77%), однако чтобы установить что это надо ещё копать, однако данных уже слишком много чтобы эти различия были бы случайны. Также  две вспышки за пределами Китая - в Южной Корее и на севере Италии показывают несколькко иной характер распространения, чем в Китае - сразу много новых случаев, но это может быть потому что не могли вявить (в Италии вообще целый месяц ушами хлопали, никаких анализов у приезжающих из Ктиая не брали - это говорил  один итальянец-постдок, вернувшийся туда дней десять назад, теперь думает - не не ехать ли обратно?..)

Вывод - скорее всего вирус от летучей мыши из лаборатории вначале заразил условного "нулевого пациента". После этого он мутировал, в результате чего, возможно, существенно усилил свою вирулентность. Дальше штамм с "удачной" мутацией стал быстро распространяться. Как-то так.

да, видимо дело было так. я тоже не вирусолог, но филогенетическое дерево оно у всех строится по одним принцыпам

[Maki]

уважаемые...А как вообще определяется штамм? То есть как на основании анализа филогенетического дерева и/или иных лабораторных исследования сказать что вот этот генетический материал разных линий (подразумеваем геном вируса или часть его) относится к одному штамму - а вот эти линии к другому штамму?

Интересный вопрос. Я не специалист, но мне кажется понятие "штамм" несколько искусственное. Вот выделили мы линию - это штамм. Но в этой линии может затем случиться мутация. Вроде штамм один - а вирусы разные. С другой стороны, можно выделить вирусы из разных источников - и это, формально, разные штаммы. А их геном может быть идентичен.
Наверное, правильней будет говорить о филогенетическом дереве, как это делают ув. Nucleosome и Combinator.

Вывод - скорее всего вирус от летучей мыши из лаборатории вначале заразил условного "нулевого пациента". После этого он мутировал, в результате чего, возможно, существенно усилил свою вирулентность. Дальше штамм с "удачной" мутацией стал быстро распространяться. Как-то так.

Тогда возникает интересный вопрос.
А как человеком переносится дикий мышиный вирус? Получается, что он должен быть достаточно вирулентен, но давать очень смазанную клиническую картину банального "ОРВИ". В таком виде он мог достаточно долго циркулировать среди работников рынка, пока не мутировал и не проявил свою "истинную сущность".

Мягко говоря иранские цифры по количеству заболевших кажутся заниженными как минимум в разы... иначе не всплывало бы столько завезенных случаев в арабских странах - в Кувейте и Бахрейне уже по 8... даже в Канаде один отметили. Видать там совсем жесть творится по факту...

Правду мы скоро увидим.
А вообще, любопытно, можно ли говорить о том, что биоразнообразие животного мира - это один из факторов риска для человека? Выше разнообразие зоонозов - выше риск подцепить какую-то природную дрянь. Ну и вопрос пищевых табу, в этой связи, оказывается не праздным...