Ну почему же только Pix, Maxim DL тоже неплохо совмещает кадры, особенно если указывать в ручную по "двум звездам".
Потому, что совмещение по 2м звёздам работает только в случае полного совпадения модели дисторсии для двух оптических систем. Как в вашем случае, телескоп один - дисторсия одна и та же, разные лишь камеры (размеры сенсоров, масштаб изображения).
В иных случаях - например, даже самый упрощённый, одна камера, но разные телескопы (с разной дисторсией, например, у одного - бочкообразная, у второго - подушкообразная) все звёзды при совмещении "по двум звёздам" не совместятся.
В общем случае нужен софт, который умеет хорошо работать с разной дисторсией оптических систем, а не только с разными размерами полями и масштабами изображений. Такой как Pix. Наверное, есть и другие хорошие кандидаты.