Думаю, что могли сравнить спектр со спектром полной Луны, не освещаемой Землёй (в это время для лунного наблюдателя наступает новоземелье).
В таком случае можно выявить некий постоянный вклад земной атмосферы, связанный с тем, что сам наблюдатель находится на Земле. Ну и затем уже убрать этот фон из анализа.