Возможность альтернативной биохимии

[Rattus]

тоже какая-то чушь. Что серповидная анемия возникает от того что один из атомов кислорода митохондрии в одной из клеток в ноге (хрен с ним в костном мозгу) перешел св синлетное состояние... как перешел так и снова спустился в триплет, отдав всю энергию соседним атомам ... и один раз в триллион случаев это может и приведет к апаптозу или прочим последствиям

Для того, кто совсем не знает генетики и молекулярной биологии. А остальные знают, что серповидноклеточная анемия возникает всего от одной трансверсии аденина в 20-й позиции гена бета-глобина на тимин.

Ведь это Вы предложили кошмар Дженкина в качестве аргумента против непрерывной генетики, указав на то, что он приводит к зашумлению.

В каком месте? Вы чем, простите, читали? Модель Дженкина была предложена, когда никакой информатики как науки с современными обобщенными значениями понятий сигнала и шума и в помине не было. И только когда они появились, стало понятно, что модель эта - всего лишь частный пример этих общих закономерностей.

механизм Дженкина — это механизм именно наследования и он от зашумления как раз защищает

Нет никакого "механизма Дженкина" - модель Дженкина - это всего лишь КОНТРАРГУМЕНТ к непрерывной основе наследственности на примере ОДНОГО признака, уровень которого меньше фона. При этом фон вовсе не следует считать каким-то отдельным "признаком" - Дженкин в своей модели просто не задумывался о том, откуда вообще этот фон всех остальных признаков взялся - а если бы задумался, то от "непрерывной наследственности" вообще бы камня на камне не осталось в принципе.

Может ли таким же способом передаваться ДНК от коловратки к коловратке? Возможно. Но как замечается в статье выше, если частота таких переносов сравнима с частотой переносов неколовраточных генов, то этого вряд ли будет достаточно для замены нормальной половой рекомбинации.

А вам какая религия предписывает принимать во внимание только внутривидовой или внутриродовой переносы генов? Если коловраткам удалось заиметь настолько широкую систему генетического обмена, что их геном преспокойно может пополняться кучей генов других царств и даже доменов - то нафига уже эти внутривидовые шашечки-то?
Они решили проблему необходимости рекомбинации для себя куда глобальнее и круче.

у дарвинулид десятки или даже сотни миллионов

Будем разбираться.

тетрагимены

У протистов в целом нет особых проблем с ГПГ, так что они - не в кассу.

А так, митохондрии влачат свое эволюционное существование уже пару миллиардов лет.

И то только у свободноживущих аэробных эукариот. Когда перестают быть нужны - отдельность их генома падает буквально до нуля - см. упомянутые митосомы.

Однако надо же когда-то будет перейти от описания и анализа к синтезу.

Какой синтез тут нужен? Для чего? Вы хотите вывести наиболее общий закон, по которому можно отобрать все принципы самоорганизации, ведущие к появлению и дальнейшей эволюции живых систем? Это едва ли не самая сложная задача всей теоретической биологии вообще. И вовсе не факт, что она вообще имеет решение. Хотя сейчас примерно этим пытается заниматься команда Е.Кунина, М. Вольфа и М.Кацнельсона с математиком Виталием Ванчуриным: https://www.trv-science.ru/2022/04/ves-mir-neuroset/
Физики например уже лет сто к ряду пытаются осуществить синтез "Теории всего" без особого успеха, но даже если физическая картина мира в итоге станет красиво объединена в единую теорию на уровне запредельных масштабов энергий, вряд ли это что-то изменит в приземленной практике.

[Maki]

Да нет же. Рекомбинация по Дженкину как раз очень хорошо защищает от зашумления, на что и указал Дженкин в своём примере про растворение признаков бравого белого человека среди сиволапых негров.

Но корректен ли такой пример вообще? Признаки белого не являются адаптивными в местности негров. Они бесполезны. И скорее дизадаптивны, ибо белый сгорает под солнцем и страдает от жары. Кроме того, и внешность его может казаться местным дамам непривлекательной: тощий, медлительный, бесцветный...  Так что тут "кошмар" выглядит естественным. Аллели белого будут вымыты из популяции даже без зашумления.
Но ведь чернокожие африканцы, которые вторглись в Европу, в итоге сделались белыми. Ибо пигментация не нужна, и даже вредна, ибо мешает вырабатывать витамин D. И голубоглазые блондины стали в итоге вполне привлекательными партнёрами.
Так может быть отбор является естественным механизмом, который позволяет противостоять зашумлению?

[olenellus]

В каком месте? Вы чем, простите, читали?

Вот в этом:

Что же касается "аналоговых" систем передачи информации, то их неразрешимая непригодность в качестве основы для наследственного аппарата была выявлена и показана очень вскоре после появления эволюционной теории персонально самому её автору - Ч.Дарвину в письме от Г.Ч.Ф.Дженкина…
Ну а фундаментальность явления необратимого зашумления аналогового сигнала при его многократной передаче и катастрофы ошибок при многоитерационном копировании, частным примером которого и является "кошмар Дженкина"…

Нет никакого "механизма Дженкина" - модель Дженкина - это всего лишь КОНТРАРГУМЕНТ к непрерывной основе наследственности на примере ОДНОГО признака, уровень которого меньше фона. При этом фон вовсе не следует считать каким-то отдельным "признаком" - Дженкин в своей модели просто не задумывался о том, откуда вообще этот фон всех остальных признаков взялся - а если бы задумался, то от "непрерывной наследственности" вообще бы камня на камне не осталось в принципе.

Я не очень понимаю суть возражения. Утверждаете ли Вы, что невозможно сформулировать многомерную модель непрерывной генетики с рекомбинацией по Дженкину? Уверяю Вас, можно. И очень просто. И популяция будет эволюционировать к оптимуму приспособленности, если не забыть включить в модель мутации.

Достаточно взять так называемую геометрическую модель Фишера. В качестве адаптивного ландшафта можно взять гауссиану, центрированную на каком-нибудь векторе оптимальных значений, с произвольной матрицей дисперсий. Если смоделировать эффект мутации свёрткой с гауссианой, центрированной на ноль, с другой дисперсионной матрицей (моделирующий мутационный эффект на разные признаки), эффект рекомбинации Дженкина — путём операции, индуцированной усреднением признаков (это свёртка с сжатием, она уполовинивает дисперсию в каждом поколении), а отбор — умножением популяции на функцию адаптивного ландшафта с последующей ренормализацией, то если начать с нормально распределённой популяции (с любым средним и матрицей дисперсии, включая даже \(\delta\)-функцию), в пределе бесконечно большого размера популяции популяция упрямо будет залезать на пик приспособленности. В конечной популяции это тоже будет наблюдаться, но более стохастически.

А вам какая религия предписывает принимать во внимание только внутривидовой или внутриродовой переносы генов?

Речь ведь шла про храповик Мёллера. Модель Мёллера предполагает накопление большого количества слабо вредных мутаций в разных локусах. При этом рекомбинация призвана удалять эти мутации, восстанавливая вместо них аллели дикого типа. Понятно, что рекомбинация должна быть с организмами, несущими в своём геноме нужные неповреждённые аллели. ГПГ на далёкие эволюционные расстояния не поможет, а скорее всего, даже навредит. Если даже найдётся ортолог нужного гена, скорее всего, он будет заметно отличаться от исходного, а значит, только внесёт ещё больше мутаций, каждая из которых в модели Мёллера уменьшает приспособленность.

Какой синтез тут нужен? Для чего?

Я вижу, Вы согласны, что это важно. Может быть, действительно, ещё преждевременно. Но, думаю, кое-где уже можно попытаться продвинуться.

Но корректен ли такой пример вообще? Признаки белого не являются адаптивными в местности негров.

Вы докапываетесь до деталей абстрактного аргумента. Но если Вам так хочется, представьте, что упомянутый в аргументе остров носил название Шпицберген.

[Rattus]

Я не очень понимаю суть возражение. Утверждаете ли Вы, что невозможно сформулировать многомерную модель непрерывной генетики с рекомбинацией по Дженкину? Уверяю Вас, можно. И очень просто.

А ещё можно сформулировать и модель гиперсферического коня в вакууме, которая будет гиперржать гравитационными волнами. Вопрос только в том, как и где это реализуется физически.

В качестве адаптивного ландшафта можно взять гауссиану, центрированную на каком-нибудь векторе оптимальных значений, с произвольной матрицей дисперсий.

Вот примерно так (очень в общем), полагаю, и коллектив Владика Аветисова пытался смоделировать молекулярные машины. Но ВНЕЗАПНО выяснилось, что реальный, физический ландшафт приспособленности даже на наиболее базовом и дискретизированном - молекулярном уровне - нифига не чисто поле, а запутанная сеть порой весьма узких и глубоких ущелий - та самая иерархическая сеть топологических ограничений. И это, думается, и есть самая главная и трудная проблема фундаментальной биологии.

Если даже найдётся ортолог нужного гена, скорее всего, он будет заметно отличаться от исходного, а значит, только внесёт ещё больше мутаций, каждая из которых в модели Мёллера уменьшает приспособленность.

Ну тогда, значит движущая макроэволюция тоже статистически невозможна и то же появление плацентарных в результате вирусного ГПГ (как, впрочем, и всех прочих крупных таксономических групп и случаи ароморфозов) - исключительно маловероятные события - результат ошибки наблюдателя в инфляционно-большой вселенной. И кто тут тогда "креационист" получается?
Кстати ещё в таком случае непонятно как удаётся эволюционировать вирусам и находить новых хозяев - ведь они (те же бактериофаги) исключительно выскокоспецифичны к заражаемому хозяину - даже менее чем на видовом уровне.

Я вижу, Вы согласны, что это важно.

Откуда такой вывод? Вопросы как раз о том поставлены: НАФИГА городить этот математический огород, который свиду имеет отношения к биологии даже меньше чем струнные модели к настоящей физике - в физике они появились в попытках решить существующие расхождения между релятивизмом и квантами. Кунин-Вольф-Кацнельсон-Ванчурин пытаются тоже создать некую теорию великого объединения в биологии. А "аналоговой наследственности" там где место? Биология на сейчас, насколько могу судить, вообще не нуждается в каких-то моделях оной ни в каком месте.
Это выглядит как поиск "того_чего_вообще_не_может_быть" и не кажется осмысленной теоретической задачей.

[mbrane]

физике они появились в попытках решить существующие расхождения между релятивизмом и квантами.

Какие расхождения? Квест обратился в слух.

[Rattus]

ОК - сингулярности в просторечии и не релятивизма вообще, а конкретно ОТО.

[mbrane]

ОК - сингулярности в просторечии и не релятивизма вообще, а конкретно ОТО.

Ааааа

[olenellus]

Вопрос только в том, как и где это реализуется физически.

Наверно, нигде в современных организмах. Но, может быть, в биоценозах. Возможно, в пребиотических системах. Сейчас иногда считается, что такие модели неплохо объясняют эволюцию количественных признаков на полигенной основе (без рекомбинации по Дженкину, конечно). Но я лишь хотел показать, что кошмар Дженкина не является аргументом в пользу "неразрешимой непригодности аналоговой передачи информации в качестве основы наследственного аппарата".

Вот примерно так (очень в общем), полагаю, и коллектив Владика Аветисова пытался смоделировать молекулярные машины.

Мне кажется, что на "фрактальную глобулу" Аветисов вышел более прямо, учитывая его давнюю любовь к матанализу на p-адических многообразиях.

Ну тогда, значит движущая макроэволюция тоже статистически невозможна и то же появление плацентарных в результате вирусного ГПГ

Я не понял, как это следует из моих слов, но вот что точно можно заключить, так это то, что храповик Мёллера ­— это какая-то шляпа.

НАФИГА городить этот математический огород

Какой-то огород городить придётся. Может, всё ещё рано это делать, но когда-нибудь придётся. Понимание невозможно без обобщения и выделения существенного. Это и призваны делать модели, причём, модели концептуальные, а не имитационные. Лучше, если они сформулированы на математическом языке, если исследуемое явление достаточно сложное (сложнее бытовых ситуаций, познаваемых интуитивно). Вспомните спор генетиков и эволюционистов в начале XX века. Были, кто на смерть стоял за то, что селекционизм не совместим с расщеплением генов. Были те, кто говорил, что совместимы. Потом пришли математики и показали, что да, в принципе, дискретная генетика не противоречит селекционизму и даже в некотором смысле может помогать. Так родилась СТЭ. Сегодня таких споров тоже полно (взять хотя бы жаркий спор в молекулярной/структурной биологии между сторонниками "индуцированной подгонки" (induced fit) и "конформационного отбора" (conformational selection) в теории конформационных перестроек ферментов). Упорядочение мышления помогает такие споры разрешать.

Кунин-Вольф-Кацнельсон-Ванчурин пытаются тоже создать некую теорию великого объединения в биологии.

Сдаётся мне, это очередной виток моды. Раньше было "жизнь — это обмен веществ", "жизнь — это генерация негэнтропии", "жизнь — это кибернетические машины", "жизнь — это вычисления" (кажется, Вы на этой стадии остались), "жизнь — это диссипативные структуры", "жизнь — это спиновые стёкла", "жизнь — это самоорганизующаяся критичность". Теперь вот в моде "жизнь — это машинное обучение".

[Rattus]

я лишь хотел показать, что кошмар Дженкина не является аргументом в пользу "неразрешимой непригодности аналоговой передачи информации в качестве основы наследственного аппарата

Он мог бы стать таким аргументом, если его применить ко всем признакам сразу и с начальной точки эволюции и с учетом того факта, что мутации неизбежны и чаще вредны или нейтральны - согласно второму началу термодинамики.

что точно можно заключить, так это то, что храповик Мёллера ­— это какая-то шляпа.

Для начала следует обратиться к источнику - книге Е.В.Кунина "Логика случая", где его действие разбирается предметно и с уравнениями. Участник Combinator как-то писал тут, что по его расчётам прошедшего с образования Земли времени недостаточно, чтобы, например, произошло вырождение линий прокариотических клеток уровня современных без ГПГ, но до опубликования расчетов дело не дошло.

Может, всё ещё рано это делать, но когда-нибудь придётся. Понимание невозможно без обобщения и выделения существенного.

Понимание чего? Что такого непонятного в фундаменте имеющейся у нас в наличии жизни как таковой (не каких-то отдельных явлений в каких-то сложных биоценозах), чтобы была потребность городить столь экстравагантные модели?

Раньше было "жизнь — это обмен веществ", "жизнь — это генерация негэнтропии", "жизнь — это кибернетические машины"

С негэнтропией и кибернетикой по Шредингеру, Шеннону и Ко получилось так себе ввиду изрядной плохоопределнности или запутанности самих этих понятий, на которых базировались определения.

"жизнь — это вычисления" (кажется, Вы на этой стадии остались)

А чего бы не остаться, если получаются простые и вполне однозначные определения для всех сколь-нибудь содержательных задач (см. обновленный Тезаурус Раздела)? Кстати точнее будет не вычисления, а конечный автомат. Вычисления (особенно в обычно понимаемом Гёдель-Тьюринг-универсальном виде) - это одна из функций, возможных для некоторых конечных автоматов. Притом довольно сложная.
Вообще же предельно конкретным и ёмким определением тут тогда будет известное афористичное выражение "жизнь - это рибосомы, делающие рибосомы". И сейчас у нас нет никаких фактов, чтобы мы могли подозревать, что в живой природе, существующей на астрогеологическом масштабе, есть что-то к нему не приводимое: даже вироиды не живут без белковой РНК-полимеразы, синтезируемой, опять-таки, в рибосоме.

"жизнь — это диссипативные структуры"

Опять Э.Шрёдингер и потом И.Р.Пригожин. Проблема здесь, как известно, была в том, что холодильник мог выйти более "живым" чем бактерия. А вирусы вообще надо было исключить из предмета наук о жизни. Значит ключевое свойство было упущено.

"жизнь — это спиновые стёкла"

Слишком абстрактно. Примерно как у Вас, кстати.

"жизнь — это самоорганизующаяся критичность"

Это скорее к тому, что её формирует, нежели чем она является как таковая: не про явление, а про процесс формирования явления. Тоже нет.

Теперь вот в моде "жизнь — это машинное обучение".

И это, в общем, тоже. Как и у Вас, опять таки.