Проблема, наверное уже решилась, но оставлю сообщение для будущих поколений.
Да, если в процессе прошивки произошел сбой, то пульт будет мертвый. Чтобы его оживить, его нужно прошить правильно. Сама программа перепрошивки пульта, не отрубается и работает, даже в случае неудачной прошивки.
Основная проблема сбоев прошивки, левые кабели USB-COM. Нужно найти хороший кабель. В крайнем случае, можно попробовать уменьшить скорость перепрошивки на пульте. Как это сделать, читайте в инструкции по перепрошивке.